PCR, RT-PCR, qRT-PCR

Question 1

Cosa significa studiare l’ espressione genica e quali sono le strategie utilizzabili per farlo?

Answer 1

149

Question 2

Nello studio dell’ espressione di un gene, verificabile trovando l’mRNA o proteine associate ad esso, come si può risolvere il problema legato all’ eccessiva piccolezza o bassa quantità di questi ultimi in un campione?

Answer 2

149

Question 3

Cosa significa fare PCR, da chi fu inventata e per quale patologia?

Answer 3

150

Question 4

Cos’ è necessario inserire in provetta per la PCR affinché possa avvenire il processo di replicazione del DNA?

Answer 4

150

Question 5

Quali sono le caratteristiche chimiche della soluzione inserita nella provetta per PCR?

Answer 5

150

Question 6

Cosa è necessario che avvenga nella PCR dopo aver preparato la provetta contenente il campione e quanto DNA dovrà essere presente alla fine per fare si che sia visibile all’ occhio umano?

Answer 6

150

Question 7

Quale molecola è necessaria nella PCR per fare legare la DNA polimerasi al filamento stampo, in corrispondenza di cosa si dovrà appaiare, quali sono le sue caratteristiche e perché queste sono necessarie?

Answer 7

150

Question 8

Perché nella PCR si una una coppia di primer anziché utilizzarne uno singolo? Come si dispongono l’uno rispetto all’altro?

Answer 8

151

Question 9

Perché si sceglie un primer a DNA anziché ad RNA?

Answer 9

151

Question 10

Dopo l’appaiamento dei primer sui filamenti stampo nella PCR cosa avviene e cosa si ottiene nella fase successiva?

Answer 10

152

Question 11

Cosa si ottiene dopo 2 cicli di PCR? Cosa invece dopo 3 cicli? Quindi che succede ad ogni ciclo?

Answer 11

152

Question 12

Quale molecola nella PCR mi darà conferma dell’espressione di un gene del DNA? Da cosa è delimitato alle estremità? In quale fase della PCR si formerà per la prima volta?

Answer 12

153

Question 13

Quali sono le tre fasi della PCR, cosa accade in ciascuna di esse? Cosa accade al termine della terza fase?

Answer 13

153

Question 14

Cosa si troverà alla fine della PCR nel tubo di reazione?

Answer 14

153

Question 15

Come si ottiene la denaturazione del DNA nella prima fase della PCR? Che temperatura si usa?

Answer 15

154

Question 16

Che temperatura si usa nella fase di annealing della PCR e perché?

Answer 16

154

Question 17

Che temperatura si usa nella fase di extension della PCR e perché?

Answer 17

154

Question 18

Che tipo di strumento si utilizzava inizialmente per passare da una temperatura all’ altra nelle varie fasi della PCR e come veniva utilizzato?

Answer 18

154

Question 19

Quale DNA polimerasi si utilizzava inizialmente nella PCR, da quale venne poi sostituita e quali sono le caratteristiche della seconda che la rendono più efficiente rispetto alla prima?

Answer 19

154

Question 20

Da quale strumento furono sostituiti i termoblocchi nella PCR? Quale è il vantaggio?

Answer 20

155

Question 21

La reazione della PCR procede all’ infinito o vi è un limite?

Answer 21

155

Question 22

Se si proietta su un grafico la quantità di prodotto che via via si ottiene con la PCR in relazione al numero dei cicli, come è la curva? Che cos’ è la fase di Plateau?

Answer 22

155

Question 23

Quale è il primo principio che viene sfruttato nell’ elettroforesi su gel di Agarosio?

Answer 23

156

Question 24

Quale è il secondo principio che viene sfruttato nell’ elettroforesi su gel di Agarosio?

Answer 24

156

Question 25

Cos’ è il DNA ladder nell’ elettroforesi su gel di Agarosio?

Answer 25

156

Question 26

Quali sono le fasi che si susseguono nel preparare il mezzo per fare elettroforesi su gel, prima di inserire il prodotto della PCR?

Answer 26

156

Question 27

Quali sono le fasi che si susseguono nell’ elettroforesi su gel dopo aver inserito il prodotto della PCR nei pozzetti del gel di Agarosio? Che cosa posso verificare?

Answer 27

156/157

Question 28

A cosa serve il transilluminatore nell’ elettroforesi su gel?

Answer 28

157

Question 29

Cosa viene usato nella RT-PCR, come template al posto dell’RNA?

Answer 29

160

Question 30

Quale enzima converte RNA in cDNA, per utilizzarlo come template per la RT-PCR? Da quale virus viene sfruttato? Cosa si ottiene al termine della retro trascrizione? Di quale molecola c’ è bisogno per fare iniziare il processo?

Answer 30

160

Question 31

Quale tipo di RNA si utilizza per essere convertito in cDNA per la RT-PCR, se si deve valutare l’espressione di un gene protein coding o lncRNA? Quale sua caratteristica viene sfruttata per disegnare un primer, come verrà quindi disegnato e dove partirà la retro trascrizione?

Answer 31

160/161

Question 32

Cosa si utilizzano come primer per retro trascrivere rRNA e tRNA in cDNA nella RT-PCR?

Answer 32

161

Question 33

Una volta ottenuta la molecola ibrida di RNA e DNA post retrotrascrizione, nel processo di RT-PCR, si può usare direttamente come template? Altrimenti cosa viene fatto?

Answer 33

161

Question 34

Quali sono gli strumenti di partenza e le fasi per misurare l’induzione dell’ espressione del citocromo2a1 in risposta ad un farmaco? Cosa si vedrà alla fine della RT-PCR?

Answer 34

161/162

Question 35

Come si verifica l’ espressione del gene A153 nei diversi organi del topo tramite retrotrascrizione, PCR ed elettroforesi su gel? Cosa indicano la banda positiva e la banda negativa nel gel?

Answer 35

162

Question 36

In base a cosa la fase di Plateau viene raggiunta prima o dopo? Cosa cambia relativamente all’ osservazione del grafico (cicli PCR-prodotto DNA) se l’obiettivo è apprezzare l’ espressione o meno di un gene, rispetto ad apprezzare le differenze di espressione di un gene?

Answer 36

162

Question 37

Se l’obiettivo nella PCR è apprezzare le differenze di espressione di un gene cosa bisogna leggere e che strumento si utilizza?

Answer 37

163

Question 39

Cos’ è il SYBR Green, per cosa viene sfruttato nella qRT-PCR? In che fase ha senso leggere la sua fluorescenza?

Answer 39

163

Question 40

Quando è possibile vedere la fluorescenza per la prima volta in un termociclatore? Cosa definisce questa soglia e che sigla si usa per indicare il numero di cicli di PCR necessari per raggiungerla? Cosa si intende invece con base-line?

Answer 40

164

Question 41

Cosa significa nella qRT-PCR amplificare l’ espressione genica?

Answer 41

164

Question 42

Quale è la differenza fra quantificazione relativa e quantificazione assoluta quando si parla di qRT-PCR?

Answer 42

164/165

Question 43

Cos’ è il normalizzante della quantificazione relativa di qRT-PCR, quali sono in genere quelli che vengono scelti e che criterio si utilizza per sceglierli? Che tipo di problema risolvono nell’ esperimento?

Answer 43

165

Question 44

Perché è utile la normalizzazione del campione nella qRT-PCR?

Answer 44

165-166

Question 45

Cosa permette di intuire il threshold cycle nella qRT-PCR?

Answer 45

166

Question 46

Come viene utilizzata la qRT-PCR nel test molecolare per infezione virale e quali conclusioni vengono tratte?

Answer 46

166

Question 47

Come viene utilizzata la qRT-PCR nel monitoraggio della malattia minima residuo?

Answer 47

166

Question 48

Su cosa si basa la digital PCR?

Answer 48

167

Question 49

Quali sono quattro esempi di applicazione cliniche della PCR e su cosa si basano?

Answer 49

175