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Genómica y proteómica > Genes codificantes de proteínas > Flashcards

Genes codificantes de proteínas Flashcards

1
Q

Estructura del DNA

A

“Dos hebras de polinucleótidos unidos formando una doble hélice” → Watson y Crick
* Antiparalela → 5´- 3´y 3´-5´
* Esqueleto → P (+ externo) y pentosa
* Interior → BN
* Giros a la derecha → Humedad, 11 BN
* Giros a la izquierda → Transcripción, 10 BN

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2
Q

Transcripción

A

DNA → RNA
* Molde → Hebra antisentido (cebador)
* Transcrito → copia de hebra sentido

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3
Q

Sentido en el qué lee la polimerasa

A

3´→ 5´

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4
Q

¿Qué se libera con la unión de nucleótidos en la transcripción?

A

Pirofosfato

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5
Q

Gen

Definición

A

Secuencias de ácidos nucléicos necesarios para la síntesis de un producto génico funcional (RNA o proteína)

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6
Q

Partes de un gen

A

Intron → Secuencia no codificante
Exon → Secuencia codificante (50,000 pb)
Región reguladora → promotores
Caperusa
Cola de poliA

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7
Q

Dirección de la polimerización del mRNA

A

5´→ 3´

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8
Q

Downstream

A

Dirección de la transcripción (+)

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9
Q

Upstream

A

Dirección contraria a la transcripción (-)

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10
Q

Secuencias reguladoras

A
  • Caja TATA
  • Caja CG
  • Islas CpG
  • Caja CAAT
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11
Q

Caja TATA

A
  • Secuencia TA repetida 25-30 pb upstream
  • Cambio de una base → cambia tasa de transcripción de POL II
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12
Q

¿Qué transcribe Pol II?

A

mRNA

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13
Q

Caja GC

A
  • Secuencia GGGCGG
  • Gene sin caja TATA → constitutivos
  • 5´-3´o 3´-5´
  • FT que reclutan POL→ SP1, SP3 y SP4
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14
Q

Genes constitutivos

A

Housekeeping

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15
Q

Islas CpG

A
  • Secuencias ricas en CG upstream (100pb)
  • Inicio transcripción
  • p → enlace fosfodiéster
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16
Q

Sitio más frecuente con metilaciones

A

Islas CpG

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17
Q

Caja CAAT

A
  • Posición -80
  • 5´-3´o 3´-5´
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18
Q

Potenciadores distantes

A

Lejos del sitio de transcripción.
Enhacers
* Regulación tipo CIS → contiguo al gen
* 50kb río arriba del promotor
* Río abajo en un intron
* Río abajo en el último exon
* Específicos según tipo celular
* Puede potenciar dos genes

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19
Q

¿Dónde se descubrió el primer enhacer?

A

Genoma del virus de simio → SV40

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20
Q

Una región metilada es un ejemplo de

A

Epigenética

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21
Q

Fases de la transcripción

A
  • Iniciación → Polimerasa se une al promotor, burbuja de transcripción, enlace fosfodiéster de 2 rNTPs.
  • Elongación → Adición rNTPs al RNA
  • Terminación → Liberación del RNA y disociación de la polimerasa
22
Q

¿Dónde empieza la transcripción?

A

+1

23
Q

Partes de un gen

A
  • Intron
  • Exon
  • Promotor
  • 3´UTR
  • 5´UTR
24
Q

Indica inicio y fin del gen

A
  • 3´UTR
  • 5´UTR
25
Q

Modificaciones postranscripccionales del RNA

A
  • Cap (7-metilguanosina) → 5´, protege de la degradación enzimática, ayuda en el transporte al citoplasma, sitio de unión de factor protéico para la traducción en el citoplasma
  • Cola de poli-A → 3´, adición de adeninas, protege de degradación, facilita traducción en ribosomas
  • Splicing
26
Q

Producto de la transcripción

A
  • RNA heterogéneo (hnRNA)
  • RNA precursor
  • Transcrito primario
27
Q

Partes del hnRNA

A
  • Intron
  • Exon
  • Promotor
  • 3´UTR
  • 5´UTR
  • Cap
28
Q

¿Con qué comienza qué comienza el proceso de splicing?

A

Ataque neutrofílico
5´Donor site (GU) → Branching site (A) → Aceptor site 3´

29
Q

Función del splicing alternativo

A

Téjido y tiempo específicos
“Mecanismo de producción de distintas isoformas de proteínas transcritas por un solo gen”

30
Q

¿Dónde es más común el splicing alternativo?

A

SN

31
Q

Partes del complejo nuclear

A
  • Nucleoporinas → Proteínas
32
Q

Transporte del mRNA al citoplasma

A

Asociado a hnRNP → mRNP

33
Q

Tipo de RNA más abundante

A

rRNA

34
Q

¿Dónde se lleva acabo la transcripción y procesamiento del rRNA?

A

Nucleólo

35
Q

Característica de las eucariotas

A

Unidad de transcripción de pre-RNA

36
Q

POL I transcribe a … en …

A

13K primary transcript
* 18S → Subunidad menor
* 28S → Subunidad mayor
* 5.8S → Subunidad mayor
* Nucleólo

37
Q

POL III transcibe a … en …

A
  • 5S → Subunidad mayor
  • miRNA
  • tRNA
  • Nucleo
38
Q

Espliceosoma

A
  1. U1 → Identifica la secuencia GU del extremo 5´
  2. U1 se une al 5´del inton
  3. U2 se une al 3´ (BRANCH POINT INTRÓN 1) del intron pre RNAm con ayuda de U2AF
  4. Unión de U4/U6 y U5 snRNP al pre RNAm, deslpazan a U1
  5. U6 desplazado por U2

U4 → se va cuando U6 quita a U1
U5 → junta exones
U6 → ribozima, corta en A sola
U4 → inhibidor de la ribozima
mayor → GU y AG extremos 5´y 3´
menor → AU y AC extremos 3´ y 5´

39
Q

Formación de la subunidad mayor

A

rDNA → POL I → 18K + 27K → 5.8S + 28S → 5S entra al nucleólo y se les une

40
Q

¿Qué se requiere para la unión de POL I?

A
  • Elemento río arriba → -155 a -60 → compuesto por histonas
  • Sitio de inicio de la transcripción → -40 a +5
41
Q

¿Qué provoca que la POL I comience a transcribir?

A
  • Unión del factor de activación multinumérico UAF al elemento río arriba
  • Unión del factor trimérico (CF) y de TBP al elemento central
  • Asociación de POL I-Rrn3p
42
Q

Histonas involucradas en la transcipción del rRNA

A
  • H3
  • H4
43
Q

80S

A

pre-rRNP
* Contiene 45S pre-rRNA
* Cortado por snoRNA

44
Q

Partes de la subunidad menor

A

18S

45
Q

Función NPC

A

Asociar a las subunidades y sacarlas

46
Q

¿Dónde se encuantra la región promotora de los genes para tRNA y rRNA?

A

Región de transcrito

47
Q

Cajas ABC

A

Caja para asociación de factores de transcripción
A y B → tRNA
C → 5S-rRNA

48
Q

Factores de transcripción para tRNA

A

TFIIIB
TFIIIC

49
Q

Factores de transcripción para 5S-rRNA

A
  • TFIIIA
  • TFIIIB
  • TFIIIC
50
Q

Pre-tRNA

A

75-80 nucleótidos
* Intron de 14 nucleótidos → eliminación por splicing
* Secuencia 5´de 16 nucleótidos → eliminada por RNase P
* Residuo UU (3´) → remplazado por ACC (sitio de unión del aminoácido → necesario en la síntesis de proteínas)

51
Q

Loops del tRNA maduro

A
  • D loop
  • Anticodon loop
  • TyCG loop

Genómica y proteómica (15 decks)

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