Genes codificantes de proteínas Flashcards
Estructura del DNA
“Dos hebras de polinucleótidos unidos formando una doble hélice” → Watson y Crick
* Antiparalela → 5´- 3´y 3´-5´
* Esqueleto → P (+ externo) y pentosa
* Interior → BN
* Giros a la derecha → Humedad, 11 BN
* Giros a la izquierda → Transcripción, 10 BN
Transcripción
DNA → RNA
* Molde → Hebra antisentido (cebador)
* Transcrito → copia de hebra sentido
Sentido en el qué lee la polimerasa
3´→ 5´
¿Qué se libera con la unión de nucleótidos en la transcripción?
Pirofosfato
Gen
Definición
Secuencias de ácidos nucléicos necesarios para la síntesis de un producto génico funcional (RNA o proteína)
Partes de un gen
Intron → Secuencia no codificante
Exon → Secuencia codificante (50,000 pb)
Región reguladora → promotores
Caperusa
Cola de poliA
Dirección de la polimerización del mRNA
5´→ 3´
Downstream
Dirección de la transcripción (+)
Upstream
Dirección contraria a la transcripción (-)
Secuencias reguladoras
- Caja TATA
- Caja CG
- Islas CpG
- Caja CAAT
Caja TATA
- Secuencia TA repetida 25-30 pb upstream
- Cambio de una base → cambia tasa de transcripción de POL II
¿Qué transcribe Pol II?
mRNA
Caja GC
- Secuencia GGGCGG
- Gene sin caja TATA → constitutivos
- 5´-3´o 3´-5´
- FT que reclutan POL→ SP1, SP3 y SP4
Genes constitutivos
Housekeeping
Islas CpG
- Secuencias ricas en CG upstream (100pb)
- Inicio transcripción
- p → enlace fosfodiéster
Sitio más frecuente con metilaciones
Islas CpG
Caja CAAT
- Posición -80
- 5´-3´o 3´-5´
Potenciadores distantes
Lejos del sitio de transcripción.
Enhacers
* Regulación tipo CIS → contiguo al gen
* 50kb río arriba del promotor
* Río abajo en un intron
* Río abajo en el último exon
* Específicos según tipo celular
* Puede potenciar dos genes
¿Dónde se descubrió el primer enhacer?
Genoma del virus de simio → SV40
Una región metilada es un ejemplo de
Epigenética
Fases de la transcripción
- Iniciación → Polimerasa se une al promotor, burbuja de transcripción, enlace fosfodiéster de 2 rNTPs.
- Elongación → Adición rNTPs al RNA
- Terminación → Liberación del RNA y disociación de la polimerasa
¿Dónde empieza la transcripción?
+1
Partes de un gen
- Intron
- Exon
- Promotor
- 3´UTR
- 5´UTR
Indica inicio y fin del gen
- 3´UTR
- 5´UTR
Modificaciones postranscripccionales del RNA
- Cap (7-metilguanosina) → 5´, protege de la degradación enzimática, ayuda en el transporte al citoplasma, sitio de unión de factor protéico para la traducción en el citoplasma
- Cola de poli-A → 3´, adición de adeninas, protege de degradación, facilita traducción en ribosomas
- Splicing
Producto de la transcripción
- RNA heterogéneo (hnRNA)
- RNA precursor
- Transcrito primario
Partes del hnRNA
- Intron
- Exon
- Promotor
- 3´UTR
- 5´UTR
- Cap
¿Con qué comienza qué comienza el proceso de splicing?
Ataque neutrofílico
5´Donor site (GU) → Branching site (A) → Aceptor site 3´
Función del splicing alternativo
Téjido y tiempo específicos
“Mecanismo de producción de distintas isoformas de proteínas transcritas por un solo gen”
¿Dónde es más común el splicing alternativo?
SN
Partes del complejo nuclear
- Nucleoporinas → Proteínas
Transporte del mRNA al citoplasma
Asociado a hnRNP → mRNP
Tipo de RNA más abundante
rRNA
¿Dónde se lleva acabo la transcripción y procesamiento del rRNA?
Nucleólo
Característica de las eucariotas
Unidad de transcripción de pre-RNA
POL I transcribe a … en …
13K primary transcript
* 18S → Subunidad menor
* 28S → Subunidad mayor
* 5.8S → Subunidad mayor
* Nucleólo
POL III transcibe a … en …
- 5S → Subunidad mayor
- miRNA
- tRNA
- Nucleo
Espliceosoma
- U1 → Identifica la secuencia GU del extremo 5´
- U1 se une al 5´del inton
- U2 se une al 3´ (BRANCH POINT INTRÓN 1) del intron pre RNAm con ayuda de U2AF
- Unión de U4/U6 y U5 snRNP al pre RNAm, deslpazan a U1
- U6 desplazado por U2
U4 → se va cuando U6 quita a U1
U5 → junta exones
U6 → ribozima, corta en A sola
U4 → inhibidor de la ribozima
mayor → GU y AG extremos 5´y 3´
menor → AU y AC extremos 3´ y 5´
Formación de la subunidad mayor
rDNA → POL I → 18K + 27K → 5.8S + 28S → 5S entra al nucleólo y se les une
¿Qué se requiere para la unión de POL I?
- Elemento río arriba → -155 a -60 → compuesto por histonas
- Sitio de inicio de la transcripción → -40 a +5
¿Qué provoca que la POL I comience a transcribir?
- Unión del factor de activación multinumérico UAF al elemento río arriba
- Unión del factor trimérico (CF) y de TBP al elemento central
- Asociación de POL I-Rrn3p
Histonas involucradas en la transcipción del rRNA
- H3
- H4
80S
pre-rRNP
* Contiene 45S pre-rRNA
* Cortado por snoRNA
Partes de la subunidad menor
18S
Función NPC
Asociar a las subunidades y sacarlas
¿Dónde se encuantra la región promotora de los genes para tRNA y rRNA?
Región de transcrito
Cajas ABC
Caja para asociación de factores de transcripción
A y B → tRNA
C → 5S-rRNA
Factores de transcripción para tRNA
TFIIIB
TFIIIC
Factores de transcripción para 5S-rRNA
- TFIIIA
- TFIIIB
- TFIIIC
Pre-tRNA
75-80 nucleótidos
* Intron de 14 nucleótidos → eliminación por splicing
* Secuencia 5´de 16 nucleótidos → eliminada por RNase P
* Residuo UU (3´) → remplazado por ACC (sitio de unión del aminoácido → necesario en la síntesis de proteínas)
Loops del tRNA maduro
- D loop
- Anticodon loop
- TyCG loop
