Cours 10.b - Diagnostic laboratoire des infections

Question 1

Quelles sont les étapes en ordre chronologique du cheminement diagnostique en infectiologie?

Answer 1

1. Phase pré-analytique
2. Phase analytique
3. Phase post-analytique

Question 2

Qu’est-ce que la phase pré-analytique en infectiologie?

Answer 2

• Patient consulte avec des symptômes/signes d’une maladie infectieuse
• Diagnostic clinique tentatif
• Prescription de prélèvements de culture
• Prélèvements identifiés au nom du patient puis acheminés au laboratoire avec la demande d’analyses
• Réception des prélèvements au laboratoire

Question 3

Qu’est-ce que la phase analytique en infectiologie?

Answer 3

• Examen direct sur le prélèvement
• Rapport partiel émis au médecin : interprétation
• Mise en culture du prélèvement
• Incubation des milieux ensemencés
• Lecture des milieux (le lendemain)
• Identification bactérienne
• Rapport partiel: interprétation
• Finalisation de l’identification

Question 4

Qu’est-ce que la phase post-analytique en infectiologie?

Answer 4

• Émission du rapport final
• Interprétation finale du médecin

Question 5

Quelles sont les raisons d’effectuer un examen direct?

Answer 5

• Quantifier les globules blancs présents dans le prélèvement: ceci nous informe sur la réponse inflammatoire et la « purulence » de l’échantillon.
• Dans certains cas, exprimer en valeur relative la quantité de polynucléaires présents dans le prélèvement.
  
  • savoir si viral ou bactérien
• Observation de micro-organismes poser un diagnostic présomptif.:
  
  • bactéries
  • éléments mycéliens (champignons)
  • levure
  • structures parasitaires
  • inclusions virales
• Évaluation de la qualité du prélèvement pour décider si le résultat final sera fiable
  
  • selon quantité de cellules épithéliales (moins possible) vs polynucléaires (plus possible)

Question 6

Nommez les examens directs réalisables.

Answer 6

1. Sérum physiologique
2. Hydroxyde de potassium
3. Iode
4. Fond noir

Question 7

Expliquez ce qu’est cet examen direct: sérum physiologique.

Answer 7

• permet d’observer la mobilité de certains micro-organismes
• permet d’évaluer rapidement les micro-organismes avec des formes particulières, ex.: levures

Question 8

Expliquez ce qu’est cet examen direct: Hydroxyde de potassium (KOH).

Answer 8

• KOH 10 % digère la kératine
• utile pour diagnostiquer des éléments mycéliens (champignons) à partir de prélèvement
  
  • d’ongles
  • de peau
  • de cheveux

Question 9

Expliquez ce qu’est cet examen direct: Iode

Answer 9

• colore les noyaux et organelles cytoplasmiques
• utile pour colorer rapidement les selles d’un patient et diagnostiquer la présence de protozoaires (ex.: amibes)

Question 10

Expliquez ce qu’est cet examen direct: fond noir.

Answer 10

• utile pour mettre en évidence des micro-organismes mal visualisés en microscopie optique standard et qui se colore difficilement (ex. : spirochète)

Question 11

Quels sont les examens directs avec coloration?

Answer 11

1. Coloration de Gram
2. Coloration de Ziehl-Neelson

Question 12

Sur quel principe se base la coloration de Gram?

Answer 12

• La teneur en lipide de la paroi cellulaire des bactéries est variable. Les parois pauvres en lipides retiennent plus le colorant cristal violet (Gram positif).
• Quand la paroi est riche en lipides, le cristal violet ne s’imprègne pas de façon permanente. Le décolorant le déloge (Gram négatif).

Question 13

Quelle est la technique pour la coloration de Gram?

Answer 13

• étaler sur une lame une couche mince du prélèvement à colorer
• fixer à la chaleur
• cristal violet (1 minute)
• laver
• iode (1 minute) pour bien fixer le cristal violet
• décolorer quelques secondes à l’acétone alcool
• laver
• safranine (1 minute)
• laver, assécher
• lire au microscope

Question 14

Comment faire l’interprétation de la coloration de Gram? Quelles sont les couleurs possibles? Que signifient-elles?

Answer 14

Bactérie de couleur bleue

• Le cristal violet n’a pas été décoloré par l’acétone alcool: la contre-coloration à la safranine (rose) a été inefficace.
• La couleur finale de la bactérie est bleue ce qui implique une paroi pauvre en lipide : bactérie Gram positif (ex. : Staphylococcus).

Bactérie de couleur rose

• La paroi est riche en lipides.
• Le cristal violet est facilement libéré de la paroi par le décolorant.
• La contre-coloration avec la safranine est possible car la paroi est libre de colorant : bactérie Gram négative (ex. : Escherichia coli).

Question 15

Quelles sont les utilités de coloration de Gram?

Answer 15

• Permet de reconnaître rapidement le ou les bactéries possiblement pathogènes présentes dans le prélèvement et d’en informer rapidement le clinicien.
• Permet d’évaluer la présence ou l’absence de flore normale quand le prélèvement provient d’un site non stérile.
• Permet d’évaluer la réponse inflammatoire car les globules blancs sont colorés dans le processus.
• Permet de quantifier de façon relative les polynucléaires versus les cellules mononucléées. Ceci aide dans certains cas à distinguer les infections bactériennes des infections virales.

Question 16

Sur quel principe repose la coloration de Ziehl-Neelson?

Answer 16

• La paroi de certains micro-organismes est épaisse et cireuse et ne se colore pas facilement.
• Une fois les parois colorées par contre elles résistent à la décoloration par un solvant tel l’acide-alcool.
• Ces bactéries sont appelées par conséquent « bacilles acido-alcoolo résistants » ou B.A.A.R.

Question 17

Quelle est la technique afin de réaliser la coloration de Ziehl-Neelson?

Answer 17

• préparer une lame à partir du prélèvement comme la coloration de Gram
• « carbol fuchsin »
• laver
• acide-alcool
• laver
• bleu de méthylène
• laver, assécher
• lire au microscope

Question 18

Comment se faire l’interprétation de la coloration de Ziehl-Neelson? Quelles sont les couleurs possibles? Quelles sont leur signification?

Answer 18

Bactérie de couleur rose

• La paroi épaisse et cireuse a capté le premier colorant de la coloration de Ziehl-Neelsen (« carbol fuchsin ») et a résisté au décolorant.
• La contre-coloration au bleu de méthylène s’est avérée inefficace.
• La couleur finale est rose.
• Il s’agit d’un bacille acido-alcoolo résistant (BAAR) ex.: mycobactéries.

Bactérie de couleur bleue

• La paroi plus mince de la bactérie, moins imperméable que dans le cas précédent, a pris le « carbol fuchsin » (rose) mais n’a pas résisté au décolorant.
• La contre-coloration avec le bleu de méthylène a été possible. La couleur finale est bleue.
• Il ne s’agit pas d’un bacille acido-alcoolo résistant

Question 19

Quelles sont les utilités de la coloration Ziehl-Neelson?

Answer 19

• Permet l’identification présomptive des mycobactéries sans pouvoir les identifier à l’espèce.
• D’autres germes sont des B.A.A.R., ex.: Nocardia

Question 20

Quelles sont les caractéristique macroscopiques de culture?

Answer 20

1. forme de la colonie
2. couleur de la colonie
3. grosseur de la colonie
4. présence ou non d’hémolyse autour de la colonie

Question 21

Nommez des descriptions de microbes et l’identification préliminaire qu’il est possible d’en faire.

Answer 21

Question 22

Qu’est-ce que l’identification finale d’un microbe?

Answer 22

• performance de tests biochimiques à partir des colonies
• rapport partiel
• identification finale de la bactérie
• performance de l’antibiogramme
• émission du rapport final

Question 23

Quels sont les sites de prélèvement à partir d’un site normalement stérile?

Answer 23

• sang
• liquide céphalo-rachidien
• liquide synovial
• liquide pleural

(3 derniers: tous les liquides biologiques sont normalement stériles)

Question 24

Que faut-il faire lorsqu’un ou plusieurs germes sont identifiés à partir de liquide normalement stérile?

Answer 24

Quand un ou plusieurs germes sont identifiés à partir de ce type de prélèvement, il faut toujours lire les rapports attentivement.

Question 25

Quels sont les pathogènes classiques des sites normalement stériles? Que doit faire le médecin?

Answer 25

Lorsqu’un pathogène classiquement associé à une infection d’un liquide normalement stérile est mis en évidence, le médecin qui prend connaissance du rapport considère que l’infection suspectée ou non est confirmée.

Question 26

Qu'est-ce que la présence de germes autres dans du liquide normalement stérile?

Answer 26

Il s’agit ici de cas où des germes autres que les pathogènes habituels sont retrouvés dans un liquide normalement stérile.

Question 27

Que peut-il se passer si on fait une ponction pour prélever le LCS?

Answer 27

* Si la ponction est difficile (plusieurs piqûres avant d’obtenir le liquide), il est possible d’introduire des germes dans le liquide qu’on prélève. * On parle alors de contamination lors du prélèvement et le germe identifié n’est pas considéré comme pathogène.

Question 28

Comment prélève-t-on du LCS?

Answer 28

Pour prélever le liquide céphalorachidien, on pique à travers la peau vis-à-vis la colonne lombaire.

Question 29

Qu'est-ce qu'un site non stérile?

Answer 29

On entend par site non stérile un site où il est connu qu’une flore normale s’y retrouve

Question 30

Quels sont des exemples de sites non stériles?

Answer 30

* bouche * vagin * peau * rectum ou selles

Question 31

Comment fait-on pour bien interpréter les résultats de cultures obtenues à partir de sites non stériles?

Answer 31

* connaître la flore normale de ces sites * porter attention seulement aux bactéries qui ne font pas partie de cette flore ou qui sont reconnues pour causer des infections

Question 32

Nommez des exemples de site non stérile et de flore normale, de pathogène et de maladie associés.

Answer 32

Question 33

Quelles sont les méthodes pour le diagnostic rapide d'antigènes?

Answer 33

1. Détection rapide d'antigènes 2. Méthode moléculaire

Question 34

Qu'est-ce que la méthode de “détection rapide d'antigènes”?

Answer 34

* Diverses méthodes existent sur une base commerciale pour détecter rapidement la présence d’antigènes (souvent des protéines de surface) caractéristique de certains micro-organismes. Ex.: détection de pathogènes fongiques à partir du liquide céphalorachidien * Cryptococcus neoformans * D’autres tests rapides sont disponibles pour identifier en quelques minutes la présence d’influenza de type A à partir d’échantillon respiratoire.

Question 35

Qu'est-ce que la méthode moléculaire?

Answer 35

* diagnostic rapide * Ces méthodes consistent à amplifier une partie du génome du germe à identifier dans un premier temps (amplifier = générer de multiples copies d’une portion du génome). * Par la suite, il suffit d’appliquer une méthode de détection de la portion du génome maintenant amplifiée pour confirmer la présence d’un pathogène suspecté

Question 36

Quelle est l'utilité de la méthode moléculaire de diagnostic rapide?

Answer 36

Ces méthodes sont particulièrement utiles quand le germe à détecter se cultive difficilement ou qui se trouve en faible quantité dans un prélèvement donné, ce qui rend sa détection difficile

Question 37

Sur quel principe se base la sérologie?

Answer 37

* Le principe de la sérologie est de mettre en évidence des preuves indirectes de la présence d’un agent infectieux. * Au lieu de détecter le germe directement, il s’agit ici de détecter la présence d’anticorps spécifiques produits par le patient colonisé ou infecté par un germe. Ces anticorps produits par le système immunitaire sont présents dans le sérum de la personne atteinte d’où l’appellation générale « sérologie ».

Question 38

Quelle est l'utilité de la sérologie?

Answer 38

* La recherche d’anticorps est particulièrement utile pour faire le diagnostic des infections virales, les virus étant en général plus longs et difficiles à mettre en évidence par culture. * Voici certains des virus ou maladies où la sérologie est la méthode diagnostique la plus utilisée pour poser un diagnostic infectieux : * virus d’immunodéficience humain (VIH) * hépatite A, B, C * rougeole * rubéole * varicelle

Question 39

Quels sont les types d'anticorps recherchés avec la méthode de sérologie pour le diagnostic?

Answer 39

1. Anticorps / immunoglobuline de type M ou IgM 2. Anticorps / immunoglobuline de type G ou IgG

Question 40

Qu'est-ce que: Anticorps / immunoglobuline de type M ou IgM?

Answer 40

* Ces anticorps apparaissent en phase aiguë de la maladie et leur présence indique une infection actuelle ou très récente, ex.: hépatite A. * Quand un médecin demande une sérologie de l’hépatite A, c’est l’anticorps de type M ou IgM qui est recherché sur le sérum du patient. * Quand la phase aiguë de la maladie est passée, ce type d’anticorps disparaît et un deuxième type d’anticorps apparaît alors. Il s’agit des IgG.

Question 41

Qu'est-ce que: Anticorps / immunoglobuline de type G ou IgG?

Answer 41

* En phase de convalescence d’une infection, c’est ce type d’anticorps qui est produit et qui confère une immunité long terme contre l’agent infectieux en question.

Question 42

Qu'est-ce que le principe de séroconversion?

Answer 42

* Au début d’une infection, les IgG sont absents. * Quand un deuxième sérum est prélevé aux moins deux semaines plus tard, la présence d’IgG spécifiques à l’infection en cause est documentée. * Le passage des IgG de négatif à positif est appelé séroconversion.

Question 43

À quoi le principe de séroconversion s'applique-t-il? Expliquez.

Answer 43

* Le principe de la séroconversion s’applique à la vaccination : la recherche d’anticorps est effectuée sur un premier échantillon de sérum pris avant la vaccination et sur un deuxième échantillon prélevé quelques semaines post-vaccination.

Question 44

Quelles sont les utilités des examens directs disponibles au laboratoire en infectiologie?

Answer 44

Les examens directs disponibles au laboratoire permettent d’évaluer rapidement: * la réponse de l’hôte à l’infection * la qualité de l’échantillon soumis * peut identifier l’agent causal présumé de l’infection.