F16 Kobling og Genetisk test Flashcards
Syntene loci
koblede eller ukoblede loci, som sidder på samme kromosom
Gametdannelse
Kønscelledannelse.
Oogenese og spermatogenese via meiose
Parentaltype gamet
Gamet af samme haplotype som ligner forældres haplotype
Rekombinant gamet
Gamet af overkrydset haplotype fra med forældres haplotype
Fuldstændig kobling
- Loci sidder tæt
- Overkrydsning forekommer ikke imellem loci
Dvs. Rekombinantfraktionen er 0cM
Der sker aldrig rekombinationer.
Haplotype
Typen af alleler på det enkelte kromosom
gametens genotype = haplotype
Koblede loci (linked loci)
Udtryk for hvor tæt loci er placeret
0cM: Fuldstændige koblet loci
Under 50cM: Koblet loci
Over 50cM: Ufuldstændig koblet loci
Overkrydsningshyppighed (recombination frequency)
Frekvensen af rekombinanter iblandt gameter
Stiger med afstanden mellem loci (hvor lidt eller ikke-koblede kromosomerne er)
Genetisk afstand i centiMorgans (cM)
Defineret ud fra graden af rekombinanter:
10% rekombinanter = 10cM
0cM = Fuldstændig kobling
Mere end 50cM = Fri rekombination (ukoblede)
To loci med 20cM afstand har gametfordelingen parentaltype 10 - 2 rekombinanttype
Fysisk afstand i basepar
1cM = 1MB
Genetisk testning
Direkte og indirekte metode
Direkte metode
Undersøgelse af en sekvens for en mutation, typisk kun med DNA fra den pågældende person.
Påvisning af den sygdomsfremkaldende mutation hos den pågældende person
Ulemper: Locusmarkører er ikke altid entydig informativ.
Frit koblede loci kan overkrydse og dermed give et tvetydigt billede
Nævnt nogle DNA markører
Probe mærket med fx fluorescens grundlag for spektralanalyse fx hvis man ønsker locus tæt koblet til sygdomslocus:
- SKY
- SNP (få alleller)
- RFLP (få alleller)
- VNTR (mini- eller mikrosatellit)
Indirekte metode
Undersøgelse af sygdomslocus vha. polymorf DNA markør koblet til sygdomslocus
Følge nedarvningen i familien af sygdomsallel vha. DNA markør koblet til sygdomslocus
Ulemper: Locusmarkører er ikke altid entydig informativ.
Frit koblede loci kan overkrydse og dermed give et tvetydigt billede
Bærerdiagnostik
Påvisning af sygdomsfremkaldende mutation hos den pågældende person
Koblingsuligevægt
Association mellem et allel på koblede loci.
Koblede loci på et allel forekommer hyppigere sammen end forventet ud fra et allels hyppighed i befolkningen
Loci med koblinguligevægt er tæt koblede
En specifik haplotype (kombination af alleler på to eller flere oci) forekommer i en befolkning hyppigere end man vil forvente hvis allelerne på var frit kombinerende
Association
Det at to uafhængige forhold optræder hyppigere sammen end forventet ud fra hvert forholds hyppighed.
Fx. Sammenhæng mellem sygdom og mutation
(GWAStudy)
Genetiske egenskaber i et individ der med en sandsynlighed kan associeres med et sygdomsudtryk.
Fuld penetrans letter associationen
GWAS
Genome Wide Association Study
At kortlægge hvilke mutationer der medfører hvilke sygdomme.
fx SNP, silence mutation, nonsense mutation etc.
Micro-array
DNA metode:
Kan bruges til at analysere hele genomet
Er en lille glasslide med 1000 huller i som indeholder syntetiseret DNA sekvenser.
Hvert hul reagerer på et specifikt DNA sekvens
De huller der er komplimentære til cDNA
SNP-array
En type af Micro-array hvor man kun bruger enkelt nukleotid udskiftninger
Kobling
Nært placerede loci omtales som koblede.
0cM = Fuldstændig kobling
Mere end 50cM = Fri rekombination (ukoblede)
To lobi med 20cM afstand har gametfordelingen parentaltype 10 - 2 rekombinanttype
10% rekombinanter = 10cM
Hvorfor svigter koblingsanalysen sommetider?
- Non-informativ markør (ikke tilstrækkelig polymorf, dvs. for få alleller)
- Overkrydsning mellem sygdomslocus og markørlocus (løs kobling)
- locus heterogenitet
Tjekke for mutationer:
Mutation kendt:
- PCR
Mutation Ukendt, men genet Kendt:
- DNA sekventering af exons og exon-intron overgangen
Mutation Kendt, men genet Ukendt:
- DNA sekventering af hele genomet
