Att hitta sin smitta Flashcards
Vilka tester är bäst för att påvisa virus och vad påvisar de?
Serologi - antikroppar
PCR - DNA/RNA
Var kommer den vanligaste kontaminanten ifrån vid blododling? Vad har man oftast missat att göra?
Hudytan
Missat tvätta ytan elller ta slaskrör
Bedömning av blododling
- Vanliga patogener
o E coli/gramnegativer, S aureus, ex endokardit), Streptokocker
Ibland kan man få svar i en enstaka flaska och bortse från det. Men när kan vi inte bortse från svar i en flaska?
Enterokocker (kan ge endokardit)
Vanliga bifynd/kontaminanter vid blododling?
o Enstaka flaska, ”lång” larmtid (>24h)
o Koagulasnegativa staphylokocker – KNS (vanligast)
o Corynebakterier/”diftstav”, Bacillus spp
o Ev. alfastreptokocker (INTE enterokocker!)
När ska vi blododla och vad ska inte ha startats?
- På vida indikationer
o Innan start av iv. Antibiotikabehandling
Vilka två viktiga saker ska vi göra för att minska risken för kontamination vid blododling? Vad är viktigt tänka på gällande fyllnad? Hur många flaskor?
- Desinficera + slaskrör
o Fyll flaskorna ordentligt! - 2 aeroba + 2 anaeroba flaskor
Blododling
- Kontinuerlig avläsning i instrument 5 dygn
Hur lång tid brukar det ta innan positivt svar? Vad är kliniskt relevant sett till tid?
o Tar oftast 6-12h till flaska blir ”positiv”
o 90% positiva inom 2 dygn. Efter det sällan relevant!
Tar oftast 6-12h till blododlingsflaska blir ”Positiv”
Vad kan vi se efter minuter, 1-2 h, 6-8 h och efter ca 24 h?
o Preliminärt svar 1 (mikroskopi, minuter)
o Preliminärt svar 2 (artbestämning, 1-2 h)
o Preliminärt svar 3 (snabbresistens, 6-8 h)
o Slutsvar (art + resistens, ca 24 h)
En patient ligger inlagd på din vårdavdelning pga erysipelas i vänster underben och behandlas med Bensyl-penicillin sedan ett dygn och har
fortsatt hög feber. När du lyfter på täcket ser du att det finns ett sår på höger underben på ca 3x4 cm med omgivande rodnad och värmeökning.
Vilka sorts bakterier kan bidra till den kliniska bilden?
- GAS, streptococcus pyogenes
En patient ligger inlagd på din vårdavdelning pga erysipelas i vänster underben och behandlas med Bensyl-penicillin sedan ett dygn och har
fortsatt hög feber. När du lyfter på täcket ser du att det finns ett sår på höger underben på ca 3x4 cm med omgivande rodnad och värmeökning.
Vilka odlingar kan vara lämpliga?
Pinnprov, sterila punktat och/eller vävnadsbitar
o Odlingsplattor/strategi på lab beror på lokal och anamnes!!
Vad är viktigt att tänka på vid pinnprov (ytliga infektioner)? Vanliga fynd? Vanliga bifynd?
o Enbart om det förväntas påverka den kliniska handläggningen.
o Normalflora försvårar tolkning. Rengör noga = tvätta bort kolonisatörer först!
o Grupp A-streptokocker och S. aureus vanliga fynd. Bett/rivsår: Pasteurella.
o Oftast bifynd: Koliformer, enterokocker, KNS (=blandflora)
Artbestämning - mass-spektrometri - Matrix-assisted laser desorption/ionization – time of flight
Varje art har ett unikt spektrogram
Vad beskrivs?
MALDI-TOF
In på akuten med ambulans kommer en högfebril och uttalat andningspåverkad man i 60-årsåldern. Ingen utlandsvistelse. Pigg och uppegående under gårdagen. AF 35/min, BT 85/40, Temp 39.8C.
Vilka agens kan ge denna sjukdomsbild (3)?
- Pneumococker, covid-19, mycoplasma
In på akuten med ambulans kommer en högfebril och uttalat andningspåverkad man i 60-årsåldern. Ingen utlandsvistelse. Pigg och uppegående under gårdagen. AF 35/min, BT 85/40, Temp 39.8C.
Vilka odlingar/undersökningar beställer du?
- Sputum/Nasofarynxprov (inte lika bra som nedan)
o Trakelsekret/Bronksköljvätska - Urin-antigen (Legionella och Pneumokocker)
- Odling:
o Bakterier
o Svamp
o Resistensbestämning - PCR:
o Snabbt svar
o Bred diagnostik
o Även svårodlade
o Agens (virus, ”atypiska” bakterier)
En äldre kvinna kommer in med sitt årliga urinprov på en vårdcentral och hävdar med bestämdhet att hon har UVI igen! Sköterskan skickar för odling
och svaret kommer i din inkorg och visar växt av blandflora.
När ska man inte ta urinodling?
När ska urinodling tas ?
Ta inte urinodling vid en okomplicerad UVI hos kvinna
Vanliga patogener vid UVI (2)?
o Escherichia coli
o Staphylococcus saprophyticus
Gastroenterit
Nämn några vanliga grupper av patogener och någon patogene i varje grupp
- Virus (PCR-paneler finns)
o Calicivirus (Noro och Sapo), Rotavirus, Adenovirus, Astrovirus mfl - Bakterier (Odling eller PCR)
o Selektiva odlingsmedier (normalflora!)
o Salmonella, Shigella, Yersinia, Campylobacter
o EHEC (PCR)
o C. difficile (PCR/toxinpåvisning)
o Vibrio cholerae - Protozoer/mask
o Entamoeba histolytica, Giardia mfl
o Blastocystis och Dientamoeba
Gällande eventuell infektion, vad tittar du efter vid lumbalpunktion?
- Celler/laktat
- HSV/VZV/enterovirus PCR
- Odling (ev antigentest för pneumokocker)/PCR
- Serologi
När kan realtids-PCR vara lämpligt?
Följa förlopp (HIV/hep etc)
”Ny” mikrobiologi
Ge exempel på några metoder som är på frammarsch
- NGS – next generation sequencing
o Olika metoder för omfattande parallell sekvensering (MPS)
o Klinisk användning- ”universal PCR”
o 16s rRNA (del av bakteriell ribosom) - WGS – whole genome sequencing
o Helgenomsekvensering
o Art, epidemiologisk typning, resistensmutationer (TB!) - Metagenomik – NGS-analys av allt genetiskt material i prov
o Bestämda (”targeted”) målsekvenser – Patogenspecifik anrikning (tex 16s rRNA)
o Okända (”untargeted”) målsekvenser: smittämne behöver inte vara känt! Känslighet ? Dyrt och komplicerat (bioinformatik)
Vad innebär diskdiffusion?
Disk (lapp) som innehåller antibiotikum. Om bakterien är känslig bildas en hämningszon. Man mäter sedan diametern på hämningszonen, t ex 24 mm.
Minsta inhiberbara (hämmande) koncentration (?) översätts i ? -svaret (lågt värde ”känslig”, högt värde ”resistent”)
MIC
SIR
Vad betyder SIR
S=Susceptible, standard dose (Känslig/Sensitiv)
I=Susceptible, increased exposure
R=Resistant (Resistent)
Vad kan vara viktigt gällande serologi och anslagstid för olika antikroppar?
IgM kommer först men försvinner sen
