studi gwas Flashcards
definizione
sono degli approcci di genotipizzazione, NGS ovvero uno studio di associazione genome wide, in cui sono stati indagati tutti i geni presenti nei diversi individui, in modo da determinare le variazioni genetiche tra individui, è un metodo per identificare i loci di suscettibilità in malattie complesse (domanda). Successivamente si è cercato di associare le differenze genetiche, e le varianti osservate a malattie
utilità gwas
sono utili ad individuare i pattern molecolari della malattia. Sono degli studi eseguiti sull’intero genoma per osservare la massima variabilità possibile,
come si esegue gwas
si mettono a confronto i DNA di due gruppi di persone, individui malati, ed individui sani quanto più simili in caratteristiche generali agli individui malati. Si preleva da questi un campione di DNA, che poi viene analizzato tramite microarray, in grado di leggere milioni di sequenze, e le informazioni ricavate vengono elaborate tramite computer con tecniche bioinformatiche, non sequenziando ma genotipizzando, ricercando quindi i polimorfismi a singolo nucleotide, non le intere sequenze.
metodi possibili di esecuzione gwas
- Metodi guidati da ipotesi, si parte dall’ipotesi che un determinato gene sia associato con la malattia, e l’analisi confermerà o meno questa asserzione,
- Metodi non guidati da ipotesi, non si ritiene come ipotesi diagnostica che un certo gene sia associato con la malattia, è necessario scandagliare l’intero genoma per ritrovare il gene legato alla patologia
come rappresentare i risultati di gwas
- Circus plot,
- Manhattan plot
IMPLICAZIONI ED UTILITA’ DELLA GENETICA E DEI METODI DI GENOTIPIZZAZIONI NELLE MALATTIE MONOGENETICHE SEMPLICI
- Diagnosi, sia tramite i mezzi classici di caratterizzazione genetica che tramite i metodi di nuova generazione ( WES) per malattie monogeniche con base ignota,
- Implicazioni terapeutiche, attraverso lo studio dei geni modificatori, tramite progressi nella terapia genica ed il gene editing
MPLICAZIONI ED UTILITA’ DELLA GENETICA E DEI METODI DI GENOTIPIZZAZIONI NELLE MALATTIE COMPLESSE
- Diagnosi, definizione del rischio di contrarre la patologia attraverso polygenic risck score, in individui pre sintomatici, in patologie dove potrebbero essere corrette nuove terapie o misure preventive
- Terapia, identificazione dei bersagli terapeutici grazie alla comprensione delle molecole coinvolte nella loro insorgenza
BENEFICI DI APPLICAZIONE DELLE CONOSCENZE GENETICHE ATTUALI,
- Diagnosi ed esclusione di malattie genetiche rare in un minuto,
- Prevenzione di tumori eredofamiliari
- Analisi farmacogenetiche, uso ottimale di informazione genetica per guidare la scelta verso la terapia corretta,
- Formazione di figure di medici e bioinformatici specializzati in consultazioni genetiche su larga scala
IMPORTANZA RICERCA GENETICA E STUDI DI GENOMICA IN GESTIONE MEDICA
- Studio delle malattie complesse con i nuovi metodi di caratterizzazione genetica sta rivoluzionando la conoscenza sulle loro cause,
- Le conoscenze sulle cause, la correlazione di un gene mutato con una determinata proteina consente di conoscere il meccanismo alla base della patologia, cosa che porta poi a ritrovare bersagli specifici per la terapia,
- Gwas può consentire lo studio degli effetti dei geni modificatori, es malattia di Huntington , (domanda)
- La conoscenza dei bersagli della patologia porta poi a sviluppare nuovi farmaci che presentano come target i prodotti proteici dei geni coinvolti
BERSAGLI TERAPEUTICI INDIVIDUATI DAGLI STUDI DI GENOMICA
- Più frequentemente sono prevalentemente le proteine codificate dai geni.
- Più raramente , i geni stessi
polygenic risk score , definizione
riassume l’effetto delle varianti geniche associate ad una patologia o tratto sull’espressione della patologia stessa, fornendo una stima di quanto sia probabile che l’individuo contragga una data patologia solo in base alla genetica predisponente
utilità polygenic risk score
, prevalentemente utile in interventi preventivi come succede in patologie cardiovascolari e tumori,
