Metode preučevanja nukleinskih kislin

Question 1

izolacija NK

Answer 1

liza celic z detergentom -> razgradnja proteinov s proteazami in RNA z RNAazami -> centrifugiranje -> obarjanje DNA z etanolom

Question 2

metoda ločevanja NK

Answer 2

gleska elektroforeza (najpogosteje z agarozno)

Question 3

hitrosti potovanja DNA

Answer 3

velike molekule potujejo počasneje, krožna DNA hitreje od linearne enake velikosti

Question 4

princip stare metode sekvenciranje

Answer 4

sinteza označenih dideoksinukleotidov -> ddNTP se vežejo na 3’ konec med polimerizacijo verige DNA -> zaustavitev polimerizacije -> dobimo fragmente različnih dolžin -> gelska elektroforeza -> vidimo zaporedje fragmentov -> razberemo zaporedje na matični verigi

Question 5

verižna reakcija s polimerazo (PCR)

Answer 5

denaturacija DNA -> dodamo primerje, ki določajo katere odseke bomo pomnožili - > prileganje primerjev na DNA -> dodatek Taq/Pfu polimeraz, Mg ionov, nukleotidov -> sinteza DNA

Question 6

uporaba PCR

Answer 6

določevanje nukleotidnih zaporedij, priprava rekombinantnih proteinov, sodna medicina, prenatalna diagnostika

Question 7

uporaba Q-PCR

Answer 7

merjenje produkta med pomnoževanjem preko merjenja fluorescenčnega signala

Question 8

metoda Q-PCR

Answer 8

v zmes dodamo barvilo, ki med sintezo interkalira v DNA, ko dosežemo določen prag zaznamo fluorescenčni signal
najbolj izražen gen bo imel največ komplementarne mRNA, ki jo lahko pretvorimo v DNA

Question 9

povezava med aktivnostjo gena in fluorescenčnim signalom

Answer 9

najbolj aktiven gen najprej doseže signal (najnižji CT)

Question 10

proučevanje genov z mikromrežami

Answer 10

preverjamo delovanje vseh genov človeškega genoma

Question 11

princip določanja transkriptoma

Answer 11

izoliramo mRNA -> mRNA pretvorimo v DNA z revezno transkriptazo -> označimo DNA -> vzorce nanesemo na mikromrežo, ki vsebuje komplementarne oligonukleotide za gene -> hibridizacija DNA -> odčitavanje fluorescenčnega signala