promotor studie

Question 1

chip

Answer 1

= chromatine immunoprecipitatie
= aantonen bep W bind op bep seq in levende cel
5 delen: crosslinking, DNA fragmentatie, immunoprecipitatie, reverse crosslinking, analyse

Question 2

promotor voorspelling obv seq

Answer 2

• screenen gelijkaardige prom. met orthologen
  > gelijkaardige seq, niet zelfde
  > vergelijken seq, reg elementen in prom.
• in vivo controle of seq van belang
  > prom in vector prom.loos rapporteergen (promotor probe vector
  > minimale prom = kortste seq prom actief

Question 3

interpretatie resultaat

Answer 3

weinig signaal = seq met rem. RE die TF bind > rem. prom
veel signaal = belangrijkste activiteit in fragment prom
> bio-informatica analyse van kandidaat RE

Question 4

snelle analyse via

Answer 4

RT-qPCR
cDNA micro-array
transcriptomics

Question 5

controles

Answer 5

artificiële situatie ziigdieren
> transient - vals signaal
> RT-qPCR, ChIP (DNA-TF binding) - effect promact
> PC - 2e vector co-transfectie prom-probe vector
eigen rapporteergen
constitutieve prom