Modelaje molecular y estructuras 3D Flashcards
Importancia de la estructura terciaria
Realizar de manera adecuada su función.
AA
Unidad de construcción de las proteínas.
Estructura de un AA
- C central
- Amino → NH2
- Carboxilo → COOH
- H
- Cadena lateral o grupo R → variable
Importancia de la cadena R
- Le da su característica química a cada AA.
- Varia: tamaño, forma, hidrofobicidad, carga y reactividad.
Tipo de enlace entre AA
Covalente
Estructura primaria
- Arreglo lineal simple
- Polemerización de aa
- Péptido o polipéptidos
- Tamaño → Da
Péptido
Cadena corta de aa unidos por enlaces peptídicos.
* 20-30.
Polipéptido
Cadena larga de aa unidos por enlaces peptídicos.
>100-4000
Estructura secundaria
- Espacios que se generan después del plegamiento.
¿Qué produce la estructura espiral y qué tipo de estructura es?
No hay interacción de enlaces no covalentes estabilizadores.
Estructura secundaria.
¿Cuándo se adquieren las estructuras de la estructura secundaria?
Cuando se estabilizan los puentes de H en los residuos.
* Hélices alfa
* Hojas beta
Hélices alfa
- C-O → Puente de hidrógeno → amino-H
- Todos los puentes de hidrógeno donadores están dirigidos a la misma dirección.
- Grupos R en los extremos.
¿Qué determinan los grupos R?
La hidrofobicidad o la hidrosolubilidad.
Hojas Beta
Láminas beta
* Hebras paralelas de dos cadenas de aa formadas por puentes de hidrógeno.
* Hebras cortas (5-8 residuos)
* Paralela o antiparalela
¿Qué determina la direccionalidad de la lámina beta?
El enlace peptídico
Giros de las estructuras secundarias
- Puede haber giros entre 3-4 residuos.
- Localizados en la base de la proteína.
- Formados por puentes de hidrógeno entre residuos.
- Permiten presentar estructuras compactas.
Todas las estructuras secundarias los puedes realizar
Estructura terciaria
- Conformación tridimensional
- Puentes de hidrógeno en las cadenas laterales polares.
- Mantiene a la estructura secuntaria (alfa y beta) compactadas juntas, 2 mínimo.
Función de las cadenas laterales no polares en la estructura terciaria
Estabilidad
Función de la estructura secundaria
Confiere propiedades biológicas.
¿Qué son los motivos?
Combinaciones de estructuras secundarias que forman una estructura terciaria.
* Les confiere una función específica.
* Estabilizada mediante interacciones entre cadenas hidrofóbicas con heptad repeat.
* Estructura anfipática.
Dedos de zinc
En moléculas de unión a DNA.
Hélice alfa + 2 hojas beta con orientación antiparalela.
aa en la posición 1 de la estructura terciaria
- Valina
- Alanina
- Metionina
Hidrofóbicos
aa en la posición 4 de la estructura terciaria
Leucina → Hidrofóbico
¿Qué son los dominios?
- Subdivisión de la estructura terciaria.
- 100-150 aa en distintas combinaciones de motivos.
Características estructurales de los dominios
- Abundancia de un aa en particular.
- Secuencias conservadas
- Un motivo particular → Dedos de Zinc
Estructura terciaria de HA
- 3 subunidades
- 2 cadenas de polipéptiodos
- Dominio globular → Distal
- Dominio Fibrosos → proximal (2 alfa y 1 beta)
Estructura cuaternaria
Estructuras multinuméricas → Dos o más subunidades de proteínas.
Ensamblajes moleculares → Contiene 10 o cientoos de cadenas polipeptídicas.
Nivel más alto de organización proteica
Ensamblajes moleculares
Cápside de los virus
Ensamblaje macromolecular
* Filamentos de citoesqueleto
* Maquinaria transcripcional
