Proyecto del genoma humano Flashcards
¿Por qué se uso la Drosophila?
- tiempo de desarrollo (10 días)
- ↓ tamaño → gran # de individuos
- mantenimiento de bajo costo
1915 Morgan, 85 mutantes dif
Fechas de inicio y fin del HGP
de 1990-2003
13 años → result. publicados 2001 (Nature Science)
(1) Selección de muestras y métodos
Características de las muestras biológicas del proyecto del genoma humano
- 21 donadores anónimos
- 🩸 y semen
- Clonas de fragmentos → ¿mejor calidad? → ✅ in
(1) Selección de muestras y métodos
- ¿Qué es una librería y cuántas kilo bases puede almancenar?
- ¿Qué técnica se utilizaron para clonar y secuenciar en HGP?
- Colecciones de fragmentos de DNA clonado para investigación (100-200 kb)
- Técnica BAC (clonar) & Sanger ABI PRISM 3700 ADN Analyzer (secuenciar)
BAC: cromosoma bacteriano artificial
BAC-based / clone by clone
(1) Selección de muestras y métodos
¿Qué pasa con los errores no identificados en la secuenciación del HGP?
↓ efectividad del ensamblaje
(1) Selección de muestras y métodos
¿Cómo fue el control de calidad del HGP?
- secuencia promedio de 543pb
- especificidad del 99.5%
- verificacion contaminacion con E. Coli o ADN mitocondrial
(1) Selección de muestras y métodos
Vector utilizador para la clonación en el HGP
E. coli
Verificar ausencia de contaminación
(2) Estrategia y caracterización de ensamblaje
¿Cuáles fueron los 2 conjuntos de bases datos que se usaron para la estrategia y caracterización del ensamblaje del genoma?
-
celera genomics (privado)
→ 27.27 millones de lecturas de 543pb de 16 librerias -
HGP (públicos)
→ derivado de librerias BAC
(3) Predicción y anotación de genes
- ¿Cúal fue la predicción que se tenía respecto a los genes codificantes?
- ¿Cuál fue el resultado real?
- Que habian 30,000-40,000 en todo el cuerpo (pero encontraron 100,000 solo en 🧠)
- Sector público/privado ≈ 142 mil genes
(3) Predicción y anotación de genes
¿En qué se basaron los cálculos para predecir el número de genes codificantes?
- Marcadores de secuencia expresada (EST)
- Islas CpG (regiones promotoras → C y G ❌ metiladas)
EST → express sequence tag
(4) Estrucura del genoma
¿Qué es el mapeo citogenético?
marcar bandas C y G en los cromosomas con giemnsa en el centrómero, telómeros, etc.
¿Qué es el mapeo de ligamiento?
ubicación relativa de genes en cromosomas y cómo se relacionan entre sí analizando los patrones de herencia (marcadores genéticos)
¿Qué son las islas CpG?
- regiones ADN no metilado
- gran cantidad C y G
- hay entre 30,000-45,000
- dan mas firmeza
¿Cuál es el cromosoma que tiene más elementos repetidos?
cromosoma 19
Porcentajes del genoma humano con respecto a sus secuencias
- 80% del genoma es no codificante
- 70% del genoma son copias únicas
- 30-40% son secuencias altamente repetitivas
secuencias repetitivas: crimenes u orígenes
