Practicum 1 - computer practicum Rasmol

Question 1

Myoglobine

Answer 1

Een eiwit dat zuurstof bindt in de spieren en bevat dus ook een heemgroep.
- Alfa-helix is meest voorkomende structuur
- Heemgroep zit als een cassette erin, door zwakke interacties en 1 covalente binding
- Zwakke interacties: vanderwaalsbindingen, waterstofbruggen en ionbindingen
- Sterke interacties: covalente bindingen

Question 2

Histidine residuen in myoglobine

Answer 2

Zijketen van His93 zit aan de heemgroep
Zijketen van His64 zit dicht bij het ijzeratoom en speelt een rol in de zuurstofbinding van het eiwit.

Question 3

Collageen

Answer 3

Bevindt zich in:
- Huid
- Botte
- Pezen
- Kraakbeen
- Tanden
- Hoornvlies

Question 4

Proline en Hydroxyproline

Answer 4

Komen aan de uiteindes van collageen veel voor en zijn hier belangrijk voor de structuur
Hydroxyproline is posttranslationeel doordat prolines gehydroxyleerd worden.
Beide hebben een zijketen van 3 koolstofatomen

Question 5

Calmoduline

Answer 5

Een eiwit waarvan de werking door calcium wordt gemoduleerd -> als calcium bindt veranderen bèta-sheets in alfa-helices en is er dus sprake van conformatieverandering.
Heeft de vorm van een dumbbell, waarvan beide uiteindes 2 Ca2+-ionen kan binden

Question 6

Je kan op 2 manieren een beeld krijgen van eiwitten in 3D

Answer 6

1. Eiwitkristallografie
2. Nucleic Magnetic Resonance (NMR)

Question 7

Eiwitkristallografie

Answer 7

Microscopische techniek.
1. Het eiwit wordt gezuiverd
2. het wordt gekristalliseerd
3. De ristallen worden beschoten met röntgenstralen
4. Uit het diffractiepatroon kan de onderlinge ligging van atomen worden afgeleid

Question 8

Nucleic magnetic resonance (NMR)

Answer 8

1. Zuivere eiwit oplossing wordt geanalyseerd in een sterk magnetisch veld.
2. Uit het NMR-spectrum kan de onderlinge ligging van atomen worden afgeleid