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SF3 > Cours 10.b - Diagnostic laboratoire des infections > Flashcards

Cours 10.b - Diagnostic laboratoire des infections Flashcards

1
Q

Quelles sont les étapes en ordre chronologique du cheminement diagnostique en infectiologie?

A
  1. Phase pré-analytique
  2. Phase analytique
  3. Phase post-analytique
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Q

Qu’est-ce que la phase pré-analytique en infectiologie?

A
  • Patient consulte avec des symptômes/signes d’une maladie infectieuse
  • Diagnostic clinique tentatif
  • Prescription de prélèvements de culture
  • Prélèvements identifiés au nom du patient puis acheminés au laboratoire avec la demande d’analyses
  • Réception des prélèvements au laboratoire
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Q

Qu’est-ce que la phase analytique en infectiologie?

A
  • Examen direct sur le prélèvement
  • Rapport partiel émis au médecin : interprétation
  • Mise en culture du prélèvement
  • Incubation des milieux ensemencés
  • Lecture des milieux (le lendemain)
  • Identification bactérienne
  • Rapport partiel: interprétation
  • Finalisation de l’identification
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4
Q

Qu’est-ce que la phase post-analytique en infectiologie?

A
  • Émission du rapport final
  • Interprétation finale du médecin
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5
Q

Quelles sont les raisons d’effectuer un examen direct?

A
  • Quantifier les globules blancs présents dans le prélèvement: ceci nous informe sur la réponse inflammatoire et la « purulence » de l’échantillon.
  • Dans certains cas, exprimer en valeur relative la quantité de polynucléaires présents dans le prélèvement.
    • savoir si viral ou bactérien
  • Observation de micro-organismes poser un diagnostic présomptif.:
    • bactéries
    • éléments mycéliens (champignons)
    • levure
    • structures parasitaires
    • inclusions virales
  • Évaluation de la qualité du prélèvement pour décider si le résultat final sera fiable
    • selon quantité de cellules épithéliales (moins possible) vs polynucléaires (plus possible)
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6
Q

Nommez les examens directs réalisables.

A
  1. Sérum physiologique
  2. Hydroxyde de potassium
  3. Iode
  4. Fond noir
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7
Q

Expliquez ce qu’est cet examen direct: sérum physiologique.

A
  • permet d’observer la mobilité de certains micro-organismes
  • permet d’évaluer rapidement les micro-organismes avec des formes particulières, ex.: levures
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8
Q

Expliquez ce qu’est cet examen direct: Hydroxyde de potassium (KOH).

A
  • KOH 10 % digère la kératine
  • utile pour diagnostiquer des éléments mycéliens (champignons) à partir de prélèvement
    • d’ongles
    • de peau
    • de cheveux
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9
Q

Expliquez ce qu’est cet examen direct: Iode

A
  • colore les noyaux et organelles cytoplasmiques
  • utile pour colorer rapidement les selles d’un patient et diagnostiquer la présence de protozoaires (ex.: amibes)
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10
Q

Expliquez ce qu’est cet examen direct: fond noir.

A
  • utile pour mettre en évidence des micro-organismes mal visualisés en microscopie optique standard et qui se colore difficilement (ex. : spirochète)
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11
Q

Quels sont les examens directs avec coloration?

A
  1. Coloration de Gram
  2. Coloration de Ziehl-Neelson
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12
Q

Sur quel principe se base la coloration de Gram?

A
  • La teneur en lipide de la paroi cellulaire des bactéries est variable. Les parois pauvres en lipides retiennent plus le colorant cristal violet (Gram positif).
  • Quand la paroi est riche en lipides, le cristal violet ne s’imprègne pas de façon permanente. Le décolorant le déloge (Gram négatif).
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13
Q

Quelle est la technique pour la coloration de Gram?

A
  • étaler sur une lame une couche mince du prélèvement à colorer
  • fixer à la chaleur
  • cristal violet (1 minute)
  • laver
  • iode (1 minute) pour bien fixer le cristal violet
  • décolorer quelques secondes à l’acétone alcool
  • laver
  • safranine (1 minute)
  • laver, assécher
  • lire au microscope
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14
Q

Comment faire l’interprétation de la coloration de Gram? Quelles sont les couleurs possibles? Que signifient-elles?

A

Bactérie de couleur bleue

  • Le cristal violet n’a pas été décoloré par l’acétone alcool: la contre-coloration à la safranine (rose) a été inefficace.
  • La couleur finale de la bactérie est bleue ce qui implique une paroi pauvre en lipide : bactérie Gram positif (ex. : Staphylococcus).

Bactérie de couleur rose

  • La paroi est riche en lipides.
  • Le cristal violet est facilement libéré de la paroi par le décolorant.
  • La contre-coloration avec la safranine est possible car la paroi est libre de colorant : bactérie Gram négative (ex. : Escherichia coli).
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15
Q

Quelles sont les utilités de coloration de Gram?

A
  • Permet de reconnaître rapidement le ou les bactéries possiblement pathogènes présentes dans le prélèvement et d’en informer rapidement le clinicien.
  • Permet d’évaluer la présence ou l’absence de flore normale quand le prélèvement provient d’un site non stérile.
  • Permet d’évaluer la réponse inflammatoire car les globules blancs sont colorés dans le processus.
  • Permet de quantifier de façon relative les polynucléaires versus les cellules mononucléées. Ceci aide dans certains cas à distinguer les infections bactériennes des infections virales.
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16
Q

Sur quel principe repose la coloration de Ziehl-Neelson?

A
  • La paroi de certains micro-organismes est épaisse et cireuse et ne se colore pas facilement.
  • Une fois les parois colorées par contre elles résistent à la décoloration par un solvant tel l’acide-alcool.
  • Ces bactéries sont appelées par conséquent « bacilles acido-alcoolo résistants » ou B.A.A.R.
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17
Q

Quelle est la technique afin de réaliser la coloration de Ziehl-Neelson?

A
  • préparer une lame à partir du prélèvement comme la coloration de Gram
  • « carbol fuchsin »
  • laver
  • acide-alcool
  • laver
  • bleu de méthylène
  • laver, assécher
  • lire au microscope
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18
Q

Comment se faire l’interprétation de la coloration de Ziehl-Neelson? Quelles sont les couleurs possibles? Quelles sont leur signification?

A

Bactérie de couleur rose

  • La paroi épaisse et cireuse a capté le premier colorant de la coloration de Ziehl-Neelsen (« carbol fuchsin ») et a résisté au décolorant.
  • La contre-coloration au bleu de méthylène s’est avérée inefficace.
  • La couleur finale est rose.
  • Il s’agit d’un bacille acido-alcoolo résistant (BAAR) ex.: mycobactéries.

Bactérie de couleur bleue

  • La paroi plus mince de la bactérie, moins imperméable que dans le cas précédent, a pris le « carbol fuchsin » (rose) mais n’a pas résisté au décolorant.
  • La contre-coloration avec le bleu de méthylène a été possible. La couleur finale est bleue.
  • Il ne s’agit pas d’un bacille acido-alcoolo résistant
19
Q

Quelles sont les utilités de la coloration Ziehl-Neelson?

A
  • Permet l’identification présomptive des mycobactéries sans pouvoir les identifier à l’espèce.
  • D’autres germes sont des B.A.A.R., ex.: Nocardia
20
Q

Quelles sont les caractéristique macroscopiques de culture?

A
  1. forme de la colonie
  2. couleur de la colonie
  3. grosseur de la colonie
  4. présence ou non d’hémolyse autour de la colonie
21
Q

Nommez des descriptions de microbes et l’identification préliminaire qu’il est possible d’en faire.

A
22
Q

Qu’est-ce que l’identification finale d’un microbe?

A
  • performance de tests biochimiques à partir des colonies
  • rapport partiel
  • identification finale de la bactérie
  • performance de l’antibiogramme
  • émission du rapport final
23
Q

Quels sont les sites de prélèvement à partir d’un site normalement stérile?

A
  • sang
  • liquide céphalo-rachidien
  • liquide synovial
  • liquide pleural

(3 derniers: tous les liquides biologiques sont normalement stériles)

24
Q

Que faut-il faire lorsqu’un ou plusieurs germes sont identifiés à partir de liquide normalement stérile?

A

Quand un ou plusieurs germes sont identifiés à partir de ce type de prélèvement, il faut toujours lire les rapports attentivement.

25
Q

Quels sont les pathogènes classiques des sites normalement stériles? Que doit faire le médecin?

A

Lorsqu’un pathogène classiquement associé à une infection d’un liquide normalement stérile est mis en évidence, le médecin qui prend connaissance du rapport considère que l’infection suspectée ou non est confirmée.

26
Q

Qu’est-ce que la présence de germes autres dans du liquide normalement stérile?

A

Il s’agit ici de cas où des germes autres que les pathogènes habituels sont retrouvés dans un liquide normalement stérile.

27
Q

Que peut-il se passer si on fait une ponction pour prélever le LCS?

A
  • Si la ponction est difficile (plusieurs piqûres avant d’obtenir le liquide), il est possible d’introduire des germes dans le liquide qu’on prélève.
  • On parle alors de contamination lors du prélèvement et le germe identifié n’est pas considéré comme pathogène.
28
Q

Comment prélève-t-on du LCS?

A

Pour prélever le liquide céphalorachidien, on pique à travers la peau vis-à-vis la colonne lombaire.

29
Q

Qu’est-ce qu’un site non stérile?

A

On entend par site non stérile un site où il est connu qu’une flore normale s’y retrouve

30
Q

Quels sont des exemples de sites non stériles?

A
  • bouche
  • vagin
  • peau
  • rectum ou selles
31
Q

Comment fait-on pour bien interpréter les résultats de cultures obtenues à partir de sites non stériles?

A
  • connaître la flore normale de ces sites
  • porter attention seulement aux bactéries qui ne font pas partie de cette flore ou qui sont reconnues pour causer des infections
32
Q

Nommez des exemples de site non stérile et de flore normale, de pathogène et de maladie associés.

A
33
Q

Quelles sont les méthodes pour le diagnostic rapide d’antigènes?

A
  1. Détection rapide d’antigènes
  2. Méthode moléculaire
34
Q

Qu’est-ce que la méthode de “détection rapide d’antigènes”?

A
  • Diverses méthodes existent sur une base commerciale pour détecter rapidement la présence d’antigènes (souvent des protéines de surface) caractéristique de certains micro-organismes. Ex.: détection de pathogènes fongiques à partir du liquide céphalorachidien
  • Cryptococcus neoformans
  • D’autres tests rapides sont disponibles pour identifier en quelques minutes la présence d’influenza de type A à partir d’échantillon respiratoire.
35
Q

Qu’est-ce que la méthode moléculaire?

A
  • diagnostic rapide
  • Ces méthodes consistent à amplifier une partie du génome du germe à identifier dans un premier temps (amplifier = générer de multiples copies d’une portion du génome).
  • Par la suite, il suffit d’appliquer une méthode de détection de la portion du génome maintenant amplifiée pour confirmer la présence d’un pathogène suspecté
36
Q

Quelle est l’utilité de la méthode moléculaire de diagnostic rapide?

A

Ces méthodes sont particulièrement utiles quand le germe à détecter se cultive difficilement ou qui se trouve en faible quantité dans un prélèvement donné, ce qui rend sa détection difficile

37
Q

Sur quel principe se base la sérologie?

A
  • Le principe de la sérologie est de mettre en évidence des preuves indirectes de la présence d’un agent infectieux.
  • Au lieu de détecter le germe directement, il s’agit ici de détecter la présence d’anticorps spécifiques produits par le patient colonisé ou infecté par un germe. Ces anticorps produits par le système immunitaire sont présents dans le sérum de la personne atteinte d’où l’appellation générale « sérologie ».
38
Q

Quelle est l’utilité de la sérologie?

A
  • La recherche d’anticorps est particulièrement utile pour faire le diagnostic des infections virales, les virus étant en général plus longs et difficiles à mettre en évidence par culture.
  • Voici certains des virus ou maladies où la sérologie est la méthode diagnostique la plus utilisée pour poser un diagnostic infectieux :
    • virus d’immunodéficience humain (VIH)
    • hépatite A, B, C
    • rougeole
    • rubéole
    • varicelle
39
Q

Quels sont les types d’anticorps recherchés avec la méthode de sérologie pour le diagnostic?

A
  1. Anticorps / immunoglobuline de type M ou IgM
  2. Anticorps / immunoglobuline de type G ou IgG
40
Q

Qu’est-ce que: Anticorps / immunoglobuline de type M ou IgM?

A
  • Ces anticorps apparaissent en phase aiguë de la maladie et leur présence indique une infection actuelle ou très récente, ex.: hépatite A.
  • Quand un médecin demande une sérologie de l’hépatite A, c’est l’anticorps de type M ou IgM qui est recherché sur le sérum du patient.
  • Quand la phase aiguë de la maladie est passée, ce type d’anticorps disparaît et un deuxième type d’anticorps apparaît alors. Il s’agit des IgG.
41
Q

Qu’est-ce que: Anticorps / immunoglobuline de type G ou IgG?

A
  • En phase de convalescence d’une infection, c’est ce type d’anticorps qui est produit et qui confère une immunité long terme contre l’agent infectieux en question.
42
Q

Qu’est-ce que le principe de séroconversion?

A
  • Au début d’une infection, les IgG sont absents.
  • Quand un deuxième sérum est prélevé aux moins deux semaines plus tard, la présence d’IgG spécifiques à l’infection en cause est documentée.
  • Le passage des IgG de négatif à positif est appelé séroconversion.
43
Q

À quoi le principe de séroconversion s’applique-t-il? Expliquez.

A
  • Le principe de la séroconversion s’applique à la vaccination : la recherche d’anticorps est effectuée sur un premier échantillon de sérum pris avant la vaccination et sur un deuxième échantillon prélevé quelques semaines post-vaccination.
44
Q

Quelles sont les utilités des examens directs disponibles au laboratoire en infectiologie?

A

Les examens directs disponibles au laboratoire permettent d’évaluer rapidement:

  • la réponse de l’hôte à l’infection
  • la qualité de l’échantillon soumis
  • peut identifier l’agent causal présumé de l’infection.

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