Metoder fra Tobi Flashcards
1
Q
PCR
A
Bruges til:
- Lave meget DNA hurtigt
- Forstadie til andre metoder
Fordele:
- Lille mængde DNA er nok
- Hurtigt store mængder
- Vælge specifikt hvilken del af DNA du gerne vil have
2
Q
qPCR
A
Bruges til:
- Finde genekspression
Fordele:
- Kan regne tilbage til genekspression
Ulemper:
- Være opmærksom på kvalitetskontrol
3
Q
Sekventering
A
Bruges til:
- Kan bruges til alt
- Man bruger den efter at have specificeret problemet ved en anden metode
Fordele:
- Kan bruges på næsten alt
- Kan se helt ned på baseniveau
Ulemper:
- ‘Nål i en høstak’
- Stort set umulig at bruge hvis man ikke ved hvad man skal lede efter
4
Q
cDNA
A
Bruges til:
- I forhold til PCR og qPCR
Fordele:
- Så vi kan kan tage udgangspunkt i mRNA - En nødvendighed i qPCR
5
Q
CGH array
A
Bruges til:
- Skabelon der bruges til at standardisere ting, fx associationsstudier
Fordele:
- Højere opløsning end CGH alene
- Kan gå ned i 2-10Kbp
6
Q
FISH
A
Bruges til:
- Identifikations af: ADDKT
- ->Aneuploidiundersøgelse
- ->Deletioner
- ->Duplikationer
- ->Kønsbestemmelse
- ->Translokationer
Fordele:
- Kan se efter mange ting ud fra en probe
Ulemper:
- Du skal vide hvad du leder efter
- Viser ikke hvilke 2 kromosomer der har rykket sig
7
Q
SKY
A
24 farvede karyotyperinger
Bruges til:
- Recibrok translokation
- Kønsbestemmelse
- Aneuploidi
Fordele:
- Hurtigt overblik
- Viser hvilke 2 kromosomer der har byttet
- Man behøver ikke at vide specifikt hvad man leder efter
Ulemper:
- Dårlig opløsning (over 1 mio. bp)
- Fortæller ikke noget om hvad på kromosomet der har rykket sig
8
Q
CGH
A
Bruges til: - Deletion - Addition - Duplikation (CGH array bruges til mindre ting)
Fordele:
- Sammenligning af DNA
- Ikke behov for replikation
- Man behøver ikke at vide hvad man leder efter
Ulemper:
- Viser alt over 5-10Mbp
- Dårlig opløsning (over 5 mio. bp)
- Viser ikke balancerede afvigelser på kromosom niveau
9
Q
Southern blot
A
Bruges til:
- Sammenligning af syg med rask ifht. længde
Fordele:
- Ikke vævsspecifik
- Ingen PCR
Ulemper:
- Man skal vide hvad man leder efter
- Viser forskel fra kontrolperson
10
Q
GWAS
A
Bruges til:
- I forhold til associations, hvor specielle SNP har sammenhæng med noget
- Finde kendte mutationer
- Sammenhæng mellem SNP syg gruppe og normal gruppe
Fordele:
- Til hele genomet
- Man behøver ikke beslægtede til genom
Ulemper:
- Finder ikke sjældne mutationer (SNP kan dog bruges)
