3.3 chromosomale afwijkingen bij leukemie

Question 1

hoezo is cytogenetica relevant?

Answer 1

voor de diagnose

voor prognose

zegt wat over de reactie op chemotherapie

zegt wat over de leukemogenesis en hematopoese, het helpt met het identificeren van betrokken genen

Question 2

hoe kan je chromosomale afwijkingem detecteren en identificeren?

Answer 2

klassieke cytogenetica (banderingstechnieken)

moleculaire cytogenetica
- fluorescente in situ hybridisatie (FISH)
- Array (SNP array)

moleculaire diagnostiek
- RQ-PCR (fusie genen)
- Q-PCR
- Sequencing (sanger–> NGS)

Question 3

wat is de eerste stap van cytogenetisch onderzoek?

Answer 3

kweken

je gebruikt bloed (met blasten) of beenmerg
je voegt hier groeifactoren aan toe. dit duurt 1-2 dagen.
met colcemid (mitose blok) wordt de deling stopgezet en wordt er een hypotone oplossing toegevoegd waardoor de cellen kapot gaan.

de cellen worden gefixeerd met methanol-azijnzuur waardoor de membraan ontvet wordt. bij het druppelen van de suspensie op het glaasje zullen de membranen breken

laatste fase is bandering (G-/R-/Q-bandering). er is hierna een streepjescode op het dna te zien

Question 4

wat zijn numerieke chromosomale afwijkingen?

Answer 4

winst (van een compleet chromosoom)
verlies (van een compleet chromosoom)

Question 5

wat zijn gebalanceerde structurele chromosomale afwijkingen?

Answer 5

translocatie (uitwisseling van terminaal chromosomaal segment)

inversie (binnen een chromosoom)

insertie

Question 6

wat zijn niet gebalanceerde structurele chromosomale afwijkingen?

Answer 6

deletie
amplificatie
niet gebalanceerde translocatie
gen mutatie

Question 7

waaruit bestaat een chromosoom?

Answer 7

centromeer met erboven een korte arm P en eronder de lange arm Q

Question 8

wat is terminale deletie?

Answer 8

deletie aan het uiteinden van een chromosoom

Question 9

wat is interstitiele deletie?

Answer 9

deletie in het midden van een chromosoom

Question 10

wat is translocatie?

Answer 10

er zijn 2 stukken chromosomaal materiaal uitgewisseld

Question 11

wat is inversie?

Answer 11

waarbij een stuk chromosoom 180 °C is gedraaid

paracentrisch: aan een p of q arm
pericentrisch: aan een centromeer

Question 12

hoe beschrijf je een karyogram?
gebruik vooreeld:
45,XY,-7[10]
t(9;11)(p22,q23)

Answer 12

chromosomenaantal, geslacht, bijzonderheden
er is uit op te maken dat het chromosoom 7 in 10 metafasen mist bij mannelijk karyotypen en dat hij 1 chromosoom mist (45 ipv 46)

breekpunten kunnen aangegeven worden dus:
translocatie op chromosoom 9 en 11. bij chromosoom 9 op de p arm op plek 22
chromosoom 11 op de q arm plek 23

Question 13

wat zijn slechte risico afwijkingen bij AML?

Answer 13

complex karyotype–> slechte prognose

monosomaal karyotype (verlies van 2 autosomen dus verlies van twee monosomieen of er is sprake van 1 monosomie en een structurele afwijking)–> zeer slecht risico

andere onbekende afwijkingen

Question 14

wat is FISH?

Answer 14

fluorescence in situ hybridization
het is een methode om mutaties zichtbaar te maken
het is gericht op een specifieke target

Question 15

wat is probe selectie?

Answer 15

met probe wordt aangetoond of het stukje dna aanwezig is bij de patient

Question 16

welke 2 methoden zijn er bij fish?

Answer 16

de metafase fish
de interfase fish

Question 17

wat is de metafase fish?

Answer 17

fish op gekweekte (delende) cellen
- lymfocyten, leukocyten (beenmerg/bloed), solide tumoren

Question 18

wat is interfase fish?

Answer 18

fish op kernen van niet/slecht delende cellen
- snelle analyse
- beoordeling op basis van aantal signalen (eventueel fusie-signaal, of break-apart probes)

Question 19

wat zijn voordelen van fish?

Answer 19

detectie van microdeleties

breekpunt detectie en verbetering

detectie van cryptische translocaties en complexe genoom veranderingen

snelle diagnostische detectie op kenen in de interfase

demonstratie van kleine hoeveelheid van afwijkende cellen

Question 20

wat zijn nadelen van fish?

Answer 20

gelimiteerde sensitiviteit

geeft alleen antwoorden op de gestelde vragen

beperkte target locaties om te onderzoeken

Question 21

wat zijn fusie probes?

Answer 21

is om translocatie aan te tonen
als er geen translocatie is zie je 2x groen en 2x rood

als er wel translocatie is zie je een x geel (het fusie signaal), een x rood en een x groen

kan ook vals positief zijn als bijv het rode signaal boven de groene ligt door de 3D structuur van DNA. ziet er dan onterecht uit als een geel signaal

Question 22

wat zijn break-apart probes?

Answer 22

stukken gaan uit elkaar als er een breuk tussenkomt

geen translocaties: 2 fusies dus 2x geel
wel translocatie: 1x geel (1 fusie), groen, rood

Question 23

hoezo vormt MM een probleem bij cytogenetisch onderzoek?

Answer 23

multipel myeloom: moeizaam chromosomen onderzoek

afwijkende cellen delen niet of nauwelijks onder lab condities

hierdoor zie je vaak een normaal karyotype met afwijkende FISH op interfase kernen

het aantal afwijkingen zijn chromosoomaal niet zichtbaar (cryptisch)

Question 24

wat is een oplossing voor het MM probleem?

Answer 24

hoger percentrage plasmacellen–> zuivering van de plasmacellen

Question 25

hoe gaat de zuivering van de plasmacellen?

Answer 25

rode bloedcellen verwijderen met rode bloedcel lysis

zuivering met anti-CD138 kit (stem cell technologies)

Question 26

wat is SNP array?

Answer 26

single nucleotide polymorphism
een genoom kan nu breed bekeken worden en worden fouten met kleine resoluties ook in kaart gebracht

Question 27

hoe wordt SNP UITGEVOERD?

Answer 27

met 850.000 probes
er wordt getest of iemand voor een bepaalde SNP homozygoot of heterozygoot is

deleties en duplicaties kunnen makkelijk worden opgespoord

door de allelen kleurtjes te geven kan er worden gekeken naar de verhoudingen

Question 28

hoe wordt SNP geanalyseerd?

Answer 28

mbv logR en B-allele frequency

logR is een maat voor de aantal kopieen die aanwezig zijn

B-allele frequency zegt iets over de frequentie van SNP

Question 29

wat is analyse van SNP?

Answer 29

NORMAAL:
logR=2, allele frequency= AA, AB, BB

DELETIE
logR=1
allele frequency= A-, B-

DUPLICATIE
logR=3
allele frequency= AAA, BBB, AAB, ABB

VERLIES VAN HETEROXYGOSITEIT (LOH)
logR= 2
allele frequency= AA, BB

Question 30

wat is verschil FISH en SNP?

Answer 30

FISH kan niet LOH opsporen en SNP array wel

SNP kan geen translocaties opsporen en FISH wel