C6 -Sinteza ARN-ului viral utilizand o matrita ARN Flashcards
Identificarea ARN polimerazelor
S-au folosit extracte celulare pentru a identifica enzimele implicate în transcripție și pentru a înțelege mecanismele implicate.
Tehnologiile de secvențiere a ADN-ului au avansat semnificativ în decursul anilor, ceea ce a facilitat identificarea secvențelor de ADN care codifică ARN polimerazele.
Prin secventializare s-a stabilit faptul ca secvența unor aminoacizi este de fapt o „semnătură „ specifica ARN polimerazelor (GDD sau Gly Asp, Asp)
Prin cristalizarea acestor polimeraze s-a reușit identificarea structurilor 3D ale ARN polimerazelor
Genoamele ARN (-)
au polimeraza inclusa in particula : RdRp
ARN si proteine = nucleocapsida
Genoamele ARN (+)
nu au RdRp in particule , sunt virusuri nude (excepții:
retrovirusurile, coronavirusurile)
Genoamele ARNds
nude dar conțin RdRp in particule
De obicei, buclele „stem” sunt ……
locuri de atașare pentru proteine
Dar, ARN-ul poate interacționa și cu alte secvențe de ARN
Regulile fundamentale pentru sinteza ARN-ului
- Genomul ARN trebuie copiat de capăt la capăt, fără pierderi de secvență de nucleotide
- ARNm virali produși trebuie sa poate fi traduși în mod eficient de către sistemul celular a proteinelor celulare
Regulile universale pentru sinteza ARN-ului, dependenta de ARN (RdRp)
- Sinteza ARN începe și se termină la nivelul anumitor locuri specifice de pe matriță
- RdRp poate iniția sinteza „de novo” (nu au nevoie de „primer” sau amorsa) (cum ar fi DdRp celular) sau poate necesita o amorsa
- Pentru sinteza ARN-ului pot fi necesare si alte proteine virale și celulare
- ARN-ul este sintetizat prin încorporarea treptată a NTP-urilor (nucleotidelor), alungită în direcția 5’-3 ’
- Există si o sinteză a ARN-ului fără a avea nevoie de o matriță
Initiere “de novo” a ARN viral
- fara amorsa
a) Inițiere 3’ : Polimeraza preia prima baza din poziția N1, selectează corect primul trifosfat complementar la matrita si începe sa copie (polimerizarea) fără a avea nevoie de o amorsa
b) Inițiere interna: Polimeraza începe sa copie nu chiar de la început, dar ea „alunecă” înapoi (genomul ARN trebuie copiat fără pierderi de secvență de nucleotide)
Inițiere dependentă de „primer” sau de o amorsa
a) Unele virusuri necesită o proteină terminală ca un „primer”
b) Unele virusuri necesită o amorsa de tip CAP (o
secvență de ARN); toate ARNm din celule au o
structura de tip „CAP”
ptoteina VPg
amorsa pt sinteza ARN viral
structurile secundare ARN implicate in replicare
-ac de par
-pseudonod
-frunza de trifoi
Ce asigura structurile secundare?
Aceste structuri secundare asigura faptul ca polimeraza va copia doar ARN-ul viral si nu ARN-ul celular !
sinteza ARN are loc la nivelul ……. unde o serie de interactiuni de tip …… au loc
membranei
proteina-proteina
Alphaviruses, Togaviridae (ARNss + )
realiz replicarea cu ARN subgenomic
Flavi- si Picornaviruses (ARN ss +)
realizeaza replicarea fara ARN genomic
