Week 1-3 flashcards HH
in welke richting wordt RNA gebouwd door RNA-polymerase?
van 5’ naar 3’
in welke richting wordt RNA afgelezen?
van 3’ naar 5’
in welke richting vindt eiwit translatie plaats?
van 5’ naar 3’
3 stappen RNA processing en waar
- capping 5’
- tailing 3’
- splicing
en in de kern
wat codeert exon of intron?
exon = coderend
hoe kan enhancer transcriptie reguleren?
enhancers zitten voor of na promotor
waarom is condensed / heterochrmatine transcriptioneel inactief?
heterochromatine te dicht geperst: geen ruimte voor transcriptiefactoren
functie nucleolus ?
rRNA maken
hoe worden ribosomen gemaakt?
uit ribosomale eiwitten en specifieke rRNA
hoe herkennen transporters of een eiwit de kernporie on of uit moet?
doordat eiwitten uitgerust zijn met een nucleair import of export signal
welke puntmutaties heb je?
missense: gemuteerde codon codeert voor ander aminozuur
zowel mRNA als eiwit lengte blijft gelijk
nonsense: gemuteerde codon codeert voor stopcodon (UAA, UAG, UGA) die de translatie vevroegd stopt
mRNA gelijke lengte, eiwit korter
silence mutatie: gemuteerde codon codeert nog steeds voor zelfde aminozuur
mRNA en eiwit lengte gelijk
welke frameshift mutaties heb je?
-insertie: meerdere nucleotiden erbij, niet veelvoud 3 dan verandert leesraam
gevolgen voor mRNA (langer worden) en eiwit (langer)
-deletie: er verdwijnt 1 of meerdere nucleotiden, niet veelvoud 3 = ander leesraam
gevolgen voor mRNA en eiwit langer
welke splice mutaties heb je?
splice acceptor mutatie: mutatie in acceptor site: waarbij een exon tot een intron wordt gerekend en het mRNA wordt dus korter en eiwit korter
splice donor mutatie:
mutatie in donor site: intron wordt tot exon gerekend, kan zorgen voor frameshift en langer mRNA en korter eiwit
spliceosomen = herkennen donor en acceptor-side
welk proces vindt plaats in het cytosol bij de aerobe dissimilatie?
cytoplasma
welke processen vindt plaat in het binnenmembraan van de mitochondrien?
citroenzuurcyclus, oxydatieve cylcus
wat is de volgorde van energievebruik?
- verbruik creatinefosfaat
- anaerobe glycolyse met lactaat vorming
- aerobe glycolyse
- vetzuuroxidatie
welke reactie katalyseert AMP en hoe?
anaerobe glycolyse
AMP wordt gevormd uit ADP door de myokinase reactie
hoe herkent de algemene transcriptiefactor de promotor?
door de TATAA-box die op de promotor ligt –> complex
wat is de taak van de promotor icm transcriptiefactor?
het vormen een complex met RNA polymerase
waar liggen enhancers?
overal, voor of na maar niet op promotor
waaraan binden specifieke transcriptiefactoren (ookwel genregulatoreiwit)?
aan de enhancers, alleen mogelijk met DNA-bindingsdomeinen:
- zink vinger eiwitten: binden in grote groeve DNA
- helix-lus helix eiwitten en leucine zipper
- ## H bruggen tussen base en restgroep van aminozuren in t eiwit
wie maakt contact met RNA polymerase?
specifieke transcriptie factoren
wanneer kan de transcriptie starten?
pas nadat de enhancer met de specifieke transcriptiefactoren de hendel vd RNA polymerase heeft gefosforyleerd aka duwtje gegeven
welke domeinen hebben de specifieke transcriptiefactoren?
Dna bindingsdomeinen
- zink vinger eiwitten: binden in grote groeve DNA
- helix-lus helix eiwitten en leucine zipper
- H bruggen tussen base en restgroep van aminozuren in t eiwit
Ook:
- RNA-polymerase 2 activeringsdomein
- dimerisatiedomein (binding van 2 specifieke transcriptiefactoren aan elkaar zodat je een meer volgorde specifieke , stevigere binding met DNA krijgt)
- kernreceptoren: ligandbindingsdomeinen (hormoon)
wat breken proteasomen vooral af en wat lysosomen?
proteasomen sws alleen ubiquitine
lysosomen dmv lage pH en afvalstoffen zijn t en hergebruiken het
RME?
vorm van endocytose: receptor bindt aan plasmamembraan en vervolgens verandering membraan en coated vesicle gevormd, clathrine laat los en de vesicle met receptoren komt in endosoom.
endosoom splitst vervolgens de receptoren en opgenomen deeltje naar lysosoom
verschillende celtypen in verschillende weefsels maken ECM, wie maakt wat?
fibroblasten maken ECM in bindweefsel
chondrocyten maken ECM in kraakbeen
osteocyten maken ECM in bot
ECM drie componenten:
- collageen (-fibrillen: pro-collageenmoleculen vormen collageenfibrillen)
- proteoglycanen = binden veel water en krijgen gelstructuur om druk en schokken op te vangen –> onmisbaar in kraakbeen (veel!)
- elastische vezels / fibrillen = pro-elastine aan elkaar gekoppeld tot strengen elastine fibrillen
