Análisis genómicos y proteomicos Flashcards
¿Qué es una muestra biológica?
Muestra de material (orina, sangre, proteínas, etc) de seres humanos, plantas o animales
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Métodos de obtención de muestras biológicas
- Extracción de sangre
- Biopsia
- Frotis
- Hisopado
- Punción lumbar
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¿Para qué se usa el manejo y conservación de muestras biológicas?
- Dx. y monitorización de enf
- Investigación
- Creación de bancos de datos genéticos
¿Qué permiten determinar y evaluar los fluidos corporales?
- Estado biológico y bioquímico
- Inflamación, infecciones y tumores
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¿Qué se analiza en un fluido corporal?
- Volumen
- Apariencia
- Color
- Conteo celular
Para extraccion de ADN y ARN
Metodología que permite la identificación de moléculas de ADN/ARN y proteínas de fluidos corporales mediante la hibridación en una estructura de vidrio/silicona
Microarreglos
Fundamentos de los microarreglos
- Hibridación de ac. nucléicos → 📍 señal
- Detección por fluorescencia (BN marcada)
Principio que sostiene el método de la hibridación
De complementariedad
Método que permite la lectura de miles de variantes en un solo ensayo
Microarreglos
¿Qué es la hibridación?
Union de 2 cadenas complementarias (se complementan sus bases)
Tipos de microarreglos
- ADN
- ARN
- Metilación (CpG)
- Proteínas
¿Qué se detecta en los microarreglos de DNA?
SNPs
Nomenclatura: rs
Microarreglo de ADN
Proceso del microarreglo
- Se distribuyen oligonucleótidos (15-25 nt) sobre estructura de sílice/silicona (portaobjetos)
- Se agregan fragmentos de DNA (librerías)
- Hibridación
- Resultado = fluorescencia
Microarreglos de cADN
NO es correcto decir micorarreglo de ARN
- Análisis de la expresión génica
- Se analiza cDNA (RNA muy inestable)
¿Qué pasa en el microarreglo del cADN?
- Oligos DT “primers” para identificar fragmentos con cola de poli A
- Complementas las A con T mediante TR (doble cadena) ARN → cADN
- ADNc se adhiere al microarreglo
Microarreglos de metilación
Análisis y comparación de sitios de metilación (CpG)
Microarreglos de proteínas
Análisis de proteínas mediantes la utilización de Ac específicos
V/F
¿Todos los microarreglos conllevan hibridación?
Verdadero
Microarreglo de ADN
- ¿Qué son las librerías?
- ¿Con qué se hacen los cortes?
- Colecciones de clonas de ADN
- Enzimas de restricción (digestión controlada)
Microarreglo de ADN
¿Qué elementos se necesita para generar librerías?
- Células del organismo
- Enzimas de restricción
- Vector (bacterias o levaduras)
Pasos para el microarreglo de ADN
Para generar librerías se necesitan células del organismo a estudiar. Principalmente se estudian los…
Leucocitos
Pasos para el microarreglo de ADN
Factores que pueden modificar el corte de una enzima de restricción y por ende permiten al investigador jugar con el tamaño de corte y tener controles de calidad internos
- Concentracion de la enzima
- ⏱️ de exposicion a la enzima
Para la eficiencia (# de cortes que haga)
Pasos para el microarreglo de ADN
Una vez que la enzima de restricción haya hecho el ✂️ dependiendo de su concentración y ⏱️ de exposición ¿Qué pasa con los fragmentos?
Se traslapan
Pasos para el microarreglo de ADN
Cuando se traslapan los fragmentos de ADN ¿A dónde se van a unir y clonar?
- Se unen a un vector
- Se clonan en bacterias o levaduras
Pasos para el microarreglo de ADN
Una vez que se clonan los fragmentos en bacterias y levaduras ¿Qué sigue?
Se extraen y se insertan en el microarreglo
Pasos para el microarreglo de ADN
Una vez que las clonas de bacterias y levaduras se insertan en el microarreglo ¿Qué pasa?
Complementariedad (hibridación)
(🔍 polimorfismo)
Pasos para el microarreglo de ADN
¿Para qué sirve que los fragmentos generados por la enzima de restricción se traslapen?
Control de calidad interno
Microarreglo de ADN
Aplicación de los microarreglos
- Forense (ident. individuos por SNPs)
- Ciencias de la salud (enf. metabólicas)
Se encuentran genotipos
Microarreglo de ARN
Usos de los microarreglos en la microbiología
- Estudios de patogenicidad
- Resistencia bacteriana
Metilación
¿En dónde se realiza la metilación?
Carbono 5 de la citosina
Metilación
Microarreglos de metilación
(S-adenosil metionina)
- Silencia/inactiva los genes
- Altamente asociado al desarrollo de cáncer
Metilación
- ¿Qué hizo Illumina?
- % de genes referenciados
- ¿Cuántas islas CpG?
- Human Methylation 450 Beadchip
- 99% de genes referenciados
- 250 mil islas CpG
Metilación
Infinitum II
* ¿Qué identifica esta metolodogía?
* ¿Qué se hace en la metodología?
- Identifica la no metilación
- Reacción de bisulfito → identifica citosinas no metiladas y los cambia por una timina o uracilo (sin importar la complementariedad)
✔️ metilada = ❌ cambio
