Proyecto del genoma humano Flashcards
¿Por qué se uso la Drosophila?
- tiempo de desarrollo (10 días)
- ↓ tamaño → gran # de individuos
- mantenimiento de bajo costo
1915 Morgan, 85 mutantes dif
Fechas de inicio y fin del HGP
de 1990-2003
13 años → result. publicados 2001 (Nature Science)
(1) Selección de muestras y métodos
Características de las muestras biológicas del proyecto del genoma humano
- 21 donadores anónimos
- 🩸 y semen
- Clonas de fragmentos → ¿mejor calidad? → ✅ in
(1) Selección de muestras y métodos
- ¿Qué es una librería y cuántas kilo bases puede almancenar?
- ¿Qué técnica se utilizaron para clonar y secuenciar en HGP?
- Colecciones de fragmentos de DNA clonado para investigación (100-200 kb)
- Técnica BAC (clonar) & Sanger ABI PRISM 3700 ADN Analyzer (secuenciar)
BAC: cromosoma bacteriano artificial
BAC-based / clone by clone
(1) Selección de muestras y métodos
¿Qué pasa con los errores no identificados en la secuenciación del HGP?
↓ efectividad del ensamblaje
(1) Selección de muestras y métodos
¿Cómo fue el control de calidad del HGP?
- secuencia promedio de 543pb
- especificidad del 99.5%
- verificacion contaminacion con E. Coli o ADN mitocondrial
(1) Selección de muestras y métodos
Vector utilizador para la clonación en el HGP
E. coli
Verificar ausencia de contaminación
(2) Estrategia y caracterización de ensamblaje
¿Cuáles fueron los 2 conjuntos de bases datos que se usaron para la estrategia y caracterización del ensamblaje del genoma?
-
celera genomics (privado)
→ 27.27 millones de lecturas de 543pb de 16 librerias -
HGP (públicos)
→ derivado de librerias BAC
(3) Predicción y anotación de genes
- ¿Cúal fue la predicción que se tenía respecto a los genes codificantes?
- ¿Cuál fue el resultado real?
- 100,000 pero solo se encontraron 30,000-40,000
- Sector público/privado ≈ 142 mil genes
(3) Predicción y anotación de genes
¿En qué se basaron los cálculos para predecir el número de genes codificantes?
- Marcadores de secuencia expresada (EST)
- Islas CpG (regiones promotoras → C y G ❌ metiladas)
EST → express sequence tag
Países que participaron en el PGH
- USA
- UK
- francia
- alemania
- japón
- china
(4) Estrucura del genoma
¿Qué es el mapeo citogenético?
marcar bandas C y G en los cromosomas con giemnsa en el centrómero, telómeros, etc.
¿Qué es el mapeo de ligamiento?
ubicación relativa de genes en cromosomas y cómo se relacionan entre sí analizando los patrones de herencia (marcadores genéticos)
¿Cuál es el cromosoma que tiene más elementos repetidos?
cromosoma 19
Porcentajes del genoma humano con respecto a sus secuencias
- 80% del genoma es no codificante
- 70% del genoma son copias únicas
- 30-40% son secuencias altamente repetitivas
secuencias repetitivas: crimenes u orígenes
¿Cuál es el % del genoma humano que codifica para proteínas?
2%
¿Cuál es el % del genoma humano considerado como “junk DNA/Extragénico?
98%
Encargados de monitorizar el HGP
- National Institute of Health
- US Deparment of Energy
En el HGP solo se logró codificar el 5% del genoma, ¿por qué?
Solo se secuenciaron regiones codificates, no el “ADN basura”
¿Cuál fue el genoma utilizado para la estandarización del protocolo?
Drosophila melanogaster
mosca de la fruta
Objetivos del proyecto del genoma humano (5)
- Conocer, caracterizar y clasificar genes
- Secuenciar 3 mil millones de nt
- Organizar y almacenar info de bases de datos
- Secuenciación rápida/efectiva (nuevas tecnologías)
- Regulación ética y legal
(2) Estrategia y caracterización de ensamblaje
¿Qué es el ensamblaje?
Unión de fragmentos superpuetos
* Sopreposición ↓ 40 pb
* ❌ ↑ 6% de diferencias entre muestras
Se usa electroforesis
Etapas del proyecto del genoma humano
- Obtener muestras/métodos de secuenciación
- Estrategia/caracterización de ensamblaje
- Predicción/anotación de genes
- Estructura del genoma
- Evolución “”
- Examinación de variaciones en el genoma completo
- Predicción
¿Cuál es la ubicación 📍 más común de agrupación de los genes codificantes?
regiones subtelomércias
¿Cuál es la ubicación 📍 más común de agrupación de los genes NO codificantes?
regiones heterocromáticas y centroméricas
