Virusgenetik Flashcards
Vad består virusgenom av?
RNA eller DNA
Aldrig båda
Hur klassificeras virus?
DNA virus
- dsDNA (ex. Herpesvirus)
- ssDNA (ex. Parvovirus B19)
RNA virus
- dsRNA - dubbelsträngat RNA virus (ex. Rotavirus)
- +ssRNA - positivt enkelsträngat RNA virus (ex. Norovirus)
- -ssRNA - negativt enkelsträngat RNA virus (ex. Influenza)
RNA-virus kan utyttja för cellen förbjudna vägar. Vilka?
RNA-virus kodar två egna enzym, för att utnyttja förbjudna vägar. Vad heter dessa och vad gör de?
- Omvänt transkriptas - omvandlar RNA till DNA
- RNA-beroende RNA polymeras - enzym som kopierar RNA
Vad är skillnaden mellan positive strand (+) och negative strand (-) RNA hos virus?
- Positive strand (+)-RNA har startkodon och fungerar som mRNA
- Negative strand (-)-RNA är komplementärt till (+)-RNA och fungerar EJ som mRNA, utan måste först kopieras till att bli (+)-RNA
Var sker replikationen av RNA, respektive DNA virusgenom?
- RNA - cytoplasman
- DNA - kärnan
Vid virusreplikation kan virusgenomet förändras på tre olika sätt. Vilka?
- Mutationer
- Rekombinationer
- Reassortment
Varför inträffar mutationer mer frekvent hos RNA-virus än hos DNA-virus?
- RNA-polymeraser har ingen proof reading funktion
Vilka typer av mutation finns?
Vilken sorts mutation har skett här?
ATGATTCGA
ATGATTGGA
C har bytts ut till G, alltså utbyte / punktmutation
Vilka “typer” av effekter av mutationer på translation finns, och vad innebär de?
- Tyst - ingen förändring av aminosyran
- Utbyte - förändring av aminosyran
- Nonsens - en aminosyra byts mot stoppkodon, protein blir ofungerande
- Frameshift - addition eller deletion av en eller två nukleotider ändrar läsramen och därmed alla efterföljande aminosyror
Vilka två typer av mutationer ger nästan alltid letala effekter?
- Frameshift
- Nonsens
Vad innebär konditionellt letala mutationer?
- Genen fungerar normalt under vissa förhållanden
- Vid exempelvis hög temperatur fungerar inte genen, men vid lägre temperatur är genen fullt funktionell (temperatur-känsliga mutanter)
- Mutation i ett viralt protein där funktionen kan kompletteras av cellulära proteiner som uttrycks i vissa cellen (värdcellsberoende mutanter)
Hur uppstår mutationer?
- Mutagener
- Kemisk väg - vissa kemikalier kan påverka vissa nukleotider och därmed orsaka mutationer på vissa baser
- UV-strålining
- Naturlig förändring av baser
- Syntes av RNA eller DNA
Vad innebär “selektion”, gällande mutationer?
- Selektion - favorisering av mutation
- Vissa mutationer kan ge en replikativ fördel i en viss miljö och därmed en selektion av viruspartiklar med denna mutation
- Immunologiskt positivt för viruset - om det förändras, kan det inte upptäckas av immunförsvaret lika snabbt
- Adaption av virus - upprepad infektion av svårinfekterade celler selekterar mutanter som har lättare för att infektera den specifika celltypen
Vad innebär reassortment?
En process där två olika virus, med segmenterat genom, infekterar samma cell och dess segment blandas
Ex. influensavirus - 8 segment, 11 gener
Vad innebär fenotypisk blandning?
- Sker när två närbesläktade virus infekterar samma cell, ex. virus som replikerar på samma ställe i cytoplasman eller knoppas av från cellmembranet på samma cell
- Sker endast vid första infektionscykeln
Vad är fylogeni?
Studier av virus evolutionära släktskap
Vad är kvasiespecies? Vad berättar det för oss?
Kvasiespieces = Alla genomvariationer av ett och samma virus i ett patientprov
- Varje unik sekvens som detekteras är en kvasiespecies
- Fitness (replikationsförmåga) av en kvasiespecies styr vilka varianter som replikerar bäst
