Proyecto del genoma humano Flashcards
Duración del proyecto del genóma humano
1990-2003
¿Quién supervisó el proyecto del genoma humano?
- National Instute of Health
- US Deparment
¿Por qué surge?
Identificación genes del cáncer
¿Cuándo y en qué medios se publicaron los resultados?
- 2001
- Nature y Science
¿En qué consistió?
Secuenciación del 5% del genoma de Drosophila Melanogaster por estandarización
¿Por qué solo se secuencio ese porcentaje?
Regiones codificantes
Principales objetivos
- Conocer, caracterizar y clasificar la totalidad de los genes contenidos en el genoma humano.
- Determinar la secuencia de los 3000 millones de nucleótidos.
- Organiza y almacena la información obtenida en una base de datos.
- Desarrollar nuevas tecnologías que permitan secuenciar el DNA de manera rápida y efectiva.
- Desarrollar herramientas adecuadas para analizar de manera rápida y precisa la información.
- Establecer leyes para su aplicación ética y legal.
Etapas
- Obtención de muestras y métodos de secuenciación
- Estrategia y caracterización del ensamblaje del genoma
- Predicción y anotación de genes
- Estructura del genoma
- Evolución del genóma
- Examinación a nivel del genoma completo de las variaciones
- Predicción
¿De dónde se obtuvieron las muestras biológicas?
21 donadores → Sangre y semen
¿Qué se hizo con las muestras biológicas?
Clonas y con base a su calidad se decidio cuales serían usadas
¿Cuál fue la tecnología utilizada en el proyecto del genoma humano?
- Clon by clon
- Librerías tipo BAC
- BAC-Based
Líbrerias
Técnica de aislamiento de fragmentos de DNA
BAC
- Cromosomas bacterianos artficiales
- Almacenan DNA de 100-200kb
- Clonación
Ensamblaje
Unión de los fragmentos superpuestos
Técnica usada para la secuenciación
SangerABI PRISM 3700 DNA ANALYZER
Control de calidad de los archivos
- Longitud de secuencia promedio de 543bp de 300 millones
- Especificidad del 99.5%
- Verificación de la contaminación de E.Coli o DNA mitocondrial.
- Errores no identificados podrían reducir la efectividad del ensamblaje.
¿Dónde se publicaron los avances del HGP?
Science
Conjuntos de datos usados y porqué se usaron
Celera genomics → privado, 43pb de 16 librerias
Human genome proyect → público, de librerias ABC
¿En qué consistió el ensamblaje?
- Comparación de todos los fragmentos de las librerias
- Se deben sobrelapar > 40pb
- No más de 6% de difrencia entre ellas
¿En qué se basaron los cálculos del número de genes existentes?
Secuencias expresadas → EST (5´o 3´UTR)
Islas CpG →
Mapeo citogenético
Bandas G y bandas C
Mapeo de ligamiento
- Tasa de recombinación (>en en mujeres)
- Generación de un mapa físico
Islas CpG
Regiones de DNA no metilado
Gran cantidad de C y G
Entre 30,000-45,000
Porcentaje de elementos repetitivos en el genoma
35%
Cromosoma con mayor densidad de elementos repetitivos
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Historia
