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BCOP-CHUM > Pharmacogenomic > Flashcards

Pharmacogenomic Flashcards

1
Q

Dans le développement de ‘‘driver mutation’’, qu’est ce que la ‘‘Breakthrough phase’’?

A

Lorsqu’une première cellule développe une ‘‘driver’’ mutation spécifique qui lui donne un avantage de croissance

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Q

Dans le développement de ‘‘driver mutation’’, qu’est ce que la ‘‘Expansion phase’’?

A

Une cellule contenant une mutation initiale acquière de nouvelles ‘‘driver’’ mutations et devient une tumeur bénigne.

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3
Q

Dans le développement de ‘‘driver mutation’’, qu’est ce que la ‘‘Invasive phase’’?

A

Cellules acquièrent de nouvelles mutations permettant l’envahissement de tissus adjacents : résultant ultimement à une maladie métastatique

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4
Q

Quelle est la différence entre une mutation somatic vs germline?

A

Somatic = tumor
Germline = hereditary

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5
Q

Un patient a une germline mutation du gene UGT1A1. Cela pourrait influencer l’exposition à quel(s) médicament(s) d’oncologie ?

A

Irinotecan,
Sacituzumab govitecan
Belinostat

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6
Q

Un patient a une déficience en G6PD. Cela pourrait influencer l’exposition à quel(s) médicament(s) utilisés en oncologie ?

A
  • Rasburicase (lyse tumorale)
  • Dapsone (prophylaxie PPJ)
  • Flutamide (antiandrogene 1re gen)
  • méthylene blue (neurotox ifosfamide)
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7
Q

Le tamoxifène, l’ondansetron et la codéine passent tous par le même cytochrome et leurs concentrations peuvent donc être influencées si mutation de ce gène. Quel est ce cytochrome ?

A

CYP 2D6

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8
Q

Des mutations au niveau des gènes TPMT ou NUDT15 pourraient influencer l’exposition à quels médicaments?

A

Thiopurines: Azathioprine, mercaptopurine, thioguanine

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9
Q

Qu’est ce qu’un biomarqueur ‘‘prognostic’’ ?

A

Provide information about cancer outcomes, such as progression free and overall survival
(indépendemment du traitement reçu)

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10
Q

Qu’est-ce qu’un biomarqueur ‘‘predictive’’ ?

A

Provide information regarding response to a specific treatment

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11
Q

Qu’est ce qu’un ‘‘basket trial’’?

A

Clinical trials that match specific genetic alterations to targeted therapy independent of disease histology

(donc plusieurs maladies différentes qui sont toutes porteuses de la même mutation ex: MSI-H)

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12
Q

Qu’est ce qu’un ‘‘Umbrella trial’’?

A

Clinical trial that matches specific genetic alterations to targeted therapy within the same tumor type

umbrella trials evaluate multiple targeted therapies for a single disease that is stratified into subgroups based on different molecular alterations/ risk factors. (donc patients avec le même cancer, mais on va leur offrir différents tx selon leur mutation)

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13
Q

Quelle est la différence entre une ‘‘driver mutation’’ vs une ‘‘passenger mutation’’ ?

A

Driver: confère un avantage de croissance à la tumeur (font habituellement partie des 12 principales voies de signalisation qui régulent la survie cellulaire et la prolifération) = oncogene ou gene suppresseur tumeur

Passenger: mutation n’ayant pas d’effet sur la croissance tumorale (pas de valeur prédictive ou pronostique)

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14
Q

Vrai ou Faux.
Généralement, plus le test génétique est large, plus la profondeur des tests est faible.

A

Vrai

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15
Q

En cancer colorectal, la mutation BRAF est un biomarqueur ‘‘prognostic’’ ou ‘‘predictive’’?

A

Les deux

Patients BRAF ont de moins bons outcomes peu importe la thérapie.
De plus, cette mutation influence la réponse au traitement de Encorafenib+cetuximab

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16
Q

En LLC, la mutation CD38 est un biomarqueur ‘‘prognostic’’ ou ‘‘predictive’’?

A

Prognostic

(Patients avec moins bon pronostic, mais ne fourni pas d’information sur la réponse à un traitement)

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17
Q

En cancer colorectal localisé, un test génétique réflexe est fait sur le spécimen pour anlayser les gènes RAS et BRAF. Est-ce que ce test est un :
- Hotspot testing
- Next generation sequencing
- Whole exome sequencing ou
- Whole genome sequencing
?

A

Hotspot testing

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18
Q

Quelle est la différence entre un Whole exome sequencing (WES) et un Whole genome sequencing (WGS)?

A

WES: Séquence seulement les portions qui codent pour des protéines
WGS: séquence tout le génome

WES contains about 85% of the known disease-related variants (though consists of < 2% of the total genome)
WES is more cost-effective and more manageable amount of data than whole genome sequencing

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19
Q

Quels sont les désavantages d’un Whole genome sequencing (WGS) ?

A
  • Beaucoup d’espace de stockage nécessaire
  • couvre moins en profondeur (plus de chance de manquer une altération)
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20
Q

Quel échantillon est le Gold Standard pour tester les mutations génétiques ?

A

Tumor tissue

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21
Q

Quels sont les 2 grands types de ‘‘Liquid biopsies’’?

A
  • Circulating Tumor Cells (CTC)
  • Cell free DNA (cfDNA) Assays

CTC: surtout en recherche présentement

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22
Q

Entre une biopsie tumorale et un cfDNA assay, lequel permet de mieux représenter l’hétérogénéité de la tumeur?

A

cfDNA

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23
Q

Chez quels types de patients est-il préférable de faire un cfDNA assay (test plus sensible)?

A
  • High volume of disease/number of metastatic sites
  • Albumine < normal limit
  • GI/breast tumors&raquo_space;> head/neck/lung
  • Increased number of prior therapies

Patients with the above characteristics had an improved sensitivity (around 83%)

24
Q

Lorsqu’on interprete une mutation génétique, que veut-on dire par ‘‘clinically actionnable’’? (4)

A
  1. Predict response to treatment
  2. specific eligibility criteria for a clinical trial
  3. Helps to establish a diagnosis or prognosis
  4. germline alteration that predicts for a hereditary condition or alters drug PK/PD
25
Q

Quelle est la différence entre un Companion Diagnostics et un Complementary Diagnostics ?

A

Companion: essentiel for the use of the drug

Complementary: Improves the risk/benefit ratio of a specific drug but does not restrict access to the drug

ex Companion: test pour BRAF en mélanome
ex Complementary: test pour le PD-L1 en mélanome

26
Q

Pour quel type de cancer le score TPS de PD-L1 est-il utilisé pour le pembrolizumab?

A

NSCLC

27
Q

Comment est calculé le score TPS de PD-L1?
(Tumor Proportion Score)

A

TPS (%) =
nombre de cellules tumorales positives au PD-L1
÷
nombre de cellules tumorales totales
x 100

(Il faut minimalement 100 cellules tumorales viables sur la stained slide pour que le spécimen soit considéré adéquat)

28
Q

Le test companion PD‐L1 IHC 22C3 pharmDx est utilisé pour évaluer le score PD-L1 de quelle immunothérapie ?

A

Pembrolizumab

Both TPS and CPS

29
Q

Comment est calculé le score CPS de PD-L1?
(Combined Positive Score)

A

CPS =
nombre de cellules positives au PD-L1 (tumorales, lymphocytes, macrophages)
÷
nombre de cellules tumorales totales
x 100

Le résultat peut donc être > 100 (mais habituellement score max de 100 est affiché)

(Il faut minimalement 100 cellules tumorales viables sur la stained slide pour que le spécimen soit considéré adéquat)

30
Q

Pour quel type de cancer le score CPS ≥ 1 de PD-L1 est-il requis pour le pembrolizumab?

A
  • En monothérapie ORL métastatique/récurrent (preferred si CPS ≥ 20, sinon combinaison avec chimio peu importe PD-L1)
  • Cervical avancé (en combinaison avec platine + Taxol + BEV en 1ere ligne ou monotx en 2e ligne et +)
31
Q

Pour quels types de cancer le score CPS ≥ 10 de PD-L1 est-il requis pour le pembrolizumab?

A
  • -Sein TNBC avancé (avec chimio)
  • Oesophage/EGJ 2e ligne (peu importe PD-L1 en 1ere ligne)*
  • Urothelial (monothérapie 1ere ligne avancé/méta)

*Pour Esophageal/EGJ Seiwert I en 1ere ligne c’est peu importe PD-L1 mais préfère ≥ 10 si SCC et 1-9 pour ADK

32
Q

Le test Companion VENTANA PD‐L1 (SP 142) Assay est utilisé pour quelle immunothérapie?

A

Atezolizumab

33
Q

Le test Companion PD‐L1 IHC 28‐8 pharmDx Assay est utilisé pour quelle immunothérapie?

A

Nivolumab

34
Q

Pour quel type de cancer le score TC ≥ 50% de PD-L1 est-il requis pour l’atezolizumab?

A
  • NSCLC 1ere ligne méta en monothérapie

(pourrait aussi avoir un score IC ≥ 10)

35
Q

Pour quel type de cancer le score IC ≥ 5% de PD-L1 est-il requis pour l’atezolizumab?

A
  • Urothelial 1ere ligne avancé/méta
36
Q

Le score de PD-L1 est nécessaire pour une seule indication du Nivolumab (≥ 1%). Laquelle?

A

En combinaison avec Ipilimumab en 1ere ligne métastatique NSCLC

37
Q

Un patient a une tumeur dMMR métastatique. Quelles sont ses options de traitement selon la localisation de son cancer?

A
  • Si colorectal : Pembro indiqué en 1ere ligne (ou Ipi+nivo en 2e ligne et +…)
  • Si autres sites: Pembro ou Dostarlimab en 2e ligne et plus

Pembro aussi indiqué en pédiatrie, sauf pour tumeur SNC

38
Q

Afin de pouvoir utiliser le pembrolizumab, à partir de quelle valeur de mutation considère-t-on que la tumeur est high TMB?

A

≥ 10 mutations/Mb by the Foundation CDx® panel

(Mb = megabase)

Doit être au moins en 2e ligne sans bonne alternative

Pembro aussi indiqué en pédiatrie, sauf pour tumeur SNC

39
Q

Vrai ou Faux. L’entrectinib et le larotrectinib peuvent ête utilisés en présence de fusion NTRK1/2/3 chez une population pédiatrique.

A

Vrai (entrectinib a/p de 12 ans)

En maladie méstatique, lorsque pas de bonne alternative

40
Q

Pour quel type de cancer le score TC ≥ 1 % de PD-L1 est-il requis pour l’atezolizumab?

A

Adjuvant NSCLC

41
Q

En AML, la mutation FLT3 est un biomarqueur ‘‘prognostic’’ ou ‘‘predictive’’?

A

Les deux (predictive et prognostic)

42
Q

Le test Companion ‘‘Leukostrat CDx FLT3 mutation assay’’ est utilisé pour quel médicament?

A

Gilteritinib

43
Q

Le test Companion ‘‘Abbott RealTimeTM IDH2 assay’’ est utilisé pour quel médicament?

A

Enasidenib

44
Q

En AML, les mutations IDH1 et IDH2 sont des biomarqueurs ‘‘prognostic’’ ou ‘‘predictive’’?

A

predictive

45
Q

En CNS cancer, les mutations IDH1 et IDH2 sont des biomarqueurs ‘‘prognostic’’ ou ‘‘predictive’’?

A

pronostic

46
Q

Quels types de test doit-on faire pour obtenir le MMR vs le statut MSI?

A
  • dMMR is determined by immunohistochemistry (IHC) testing
  • microsatellite status is determined by next generation sequencing (NGS).
47
Q

Dans quelles indications peut-on administrer l’olaparib SEULEMENT si gBRCA mutation?

(pas sBRCA ou HRR+)

A
  • Sein adjuvant
  • Sein métastatique
  • Pancréas maintenance
  • Ovaire traitement après ≥ 2 lignes
48
Q

Dans quelles indications peut-on administrer l’olaparib si sBRCA+ ou mHRR/HRD?

A
  • Prostate mCRPC (HRR+)
  • Ovaire maintenance 1ere ligne (g/sBRCA)
  • Ovaire maintenance 1ere ligne combiné avec bev (HRD+)
  • Ovaire maintenance pt sensible platine (peu importe BRCA)
49
Q

Qu’est-ce qu’un transcriptome?

A

the total amount of mRNA and consists of the genes that are actively expressed at the time of analysis

Very helpful for assessing chromosome rearrangements/fusions but also detects splicing variants, expression profiles, and mutations in coding regions.

50
Q

Qu’est-ce qu’un protéome?

A

comprised of all the expressed proteins in a cell

Helps with understanding functionality of proteins and pathways.
Reflects both the impact of genes and the environment.

51
Q

Quel type de séquençage permet d’évaluer l’ordre des nucléotides?

A

DNA sequencing

52
Q

Que permet d’évaluer l’épigenomique?

A

Assess DNA methylation and histone modification profiles

Comprise and regulate the cancer transcriptome

53
Q

Peut-on utiliser le pembrolizumab pour les MSI-H ou high-TMB en pédiatrie ?

A

Oui, mêmes critères que pour les adultes, mais pas indiqué en CNS

54
Q

Vrai ou Faux. Les anti-RET (Pralsetinib et Selpercatinib) sont seulement indiqués pour les fusions RET et non les mutations RET.

A

FAUX

En MTC, on peut les utiliser pour fusion ou mutation (seule indication où c’est permis)
En NSCLC, indiqué seulement pour les fusions

55
Q

En GIST, est-ce que la mutation KIT est pronostic ou predictive?

A

Predictive

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