COURS 13.2 : Diagnostic laboratoire

Question 1

Nommez les phases dans le cheminement diagnostique en infectiologie

Answer 1

• Phase pré-analytique
• Phase analytique
• Phase post-analytique

Question 2

Décrire : Phase pré-analytique

Answer 2

• Patient consulte avec des symptômes/signes d’une maladie infectieuse
• Diagnostic clinique tentatif
• Prescription de prélèvements de culture
• Prélèvements identifiés au nom du patient puis acheminés au laboratoire avec la demande d’analyses
• Réception des prélèvements au laboratoire

Question 3

Décrire : Phase analytique

Answer 3

• Examen direct sur le prélèvement
• Rapport partiel émis au médecin : interprétation
• Mise en culture du prélèvement
• Incubation des milieux ensemencés
• Lecture des milieux (le lendemain)
• Identification bactérienne
• Rapport partiel: interprétation
• Finalisation de l’identification

Question 4

Décrire : Post-analytique

Answer 4

• Émission du rapport final
• Interprétation finale du médecin

Question 5

Nommez les raisons pour effectuer un examen direct (4)

Answer 5

• Quantifier les globules blancs présents dans le prélèvement: ceci nous informe sur la réponse inflammatoire et la « purulence » de l’échantillon.
• Dans certains cas, exprimer en valeur relative la quantité de polynucléaires présents dans le prélèvement.
• Observation de micro-organismes pour poser un diagnostic présomptif:
  
  • bactéries
  • éléments mycéliens (champignons)
  • levure
  • structures parasitaires
  • inclusions virales
• Évaluation de la qualité du prélèvement pour décider si le résultat final sera fiable

Question 6

Quelle est la pertinence de faire : Sérum physiologique

Answer 6

• permet d’observer la mobilité de certains micro-organismes
• permet d’évaluer rapidement les micro-organismes avec des formes particulières, ex.: levures

Question 7

Quelle est la pertinence : Hydroxyde de potassium (KOH)

Answer 7

• KOH 10 % digère la kératine
• utile pour diagnostiquer des éléments mycéliens (champignons) à partir de prélèvement
  
  • d’ongles
  • peau
  • cheveux

Question 8

Quelle est la pertinence : Iode

Answer 8

• colore les noyaux et organelles cytoplasmiques
• utile pour colorer rapidement les selles d’un patient et diagnostiquer la présence de protozoaires (ex.: amibes)

Question 9

Quelle est la pertinence : Encre de Chine

Answer 9

• met en évidence la capsule entourant certains micro-organismes (ex.: Cryptococcus)
• moins utilisée depuis l’avènement des tests antigéniques (Section 4.1)

Question 10

Quelle est la pertinence : Fond noir

Answer 10

• utile pour mettre en évidence des micro-organismes mal visualisés en microscopie optique standard et qui se colore difficilement
  (ex. : spirochète)

Question 11

Quelle est le principe de la coloration de Gram

Answer 11

• La teneur en lipide de la paroi cellulaire des bactéries est variable.
• Les parois pauvres en lipides retiennent plus le colorant cristal violet (Gram positif).
• Quand la paroi est riche en lipides, le cristal violet ne s’imprègne pas de façon permanente. Le décolorant le déloge (Gram négatif).

Question 12

Quelle est le technique de la coloration de Gram?

Answer 12

• étaler sur une lame une couche mince du prélèvement à colorer
• fixer à la chaleur
• cristal violet (1 minute)
• laver
• iode (1 minute) pour bien fixer le cristal violet
• décolorer quelques secondes à l’acétone alcool
• laver
• safranine (1 minute)
• laver, assécher
• lire au microscope

Question 13

Comment interpréter la coloration de Gram si la bactérie est bleue?

Answer 13

• Le cristal violet n’a pas été décoloré par l’acétone alcool: la contre-coloration à la safranine (rose) a été inefficace.
• La couleur finale de la bactérie est bleue ce qui implique une paroi pauvre en lipide : bactérie Gram positif (ex. : Staphylococcus).

Question 14

Comment interpréter la coloration de Gram si la bactérie est rose?

Answer 14

• La paroi est riche en lipides.
• Le cristal violet est facilement libéré de la paroi par le décolorant.
• La contre-coloration avec la safranine est possible car la paroi est libre de colorant : bactérie Gram négative (ex. : Escherichia coli).

Question 15

Quelle est l’utilité de la coloration de Gram?

Answer 15

• Permet de reconnaître rapidement le ou les bactéries possiblement pathogènes présentes dans le prélèvement et d’en informer rapidement le clinicien.
• Permet d’évaluer la présence ou l’absence de flore normale quand le prélèvement provient d’un site non stérile.
• Permet d’évaluer la réponse inflammatoire car les globules blancs sont colorés dans le processus.
• Permet de quantifier de façon relative les polynucléaires versus les cellules mononucléées. Ceci aide dans certains cas à distinguer les infections bactériennes des infections virales.

Question 16

Quel est le principe de la coloration de Ziehl-Neelsen

Answer 16

• La paroi de certains micro-organismes est épaisse et cireuse et ne se colore pas facilement.
• Une fois les parois colorées par contre elles résistent à la décoloration par un solvant tel l’acide-alcool.
• Ces bactéries sont appelées par conséquent « bacilles acido-alcoolo résistants » ou B.A.A.R.

Question 17

Quelle est la technique de la coloration de Ziehl-Neelsen?

Answer 17

• préparer une lame à partir du prélèvement comme la coloration de Gram
• « carbol fuchsin »
• laver
• acide-alcool
• laver
• bleu de méthylène
• laver, assécher
• lire au microscope

Question 18

Comment interpréter la coloration de Ziehl-Neelsen si la bactérie est rose?

Answer 18

• La paroi épaisse et cireuse a capté le premier colorant de la coloration de Ziehl-Neelsen (« carbol fuchsin ») et a résisté au décolorant.
• La contre-coloration au bleu de méthylène s’est avérée inefficace.
• La couleur finale est rose.
• Il s’agit d’un bacille acido-alcoolo résistant (BAAR) ex.: mycobactéries.

Question 19

Comment interpréter la coloration de Ziehl-Neelsen si la bactérie est bleue?

Answer 19

• La paroi plus mince de la bactérie, moins imperméable que dans le cas précédent, a pris le « carbol fuchsin » (rose) mais n’a pas résisté au décolorant.
• La contre-coloration avec le bleu de méthylène a été possible.
• La couleur finale est bleue.
• Il ne s’agit pas d’un bacille acido-alcoolo résistant.

Question 20

Quelle est l’utilité de la coloration Ziehl-Neelsen?

Answer 20

• Permet l’identification présomptive des mycobactéries sans pouvoir les identifier à l’espèce.
• D’autres germes sont des B.A.A.R., ex.: Nocardia

Question 21

Nommez les caractéristiques macroscopiques des bactéries (4)

Answer 21

• forme de la colonie
• couleur de la colonie
• grosseur de la colonie
• présence ou non d’hémolyse autour de la colonie

Question 22

Lors d’une identification préliminaire, quel est l’aspect macroscopique d’un staphylocoque?

Answer 22

grosse colonie convexe, jaune, hémolyse Bêta (complète)

Question 23

Lors d’une identification préliminaire, quel est l’aspect macroscopique d’un streptocoque?

Answer 23

petite colonie convexe, translucide, hémolyse Bêta large

Question 24

Lors d’une identification préliminaire, quel est l’aspect macroscopique d’un pneumocoque?

Answer 24

colonie plate, ombiliquée, translucide, hémolyse alpha (incomplète - aspect verdâtre)

Question 25

Lors d’une identification préliminaire, quel est l’aspect macroscopique d’un entérobactérie?

Answer 25

colonie surélevée, semi-opaque, grise

Question 26

Lors d’une identification préliminaire, quel est l’aspect macroscopique d’un pseudomonas?

Answer 26

colonie plate, opaque, verdâtre, odeur fruitée

Question 27

Nommez les sites normalement stériles.

Answer 27

• Le sang et tous les liquides biologiques tels :
  
  • liquide céphalo-rachidien
  • liquide synovial
  • liquide pleural

Question 28

Remplir ce tableau

Answer 28

Question 29

Pour prélever le liquide céphalorachidien, on pique où?

Answer 29

à travers la peau vis-à-vis la colonne lombaire.

Question 30

Nommez des sites non stérile du corp

Answer 30

• bouche
• vagin
• peau
• rectum ou selles

Question 31

Pour bien interpréter les résultats de cultures obtenus à partir de sites non stériles, il faut quoi? (2)

Answer 31

• connaître la flore normale de ces sites
• porter attention seulement aux bactéries qui ne font pas partie de cette flore ou qui sont reconnues pour causer des infections.

Question 32

Expliquez : Méthode moléculaire (diagnostic rapide)

Answer 32

• Ces méthodes consistent à amplifier une partie du génome du germe à identifier dans un premier temps
• Par la suite, il suffit d’appliquer une méthode de détection de la portion du génome maintenant amplifiée pour confirmer la présence d’un pathogène suspecté.
• utiles quand le germe à détecter se cultive difficilement ou qui se trouve en faible quantité dans un prélèvement donné, ce qui rend sa détection difficile.
• Par contre, l’application d’une méthode d’amplification de type PCR (« Polymerase Chain Reaction » ou Test d’amplification des acides nucléiques (TAAN)) à partir du même liquide céphalorachidien révèle habituellement la présence d’herpès simplex.

Question 33

Quel est le principe de la sérologie?

Answer 33

• est de mettre en évidence des preuves indirectes de la présence d’un agent infectieux.
• Au lieu de détecter le germe directement, il s’agit ici de détecter la présence d’anticorps spécifiques produits par le patient colonisé ou infecté par un germe.
• Ces anticorps produits par le système immunitaire sont présents dans le sérum de la personne atteinte d’où l’appellation générale « sérologie ».

Question 34

Quelle est l’utilité de la sérologie?

Answer 34

La recherche d’anticorps est particulièrement utile pour faire le diagnostic des infections virales, les virus étant en général plus longs et difficiles à mettre en évidence par culture.

Voici certains des virus ou maladies où la sérologie est la méthode diagnostique la plus utilisée pour poser un diagnostic infectieux :

• virus d’immunodéficience humain (VIH)
• hépatite A, B, C
• rougeole
• rubéole
• varicelle

Question 35

Nommez les deux types d’anticorps utiles en microbiologie diagnostique

Answer 35

• Anticorps (immunoglobulines ou Ig) de type M ou IgM
• Anticorps (immunoglobulines ou Ig) de type G ou IgG

Question 36

Les anticorps (immunoglobulines ou Ig) de type M ou IgM apparaissent quand dans une maladie?

Answer 36

• Ces anticorps apparaissent en phase aiguë de la maladie et leur présence indique une infection actuelle ou très récente, ex.: hépatite A.
• Quand la phase aiguë de la maladie est passée, ce type d’anticorps disparaît et un deuxième type d’anticorps apparaît alors.
• Il s’agit des IgG.

Question 37

Les anticorps (immunoglobulines ou Ig) de type G ou IgG apparaissent quand dans une maladie?

Answer 37

• En phase de convalescence d’une infection, c’est ce type d’anticorps qui est produit et qui confère une immunité long terme contre l’agent infectieux en question.
• Au début d’une infection, les IgG sont absents. Quand un deuxième sérum est prélevé aux moins deux semaines plus tard, la présence d’IgG spécifiques à l’infection en cause est documentée.

Question 38

Définir : Séroconversion

Answer 38

• Le passage des IgG de négatif à positif est appelé séroconversion.
• Le principe de la séroconversion s’applique à la vaccination : la recherche d’anticorps est effectuée sur un premier échantillon de sérum pris avant la vaccination et sur un deuxième échantillon prélevé quelques semaines post-vaccination.