F16 Kobling og Genetisk test

Question 1

Syntene loci

Answer 1

koblede eller ukoblede loci, som sidder på samme kromosom

Question 2

Gametdannelse

Answer 2

Kønscelledannelse.

Oogenese og spermatogenese via meiose

Question 3

Parentaltype gamet

Answer 3

Gamet af samme haplotype som ligner forældres haplotype

Question 4

Rekombinant gamet

Answer 4

Gamet af overkrydset haplotype fra med forældres haplotype

Question 5

Fuldstændig kobling

Answer 5

• Loci sidder tæt
• Overkrydsning forekommer ikke imellem loci

Dvs. Rekombinantfraktionen er 0cM

Der sker aldrig rekombinationer.

Question 6

Haplotype

Answer 6

Typen af alleler på det enkelte kromosom

gametens genotype = haplotype

Question 7

Koblede loci (linked loci)

Answer 7

Udtryk for hvor tæt loci er placeret

0cM: Fuldstændige koblet loci

Under 50cM: Koblet loci

Over 50cM: Ufuldstændig koblet loci

Question 8

Overkrydsningshyppighed (recombination frequency)

Answer 8

Frekvensen af rekombinanter iblandt gameter

Stiger med afstanden mellem loci (hvor lidt eller ikke-koblede kromosomerne er)

Question 9

Genetisk afstand i centiMorgans (cM)

Answer 9

Defineret ud fra graden af rekombinanter:

10% rekombinanter = 10cM

0cM = Fuldstændig kobling

Mere end 50cM = Fri rekombination (ukoblede)

To loci med 20cM afstand har gametfordelingen parentaltype 10 - 2 rekombinanttype

Question 10

Fysisk afstand i basepar

Answer 10

1cM = 1MB

Question 11

Genetisk testning

Answer 11

Direkte og indirekte metode

Question 12

Direkte metode

Answer 12

Undersøgelse af en sekvens for en mutation, typisk kun med DNA fra den pågældende person.

Påvisning af den sygdomsfremkaldende mutation hos den pågældende person

Ulemper: Locusmarkører er ikke altid entydig informativ.
Frit koblede loci kan overkrydse og dermed give et tvetydigt billede

Question 13

Nævnt nogle DNA markører

Answer 13

Probe mærket med fx fluorescens grundlag for spektralanalyse fx hvis man ønsker locus tæt koblet til sygdomslocus:

• SKY
• SNP (få alleller)
• RFLP (få alleller)
• VNTR (mini- eller mikrosatellit)

Question 14

Indirekte metode

Answer 14

Undersøgelse af sygdomslocus vha. polymorf DNA markør koblet til sygdomslocus

Følge nedarvningen i familien af sygdomsallel vha. DNA markør koblet til sygdomslocus

Ulemper: Locusmarkører er ikke altid entydig informativ.
Frit koblede loci kan overkrydse og dermed give et tvetydigt billede

Question 15

Bærerdiagnostik

Answer 15

Påvisning af sygdomsfremkaldende mutation hos den pågældende person

Question 16

Koblingsuligevægt

Answer 16

Association mellem et allel på koblede loci.

Koblede loci på et allel forekommer hyppigere sammen end forventet ud fra et allels hyppighed i befolkningen

Loci med koblinguligevægt er tæt koblede

En specifik haplotype (kombination af alleler på to eller flere oci) forekommer i en befolkning hyppigere end man vil forvente hvis allelerne på var frit kombinerende

Question 17

Association

Answer 17

Det at to uafhængige forhold optræder hyppigere sammen end forventet ud fra hvert forholds hyppighed.

Fx. Sammenhæng mellem sygdom og mutation

(GWAStudy)

Genetiske egenskaber i et individ der med en sandsynlighed kan associeres med et sygdomsudtryk.

Fuld penetrans letter associationen

Question 18

GWAS

Answer 18

Genome Wide Association Study
At kortlægge hvilke mutationer der medfører hvilke sygdomme.

fx SNP, silence mutation, nonsense mutation etc.

Question 19

Micro-array

Answer 19

DNA metode:

Kan bruges til at analysere hele genomet

Er en lille glasslide med 1000 huller i som indeholder syntetiseret DNA sekvenser.

Hvert hul reagerer på et specifikt DNA sekvens

De huller der er komplimentære til cDNA

Question 20

SNP-array

Answer 20

En type af Micro-array hvor man kun bruger enkelt nukleotid udskiftninger

Question 21

Kobling

Answer 21

Nært placerede loci omtales som koblede.

0cM = Fuldstændig kobling

Mere end 50cM = Fri rekombination (ukoblede)

To lobi med 20cM afstand har gametfordelingen parentaltype 10 - 2 rekombinanttype

10% rekombinanter = 10cM

Question 22

Hvorfor svigter koblingsanalysen sommetider?

Answer 22

• Non-informativ markør (ikke tilstrækkelig polymorf, dvs. for få alleller)
• Overkrydsning mellem sygdomslocus og markørlocus (løs kobling)
• locus heterogenitet

Question 23

Tjekke for mutationer:

Answer 23

Mutation kendt:
- PCR

Mutation Ukendt, men genet Kendt:
- DNA sekventering af exons og exon-intron overgangen

Mutation Kendt, men genet Ukendt:
- DNA sekventering af hele genomet