3.6 het humane genoom. analyse van genexpressie met microarrays en NGS

Question 1

wat zijn componenten van get humane genoom?

Answer 1

mitochondriaal DNA: 16,5 kb
- max 1000 kopieen per cel: minder dan 1% van het totale DNA

kern DNA: 3000 Mb
- humaan chromosoom bevat 50-250 Mb DNA

Question 2

waaruit bestaat het menselijk genoom?

Answer 2

22 autosomen en 2 geslachtschromosomen

Question 3

wat is een strategie voor het bepalen van de sequenctie van het menselijk genoom?

Answer 3

1. isoleren DNA
2. kloneren DNA
3. delen van het DNA, ordenen op de plek van het chromosoom
4. specifiek deel van het DNA in kleine stukjes knippen
5. sequencen van de kleine stukjes DNA waarna deze weer in de goede volgorde gezet worden

Question 4

wat zijn algemene kenmerken van het humane genoom?

Answer 4

• er zijn 20.000 eiwit-coderende genen in het humane genoom (1,5 zoveel als in fruitvliegje, 3x zoveel als in bakkersgist)
• het proteoom (volledige set eiwitten gecodeerd door het humane genoom) is veel complexer dan dat van invertebrate oranismen
• slechts 1,5% van het huname genoom bestaat uit coderende sequenties (exoom). omdat de meeste genen veel en vaak grote intronen bevatten, wordt ten minste 1/3 deel van het genoom getranscribeerd
• ongeveer de helft van het humane genoom bestaat uit hoog repetitief DNA afkomstig van transposabele elementen
• deze elementen hebben hun transposon activiteit vrijwel geheel verloren

Question 5

hoe verschilt DNA tussen 2 mensen?

Answer 5

1 verschillend per 1000 basen (SNP)=0,1%

Question 6

hoe verschilt DNA tussen mens en chimpansees?

Answer 6

1 verschillend per 100 basen

Question 7

wat is de toepassing van de humane genoomsequentie?

Answer 7

identificeren en kloneren van ziektegenen, inclusief genen die betrokken zijn bij het ontstaan van kanker

identificeren van nieuwe genen die nauw verwant zijn aan bekende drug targets. dit biedt de mogelijkheid nieuwe farmacologische stoffen te ontwikkelen en oude te verbeteren.

vinden mutaties die overgevoeligheid voor medicijnen veroorzaken
hierdoor kan de dosis worden aangepast en minder risico bijwerkingen

Question 8

hoe ontstaan verschillende cellen en hoe kan je ze onderscheiden?

Answer 8

door het maken van combinaties van bepaalde regulatie eiwitten kunnen verschillende soorten celtypen ontstaan. er zijn ongeveer 400 verschillende typen. ze zijn te onderscheiden door te kijken naar genexpressie in de cellen

Question 9

wat is microarray analyse?

Answer 9

er wordt RNA uit zowel de tumorcel als gezonde cel geisoleerd.
er worden labels opgehanhen aan het RBA waarna het geanalyseerd wordt

Question 10

welke 3 opties zijn er bij microarray analyse?

Answer 10

geen oplichting: genen komen niet tot expressie
gele uitslag: genen komen even hard tot expressie in beide weefsels
rode/groene uitslag: genen komen in het ene weefsel meer tot expressie dan in het andere

Question 11

hoe vindt validering plaats van microarray data na de bioinformatica?

Answer 11

western blot
PCR

Question 12

wat is doel microarrays?

Answer 12

verbeteren diagnose en prognose
verbeteren individuele behandeling

Question 13

over wat krijg je inzicht bij microarray analyse?

Answer 13

genen en moleculaire processen

Question 14

wat is toepassing van cDNA microarrays?

Answer 14

oa toepassen bij diffuse large B cell lymphoma (DLBCL)

Question 15

wat is diffuse large B cell lymphoma (DLBCL)?

Answer 15

een ernstige vorm van leukemie

Question 16

noem kenmerken NGS van RNA (RNA-seq)

Answer 16

• groot dynamisch bereik
• gebruik alternatieve promotoren
• alternatieve splicing
• allel specifieke gen expressie
• mutatie detectie
• ontdekking nieuwe exons, niet coderende RNAs, micro RNAs