Recessief overervende aandoeningen deel 2 Flashcards
Variatie in humane genoom
- Mutatie: verandering DNA sequentie
- Polymorfisme: aanwezigheid 2/meer varianten in normale populatie
- VUS (variant of uncertain significance): soms is klinische betekenis aangetoonde genverandering onduidelijk.
Waarmee kan je grote deleties en duplicaties mee detecteren
Southern blotting of RFLPs, array-CGH en MLPA
Waarmee kan je puntmutaties detecteren
Mutatie scanning en DNA-sequentieanalyse (Sanger of dideoxy methode (conventioneel) of NGS (next generation sequencing))
PCR
Dubbelstrengs DNA wordt eerst omgezet in enkelstrengs, dan annealing van primers wat zorgt voor target sequentie, dat wordt dan verlengd door toevoegen dNTPs en thermostabiel DNA-polymerase. Cyclus wordt ong. 20-40x herhaald
MLPA/nultiplex ligation-dependent probe amplification
Opsporen deleties en duplicaties 1/meer exonen. Kan meten of duplicatie van bepaald stukje gen en hoeveel.
Sanger sequence
Opsporen veranderingen in DNA door aflezen alle basenvolgorde en vergelijken van sequentie van normale control en van patiënt.
Waar kunnen deletie of insertie mutaties toe leiden?
- Deletie van compleet triplet zorgt voor korter eiwit (waarschijnlijk niet functioneel)
- Deletie compleet exon en intron: leidt tot veel korter eiwit. Ernst hangt ervan af hoeveel info het exon bevat, als om intron maakt het uit of het regulerende eiwitten bevat
- Insertie van extra basenpaar, nucleotide, exon of intron; als mutatie ontstaat aan begin van gen is kans op niet-functioneel eiwit groter.
Opties voor mutaties die frameshift veroorzaakt
- In frame deletie of insertie: (veelvoud 3 aaneengesloten basenparen) leidt tot meer/minder aminozuren, maar geeft geen framshift
- Out of frame deletie of insertie: stukje info is niet deelbaar door 3, leesraam wordt verandert van daarna alle volgende tripletten en ook aminozuur. Leidt vaak tot vervroegd stopcodon
3 soorten mutaties
- Missense: vorm van puntmutatie, 1 base verandert en 1 ander nucleotide wordt ingebouwd. Effect hangt er vanaf hoeveel de 2 aminozuren van elkaar verschillen. Eiwitproduct verandert
- Nonsense: puntmutatie, eiwit wordt niet meer gemaakt, vroegtijdig stopcodon wordt ingebouwd. Eiwit kan veel korter worden
- Splice site mutatie: mutatie in regulerende splice site sequentie op overgang tussen intron en exon, waardoor bijv. exon niet wordt ingebouwd en intron juist wel.
Kenmerken van stofwisselingsstoornissen
Zijn recessief en zeldzaam. Kans op erfelijke stofwisselingsstoornis wordt groter bij consanguïniteit (want dan grote kans dat zowel vader als moeder drager zijn). Dan kans op ziek kind ¼
Kenmerken van intron
Begint altijd met GT en eindigt altijd met AG, dan weet cel waar hij moet knippen. Als mutatie optreedt kan exon worden overgeslagen of intron behouden worden. Bij insertie of deletie in intron kan frameshift optreden, zal vaak snel leiden tot vervroegd stopcodon
Mutatie in exon
Kan effect hebben op eiwit, afhankelijk van locatie van de mutatie. Puntmutatie kan leiden tot: silent, missense of nonsense mutatie.
Markeranalyse
Als bij ieder ziek familielid dezelfde serie markers naar voren komt gaat het om zelfde mutatie. Niet zieke familieleden als controle gebruiken.
Beperkende factor: gemeenschappelijke voorouder is waarschijnlijk al overleden, geen sample kan dan meer worden afgenomen (zou gouden standaard zijn).
Deze vorm is koppelingsonderzoek.
Soms kan het ook voorkomen dat de vader niet biologische vader is bijv. bij ziek kind
Wat betekenen c.1521_1523del p.Phe508del en c.350G>A p.Arg117His
Eerste: op c-gen is deletie van plek 1521-1523, daardoor in eiwit is deletie van fenylalanine.
Tweede: op c gen is missense mutatie waarbij op plek 350 een G is verandert in A. daardoor wordt op plek 117 een histidine ingebouwd ipv. Arginine (milde mutatie)
Wat is de kans dat iemand (die 50% kans heeft) op CF samen met gezonde partner een kind met CF krijgen?
1/240. Zij heeft 50% kans, partner heeft kans van 1/30 (gem. bevolking kans) en kans op doorgeven is ¼. Dus 1/2 x 1/30 x ¼ = 1/240
