Análisis genómicos y proteomicos

Question 1

¿Qué es una muestra biológica?

Answer 1

Muestra de material (orina, sangre, proteínas, etc) de seres humanos, plantas o animales

Question 2

・

Métodos de obtención de muestras biológicas

Answer 2

• Extracción de sangre
• Biopsia
• Frotis
• Hisopado
• Punción lumbar

Question 3

・

¿Para qué se usa el manejo y conservación de muestras biológicas?

Answer 3

• Dx. y monitorización de enf
• Investigación
• Creación de bancos de datos genéticos

Question 4

¿Qué permiten determinar y evaluar los fluidos corporales?

Answer 4

• Estado biológico y bioquímico
• Inflamación, infecciones y tumores

Question 5

・

¿Qué se analiza en un fluido corporal?

Answer 5

• Volumen
• Apariencia
• Color
• Conteo celular

Para extraccion de ADN y ARN

Question 6

Metodología que permite la identificación de moléculas de ADN/ARN y proteínas de fluidos corporales mediante la hibridación en una estructura de vidrio/silicona

Answer 6

Microarreglos

Question 7

Fundamentos de los microarreglos

Answer 7

1. Hibridación de ac. nucléicos → 📍 señal
2. Detección por fluorescencia (BN marcada)

Question 8

Principio que sostiene el método de la hibridación

Answer 8

De complementariedad

Question 9

Método que permite la lectura de miles de variantes en un solo ensayo

Answer 9

Microarreglos

Question 10

¿Qué es la hibridación?

Answer 10

Union de 2 cadenas complementarias (se complementan sus bases)

Question 11

Tipos de microarreglos

Answer 11

• ADN
• ARN
• Metilación (CpG)
• Proteínas

Question 12

¿Qué se detecta en los microarreglos de DNA?

Answer 12

SNPs

Nomenclatura: rs

Question 13

Microarreglo de ADN

Proceso del microarreglo

Answer 13

• ⁠Se distribuyen oligonucleótidos (15-25 nt) sobre estructura de sílice/silicona (portaobjetos)
• Se agregan fragmentos de DNA (librerías)
• Hibridación
• ⁠Resultado = fluorescencia

Question 14

Microarreglos de cADN

NO es correcto decir micorarreglo de ARN

Answer 14

• Análisis de la expresión génica
• Se analiza cDNA (RNA muy inestable)

Question 15

¿Qué pasa en el microarreglo del cADN?

Answer 15

1. Oligos DT “primers” para identificar fragmentos con cola de poli A
2. Complementas las A con T mediante TR (doble cadena) ARN → cADN
3. ADNc se adhiere al microarreglo

Question 16

Microarreglos de metilación

Answer 16

Análisis y comparación de sitios de metilación (CpG)

Question 17

Microarreglos de proteínas

Answer 17

Análisis de proteínas mediantes la utilización de Ac específicos

Question 18

V/F

¿Todos los microarreglos conllevan hibridación?

Answer 18

Verdadero

Question 19

Microarreglo de ADN

• ¿Qué son las librerías?
• ¿Con qué se hacen los cortes?

Answer 19

• Colecciones de clonas de ADN
• Enzimas de restricción (digestión controlada)

Question 20

Microarreglo de ADN

¿Qué elementos se necesita para generar librerías?

Answer 20

• Células del organismo
• Enzimas de restricción
• Vector (bacterias o levaduras)

Question 21

Pasos para el microarreglo de ADN

Para generar librerías se necesitan células del organismo a estudiar. Principalmente se estudian los…

Answer 21

Leucocitos

Question 22

Pasos para el microarreglo de ADN

Factores que pueden modificar el corte de una enzima de restricción y por ende permiten al investigador jugar con el tamaño de corte y tener controles de calidad internos

Answer 22

• Concentracion de la enzima
• ⏱️ de exposicion a la enzima

Para la eficiencia (# de cortes que haga)

Question 23

Pasos para el microarreglo de ADN

Una vez que la enzima de restricción haya hecho el ✂️ dependiendo de su concentración y ⏱️ de exposición ¿Qué pasa con los fragmentos?

Answer 23

Se traslapan

Question 24

Pasos para el microarreglo de ADN

Cuando se traslapan los fragmentos de ADN ¿A dónde se van a unir y clonar?

Answer 24

• Se unen a un vector
• Se clonan en bacterias o levaduras

Question 25

Pasos para el microarreglo de ADN

Una vez que se clonan los fragmentos en bacterias y levaduras ¿Qué sigue?

Answer 25

Se extraen y se insertan en el microarreglo

Question 26

Pasos para el microarreglo de ADN

Una vez que las clonas de bacterias y levaduras se insertan en el microarreglo ¿Qué pasa?

Answer 26

Complementariedad (hibridación)
(🔍 polimorfismo)

Question 27

Pasos para el microarreglo de ADN

¿Para qué sirve que los fragmentos generados por la enzima de restricción se traslapen?

Answer 27

Control de calidad interno

Question 28

Microarreglo de ADN

Aplicación de los microarreglos

Answer 28

• Forense (ident. individuos por SNPs)
• Ciencias de la salud (enf. metabólicas)

Se encuentran genotipos

Question 29

Microarreglo de ARN

Usos de los microarreglos en la microbiología

Answer 29

• ⁠Estudios de patogenicidad
• Resistencia bacteriana

Question 30

Metilación

¿En dónde se realiza la metilación?

Answer 30

Carbono 5 de la citosina

Question 31

Metilación

Microarreglos de metilación
(⁠S-adenosil metionina)

Answer 31

• ⁠Silencia/inactiva los genes
• Altamente asociado al desarrollo de cáncer

Question 32

Metilación

• ¿Qué hizo Illumina?
• % de genes referenciados
• ¿Cuántas islas CpG?

Answer 32

• Human Methylation 450 Beadchip
• 99% de genes referenciados
• 250 mil islas CpG

Question 33

Metilación

Infinitum II
* ¿Qué identifica esta metolodogía?
* ¿Qué se hace en la metodología?

Answer 33

• Identifica la no metilación
• Reacción de bisulfito → identifica citosinas no metiladas y los cambia por una timina o uracilo (sin importar la complementariedad)

✔️ metilada = ❌ cambio