IIIc control epigenético Flashcards
mecanismos epigenéticos
-modificación de las histonas
-remodelación de la cromatina
-organización espacial de la cromatina
-metilación del ADN
-miRNAS
CÓDIGO DE HISTONAS
suma de las modificaciones de histonas
podrían extender la información potencial del material genético, almacenándola en la cromatina de forma epigenética
diferente en distintas partes del genoma
HAT
histona acetil transferasa
activación transcripcional
HDAC
histona desacetilasa
restaura carga positiva de lisinas, la cromatina se compacta y es menos accesibles a las proteínas reguladoras para transcripción (ej. HDAC1 y HDAC2 en humanos)
p300/CBP
acetila a H4
interactúa con factores de transcripción receptores hormonales, AP-1 y MyoD
algunas proteínas virales inhiben la transcripción uniéndose a p300/CBP generación de tumores
PCAF
P300/CBP associated factor
Acetila H3
ACTR
acetila H3 y H4
recluta a p300/CBP y PCAF
fosforilación de las histonas
promueve expresión génica abriendo la estructura de la cromatina al añadir carga negativa
en residuos de serina y treonina mediada por cinasas y eliminadas por fosfatasas
remodelación de la cromatina
proceso general de inducción de cambios en la estructura de la cromatina
-modelo de pre-vaciado
-modelo dinámico
-complejos remodeladores
modelo de pre-vaciado
histonas y factores de transcripción compiten por DNA y una vez que cualquiera de ellos toma posesión, no puede ser desplazado
promotores libres durante la replicación deben mantenerse ocupados por los factores de transcripción evitando la llegada de las histonas
importante para establecer in vitro que hay una competencia más que demostrar que efectivamente se utiliza in vivo
histonas VS TFIID o TFIIIA
(transcrpción de rRNA 5S)
modelo de pre-vaciado
modelo dinámico
existencia de factores de transcripción que utilizan energía proporcionada por ATP para desplazar a los nucleosomas
el gran número de contactos proteína-proteína y proteína-DNA que deben ser interrumpidos para liberar las histonas de la cromatina hace improbable que las histonas libres estén en equilibrio espontáneo con los octámeros
factor de transcripción GAGA en el promotor de hsp70 Drosophila puede <romper> el nucleosoma y relocalizarlo</romper>
modelo dinámico
tienen actividad ATPasa
permiten que activadores transcripcionales tengan acceso a sitios diana
algunos poseen TAFs
complejos remodeladores de la cromatina
q provocan los complejos remodeladores de la cromatina
-cambio conformacional del DNA en la superficie del octámero
-que los nucleosomas cambien su posición (deslizamiento)
-cambio en la composición de histonas del octámero
-pérdida parcial (H2A-H2B) o total del octámero
complejo SWI/SNF
complejo remodelador de la cromatina
a ph fisiologico los grupos aminos de la cadena lateral de la lisina están:
protonados
*histonas no acetiladas
la acetilación de las lisinas produce grupos:
amida, que no se protonan a ph fisiologico
*histonas acetiladas
residuos de aa de las histonas q se fosforilan para promover la expresión génica
serina y treonina
proceso general de induccion de cambios en la estructura de la cromatina
remodelación de la cromatina
-modelo prevaciado
-modelo dinámico
-complejos remodeladores
las histonas y los factores transcripcionales compiten por el DNA y una vez que cualquiera de ellos toma posesión, no puede ser desplazado
modelo pre-vaciado
*Ej: histonas vs TFIID oTFIIIA (transcripcion de rRNA 5S)
los promotores libres durante la replicacion deben de mantenerse ocupados por los factores de transcripcion evitando la llegada de histonas
modelo pre-vaciado
importante para establecer in vitro que hay una competencia más que demostrar que efectivamente se utiliza in vivo
modelo pre-vaciado
*in vitro se ve q hay esa competencia
se basa en la existencia de factores de transcripción que utilizan la energía proporcionada por el ATP para desplazar los nucleosomas
modelo dinámico
el gran numero de contactos proteína-proteína y proteína-DNA q deben ser interrumpidos para liberar las histonas de la cromatina hace improbable q las histonas libres esten en equilibrio espontaneo con los octámeros
modelo dinámico
ej, factor de transcripcion GAGA en el promotor de hsp70 de Drosophila puede romper el nucleosoma y relocalizarlo
modelo dinámico
algunos factores de transcripcion no pueden unirse al dna lineal pero sí sobre el nucleosoma
verdadero o falso
verdadero
ej. receptores de hormonas esteroideas
tiene actividad ATPasa
permiten que activadores transcripcionales tengan acceso a sitios diana
algunos poseen TAFs
complejos remodeladores de la cromatina
la organización de los 46 cromosomas interfásicos humanos en el núcleo no es al azar sino que ocupan zonas específicas conocidas como territorios cromosómicos
verdadero o falso
verdadero
verdadero o falso
en general los cromosomas homólogos colocalizan
falso
NO colocalizan
provocan:
-cambio comformacional del DNA en la superficie del octámero
-que los nucleosomas cambien su posición (desplazamiento)
-cambio en la composición de histonas del octámero
-pérdida parcial (H2A-H2B) o total del octámero
complejos remodeladores de la cromatina
ej complejo SWI/SNF
complejos remodeladores de la cromatina
regiones ricas en genes estan hacia:
centro del nucleo
la _________ esta estrechamente asociada a la lamina nuclear
heterocromatina
DNMT
DNA metiltransferasa
*ausencia de transcripción
posición donde ocurre la metilacion
posición 5 de la citosina (4% genoma)
necesaria pero no suficiente para transcripción activa
hipometilación
recluta represores transcripcionales (MeCP1, MeCP2, histona desacetilasa)
hipermetilacion
ej en adenocarcinoma pulmonar asociado al tabaco existen diferencias significativas en la metilación de islas CpG
metilación del DNA
secuencias dinucleótidas CG especialmente abundantes en regiones promotoras
islotes CpG
*posiciones metilables
cuantas pb y porcentaje de GC hay en los islotes CpG
500pb con un porcentaje GC de 60%
20000 en el genoma humano
cómo son los nucleosomas en islotes CpG hipometilados?
tienen un contenido reducido de histona H1 (empaquetamiento ligero), e histonas acetiladas
conformación del dna q parece estar favorecida en secuencias ricas en CG
conformación Z
el DNA metilado es reconocido por proteinas como:
MeCP1 y MeCP2 q ompiden la union de factores de transcripcion o bien bloquean el avance de RNA polimerasa
el gen no se transcribe
cada tejido presenta un patron caracteristico de
metilacion en sus células
en una fase muy precoz de la embrigenesis, cuando las celulas no estan diferenciadas, se elimina completamente del DNA el :
patron de metilacion heredado de los gametos progenitores
coincidiendo con la formación de los distintos tipos celulares, se incorpora al DNA:
un patron espeifico de sitios metilados, propio ya del embrión pero diferente en cada tejido
tras cada ronda de replicación, se reproduce fielmente en las hebras nuevas de DNA el :
esquema de metilación presentes en las hebras progenitoras, q actuan de molde
el patron se conserva en todas las celulas hijas de un tipo determinado
