Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Genetik > F7 DNA metoder > Flashcards

F7 DNA metoder Flashcards

1
Q

Single nucleotide polymorphism (SNP)

A

DNA markør:

Variationer af placering af et nukleotidposition på et kromosom

ATTCCG (befolkning)
AATCCG (få individer)

Minder meget om punktmutation:
- Baseudskiftning i DNA
fx med ATTCCG –> AATCCG

Funktion:

  • Silence mutations
  • Ændrer ikke et proteins funktion og udseende
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q 
Mikrosatellit ustabilitet
Microsatellite instability (MSI)
A

Hvor generne hypermuterer, hvilket resulterer i beskadiget DNA repair cellerne

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Repetitivt DNA

A

DNA sekvenser der gentages flere gange igennem genomet

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

VNTR

Variable Number of Tandem Repeats

A

Variabelt antal repeats efter hinanden

  • Mikrosatellit (2-5bp)

Komplementær base-parring kan identificere antallet af specifikke enheder i gDNA (genomisk DNA)

Analysen udføres på isoleret gDNA

Man benytter enten SB eller PCR

  • Southern blot med probe, der er komplementær med Tandem Repeat-sekvenserne

eller

  • PCR med primere der er modsatte af Tandem Repeat-sekvensen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Restriktion fragment længde polymorfi (RFLP)

A

Minisatellitter (20-70bp)

Gerningsmand finger:

Bestemte restriktionsenzymer klipper/kløver DNA op i kortere del.
De analysere derefter i gel og man kan se forskel på forbryderen eller syg og rask gen.

Det er derfor RFLP (Restriction Fragment Length Polymorfi) man benytter i en Gel-elektroforese

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

PCR (Polymerase Chain Reaction)

A

DNA metode:

Efterlignet replikation af DNA: 4 steps:
PBPE Pikken Boller Peter Eww

P 1. Primer tilsættes

  1. Byggesten for DNA tilsættes: dNTP
  2. DNA polymerase tilsættes og der laves 40 kopier/cyklusser ved tre steps:
    - Denaturering 95’ (DNA adskilles)
    - Annealing 55’ (Primer på template DNA)
    - Elongering 75’ (Syntisering af DNA)
  3. Elektroforese adskiller DNA

PCR uddybet version:

Trin i PCR: PR3G - Prøv Røvhullet 3 Gange!

  • Primere
  • Reaktionsbuffer
  • 3step
  • Gentage cyklusser

A. To primere syntiseres så de er komplimentere med hver deres DNA-streng

B. Reaktionsbuffer

  • Mixing af primere i reaktionsbuffer med:
  • DNA
  • DNA polymerase
  • dNTP

C.:

  • Denaturering
  • Annealing
  • Elongering

CI. Denaturering (96’)
- DNA bliver enkeltstrenget

CII. Annealing (58’)
- Primere bindes til DNA strengen

CIII. Elongering (74’)

  • DNA polymerase virker optimalt
  • Afgør hvor mange nukleotider primerne bliver forlænget med

D. Gentagne cyklusser
- DNA stykket bliver massivt kopieret

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Southern blot (SB)

A

DNA metode:

Søger efter variationer i specifikke dele af DNA og bygger på komplementær baseparring.
Kigger efter repeteret (repetitivt) DNA.

Southern Blot = Skide Bagdel:

KEB HEB
Klør Esbergesere Bollerne Hahaha Eller Bagdelen

  1. Kløvning (deler)
    Restriktionsenzymer (RE) kløver/deler) DNA deles op i enkelte separate DNA strenge i agarose gel
  2. Elektroforese
    - Adskiller fragmenterne ved denaturering
  3. Blotting
    - Overførsel fra gel til nylon-membran
  4. Hybridisering
    - Tilføjer radioaktiv DNA probe

En probe (enkeltstrenget DNA som er komplementær med sekvensen man vil finde)

  1. Eksponering
    Røntgenfilm
    - Signal fra proben identificeres ved røntgenfilm (giver båndmønster)
  2. Båndmønster
    - Autoradiografi

Bruges til at bestemme RFLP til at amplificere et resultat.
Et i-mange-stykker klippet DNA vil bare give et diffust elektroforese resultat, DNA overføres fra gel til en membran og en probe (udvalgt stykke af DNA).
De udvalgte prober kan (radioaktivt mærket) tilføres et DNA produkt og ved deres kobling til komplimentær DNA, amplificerer deres mærkning resultat

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Gel elektroforese

A

Forskel mellem positiv og negativ spænding.

De korte vandrer nederst og længst mod plus-enden.
De lange forbliver øverst mod minus-enden.

DNA molekyler er altid negativt ladet –> Derfor vandrer de mod den positive ladede ende.

  1. Påsætning af prøve
    - Agarose gel
  2. Elektroforese
  3. Visualisering under UV-lys
    - Langt bånd, kort bånd
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Restriktionsenzymer

A

Klipper/kløver specifikke DNA sekvenser ud af DNA’et

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Restriktionskort

A

Overordnet kort over restriktionssite over DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

DNA sekventering (dideoxy sekventering)

A

DNA metode:

Identificere rækkefølgen af baser i et bestemt DNA-sekvens med FARVER (fx. et gen)

De enkelte basesekvenser (A,T,G,C) kan gengives i 4 forskellige faser.

  • Metoden benytter centrale elementer fra PCR

AED - Hjertestarter!

  1. Annealing
    - Primer bindes til DNA template
  2. Elongering
    - DNA-polymerase forlænger primer, da DNA polymerase virker optimalt ved 74’C
  3. Denaturering
    - Cyklus fortsætter herefter

Der kræves:

  • DNA template (enkeltstrenget DNA)
  • DNA polymerase
  • dNTP og ddNTP
  • Primer
  • Buffer
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Microarray (genom/epigenomanalyser)

A

DNA metode:

Kan bruges til at analysere hele genomet.

Er en lille glasplade med 1000 huller i, som indeholder syntetiseret DNA sekvenser.

Hvert hul reagerer på et specifikt DNA sekvens som man ved er SYGT DNA.

De huller der er komplimentære til cDNA reagerer = Sygt DNA.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

RT-PCR

A

Metode at gå fra mRNA til cDNA.

Metode til at undersøge RNA og om RNA udtrykker det korrekte sekvens.

Reverse Transkription PCR

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

cDNA syntese

A

Man danner cDNA ud fra Reverse Transkriptase (fx RT-PCR), hvor vi kun har EXONS.

((Måske rigtigt?
:
Går videre til enten PCR eller qPCR

PCR: Splejsning (intron tilbageholdes)

qPCR: Ekspression (exon skippes over)
q: quantitativ))

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Plasmid

A

En bakteries enkeltstrenget/dobbeltstrenget, DNA molekyle.

Kan kopiere sig selv (ligesom menneskets DNA)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Primer

A

10 bp langt Protein der starter DNA syntese.

Anvendes næsten kun i PCR metode.

17
Q

Oligonukleotid

A

En DNA sekvens.

En kort kæde af nukleotider på 5-50bp langt.

Et kort stykke RNA/DNA, kan bl.a. bruges til PCR

18
Q

Denaturering

A

Man hæver temperaturen til 96’, så man kan adskille dobbeltstrenget DNA.

19
Q
  1. Hybridisering
  2. Annealing

I hvilke metoder bruges de hver især?

A
  1. Bruges i Southern Blot
  2. Proben, som er mærket med radioaktiv eller fluorescerende signal tilsættes en nylon-membran
  3. Bruges i PCR
  4. En primer tilhæfter sig enkeltstrenget DNA, hvorefter en DNA polymerase sætter sig på og vi kan få syntetiseret DNA.
20
Q

DNA profil

A

Et lille sæt af DNA variationer, som altid bliver forskellig fra menneske til menneske

Kaldes også forensic DNA profile, da det bruges af retsmedicinere.

Små VNTR og mikrosatellitter

21
Q

Revers transkriptase

A

Enzym man bruger til at danne cDNA

22
Q

FISH (Fluorescence In-Situ Hybridization)

A

Kan analysere 300.000 bp og opaf.

FISH og SKY bruger man til at analysere metafasekromosomerne

Anvendelsemuligheder af FISH:

  • Translokation
  • Deletion
  • Duplikation
  • Lokation af unik DNA-sekvens (gen-lokalisering)
  • Kønsbestemmelse
  • Aneuploidi undersøgelse

BDCF-ODH
Boller Drengen Carlos Fisser Om Dagen hårdt?

  1. Blodprøve
  2. Dyrkning af celler
  3. Tilsæt Colchicin
    - Ødelægger téntrådsapparatet –> celledelingerne stoppes
    - Metafasekromosomer kan analyseres
  4. Fiksér celler
    - Fastfrysning af cellerne
  5. Spred celler på præparatglas vha. ‘‘dråbeteknik’’
  6. Denaturering
    - DNA strengene i metafase-kromosomerne
  7. Hybridrisering med fluorescerende denatureret probe
    - Der vil komme 4 signaler fordel at de to homologe kromosomer har 2 hver = Ét på hvert søsterkromatid
23
Q

Restriktionsenzymer

A

Nogle bakterier har specielle enzymer, som kan dele den dobbeltstrengede DNA

Restriktionsenzymerne kan genkende bestemte palindrome sekvenser (4-8 bp) og dele dem, så man har 2 af hver.

Palindrome (CAT TAC), man kan skrive ordet bagfra.
Madam I’m Adam
Otto, Anna, Radar

24
Q

Probe

A

En lille del af et DNA stykke (udsnit)

En Probe er komplementær til den DNA streng, man ønsker at identificere / detektere.

25
Q

Restriktionskort

A

En oversigt over stederne restriktionsenzymerne klipper

  • For at kunne orientere sig i meget lange DNA-sekvenser
  • DNA’et kløves med RestriktionsEnzymer
26
Q

Elektroforese

A

Agarose-gel med ehtidium bromid, med tilslutning strøm lader DNA vandre ned genenm gel og fordeler sig ifht. længden af DNA produktet.
Har man en mutation i fx en DNA streng, vil EcoR1 ikke kunne skære det over og elektroforese vil afsløre at DNA er blevet ‘‘for langt’’

27
Q

Vektor

A

Medie for transport af DNA

En virus tømt for naturligt forekommende DNA er hyppigt valg ifht. Genterapi

28
Q

DNA markør

A

Et sted på et gen hvor der findes en sekvens som man kender, som man kan udpege og genkende igen

29
Q

Mikrosatellitmarkører

A

DNA markør:

Benyttes ved at se forskel på menneskers IKKE-kodende DNA!

3 forskellige VNTR (Variable Numer of Tandem Repeats):

  • Satellit DNA
  • Minisatellit DNA (20-25bp)
  • Mikrosatellit DNA (2-5bp)

Gentagelser af DNA sekvenser

Bruges i PCR

30
Q

At amplificere

A

At danne nyt

31
Q

SKY

A

Spektral Karyotypebestemmelse

SKY og FISH bruges til at analysere metafasekromosomer

24 farvede karyotyperinger

Man kan se:

  • Reciprok translokationer
  • Translokationer
  • Robertsonian translokationer
  • Duplikationer
32
Q

Båndfarvning

A

Farvning af kromosomer, hvor det ligner at kromosomerne får et svedbånd rundt om armen/benet.

Det er en teknik, der giver anledning til fremkomst af kromosomspecifikke båndmønster.

Tjekker for store additioner, deletioner, translokationer etc. på KROMOSOMAL niveau.

33
Q

Krydskonfiguration

A

Arrangement af ubalance kromosomer pga. recibrok translokation

En parringsfigur af kromosomer. Når deling sker - er alle kombinationer mulige.

En skitsetegning hvor alt der er homolog passer sammen.

34
Q

In Situ Hybridisering

A

Kortlægge geners abnormaliteter

Molekylær genkortlægningsteknik hvor mærkede prober er hybridiseret til farvede metafasekromosomer.

Derefter udsat for røntgenfilm for at vise probens placering.

35
Q

CGH

A

Comparativ Genom Hybridisering - Man sammenligner SYG med RASK

Bruges til: ADDT
- Addition
- Deletion
- Duplikation
- Translokation
Men IKKE balancerede afvigelser som fx RECIPROK TRANSLOKATION
(CGH array bruges til mindre ting)

Fordele:

  • Sammenligning af DNA
  • Ikke behov for replikation
  • Man behøver ikke at vide hvad man leder efter

Ulemper:

  • Viser alt over 5-10Mbp
  • Dårlig opløsning (over 5 mio. bp)
  • Viser ikke balancerede afvigelser på kromosom niveau
36
Q

Hvis en mutation er til stede hvad ville man bruge af DNA markører hvis udgangsmaterialet er:

  1. cDNA
  2. gDNA
A
  1. PCR og gel elektroforese
    På denne måde får vi amplificeret/kopieret genet nok gange til at se DNA sekvenserne, når de kører gennem en gel.

Ved at sammenligne med en rask kontrolperson vil vi kunne se at mutationen er til stede.
Man ser forskellen ved at DNA stykkerne fra test-personen er kortere og kommer højere/længere op i gelen

  1. Vi kan lave en RFLP
    Restriktionsenzymerne vil ikke klippe der hvor mutationen er –> en for lang DNA sekvens.
    Gel + sammenligne med rask kontrol person

Genetik (35 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions