Pharmacogenomic Flashcards
Dans le développement de ‘‘driver mutation’’, qu’est ce que la ‘‘Breakthrough phase’’?
Lorsqu’une première cellule développe une ‘‘driver’’ mutation spécifique qui lui donne un avantage de croissance
Dans le développement de ‘‘driver mutation’’, qu’est ce que la ‘‘Expansion phase’’?
Une cellule contenant une mutation initiale acquière de nouvelles ‘‘driver’’ mutations et devient une tumeur bénigne.
Dans le développement de ‘‘driver mutation’’, qu’est ce que la ‘‘Invasive phase’’?
Cellules acquièrent de nouvelles mutations permettant l’envahissement de tissus adjacents : résultant ultimement à une maladie métastatique
Quelle est la différence entre une mutation somatic vs germline?
Somatic = tumor
Germline = hereditary
Un patient a une germline mutation du gene UGT1A1. Cela pourrait influencer l’exposition à quel(s) médicament(s) d’oncologie ?
Irinotecan,
Sacituzumab govitecan
Belinostat
Un patient a une déficience en G6PD. Cela pourrait influencer l’exposition à quel(s) médicament(s) utilisés en oncologie ?
- Rasburicase (lyse tumorale)
- Dapsone (prophylaxie PPJ)
- Flutamide (antiandrogene 1re gen)
- méthylene blue (neurotox ifosfamide)
Le tamoxifène, l’ondansetron et la codéine passent tous par le même cytochrome et leurs concentrations peuvent donc être influencées si mutation de ce gène. Quel est ce cytochrome ?
CYP 2D6
Des mutations au niveau des gènes TPMT ou NUDT15 pourraient influencer l’exposition à quels médicaments?
Thiopurines: Azathioprine, mercaptopurine, thioguanine
Qu’est ce qu’un biomarqueur ‘‘prognostic’’ ?
Provide information about cancer outcomes, such as progression free and overall survival
(indépendemment du traitement reçu)
Qu’est-ce qu’un biomarqueur ‘‘predictive’’ ?
Provide information regarding response to a specific treatment
Qu’est ce qu’un ‘‘basket trial’’?
Clinical trials that match specific genetic alterations to targeted therapy independent of disease histology
(donc plusieurs maladies différentes qui sont toutes porteuses de la même mutation ex: MSI-H)
Qu’est ce qu’un ‘‘Umbrella trial’’?
Clinical trial that matches specific genetic alterations to targeted therapy within the same tumor type
umbrella trials evaluate multiple targeted therapies for a single disease that is stratified into subgroups based on different molecular alterations/ risk factors. (donc patients avec le même cancer, mais on va leur offrir différents tx selon leur mutation)
Quelle est la différence entre une ‘‘driver mutation’’ vs une ‘‘passenger mutation’’ ?
Driver: confère un avantage de croissance à la tumeur (font habituellement partie des 12 principales voies de signalisation qui régulent la survie cellulaire et la prolifération) = oncogene ou gene suppresseur tumeur
Passenger: mutation n’ayant pas d’effet sur la croissance tumorale (pas de valeur prédictive ou pronostique)
Vrai ou Faux.
Généralement, plus le test génétique est large, plus la profondeur des tests est faible.
Vrai
En cancer colorectal, la mutation BRAF est un biomarqueur ‘‘prognostic’’ ou ‘‘predictive’’?
Les deux
Patients BRAF ont de moins bons outcomes peu importe la thérapie.
De plus, cette mutation influence la réponse au traitement de Encorafenib+cetuximab
En LLC, la mutation CD38 est un biomarqueur ‘‘prognostic’’ ou ‘‘predictive’’?
Prognostic
(Patients avec moins bon pronostic, mais ne fourni pas d’information sur la réponse à un traitement)
En cancer colorectal localisé, un test génétique réflexe est fait sur le spécimen pour anlayser les gènes RAS et BRAF. Est-ce que ce test est un :
- Hotspot testing
- Next generation sequencing
- Whole exome sequencing ou
- Whole genome sequencing
?
Hotspot testing
Quelle est la différence entre un Whole exome sequencing (WES) et un Whole genome sequencing (WGS)?
WES: Séquence seulement les portions qui codent pour des protéines
WGS: séquence tout le génome
WES contains about 85% of the known disease-related variants (though consists of < 2% of the total genome)
WES is more cost-effective and more manageable amount of data than whole genome sequencing
Quels sont les désavantages d’un Whole genome sequencing (WGS) ?
- Beaucoup d’espace de stockage nécessaire
- couvre moins en profondeur (plus de chance de manquer une altération)
Quel échantillon est le Gold Standard pour tester les mutations génétiques ?
Tumor tissue
Quels sont les 2 grands types de ‘‘Liquid biopsies’’?
- Circulating Tumor Cells (CTC)
- Cell free DNA (cfDNA) Assays
CTC: surtout en recherche présentement
Entre une biopsie tumorale et un cfDNA assay, lequel permet de mieux représenter l’hétérogénéité de la tumeur?
cfDNA
Chez quels types de patients est-il préférable de faire un cfDNA assay (test plus sensible)?
- High volume of disease/number of metastatic sites
- Albumine < normal limit
- GI/breast tumors»_space;> head/neck/lung
- Increased number of prior therapies
Patients with the above characteristics had an improved sensitivity (around 83%)
Lorsqu’on interprete une mutation génétique, que veut-on dire par ‘‘clinically actionnable’’? (4)
- Predict response to treatment
- specific eligibility criteria for a clinical trial
- Helps to establish a diagnosis or prognosis
- germline alteration that predicts for a hereditary condition or alters drug PK/PD
