Diagnostic biologique Flashcards
Clostridium difficile
- prélèvement
- examen direct
- culture
- diagnostic biologique
PRELEVEMENT
selles liquides
EXAMEN DIRECTS • Examen microscopique - après coloration de Gram, mise en évidence du déséquilibre de flore: - bacilles à Gram positif - fin et droit, - présence de formes sporulées - capsulées - mobile - présence possible de leucocytes marqueurs de l'inflammation
• Mise en évidence de C. difficile dans les selles :
-diagnostic rapide par recherche de la glutamate déshydrogénées (GDH) dans les selles par technique d’agglutination ou méthode immuno-enzymatique
↪ bonne sensibilité mais peu spécifique
☞ technique de dépistage car ne préjuge pas du caractère toxinogène de la souche
- Recherche clone O27 : PCR en temps réel.
• Détection directe des toxines A et/ou B
⚠ mise en évidence de l’effet cytopathogène de la toxine B sur culture cellulaire avec confirmation par séroneutralisation (méthode de référence) : très sensible mais non réalisable en routine (non standardisée et longue)
-ELISA détectant la toxine A ou la toxine A + toxine B
-test immunochromatographique
-PCR avec recherche des gènes tcdA et tcdB codant pour les toxines A et B directement sur les selles
CULTURE
- culture en anaérobiose stricte à 37°C sur milieu sélectif CCFA (gélose coeur-cervelle + 5% de sang de cheval + cycloserine + céfoxitine) ± taurocholate de sodium (favorise la formation de spores)
↪ lecture en 48h: colonies grisâtres à bord irréguliers (étoilées), non hémolytique, en aspect de verre fritté, odeur de crottin de cheval (par libération de crésol) et fluorescentes vertes-jaunes sous UV à 360 nm.
↪ Caractères biochimiques : oxydase - catalase - indole - lécithine - nitrate réductase - uréase -
• Coloscopie
DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
• CTA (test de cytotoxicité des selles) + EIA tox A et B
☞ présence de toxine libre dans les selles : infection à Clostridium difficile
• GDH + Culture
☞ présence de C. difficile : souche toxinogène ou non ?
• CTA + PCR
☞ présence d’une souche toxinogène de C. difficile : infection ou portage asymptomatique ?
• la recherche des toxines B ou A et B par technique immuno-enzymatique.
- technique la plus souvent mise en oeuvre, qui permet de rendre des résultats en une heure dans les cas les plus urgents.
- pas très sensibles et “manquent” près du tiers des infections
• Le test glutamate dehydrogenase (GDH) permet de détecter un antigène produit en grande quantité par C. difficile, que la souche produise ou ne produise pas de toxines.
- peut être utilisé comme test de première intention pour éliminer une infection.
- En cas de positivité, il faut utiliser un test de confirmation capable de détecter les toxines.
- pas très utilisé en France
• Les effets de la toxine sur une culture cellulaire peuvent être mis à profit afin de détecter la présence de la toxine.
- sensible
- mais nécessite 24 à 48 heures pour obtenir un résultat.
• Un test PCR (polymerase chain reaction) peut aussi être utilisé pour détecter la présence de la toxine B de C. difficile dans un échantillon de selles.
- sensible
- n’est pas disponible dans tous les laboratoires.
• La mise en culture des selles afin d’obtenir la bactérie en culture puis de rechercher la production de toxines par la bactérie
- technique de référence
- nécessite 2 à 3 jours pour obtenir un résultat.
Campylobacter jejuni
- prélèvement
- examen direct
- culture
- diagnostic biologique
PRELEVEMENT
- selon le contexte : selles (coproculture⚠), hémoculture liquide articulaire
- aliments incriminés si suspicion de TIAC
EXAMEN DIRECT
-bacille mince à Gram négatif, incurvé spiralé, capsulés
-bactérie mobile en vol de mouette (1 ou 2 flagelles)
• Coproculture
• Colonies lisses, luisantes souvent étalées, grisâtres
CULTURE
⚠ bactérie exigeante, micro-aérophilie, capnophile et thermotolérante
• Ensemencement d’un milieu de culture sélectif et enrichi qui absorbe les radicaux libres oxygénés toxiques.
→ Gélose sélective à base de sang (milieu de Skirrow)
→ Gélose sélective au charbon (Milieu de Karmali)
+ incubation
• dans une atmosphère micro-aérophile (5% O2, 10% CO2, 85% N2)
• 3 jours à 35°C (bien que T optimale = 42°C)
Température de culture : 42°C pour C. jejuni, 37°C pour C. fetus
=> lecture à 48h minimum : petites colonies en tête d’épingle sur gélose au charbon ou rosées sur gélose au sang
↪ caractères biochimiques : oxydase + catalase + uréase - hippurate + spécifiquement C. jejuni⚠ acide nalidixique S céfalotine R
Sensibilité à la Céfalotine et à l’Acide nalidixique :
C. jejuni : CF : R, AN : S / C. fetus : CF : S AN : R
d
DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
• Identification par spectrométrie de masse ou techniques phénotypiques ou biologie moléculaire
• La PCR dans les selles n’est pas encore utilisée en routine
• Test ELISA ou immuno-enzymatique dans les selles
• Hémoculture
• Sérologie : uniquement dans les centres spécialisés (intérêt si pathologie post-infectieuse - 3 semaines - de type arthrite ou syndrome de Guillain-Barré)
Escherichia coli
- prélèvement
- examen direct
- culture
- diagnostic biologique
PRELEVEMENT
En fonction de la clinique : urines/ECBU, selles, sang (hémocultures, LCR, suppuration, épanchements
EXAMEN DIRECT
- mise en évidence après coloration de Gram du déséquilibre de flore
- bacilles à Gram - droit
- non capsulée et non sporulé
- mobile (pétriche : dans tous les sens car les pilis sont tout autour de la bactérie) ou immobile
CULTURE
• Culture
- Aéro-anaérobies facultatifs
- Culture facile sur milieux ordinaires, lactosés.
- Sur milieux solides après 18-24h les colonies sont arrondies, lisses, à bords réguliers, de 2 à 3 mm de diamètre.
Pousse sur milieux sélectifs pour entérobactéries type Mac Conkey, Drigalski.
- milieu ordinaire en atmosphère normale, 24h, 37°C
- milieu sélectif :
☞ Hektoen : colonies jaune saumon
☞ Drigalski : colonies lactose + (jaune)
☞ Mac Conkey : devient rose sur milieu MacConkey
☞ Gélose EMB (Eosin Methylene Blue Agar): devient vert métallique
• Autres méthodes
- identification des sérotypes par agglutination sur lame (ECEH O157 H7)
- recherche de l’Ag capsulaire K1 par agglutination
- rechercher des facteurs de pathogénicité et identification des pathovars par PCR (ECEP, ECET, ECEI…)
↪ Caractères biochimiques
- Caractères enzymatiques et biochimiques:
Oxydase -, catalase +.
- Caractères d’une Entérobactérie
Glucose +, nitratase + - Caractères de E. coli
Gaz en glucose, ☞ lactose +, ONPG +, ☞ H2S –,
mannitol +, sorbitol + (le plus souvent sauf souches de ECEH, mais pas toutes),
☞ indole +, citrate -, VP -, urée -, TDA ou APP -
C’est une bactérie de la famille des Enterobacteriaceae ne possédant pas de désaminase (TDA-), ce qui exclut les genres Proteus, Morganella et Providencia (typiquement ex-tribu des Proteae).
Elle fermente le glucose par la voie des acides mixtes (rouge de méthyle +, VP -) ce qui exclut les genres Klebsiella, Enterobacter, Hafnia et Serratia.
DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
→ Sérotypage
-recherche de l’antigène O,K,H par agglutination grâce à des antisérums spécifiques
O (paroi), H (flagelles) et/ou K (capsule)
-recherche spécifiques de l’antigène K1 en cas d’isolement d’E. coli de prélèvements génito-urinaires chez la femme enceinte, lors d’infection néo-natale ou de septicémie
→ Détection des facteurs de virulence (directement dans les selles ou sur culture) : amplification génique (PCR)
(tous les pathovars) ou méthode immunochromatographique (toxines d’ECEH).
- gènes Stx1, Stx2, eae, gènes codant pour les entérotoxines
→ Détection d’Ag solubles bactériens (Ag K1) dans le LCR : peu sensible.
→ titrage des anticorps anti-O157 possible pour le diagnostic des SHU mais de faible sensibilité
Haemophilus influenzae
- prélèvement
- examen direct
- culture
- diagnostic biologique
PRELEVEMENT
en fonction du contexte
EXAMEN DIRECT
- petite bacille ou coccobacille à Gram négatif, parfois capsulé
- Morphologie microscopique évocatrice, en lien avec type d’échantillon.
→ Examen du LCR
☞ en cas d’atteinte méningée :
- LCR purulent, pléiocytose à prédominance de polynucléaire neutrophile, hypeprotéinorachie, hypoglycorachie et NORMOchlorurachie
(NB : hypochlorurachie dans le cas de Mycobacterium tuberculosis)
- aspect polymorphe au Gram avec présence de bacilles de formes allongées
CULTURE
- Bactérie exigeante pour sa culture : facteur X (hémine = protoporphyrine) + facteur V (NAD), nécessitant un milieu enrichi en facteurs de croissance + incubation en atmosphère enrichie en CO2 (5%)
↪ gélose au sang cuit ou gélose au sang de cheval (apportent facteurs V et X)
↪ gélose PolyViteX (apporte le facteur X) + gélose au sang de mouton (apport facteur V)
-cap-test sur gélose au sang de mouton : satellitisme autour de stries de S. aureus qui apportent le facteur V)
- faible développement sur milieu au sang frais, où l’on peut cependant observer un satellitisme caractéristique (colonies plus denses et de plus grande taille), autour de colonies d’autres bactéries comme les staphylocoques.
- lecture en 18h : petites colonies grisâtres, translucides, convexes, et non hémolytiques
☞ Caractères biochimiques
- oxydase +
- catalase +
- saccharose -
- Technique des cultures comparées ; distinction entre H. influenza (besoin en facteurs V et X) et parainfluenzae (besoin seulement en facteur V)
DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
- Identification : spectrométrie de masse ou mise en évidence de l’exigence culturale en facteurs X et V (sur gélose non enrichie, avec disques de facteurs X, V et X+V).
SEROTYPAGE : recherche des antigènes capsulaires par agglutination
- Détection d’Ag solubles bactériens dans des liquides biologiques : uniquement type capsulaire B ; relativement peu sensible.
- Possibilité de biotypage (8 biovars, selon uréase, ornithine-décarboxylase ODC, indole) ou de sérotypage (6 types, de a à f, selon spécificité de l’Ag de capsule), dans un but épidémiologique.
Helicobacter pylori
- prélèvement
- examen direct
- culture
- diagnostic biologique
PRELEVEMENT
• Recherche d’antigène dans les selles : test immuno-chromatographique, recommandé pour le diagnostic d’infection active et vérification de l’éradication de la bactérie
• Test respiratoire à l’urée marquée au C13 : si présence de la bactérie dans l’estomac → activité uréasique → clivage de l’urée en ammoniac + 13CO2 → mesure du 13CO2 marqué dans l’air expiré
→ Méthodes invasives (plus sensible et plus spécifique): 5 biopsies doivent être réalisées (2 dans l’antre, 2 dans le corps, 1 à l’incisure de la petite courbure)
• Examen anatomo-pathologique :
détection de la présence de la bactérie par examen microscopique avec évaluation des lésions et visualisation d’éventuelles lésions (pré)cancéreuses
EXAMEN DIRECT -Bacille Gram négatif, spiralé - microaérophile - mobile, non sporulé - uréase + oxydase +, catalase +
CULTURE
- Transport rapide au laboratoire sinon congélation des biopsies ou utilisation de milieux de transport.
- Culture sur milieu solide (base gélosé type Columbia, Wilkins-Chalgren, coeur-cervelle + 10% sang de cheval ou mouton) en atmosphère micro-aérophile à 35-37°C (pas de colonie visible avant au moins 3 jours, incubation des géloses au moins 10 jours)
DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
• PCR en temps réel (rapidité + détection de gène de résistance à la clarithromycine et/ou fluoroquinolone)
• Test à l’uréase repose sur la forte activité uréasique d’Helicobacter pylori
Legionella pneumophila
- prélèvement
- examen direct
- culture
- diagnostic biologique
PRELEVEMENT
- expectorations, LBA, aspirations endotrachéales ou bronchiques
- liquide pleural
- biopsie pulmonaire
- sang (techniques spéciales)
⚠ sérum physiologique risque d’inhiber les cultures, il vaut mieux utiliser de l’eau distillée stérile
EXAMEN DIRECT
Bacille ou coccobacille à Gram - (prennent mal la coloration, coloration peu fréquente)
Non capsulé, non sporulé
Mobile
CULTURE
- aspect filamenteux des bacilles après culture
- aérobie stricte
- gélose nutritive au charbon avec L-cystéine et fer (BCYE et GVPC + vancomycine, glycine, colistine)
- pas de pousse sur gélose BCYE sans cystéine et gélose au sang
- pousse lente (jusqu’à 10 jours)
- colonie en verre “fritté”, reflets roses
- pousse de 25°C à 35°C +/- 10C, croissance favorisée par 2,5% CO2
↪ Caractères biochimiques
- Oxydase + souvent faible
- Catalase +
DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
1) Antigénurie : Détection des antigènes urinaires (AgU) pouvant être réalisée en moins d’une heure - Excrétion 2 à 3 jours après le début des symptômes
- Limitée à la détection du LPS de Lp1
- Sensibilité et spécificité variables en fonction des tests (respectivement 80% et >99% pour les plus performants), d’où la recommandation de procéder à une concentration (sensibilité) et un chauffage (spécificité) des urines
- Tests immuno-chromatographiques avec détection par colorimétrie ou immunofluorescence et tests ELISA (plus sensibles mais résultats en quelques heures)
- Excrétion prolongée pendant plusieurs mois après guérison
2) PCR spécifique Legionella sur prélèvements respiratoires (en quelques heures)
- Critère de définition d’un cas probable de légionellose depuis 2011
- Permet la détection de toutes les espèces et sérogroupes
- Sensibilité pas forcément > à celle de l’Ag urinaire (= technique complémentaire)
- Excellente spécificité
3) Culture de prélèvements respiratoires
- A réaliser systématiquement si AgU ou PCR positive
- A préciser sur le bon de demande par le clinicien
- Milieux contenant de la L-Cystéine et du charbon (BCYE) ± antibiotiques et antifongiques (MWY, BMPA, GVPC), incubés sous air ou 2,5% de CO2 Croissance lente (4 à 10 jours) et difficile
- Aspect typique des colonies en verre fritté
4) Sérologie
- Idéalement faite à J0 (début des signes) et J21
- Ne permet qu’un diagnostic rétrospectif
- Séroconversion inconstante
- Manque de sensibilité et de spécificité
- Donc peu pratiquée en raison de son intérêt limité
⚠ Attention ! L’immunofluorescence directe ne constitue plus un critère diagnostique car manquait de sensibilité et de spécificité
Listeria monocytogenes
- prélèvement
- examen direct
- culture
- diagnostic biologique
PRELEVEMENT
- femme enceinte : hémoculture
- après accouchement d’un enfant infecté ou après avortement : prélèvement vaginal ou lochies (pertes de sang et de caillots survenant dans les jours qui suivent l’accouchement)
- nouveau-né : placenta, liquide gastrique, oreille, hémoculture, LCR, méconium (premières selles)
- adulte : hémoculture, LCR (aspect panaché du liquide avec polynucléaires et lymphocytes, pus)
EXAMEN DIRECT
- petits bacilles à Gram positif
- régulièrement colorés,
- non sporulés
- non capsulés
- immobiles à 37°C mais mobiles à 20°C (ciliature péritriche).
- regroupement : isolés ou associés en palissades.
CULTURE
- aérobie-anaérobie facultatif
- peu exigeante: gélose nutritive
- croissance favorisée sur
• gélose au sang avec une colonie translucide entourée d’une ß-hémolyse + zone étroite d'hémolyse complète majorée par S. aureus = camp test
• gélose à l'acide nalidixique
• milieux biliés ou hypersalés
- croissance possible de 4 à 42°C : bactérie psychrophile (« bactérie des frigos »),
- catalase +
- hydrolyse rapide de l’esculine.
→ Particularités :
- grande capacité de survie et de croissance y compris dans les conditions extrêmes de l’environnement : sécheresse, pH 4,5-9, 0-45°C (multiplication y compris aux basses températures et inefficacité de la chaîne du froid), congélations-décongélations successives, hautes concentrations en sels (10 -20%, saumures, bactéries halophiles).
- Ne résiste pas à la pasteurisation, ce qui confirme que le mode de prévention le plus efficace est la cuisson des aliments à risque.
DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
- Identification rapide par les nouveaux systèmes de MALDI-TOF couplé à la spectrométrie de masse.
→ Test complémentaires :
☞ Pas de sérodiagnostic fiable
- Dépistage moléculaire éventuel par PCR (utile dans les cas d’une antibiothérapie préalable, de faibles inoculums).
- Sensibilité aux antibiotiques, résistances naturelles et acquises
Mycobacterium tuberculosis
- prélèvement
- examen direct
- culture
- diagnostic biologique
PRELEVEMENTS
-émission bacillaire intermittente → renouveler les prélèvements 3 jours de suite
• forme pulmonaire : expectorations spontanées (aspiration par tubage gastrique = - recherche de BK déglutis dans l’estomac durant la nuit, ou fibroscopie avec aspiration bronchique et LBA si le patient ne crache pas)
• autres formes : totalité de la première miction du matin après restriction hydrique, hémoculture ponction lombaire, biopsie…
-traitement des prélèvements poly microbiens : décontamination, fluidification (N-acétylcystéine), homogénéisation (NaOH 4%, laurylsulfate) et concentration (centrifugation)
EXAMENS DIRECTS
→ Examens microscopiques
- coloration par étalement sur échantillon concentré
- technique de coloration basée sur l’acido-alcoolo-résistance des mycobactéries liée à la présence d’une paroi riche en lipides complexes (acides mycosiques non spécifiques de M. tuberculosis
-2 techniques de coloration
↪ Ziehl-Neelsen (fuchsine puis lecture au microscope optique : mycobactéries rouges sur fond bleu
↪ auramine phéniquée puis lecture au microscope à fluorescence : mycobactéries jaunes brillantes sur fond rouge-orangé
-technique spécifique des BAAR, peu couteuse, simple et rapide, mais peu sensible et peu spécifique (un diagnostic direct négatif n’élimine pas le diagnostic) et ne permet pas le diagnostic d’espèce.
→ Examen du LCR
☞ en cas d’atteinte méningée, LCR clair, cytorachie, hypercellularité (> 10/mm^3) à prédominance lymphocytaire, hypoglycorachie, hyperprotéinorachie, et hypochlorurorachie+++
CULTURE
-méthode sensible qui permet d’obtenir l’identification de l’espèce et l’antibiogramme
-croissance bactérienne lente → milieux de culture riches et incubation longue (lecture jusqu’à 3 mois)
- bactérie aérobie stricte
• milieu solides : culture longue en 3 à 8 semaines
- à l’oeuf : Loewenstein-Jensen ou Coletsos → colonies rugueuses en chou-fleur de couleur crème (croissance lente, délai d’apparition > 21 jours)
- gélosés : Middlebrook → colonies plates, sèches et rugueuses
• milieu liquide : culture plus rapide en 1 à 4 semaines : milieu liquide de Middlebrook avec automate pour lecture automatique
↪ caractères biochimiques :
- oxydase -
- catalase +
- acide-nicotinique +
- uréase +
- nitrate réductase +
DIAGNOSTIQUE
→ Biologie moléculaire
-identifiction des bacilles du complexe tuberculosis sur le prélèvement ou sur les colonies
-utilisation de sondes moléculaires (hybridation avec l’ARN ribosome des mycobactéries)
-ou PCR (associée au séquençage de gènes spécifiques ou hybridation par des sondes d’ADN spécifiques)
Neisseria gonorrhoeae
- prélèvement
- examen direct
- culture
- diagnostic biologique
PRELEVEMENTS
→ chez l’homme :
-absence de symptômes : 1er jet urinaire
- présence de symptômes : écoulement urétral ou écouvillonnage endo-urétral
→ chez la femme :
- absence de symptômes : auto-prélèvement vaginal (éventuellement 1er jet urinaire)
- présence de symptômes : sécrétions cervicales et/ou écouvillonnage endo-urétral
→ chez la femme et l’homosexuel masculin : prélèvement pharyngé et anal systématiquement associé
→ si suspicion de dissémination : hémocultures, liquide articulaire
☞ Bactérie fragile acheminement immédiat au laboratoire ou utilisation de milieu de transport (exemple : AMIES, Stuart)
EXAMEN DIRECT
- après coloration de Gram : observation de diplocoques à Gram négatif extra et surtout intra- cellulaires en « grains de café ».
- intérêt surtout dans le diagnostic présomptif rapide des urétrites aigues chez l’homme.
CULTURE
- exigence très stricte du gonocoque, sensibilité de la culture de 50 à 70%
- Bactérie exigeante, nécessitant des milieux de cultures enrichis :
→ géloses au sang cuit enrichies en vitamines avec et sans antimicrobiens (Vancomycine, Colimycine, Fungizone, Néomycine, Amphotéricine B, Trimethoprime : géloses VCF, VCN, VCAT)
→ incubés au moins 72 heures à 35°C sous 5-10% de CO2
→ croissance rapide en 24 à 48h
→ oxydase +
→ catalase +
→ galerie API NH ® (Glucose +, Maltose -, γGT-)
→ spectrométrie de masse MALDI-TO
TECHNIQUE D’AMPLIFICATION DES ACIDES NUCLEIQUES = TAAN (PCR) (souvent associées à la détection de C. trachomatis)
- excellente sensibilité (>95%)
Indications des TAAN :
→ Contexte de dépistage (individu asymptomatique) : culture non adaptée, TAAN effectués sur premier jet d’urine chez l’homme, et sur autoprélèvement vaginal chez la femme
→ Localisations anales et pharyngées : sensibilité supérieure des TAAN par rapport à la culture
↪ en cas de test positif une culture doit être pratiquée pour effectuer un antibiogramme.
Neisseria meningitidis
- prélèvement
- examen direct
- culture
- diagnostic biologique
PRELEVEMENT
LCR, hémoculture, biopsie cutanée (lésions purpuriques), liquide articulaire/pleural/péricardique
EXAMEN DIRECT
Après coloration de Gram, particulièrement contributif sur LCR, mais peu sensible
- Cocci à Gram négatif
- disposés en diplocoques
- aspect en “grain de café”
- Aérobie strict
- Immobile
- non sporulé
- Capsule polyosidique (à l’origine de 12 sérogroupes ; A, B, C, Y, W135, …)
- +/- intra leucocytaire
CULTURE
l’ensemencement doit être rapide (germe très sensible à la chaleur et au froid)
☞ germe exigeant, nécessitant des milieux de culture enrichis : gélose au sang cuit (+++), incubés à 37°C sous 5% de CO2 à croissance rapide en 24 à 48h
- croissance possible sur Mueller-Hinton sans CO2 (moins exigeant que le gonocoque)
- oxydase +
- catalase +
- identification des colonies par:
spectrométrie de masse MALDI-TOF,
galerie API NH ® (Glucose +, Maltose +, γGT+)
DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
→ Sérogroupage:
- indispensable afin d’instaurer la prophylaxie vaccinale des sujets contacts
- à partir de colonies sur gélose : agglutination avec des anticorps anti-capsulaires
Diagnostic direct par PCR sur prélèvement : détection d’ADN de méningocoque et détermination du sérogroupe (génogroupage)
- intérêt en cas de culture négative (notamment si antibiothérapie préalable au prélèvement)
☞ mais ne se substitue pas à la culture qui est indispensable à l’antibiogramme
→ Caractérisation des souches : phénotypage et génotypage par le CNR = Centre national de référence
- Le méningocoque est une bactérie hautement variable, capable naturellement de transformation et recombinaison.
- Le suivi des phénotypes et génotypes des souches invasives est essentiel pour la détection des liens entre différents cas d’IIM.
• Phénotypage:
↪ reconnaissance immunologique par des Ac de certaines structures de la surface bactérienne :
- antigènes de capsule à 12 sérogroupes (A, B, C, Y, H, I, J, L, X, Z, 29E, W135*)
* souches qui donnent le plus d’IIM
- protéines de la membrane externe (porines) :
PorB → sérotypes
PorA → sérosous-types
↪ L’ensemble détermine la formule antigénique de la souche.
Exemple de formule antigénique : B :14:P1.7,16 (souche hyperendémique dans les années 2000 en Seine-Maritime de sérogroupe B ; sérotype 14 ; sérosous-type P1.7,16).
• Génotypage
↪ technique de typage moléculaire, utilisée pour la surveillance épidémiologique des IIM.
- Méthode de référence = Multi Locus Sequence Typing (MLST), méthode très discriminante basée sur le polymorphisme de séquence de gènes domestiques
→ classement des souches selon leur sequence-type (ST) et leur appartenance à des complexes clonaux (CC).
Pseudomonas aeruginosa
- prélèvement
- examen direct
- culture
- diagnostic biologique
PRELEVEMENT
EXAMEN DIRECT
CULTURE
DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
Salmonella spp
- prélèvement
- examen direct
- culture
- diagnostic biologique
PRELEVEMENT
Coproculture, hémoculture…
EXAMEN DIRECT
- Bacille à Gram négatif (coloration bipolaire)
- Entérobactérie
- Oxydase -
- non sporulé
- mobile (ciliatures ou flagelles péritriches)
- aéro-anaérobie facultatif
- fermentant le glucose
- possédant une nitrate réductase
- non exigeant
CULTURE
→ coproculture (bouillon d’enrichissement sélénite puis culture sur milieu SS ou Drigalski)
- Ensemencement des selles sur milieu sélectif de type Hektoen et/ou XLD (Xylose Lysine Désoxycholate) ou Salmonelles-Shigelles SS (milieux contenant des sels biliaires et indicateurs de production d’H2S : colonies à centre noir) ou gélose chromogène, + bouillon d’enrichissement (sélénite réisolé sur milieu Hektoen et/ou XLD ou SS).
Identification des colonies suspectes par spectrométrie de masse.
→ hémoculture
DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
- Indirect:
→ sérologie (test de Widal et Felix = agglutination avec suspension : en détectant dans le sang la présence d’anticorps dirigés contre les antigènes O et H ; peu contributive (de nombreux faux négatifs ou positifs)
→ biologie moléculaire dans les aliments.
- Direct +++: hémoculture dans le cas de la fièvre typhoïde et surtout coproculture (entérites).
Sérotypage basé sur les AgO (somatiques) et H (flagellaires).
Shigella spp
- prélèvement
- examen direct
- culture
- diagnostic biologique
PRELEVEMENT
Coproculture, hémoculture
EXAMEN DIRECT
- Bacille à Gram négatif
- Entérobactérie
- Oxydase négative
- non sporulé
- non capsulé
- immobile
CULTURE
→ Coproculture un peu délicate à l’isolement (moins abondante).
→ Bouillon d’enrichissement sélénite puis culture sur milieu SS ou Drigalski
DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
-Indirect: non
-Direct
Biologie moléculaire : PCR toxine
Staphylococcus aureus
- prélèvement
- examen direct
- culture
- diagnostic biologique
PRELEVEMENT
Tous les échantillon possibles
EXAMEN DIRECT
- Cocci Gram +, groupé en tétrade ou grappe de raisin (division dans les 2 sens)
- capsulé, non sporulé, immobile, AAF
- +/- associés à des polynucléaires
CULTURE
→ aspect
colonies crémeuse, opaques, lisses, jaunes dorées luisantes (production de pigment favorisées par le lactose et une température < 37°C)
- bactérie aérobie anaérobie facultatif
- peu d’exigences nutritionnelles
- température optimale est de 37°C : 24h à 37°C, pH 5-9
- bactérie halophile : se développe en forte concentration de sels
- milieu non sélectif : TOUS, CLED, COLUMBIA => croissance facile sur les milieux non sélectifs (gélose ordinaire, gélose au sang)
- milieu sélectif de Chapman (hypersalé, mannitol, rouge phénol) : S. aureus peut être différencié des autres espèces de Staphylocoques par la couleur jaune doré de ses colonies et la fermentation du mannitol (acidifie le glycérol sur milieu PAB)
- milieu sélectif de Baird-Parker (avec tellure + lithium + jaune d’oeuf) (TIAC)
☞ utilisation de milieu sélectif dans les cas d’ensemencement de prélèvement poly microbien
→ caractères d’identification
Sur gélose au sang en 24h :
- colonies jaunes dorées
- β-hémolytiques (hémolyse totale)
- catalase + (par opposition aux streptocoques catalase négative)
- oxydase -
- production d’une coagulase / (sur plasma de lapin)
- DNAse + (milieu à ADN)
- résistante aux inhibiteurs bactériens comme le cristal violet ou le tellurite de potassium
- fermentation de divers sucres dont le mannitol
- Halophile : cultive en présence de NaCl.
↪ Propriété mise à profit avec le milieu de Chapman (mannitol + NaCl) : virage du rouge au jaune - Existence de milieux chromogènes pour recherche du portage nasal de S. aureus ou pour recherche de SARM
- Identification par mise en évidence de la coagulase libre et de la coagulase liée, spectrométrie de masse (MALDI-TOF)
DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
Biologie moléculaire
→ Recherche des toxines de S. aureus par PCR spécifique ou puce à ADN à partir d’une culture
→ Recherche de S. aureus directement dans échantillons profonds (valves cardiaques, os, …) par PCR spécifique
→ Recherche de SARM directement dans les échantillons par PCR spécifique✯ Mise en culture de différents échantillons en fonction de la physiopathologie de l’infection
Identification à partir des colonies :
- cocci G+, catalase +, Chapman + : Staphylocoques
- coagulase +, DNAse +, Mannitol + : S. aureus
Sérologie : recherche (rare) d’anticorps chez les malades (anti-toxine α, anti-acide teichoïque, anti-entérotoxines ou anti TSST1 dans les infections profondes)
Streptococcus agalactiae
- prélèvement
- examen direct
- culture
- diagnostic biologique
PRELEVEMENT
• Prélèvements adultes: écouvillon vaginal, LCR, hémoculture, ECBU, autres prélèvements selon le site de l’infection (valves, prélèvements articulaires, respiratoires…)
• Prélèvement nouveau né : LCR, liquide gastrique, hémoculture, …
EXAMEN DIRECT
- Cocci Gram positif
- en chainette
- Aérobie-anaérobie facultatif
- immobile
- non sporulé
- Catalase négative (≠ Staphylococcus)
- Antigène de paroi (classification de Lancefield : polyoside C → sérogroupe B)
CULTURE
• Culture sur milieu solide (gélose enrichie à 5% de sang frais)
- en atmosphère aérobie
- ou anaérobie enrichie en 5% de CO2 à 35°C (☞ colonie blanche, beta-hémolytique, catalase négative)
DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
• Identification des colonies par spectrométrie de masse (ou galerie d’identification biochimique)
• PCR en temps réel (rapidité +++) : surtout pour le diagnostic des méningites et pour déterminer le portage vaginal si statut inconnu au moment de l’accouchement
