Rearreglos genómicos Flashcards
¿Qué es un rearreglo genómico?
Cambios en el DNA que van de miles de bases hasta regiones completas de un cromosoma.
Tipos de rearreglos genómicos
- Duplicaciones
- Inversiones
- Inserciones
- Deleciones
Cómo se les llama a las enfermedades generadas por rearreglos genómicos
Desordenes genéticos
Mecanismos mediante los qué ocurren los rearreglos genómicos
NAHR → Recombinación homóloga no alélica
NHEJ → Non-homologus end-joining
FoSTeS → Fork Staling and Template Switching
¿Qué media a los NARHS?
LCRs
Diferencia entre SNP e INDELs
Los INDELs son más pequeños
Diferencia entre mutación y rearreglo
- Las mutaciones puntuales se originan por errores durante la replicación o reparación del DNA.
- Los rearreglos genómicos están causados por características genómicas estructurales.
Entre que se dan los NARHS
Cromátides hermanas
¿Por qué están delimitados los rearreglos recurrentes?
LCRs
¿Por qué están delimitados los no recurrrentes?
SRO → Regiones cortas de sobrelapamiento.
Breakpoint
Dónde se realiza la recombinación, pero no son LCR, son secuencias palindrómicas.
Factor más común de NARHs y el menos común
- LCR
- SRO
¿Dónde ocurren los NAHRs?
Regiones HotSpot de los LCRs.
¿Qué provoca que la recombinación tenga un alineamiento erroneo?
Las similitud entre las secuencias de los LCRs presentes.
¿Qué ocurre cuándo los LCRs están en distintos cromosomas?
Translocaciones
¿Qué ocurre cuando LCRs están en el mismo cromosoma y en la misma orientación?
Deleciones o duplicaciones
¿Qué ocurre cuando los LCRs están en el mismo cromosoma en orientación opusta?
Inversiones
Orientación
Transcribe para el mismo lado.
Inversión
Recombinación de sentidos opuestos en la misma hebra.
¿Dónde SOLO ocurre la recombinación alterada?
NAHRs
¿Cuándo ocurren los NAHRs?
- Mitosis → Mosaicos de células que portán el rearreglo (CÁNCER)
- Meiosis → Células germinales produce desorden genético.
¿Qué se encuentra adyacente a los NAHRS?
AHR
Neurofibromatosis segmentaria
NAHR en mitosis
Mosaico presenta el desarrollo de la enfermedad en un sitio específico.
Factores que hacen más probable tener un NARHs
- Entre más largo.
- Entre más cercanos.
¿Qué influye la eficiencia de un NAHRs?
- La longitud del LCR.
- La cercania entre los LCR.
- La mayoría de los rearreglos se han observado en regiones con LCR con una longitud de 10 a 400kb → 96% (identidad).
En la meiosis en NAHRs se puede llevar acabo en
- Intracromátida.
- Intercromátida.
- Intercromosomal.
Deleciones y duplicaciones no ocurren con la misma frecuencia.
¿Qué se puede usar cómo predictor de desordenes genómicos?
El mecanismo de NAHR.
Predicción de regiones propensas a estabilidad genómica y desarrollo de nuevos desordenes genómicos.
¿Por qué son los NHEJ?
Por ruptura.
Mecanismo para la reparación de DSB
NHEJ
¿Qué provoca los NHEJ?
Errores en la recombinación por radiación o por especies reactivas de O2.
Pasos de NHEJ
1.- Deteccción del DSB.
2.- Punteo de los extremos dañados → ku.
3.- Modificación de los extremos para compatibilidad → artemis, DNA-PKC, polimerasa gama y mu.
4.- Ligación de los extremos → XRCC y DNA ligasa IV.
Mecanismo de rearreglos genómicos más específico
NAHRs
¿Cómo se forman las duplicaciones?
1.- Duplicaciones
2. Los extremos rotos se invaden.
3. Se copia a la cromatida hermana.
Rearreglo más común visto en las traslocaciones cromosómicas en cáncer
NHEJ
FoSTeS
- Mecanismo derivado de la replicación.
- Hay duplicaciones.
Estructuras que favorecen la formación de FoSTeS
- DNA palindrómico
- Estructuras de stemloop
- Estructuras cruciformes
