LM - microbiote Flashcards
Qu’est-ce que le microbiote intestinal?
ensemble des micro-organismes résidant dans le tube digestif.
Qu’est-ce que le microbiome?
ensemble du matériel génétique contenu dans les micro-organismes (et dans leur environnement, metabolites), susceptible d’avoir un impact sur l’hôte = 10 millions de gènes par hôte.
Étudier le microbiome à grande échelle nécessite des études _______________
métagénomiques
Étudier les produits du microbiote à grande échelle: ____________________.
études métabolomiques
Prébiotique?
Substrats nutritionnels favorisant la croissance de microbes bénéfiques pour la santé de l’hôte.
Probiotique?
Micro-organismes vivants qui confèrent des bénéfices pour la santé lorsqu’ils sont administrés en quantité adéquate à l’hôte.
Est-ce que la composition du microbiote varie selon les sites?
Oui
Vrai ou faux?
Microbiote intestinal: représente tout le règne du vivant
Vrai!
Microbiote du vagin?
Lactobacille
Microbiote de la peau
Actinobacteria
Bacteroidetes
Cyanobacteria
Firmicutes
Proteobacteria
Microbiote respiratoire?
Actinobacteria
Firmicutes
Proteobacteria
Bacteroidetes
Microbiote oral?
Firmicutes
Proteobacteria
Bacteroidetes
Actinobacteria
Fusobacteria
Microbiote intestinal?
Actinobacteria
Bacteroidetes
Firmicutes
Lactobacille
Streptococci
Enterobactéria
Quels fungi font partis du microbiote intestinal?
- Candida
- Saccharomyces
- Malassezia
- Cladosporidium
À quoi sert le microbiote?
- Fermentation des aliments
- Protection contre les pathogènes
- Stimule la réponse immunitaire
Décrit la fermentation des aliments.
- Extraction des nutriments et production énergétiques des aliments via des activité enzymatiques et biochimiques
- Biosynthèse des molécules bioactives tels que les vitamines, acides aminés, lipides dépendent du microbiote intestinal
Décrit la protection contre les pathogènes.
- Production de substances anti-microbienne
- Développement de la muqueuse intestinale et du système
immunitaire
De quoi est composé le microbiote intestinale?
organismes aérobies (proximalement) et anaérobes (distalement)
Décrit, en général, le microbiote.
- En bonne conditions, le microbiote est résilient, stable et a des interactions symbiotiques avec l’hôte
- Un microbiote en santé est riche , diversifié et stable
- Le microbiote intestinal varie selon l’âge et les facteurs environnementaux
Vers quelle âge le microbiote est comparable à celui d’un adulte et de quoi est-il composé?
3 ans
Firmicutes, Bacteroidetes et Actinobactérie en dominance
Décrit le microbiote des personnes âgées.
- Les personnes plus agées démontrent une diminution des Bifidobactérium et une augmentation des Clostridium et Proteobactériées.
- Cette diminution des Bifidobactérium vient réduire le système immunitaire.
Décrit le microbiote par accouchement vaginal.
- Contact immediate avec les potentielles bactéries probiotiques : Lactobacilli, Bacteroidetes
- Potentiel rôle de modulation thérapeutique du microbiote
Décrit le microbiote de la césarienne.
- Contact immédiat avec les bacteries similaires au microbiote cutané/oral
- Moins de diversité et potentielle ↑ du risque de maladies infectieuses/atopiques/immunes
Est-ce que les jumeaux homozygotes partagent le même microbiote?
Non
moins de 50% du génome bactérien
Nomme des facteurs qui influencent la composition du microbiote.
- Génétique de l’hôte
- Géographie
- Diète (végétaux surtout)
- Sommeil
- Activité physique
- États pathologiques autres, antécédents
- Histoire personnelle et sociale: stress important, voyage/migration, interactions sociales
- Médicaments
Décrit le microbiote de la première année de vie.
- Bactéries aérobies prédominantes chez le nourrisson
- Dans la première année de vie, le microbiote intestinal ressemble à celui de la mère
- Première année: variable et susceptible au stress physique et émotif
- À 11 mois, spécifique à l’enfant, distinct et STABLE
Nomme 3 caractéristiques du microbiote normal.
Riche
Diversifié
Équilibré et stable
De quoi dépendent les 3 entérotypes?
Localisation géographique et de la diète
Quelle relation avons-nous avec notre microbiote?
Symbiose
Comment le microbiote influence-t-il l’activité de l’hôte?
- Régulant l’expression de gènes humains
- Produisant des composés actifs (neurotransmetteurs, métabolites, hormones, composés pro- ou anti inflammatoires)
- Éliminant des substances de l’hôte
- Autres effets non élucidés
Quelle est la première ligne de contact avec le microbiote intestinal?
Cellules épithéliales/dendritiques
Les cellules de l’hôte utilisent des _______________________ pour reconnaître les motifs moléculaires associés aux microorganismes à la surface des microbes commensaux et pathogènes.
récepteurs de reconnaissance
Qu’est-ce qui explique qu’on ne tue pas notre microbiote?
Les microbes intestinaux génèrent une tolérance immunitaire pour survivre dans l’intestin (génèrent des molécules immunomodulatrices régulant à la baisse les réponses inflammatoires du grêle)
Effet de l’absence du microbiote sur l’hôte?
Métabolisme altéré: perte de poids
Susceptibilité diminuée à l’anxiété et dépression
Diminution de l’immunité
Motilité GI altéré
États pathologiques dans lesquels le microbiote est impliqué?
Maladies inflammatoires de l’intestin
Côlon irritable
Maladie coeliaque
Sensibilité au gluten
Dysmotilité GI
Cancer colorectal
Pancréatite chronique Obésité et NASH
Dépression et anxiété
Asthme et atopie
Maladies auto-immunes?
Autisme?
But des thérapies centrées sur le microbiote?
modifier la composition
Façons de modifier la composition du microbiote?
- Diète
- Antibiotiques
- Prébiotiques (fibres non digestibles)
- Probiotiques
- Transplantation de microbiote
- Antibiotiques néfastes (sauf rifaximine)
- Diète = élément central pour modifier le microbiote
Décrit le rôle de la diète dans le microbiote.
- Mauvaises habitudes alimentaires peuvent avoir des conséquences importantes et irréversibles
- Microbiote
de différentes populations chasseurs/rurales/occidentales - Diversité microbienne diminuée chez populations occidentales (USA)
- Perte de diversité attribuée à faible quantité de fibres
Que sont les probiotiques?
Micro-organismes vivants qui confèrent un bénéfice à l’hôte, lorsque donnés en quantité appropriée.
Mécanisme d’action des probiotiques?
- Effet immunomodulatoire: production de cytokines anti inflammatoires (TGF-beta et IL-10) et inhibition de cytokines pro-inflammatoires (TNF) et lymphocytes
- Modulation de la barrière épithéliale (perméabilité)
- Suppression de la croissance ou invasion par pathogènes
- Modulation de la perception de douleur (expression des récepteurs opioïdes et cannabinoïdes)
Contre-indications relatives des probiotiques?
- Intolérance au lactose: lactobaille
- Allergie aux levures: S Boulardii
- Contamination par gluten pour les atteints de la maladie coeliaque
- IS, pt critiques, période néo-natale
Décrit la transplantation de selles.
- Transplanter quelques bactéries versus un microbiote complet…
- Meilleur potentiel thérapeutique
- Techniquement plus difficile et moins accepté en médecine
- Grand engouement chez le public!
- Manque de standardisation
Nomme les différentes techniques d’administration de transplantation de selles.
Lavement
Tube nasojéjunal (nasoduodénal)
Gastrostomie / colonoscopie
Stomie…
Nomme la seule situation dans laquelle la transplantation de selles est prouvée efficace.
C difficile
Est-ce que la transplantation de selles est sécuritaire?
- Oui à court terme (études C. difficile), inconnu à long terme
- Microbiote entier contient millions de gènes: sont-ils tous bénéfiques??
- Contrôle de qualité: absence de pathogènes dans préparation
- Case reports d’effets nocifs à plus long terme (obésité…)
Est ce que le microbiote des nouveaux-nés accouchés par césarienne est restauré par un traver du microbiote vaginal materl peri partum?
L’inoculation des nouveaux-nés avec le contenu vaginal des mères a induit une restoration des bactéries digestives proche des niveaux des bébés accouchés par voie vaginale
Décrit le C diff.
- Infection nosocomiale colique très prévalente
- Morbidité importante (prolongement de séjour hospitalier, nécessité de colectomie dans cas sévères, décès…)
- Causée par la prise d’antibiotiques: destruction du microbiote normal = dysbiose extrême → Permet la prolifération du pathogène C difficile
- Cause colite pseudomembraneuse
Tx du C diff?
Tx conventionnel: antibiotiques (vancomycine, fidaxomicyine)
Récidive du C diff?
20-30%
Décrit le mécanisme de la FMT en C diff.
- Stimulation de la décolonisation des microbes pathogènes et majoration de la résistance de l’hôte aux pathogènes par compétition écologique directe
- Repopulation du microbiote intestinal par la FMT aide la restauration de la fonction immune et une réduction du dommage de l’hôte induit par une colonisation microbienne anormale du tractus digestif
- Facilite la restauration des métabolites essentiels utilisé pour le métabolisme de l’hôte incluant les SCFA, peptides anti microbien, bactériocine et les sels biliaire
Indication pour un C diff récurrent chez un adulte immunocompétent?
Transplantation fécale post antibio
Indication pour un C diff récurrent chez un adulte modérément IS?
Transplantation fécale post-antibio
Indication pour un C diff récurrent chez un adulte sévèrement IS?
PAS UTILISER LA TRANSPLANTATION FÉCALE
Qu’est-ce que l’obésité du point de vie microbiote?
- Obésité = maladie métabolique et inflammatoire
- Composés bactériens (LPS, AGCC) entraînent résistance à l’insuline et inflammation
Est-ce que la transplantation de selles fonctionne en obésité?
- Amélioration légère de résistance à l’insuline
- Légère perte de poids (non significative)
- Effet possiblement plus important si traitements répétés?
Effet du probiotique VSL#3 sur l’obésité?
- Pas d’effet significatif de VSL#3 sur sensibilité à l’insuline ni marqueurs inflammatoires.
- Essais cliniques centrés sur patients obèses nécessaires.
Est-ce que le microbiote contribue aux maladies inflammatoires de l’intestin (MII)?
Oui
Microbiote des pt en MII?
Diminutiuon de richesse et diversité
Nomme les indices qui indiquent que le microbiote est impliqué en MII.
- Animaux Germ Free ne développent pas de MII
- Antibiotiques utilisés dans traitement de Crohn
- Diminution de diversité microbienne rapportée
- Antigènes et marqueurs sérologiques bactériens retrouvés dans Crohn (OmpC, ASCA…)
Est-ce qu’on a identifié un microbiote associé à la MII?
Pas encore :(
Effet de la transplantation fécale en colite ulcéreuse?
- Plus grande proportion de rémission avec FMT
- Avenue prometteuse: approbation Santé Canada pour CU?
V ou F?
Chez les adultes atteints de colite ulcéreuse, l’AGA suggère de ne pas utiliser la transplantation fécale conventionnelle, sauf dans le cadre d’essais cliniques.
Vrai
Décrit le microbiote dans la maladie de Crohn.
- ↓ diversité microbienne
- ↓ nombre de bactéries (richesse)
- Firmicutes: ↓ Facecalibacterium prausnitzii, ↓ clostridiales, ↑ Lactobacillus
- ↑ Bacteroidetes
- ↓ Actinobactéries (Bifidobacteriaceae)
- ↑ Protéobactéries (Enterobacteriaceae, surtout E. coli)
- ↑ Candida tropicalis
Est-ce que les probiotiques peuvent soigner le Crohn?
Probiotiques peuvent être tentés en adjuvant mais données probantes peu concluantes.
________________________ semble avoir un rôle (modeste) dans le maintien de la rémission de Crohn.
Saccharomyces boulardii
Est-ce qu’il y a des bactéries spécifiques au SII?
Non
Rôle dysbiosecontroversé
Effet des probiotiques sur le SII?
Probiotique Bifidobacterium infantis
35624: amélioration des symptômes et stimulation des cytokines anti-inflammatoires
Effet de la transplantation de selles sur le SII?
Études pilotes de transplantation de selles en SII: résultats mitigés
Probiotiques des sx globaux du SII?
Souches d’Escherichia > Lactobacillus/lactobacillus plantarum > probiotiques combinés (LacClean Gold S, Duolac 7s) et les souches de Bacillus
Probiotiques de la dlr abdo du SII?
Saccharomyces cerevisiae, Bifidobacterium > probiotiques combinés: Lactobacillus, Saccharomyces et Bacillus
Probiotiques des ballonnements et distension abdominale du SII?
probiotiques combinés ou souches Bacillus
Probiotique de choix pour le SII?
Certains probiotiques: souches d’Escherichia
Effet d’un bon microbiote sur le SNC?
Moins d’anxiété (insouciance) et moins de comportement dépressif
Quelle bactérie du microbiote serait responsable de la dépressio?
Bifidobacterium longum
Décrit l’axe Gut-liver.
- Axe bi-directionnel entre l’intestin et le foie
- Microbiote intestinal contribue aux maladies hépatiques en délivrant des pathogènes / métabolites dans le foie via le reseau veineux portal
Microbiote de MASH?
faible taux de Bacteroidetes comparé aux personnes saines
Effet de la cirrhose sur le microbiote?
réduction des Bacteroides et majoration des Proteobactérie et Fusobactérie
V ou F?
Le microbiote a un potentiel pour aider au diagnostic et au traitement de certaines maladies
Vrai!
À quoi devons-nous faire attention avec la transplantation de selles?
Effets indésirables à long terme
Ex de prébiotique?
Fibres
Nomme 4 fonctions du microbiote.
- fermentation
- Immunité
- Dégradation des acides aminés
- Métabolisme de la bile
Nomme les 6 phylum.
- Firmicules
- Bateroidetes
- Proteobacteria
- Verrucomicrobacteria
- Actinobacteria
- Autre
Est-ce que le microbiote d’un bébé est stérile?
Non
Probiotique pour une pouchite?
VSL3
