Proyecto ENCODE

Question 1

Función principal del proyecto ENCODE

Answer 1

Identificar elementos funcionales del genoma humano

Question 2

¿Qué regiones pretende identificar el proyecto ENCODE?

Answer 2

• Genes codificantes y no condificantes para proteínas
• Reguladores de transcripción
• Mediadores de estructura/dinamica cromosómica

Question 3

Fases del proyecto ENCODE

Answer 3

• piloto (humano)
• fase 2 (humano)
• fase 3 (humano & raton)
• fase 4 (humano & raton)

Question 4

Objetivos de la fase piloto (4)

Answer 4

• Mapeo 30 megabases (−1% del genoma)
• Detectar elementos con función biológica
• Evalua estrategias para la identificacion de regiones
• Desarrollo tecnologico → nuevas estrategias computacionales y deducir nuevas regiones

Question 5

¿Cuántas regiones se eligieron para la fase piloto y para qué se utilizaron?

Answer 5

44 (30 MB) → identificar regiones de ADN que transcriban a ARN

Question 6

Fase piltoto

Long-range regulatory elements analizados en el proyecto

Answer 6

• Enhancers
• Represores/silenciadores
• Aisladores

Question 7

Fase piltoto

Cis regulatory elements analizados en el proyecto

Answer 7

• Promotores
• Sitios de union del factor de transcripcion
• Sitios hipersensitivos
• Sitios de replicacion de ADN

Question 8

Fase piloto

Método de laboratorio utilizado durante la fase piloto del proyecto ENCODE

Answer 8

ChIP-chip → cromatine inmunoprecipitation

Question 9

Función principal del método ChIP-chip

Answer 9

• Identificar sitios de union de las proteinas al ADN
• Ej: FT, histonas, reguladores cromatins

Question 10

Pasos hibridación ChIP-chip

Answer 10

1. formaldehído → cruze ADN-proteínas
2. lisis ADN (sonificación/enzima AKA)
3. selección mediante Ac contra un epítopo específico
4. la muestra se secuencia

Question 11

Fase 2 del proyecto ENCODE

Answer 11

• 13 articulos
• Conocer estructura y funcionamiento de la info genomica

Question 12

Contenido del artículo 1 de la fase 2 del proyecto ENCODE

Answer 12

• Mapeo de 119 regiones
• Encuentro de componentes de RNA pol en 72 tipos de cx (mediante ChIP-Seq)
• 87 seq. específicas para FT
• 8.1% del genoma → sitio unión a prt
• FactorBook

Question 13

Artículo 1 - Fase 2

¿Qué porcentaje del genoma contiene regiones de union a FT?

Answer 13

8.1%

Question 14

Artículo 2 - Fase 2

¿Para qué se exploran los patrones de sitio de unión de FT?

Answer 14

Análisis de propiedades de la cromatina (ej. metilación)

Question 15

Artículo 2 - Fase 2

¿Qué se evalua en la unión H3K27me3?

Answer 15

Modificacion epigenética:
* Histona H3
* Metilacion de la lisina 27

Question 16

Artículo 1 - Fase 2

¿Qué # de regiones fueron secuencias especificas para factores de transcripción?

Answer 16

87 regiones

Question 17

Artículo 1 - Fase 2

FACTORBOOK

Answer 17

Catálogo de sitios de unión a factores de transcripción

Question 18

Año en el que fue creado el proyecto ENCODE

Answer 18

2003

Question 19

¿Qué es un elemento funcional?

Answer 19

Segmento discreto del genoma → codifica un producto definido o firma bioquímica reproducible (TBS)

TBS: transcription binding sites

Question 20

2008-2012

¿Qué caracterizó a la fase dos del proyecto ENCODE?

Answer 20

Secuenciación de regiones ortólogas → comparar y encontrar elementos conservados a nivel evolutivo

Ortólogo: otras especies

Question 21

¿Qué postula el artículo 4 de las fase 2 del proyecto ENCODE?

Answer 21

Modelos de predicción entre la modificación de histonas y los promotores

RNA y modificación de cromatina alrededor de regiones promotoras

Question 22

¿Qué postula el artículo 3 de las fase 2 del proyecto ENCODE?

Answer 22

• Carateriza regiones intergénicas
• Define “gen”

Question 23

¿Qué postula el artículo 5 de las fase 2 del proyecto ENCODE?

Answer 23

Regulación epigenética mediante promotores
* Cajas TATA
* Islas CpG (menos que TATA)

Question 24

¿Qué postula el artículo 6 de las fase 2 del proyecto ENCODE?

Answer 24

• CAGE-seq identifica TSSs y caperuza
• Asociaciones entre RNA menores a 200 nt

TSSs: sitios donde inicia transcripcion

Question 25

¿Qué postula el artículo 7 de las fase 2 del proyecto ENCODE?

Answer 25

• descubrimiento de enhancers
• caracterización de red topológica
• conexiones 3D del genoma
• entendimiento de variaciones
• selecciones evolutivas