Epigénétique Flashcards
Qu’est l’épigénétique ?
Ce sont des modifications moléculaires qui sont transmissibles et qui influencent l’expression des gènes sans altérer la séquence ADN.
Où se produit la méthylation de l’ADN concernant l’épigénétique ?
Généralement sur les cytosines situées dans les séquences CpG.
Qu’est-ce qu’une séquence CpG ?
C’est une cytosine et une guanine qui sont reliées par un groupe phosphate.
Qu’est-ce qui catalyse le processus de méthylation de l’ADN ?
L’ADN méthyltransférase aussi appelé DNMT
Que signifie “de novo” ?
A partir de rien
Qu’est-ce qu’une méthylation de novo ?
C’est l’ajout du groupe méthyl sur une partie de l’ADN qui n’en possédait pas à la base.
Quels sont les DNMT utilisées pour les méthylations de novo ?
DNMT3A et DNMT3B
Quelle est l’utilité particulière de la DNMT1 ?
Elle veille à ce que les groupes méthyls ajoutés aux cytosines soient conservés après division cellulaire.
Selon les études sur les organismes modèles, jusqu’à combien de générations une modification épigénétique peut-elle être transmise ?
10 générations
Les modifications épigénétiques sont-elles lentes et réversibles ?
Elles sont rapide et réversibles
Qu’à montrer Thomas Morgan ?
Que les gènes se trouvaient sur les chromosomes.
A-t-on découvert les gènes ou les chromosomes en premier ?
Les gènes
Qu’est le concept de préformisme ?
L’idée qu’un corps entier et minuscule était déjà formé dans un gamète et qu’il ne faisait que grandir.
Concernant le préformisme, le corps était censé se trouver dans l’ovocyte ou le spermatozoïde ?
Les deux avis existaient
Définition de la génétique ?
Science de l’hérédité
L’épigénotype c’est quoi ?
L’ensemble des modifications ou mécanismes, qui sans altérer la séquence ADN sont capable de modifier de manière réversible une partie de l’expression génétique.
Que peut-on dire concernant les étiquettes épigénétique quand l’ADN est très condensé ?
Qu’il y en a beaucoup !
Concernant la transcription de l’ADN qu’est-ce qui change quand il est condensé et quand il ne l’est pas ?
L’ADN peut être transcrit que quand il n’est pas condensé.
Que fait la transcription ?
Elle transforme l’ADN en ARN
Qu’est-ce qu’une cellule différenciée ?
Une cellule différenciée est une cellule qui a acquis une structure et des fonctions spécifiques pour remplir un rôle particulier dans l’organisme.
Dans une cellule différenciée quel pourcentage des gènes sont actifs ?
10 à 20%
Qu’est-ce que le promoteur du gène ?
La séquence du gène sur laquelle va commencer la transcription
Chez les mammifères quel est le pourcentage de dinucléotide méthylé ?
60 à 90%
Qu’est-ce qu’on peut remarquer concernant les promoteurs du gène et les séquences CpG ?
Dans les régions où se trouvent les promoteurs du gène, on trouve souvent beaucoup de séquences CpG répétées en boucle.
Qu’est-ce qu’un ilot CpG ?
Une partie de l’ADN composée d’un minimum de 500 paires de bases dans laquelle se trouve un minimum de 55% d’ilots CpG.
Qu’est-ce qu’une zone régulatrice sur l’ADN ?
Une zone se situant juste avant le promoteur du gène
Combien d’ilots se trouvent dans l’ADN humain ?
29 000
En épigénétique qu’est-ce qui est le principal donneur de groupement méthyl ?
S-adénosylméthionine
Qu’est-ce qu’un ADN hémi méthylé ?
Un ADN sur lequel un seul brin est méthylé au niveau des motifs CpG.
Qu’est-ce qu’une histone ?
Une protéine autour de laquelle s’enroule l’ADN.
Un gène aura tendance à être actif lorsqu’il est condensé ou décondensé ? Lorsqu’il possède beaucoup ou peu d’étiquettes ?
Lorsqu’il est décondensé et qu’il possède peu d’étiquettes épigénétiques.
En épigénétique quel type de modification peut-on avoir sur des histones ? (3)
- Méthylation
- Phosphorylation
- Acétylation
Quel type de problème peut causer la surexpression de la DNMT1 ?
Elle peut entrainer une hyperméthylation des zones anti-oncogènes.
Quelle est l’utilité du gène P16 ?
Il est impliqué dans la régulation du cycle cellulaire
Comment fonctionnent les gènes P21 et P53 ensemble ?
P53 est un antioncogène qui détecte les dommages sur l’ADN ou d’autres stresse cellulaire. Quand ça arrive, il active P21 qui inhibe le complexe cycline-CDK ce qui stop le cycle cellulaire.
Quelle quantité d’îlots CpG possèdent les anti-oncogènes ?
Une grande quantité
Un certain mécanisme épigénétique joue un rôle très important dans les cancer de la vessie. Lequel ?
La méthylation excessive
Sur un être humain, quel est le taux de mutation spontané par gène et par division cellulaire ?
2.10^-7
Qu’est-ce que l’hyperméthylation peut causer sur le 5-méthylcytosine ?
Elle augmente de façon indirect la fréquence de mutation ce qui peut faire perdre sa fonction amine à la 5mC, ce qui l’a fera devenir une Thymine et les systèmes de réparation ne reconnaissent pas cette erreur.
Comment fonctionne la protéine MECP ?
Elles reconnaissent les cytosines méthylées et recrutent d’autres protéines rendant l’ADN moins expressif
L’effet du bisulfite de sodium sur les cytosines ?
Celles qui sont non-méthylées se transforment en uracile PUIS EN THYMINE PAR L’AMPLIFICATION PCR
Celles qui sont méthylées restent intact.
En épigénétique le procédé au bisulfite de sodium est utilité in vivo ? In vitro ?
In vitro
Durant la production des organes reproducteur d’une souris, que ce passe-t-il concernant les étiquettes ?
Une partie des cellules germinales voit une majeure partie de ses étiquettes supprimées durant la fabrication de l’organe reproducteur.
Pourquoi retirer les étiquettes des cellules de organes reproducteurs dans l’embryon ?
Car le spermatozoïde et l’ovocyte ne doivent pas posséder d’étiquettes pour ne pas être différencier et pouvoir fabriquer tous les types de tissus chez l’organisme à naître.
Chez l’homme et la femme à quel moment interviennent les évènements les plus précoces concernant leurs étiquettes ?
Chez la femme l’un des évènements les plus précoce concernant les étiquettes intervient dans les ovogonies et chez l’homme, dans la spermatogonie, à la puberté.
Dans l’embryon quelles cellules sont très peu méthylées ?
Les cellules germinales
De quoi est composé un nucléosome ?
De 8 histones
Quelles sont les histones retrouvées dans un nucléosome ?
2 H2A
2 H2B
2 H3
2 H4
Comment est formée la chromatine ?
C’est l’ADN qui s’entoure autour des histones qui forme la chromatine.
Quelle est l’histone qui ne fait pas partie de l’octamère et quelle est son utilité ?
C’est la H1 qui est là pour stabiliser la chromatine.
Où EXACTEMENT se fixe les étiquettes épigénétiques ?
Sur les extrémités N-ter des histones de l’octamère.
Les modifications épigénétiques sur les histones se font sur quels acides aminés ?
L’acétylation se fait sur les lysines
La méthylation se fait sur la lysine et l’arginine
Quelle enzyme participe à l’acétylation ?
Les histones acétyltransférases
A quoi est souvent associée une acétylation des lysines ?
A une chromatine relâchée, qui exprime ses gènes.
Quel est l’utilité du test à la bisulfite de sodium suivis d’un PCR ?
Il permet d’identifier les sites méthylés ou d’observer le niveau de méthylation.
Quel est l’effet de la méthylation sur l’ADN et sur les histones ?
Sur l’ADN, il va désactiver l’expression du gène tandis que sur les histones, il pourra favoriser ou inhiber l’expression du gène, ça dépend.
Qu’est-ce qui fait que l’effet de la méthylation sur les histones peut avoir deux effets contradictoires ?
Cela dépend de la localisation de la méthylation.
Les extrémités des protéines histones sont riche en :
Lysine et arginine
Combien de fois une lysine peut être méthylée ?
3 fois max
Combien de fois l’arginine peut être méthylée ?
2 fois max
Quelle molécule déméthyle les histones ?
La déméthylase
Que fait la protéine MeCP ?
Elle se fixe sur les méthylation de l’ADN et sa présence attire l’histone méthyl transférase, HMT. Cela attire des HDAC qui favorisent la désacétylation.
A l’échelle mondiale, sur 250 naissance, combien de jumeaux monozygote ?
1
Qu’est-ce qu’on remarque sur l’épigénome de deux jumeaux monozygote ?
Au début, il a tendance à se ressemblent mais en grandissant, quand ils adoptent des mode de vie et lieu de vie différents, ça change.
D’où vient le syndrome ICF ?
Maladie autosomique récessive liée à une mutation du gène DNTM3B.
Liste de trois maladies liées à la mutation de l’empreinte parentale :
- Syndrome d’angelman
- Syndrome de Beckwith-Wiedemann
- Syndrome de prader Willy
Le syndrome de Prader-Willi se retrouve sur quel chromosome ?
La pair numéro 15 dont l’expression du chromosome mère est toujours inexprimée de par les étiquettes et cela devient pathologique quand celle du père n’est pas exprimable.
Dans le syndrome de Prader-willi, qu’est-ce qui peut faire que l’allèle du père n’est pas exprimable ?
L’allèle peut ne pas avoir été crée, n’existe donc pas ou sinon il y a une hyperméthylation de cet allèle.
Le syndrome d’Angelmann est-il autosomique ou gonosomique ?
Autosomique
Qu’est-ce qu’une anomalie d’empreinte ?
Un dysfonctionnement dans le mécanisme d’empreinte qui est un processus qui active ou inactive certains gènes en fonction qu’ils viennent du père ou de la mère.
Sur quel chromosome on retrouve les soucis concernant le syndrome d’angellman ?
Le 15
En terme de génétique quel type de maladie est le syndrome de Beckwith-Wiedemann ?
Autosomique dominant
Dans un cas normal, l’hormone IGF2 est censé être active sur le chromosome paternel ou maternel ?
Sur le chromosome paternel.
L’hormone IGF2 sert à quoi ?
A la croissance
Un surdosage de l’hormone IGF2 provoque quel type de symptome ?
- Macroglossie (langue trop grande)
- Malformations congénitales
- Viscéromégalie
- Prédisposition à certains cancer (tumeur de Wilms)
Que peut provoquer le déplacement d’un chromosome ?
Exemple : Hyperméthylation des promoteurs de gènes suppresseur de tumeur.
La structure de la chromatine et son fonctionnement peuvent-ils être modifiés par les mécanismes
épigénétiques ?
Oui.
Les DNMT fonctionnent sur l’ADN, les histones ou les deux ?
Uniquement l’ADN
Comment s’appelle le syndrome avec un défaut d’IGF2 ?
Beckwith-wiedemann
Dans le syndrome de Beckwith-widemann, qu’est-ce qu’il ce passe concernant les chromosomes ?
Le gène codant pour l’hormone IGF2 est physiologiquement inactif sur le chromosome maternel. Celui du père, cependant est super actif au lieu d’actif, ce qui el rend pathogène
