Virusgenetik Flashcards
Vad består virusgenom av?
RNA eller DNA
Aldrig båda
Hur klassificeras virus?
DNA virus
- dsDNA (ex. Herpesvirus)
- ssDNA (ex. Parvovirus B19)
RNA virus
- dsRNA - dubbelsträngat RNA virus (ex. Rotavirus)
- +ssRNA - positivt enkelsträngat RNA virus (ex. Norovirus)
- -ssRNA - negativt enkelsträngat RNA virus (ex. Influenza)
RNA-virus kan utyttja för cellen förbjudna vägar. Vilka?
RNA-virus kodar två egna enzym, för att utnyttja förbjudna vägar. Vad heter dessa och vad gör de?
- Omvänt transkriptas - omvandlar RNA till DNA
- RNA-beroende RNA polymeras - enzym som kopierar RNA
Vad är skillnaden mellan positive strand (+) och negative strand (-) RNA hos virus?
- Positive strand (+)-RNA har startkodon och fungerar som mRNA
- Negative strand (-)-RNA är komplementärt till (+)-RNA och fungerar EJ som mRNA, utan måste först kopieras till att bli (+)-RNA
Var sker replikationen av RNA, respektive DNA virusgenom?
- RNA - cytoplasman
- DNA - kärnan
Vid virusreplikation kan virusgenomet förändras på tre olika sätt. Vilka?
- Mutationer
- Rekombinationer
- Reassortment
Varför inträffar mutationer mer frekvent hos RNA-virus än hos DNA-virus?
- RNA-polymeraser har ingen proof reading funktion
Vilka typer av mutation finns?
Vilken sorts mutation har skett här?
ATGATTCGA
ATGATTGGA
C har bytts ut till G, alltså utbyte / punktmutation
Vilka “typer” av effekter av mutationer på translation finns, och vad innebär de?
- Tyst - ingen förändring av aminosyran
- Utbyte - förändring av aminosyran
- Nonsens - en aminosyra byts mot stoppkodon, protein blir ofungerande
- Frameshift - addition eller deletion av en eller två nukleotider ändrar läsramen och därmed alla efterföljande aminosyror
Vilka två typer av mutationer ger nästan alltid letala effekter?
- Frameshift
- Nonsens
Vad innebär konditionellt letala mutationer?
- Genen fungerar normalt under vissa förhållanden
- Vid exempelvis hög temperatur fungerar inte genen, men vid lägre temperatur är genen fullt funktionell (temperatur-känsliga mutanter)
- Mutation i ett viralt protein där funktionen kan kompletteras av cellulära proteiner som uttrycks i vissa cellen (värdcellsberoende mutanter)
Hur uppstår mutationer?
- Mutagener
- Kemisk väg - vissa kemikalier kan påverka vissa nukleotider och därmed orsaka mutationer på vissa baser
- UV-strålining
- Naturlig förändring av baser
- Syntes av RNA eller DNA
Vad innebär “selektion”, gällande mutationer?
- Selektion - favorisering av mutation
- Vissa mutationer kan ge en replikativ fördel i en viss miljö och därmed en selektion av viruspartiklar med denna mutation
- Immunologiskt positivt för viruset - om det förändras, kan det inte upptäckas av immunförsvaret lika snabbt
- Adaption av virus - upprepad infektion av svårinfekterade celler selekterar mutanter som har lättare för att infektera den specifika celltypen
