Proyecto encode Flashcards
1
Q
¿Qué significan sus siglas?
A
The encyclopedia of DNA elements project
2
Q
¿Cuándo comenzo?
A
2003
3
Q
¿Para qué se realizó?
A
- Catalogar los elementos funcionales del genoma humano.
- Investigar la regulación de la expresión génica y la salud.
4
Q
¿Qué pretendía the ENCODE project?
A
Identificar regiones:
* Genes codificantes para proteínas
* Genes que no codifican para proteínas
* Elementos reguladores de la transcripsión
* Secuencias que median la estructura y dinámica cromosómica
5
Q
¿Cuántas regiones se eligieron para estudiar?
A
44 → 40Mb, 1% del genoma
6
Q
¿Qué buscaba identificar the ENCODE project?
A
Identificar regiones de DNA que transcriiban a RNA
7
Q
Fase piloto
A
- Evaluación de las estrategias para la identificación de regiones en el genóma
- Fase del desarrollo tecnológico → Identificar o crear nuevas estrategias computacionales y de laboratorio que permitan caracterizar secuencias previamente identificadas, así como descubrir nuevas regiones.
8
Q
¿Cómo se llevó acabo?
A
- Se generó una base de datos con todos los resultados de todos los participantes.
- Encyclopedia of DNA elements at UCSC
9
Q
Elementos funcionales analizados
A
- Reguladores de amplio rango → potenciadores, silenciadores o aisladores → reportes de ensayos, ChIP-chip, microarreglos
- Reguladores en cis → promotores, sitios de unión a FT. → Reportes de ensayos, ChIP-chip, microarreglos
- Transcrito → RT-PCR, predicción por computadora
- Sitios hipersensibles → digestión por DNasa
- Modificaciones epigenéticas → ChIP-chip
- Sitios de replicación del DNA
10
Q
Metodología utilizada en el proyecto ENCODE
A
- Hibridación ChIP-chip → Inmunoprecipitación de cromatina
- Permite identificar los sitios de unión de las proteínas que se unen al DNA → FT, histonas, reguladores de la cromatina
11
Q
¿Qué se hizo?
A
- Análisis de 10 organismos vertebradoso según su posición filgenética
- Secuenciación de regiones ortologas (mismo ancestro)
- Encontrar elementos conservados a nivel evolutivo
- Desarrollo de herramientas computacionales para utilizar secuencias comparativas para inferir funciones biológicas
12
Q
Fases
A
- 1 (2003-2007) → piloto, producción de datos, humanos, desarrollo de tecnología 1 y 2
- 2 (2008-2012)→ producción de datos, humanos, mouse ENCODE, desarrollo de tecnología 3
- 3 (2013-2016) → Producción de datos, humano y ratón, desarrollo de tecnología 4
- 4 (2017-2021) → Producción de datos, humano y ratón, análisis computacional 2, caracterización funcional
13
Q
Encode 2
A
- Septiembre 2012 → Nature 2019
- 13 artículos que abordan diferentes acercamiento a la estructura y funcionamiento de información genómica
14
Q
Arículos de ENCODE 2
A
- Motivos de los factores de transcripción → 119 regiones de unión, componentes de RNA polimerasa en 72 cel, 87 FT específico, 8.1%, FACTORBOOK
- Estudio en los patrones de sitios de unión de FT → explorar regiones de la cromatina, evalua unión de H3K27me (trimetilasión lisina 27 en H3)
- Caracterisación de regiónes intergénicas y definición de un gen
- RNAs y patrones de modificaciones de cromatinas alrededor de las regiones promotoras → Modelos de predicción que exploran la interacción entre las modificaciones de las histonas y promotores.
- Regulación epigenética del procesamiento del RNA → 2 tipos de promotores (Islas C-G y Cajas TATA)
- Caracterización de RNAs no codificantes → se uso CAGE-seq para identificar sitios de inicio de la transcripción (TSSs), se identificaron RNAs de menos de 200 nucleótidos
- Metilación de DNA
- Descubrimiento y caracterización de los enhacers
- Conexiones 3D a lo largo del genóma
- Caracterización de la red topológica
- Machine learning in genomics
- Entendiendo la variación con base en el impacto de la información funcional
- Impacto de la selección evolutiva en regiones funcionales
15
Q
FACTORBOOK
A
Catálogo de sitios de unión a factores de transcripción
