Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Biochemistry > מולקולרית - פרק 6 > Flashcards

מולקולרית - פרק 6 Flashcards

1
Q

מה ההבדל בין

T ל-U

A

מתיל.

T has a methyl.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

מהו
Balbiani Ring mRNA?
ולמה הוא משמש?

A

מדובר במולקולת מרנא גדולה במיוחד הנפוצה בחרקים.
בזכות גודלה ניתן לצפות בה בקלות במיקרוסקופ אלקטרונים.
למשל כשהיא עוברת דרך ה NPC

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

מולקולות snoRNA

היכן הן פועלות? מה תפקידן? מי מסנתז אותן וממה?

A

הן פועלות בגרעינון לעיבוד של רנא ריבוזומלי.

מסונתזות עי פולימראז 2 מאינטרונים.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

מה אורכה של מולקולת

tRNA?

A

כ-80 בסיסים.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

באיזה קצב עובד הריבוזום היוקריוטי?

ובאיזה החיידקי?

A

מוסיף שתי ח.א בשנייה. מדהים!

של חיידק אפילו יותר מהיר, 20 ח.א בשנייה!!!

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

מה תפקידו של פקטור האלונגציה

EF-Tu?

A 
זהו פקטור פרוקריוטי, תפקידו להביא את 
tRNA
אל הריבוזום.
בנוסף, הוא מגביר את הדיוק בתרגום,
ומדובר בחלבון בעל אתר להידרוליזת GTP
כאשר הוא משחרר פוספט הוא מתנתק בתצורה נושאת
GDP.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

מה התפקיד העיקרי של חלבוני הריבוזום?

A

לייצב את הרנא הריבוזומלי,
מהווים את ליבת הריבוזום
עוזרים למולקולות הרנא הריבוזומלי להאסף ליצירת ריבוזום

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

איזו אנטיביוטיקה היא אנאלוג למולקולת
tRNA
קשורה לח.א?

A

פורומיצין
זו דוגמה ל
molecular mimicry.
והיא מונעת סינתזת חלבונים ביוקריוטים ובפרו’

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

איזו אנטיביוטיקה משפיעה רק על ריבוזומים בציטוזול? של יוקריוטים?

A

ציקלוהקסמיד.
זה בניגוד לכרלורמפניקול שמשפיעה רק על ריבוזומים במיטוכונדיה ובכלורופלסט של פרוקריוטים.
מה שמשקף את המוצא החיידקי שלה.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

מה ניתן לומר על ארגון הגנים בגנום?

A

o הגנום של מרבית האורגניזמים מסודר באופן כאוטי ולא מאורגן, עובדה המשקפת את הרנדומאליות שבתהליך האבולוציה.

למשל, קומפלקס חלבוני אחד יכול להכיל גנים על כרומוזומים שונים.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

אילו מחלות גנטיות, למשל, בכרומוזום איקס?

A

A המופיליה
עיוורון צבעים
incongenita pigmenti
Abcd1 מוטציה בגן

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

במה שונה רנא מדנא?

מה ההבדל המולקולרי ביניהם

A
  1. מכיל ריבונוקלאוטיד ולא דאוקסינוקלאוטיד
  2. מכיל את הבסיס אורצין במקום טימידין

רנא מכיל הידרוקסיל על פחמן 2 בעוד שדנא רק מימן.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

מדוע לרנא יש יכולת קטליטית ולדנא לא?

A

משום שרנא הוא חד גדילי וזה מאפשר לו להתקפל למבנים תלת ממדיים שיכולים להפוך למעין כיסים קטליטיים ולזרז ריאקציות.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

הרנא שנוצר בשעתוק זהה למי וקומפלמנטרי למי?

A

זהה לגדיל המשלים, וקומפלמנטרי לגדיל התבנית

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

אילו קשרי מימן ימצאו במבנה התלת ממדי של רנא?

A

קונבציונליים - בין בסיסים

ולא קונבציונליים - אלו המעניקים לו את המבנה המיוחד.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

מנין מגיעה האנרגיה ליצירת הקשר הפוספודיאסטרי בין שני בסיסי רנא בשכפול?

A

שבירת הקשר הפוספואנהידרידי בין פוספאט אלפא לפוספאט בטא של הנוקלאוטיד מספק את האנרגיה הנדרשת לסינתזת הקשר הפוספודיאסטרי

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

מהם ההבדלים בין שעתוק לשכפול

מה משותף בין רנא פולימראז לדנא פולימראז?

A

פריימר - לא מצריך פריימר
פרוססיביות - לרנא פולימראז פרוססיביות מוחלטת.

לא הרבה משותף והם לא חולקים מקור אבולוציוני משותף. לשניהם יש מגנזיום באתר הפעיל.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

מהי יחידת שעתוק?

Transcription unit?

A

אזור בדנא שעובר שעתוק למולקולת רנא אחת.

ביוקריוטים לרוב כל גן משועתק בנפרד, אבל אצל חיידקים זה פוליציסטרוני.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

snRNA?

A

small nuclear RNA -

מסייע במגוון תהליכים בגרעין, כולל שחבור

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

snoRNA

A

small nucleolar RNA -
עיבוד ומודיפיקציה כימית של
rRNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

miRNA

A

בקרת ביטוי גנים עי חסימת תרגום של
mRNA
מסוימים ושליחתם לפירוק

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

siRNA

A

small interfering RNA -

כיבוי של ביטוי גנים עי שליחת מולקולת ה-מרנא לפירוק ויצירת כרומטין דחוס

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

piRNA

A

Piwi interacting RNAs - bind to piwi proteins

ומגנים מפני טרנספוזונים.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

lncRNA

A

רגולציה לתהליכים תאיים רבים
מולקולת פיגום
אינאקטיבציה של X

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

מה המבנה של רנא פולימראז החיידקי?

A

מחולק לאנזים ליבה שמורכב מכמה תתי יחידות.
בנוסף, נקשרת אליו יחידה נוספת, סיגמה, ואז הוא מכונה הולואנזים.
סה”כ מכיל 5 תתי יחידות

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

מהו
abortive initiation
בהקשר של רנא פולימראז

A

אלו הניסיונות הכושלים להתחיל בשעתוק, בהם הפולימראז מושך אליו את הדנא ולא מתקדם עליו, נקרא
scrunching.
זה מפעיל לחץ על הרנא וגורם לו להתנתק והפולימראז מתחיל מחדש.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

למה משמש פקטור סיגמה?
מתי היא מתנתקת?
מתי הפולימראז קושר אותה?

A

קישור לפרומוטור.
היא מתנתקת כאשר הפולימראז משתחרר מהפרומטור ומתחיל באלונגציה (promotor clearance).

יחידת סיגמה נקשרת לפולימראז להרכבת ההולואנזים לפני שהוא נקשר לדנא

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

מהו רצף הטרמינטור בחיידקים?

A

מכיל ריבוי של A-T
ויוצר מבנה של סיכת ראש.
הוא וריאבלי ופחות חשוב הרצף, העיקר שייצר מבנה של
Hairpin

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

מהי תופעת ה-

Scrunching?

A

עשרת הנוקלאוטידים הראשונים מסונתזים בצורה זו, בה הפולימראז נשאר על גבי הפרומוטר ומושך את הדנ”א אל האתר הפעיל ובכך בעצם מגדיל את בועת השעתוק.
המתח/סטרס שנוצר על גבי הקומפלקס לעיתים גורם למולקולת הרנא להתנתק והפולימראז יתחיל לסנתז מחדש – מחזורים כאלו של התחלה וסיום כשהפולימראז עומד במקומו מכונים Abortive Cycles או Abortive initiations.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

מהו קצב השעתוק בחיידקים?

A

כ-50 נוקל’ בשנייה

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

רצפי פרומוטור בחיידקים:

A
  • אסימטריים, וכך מבטיחים שהקישור של הפולימראז יכול להתבצע רק בכיוון אחד.
  • מכילים רצפי קונצנזוס המזוהים עי יחידה סיגמה
  • יכולים להשפיע על עוצמת הקישור של פולימראז וכך על רמת ביטוי הגן
32
Q

מה מסתנתז פולימראז 2?

A

mRNA, snoRNA, miRNA, siRNA, lncRNA, snRNA

33
Q

מה מסתנתז פולימראז 1?

A

5.8S, 18S, 28S of rRNA

34
Q

מה מסתנתז פולימראז 3?

A

5S rRNA, snRNA, other small RNAs, tRNA

35
Q

איזה פולימאז מסנתז

tRNA?

A

רנא פולימראז 3

36
Q

פקטור השעתוק הכללי

TFIID:

A

מכיל את תת היחידה TBP
בנוסף מכיל יחידות TAF
נקשר לפרומוטור
ויוצר מעין קינק שמסמן את נק’ תחילת השעתוק ומושך אחרים

37
Q

תת היחידה TBP

A

TATA box binding protain
חלבון מונומרי הקושר את הטאטא בוקס.
בעל סימטריה דו צדדית הנקשר לרצף ה טאטא דרך התעלה הקטנה ולא דרך התעלה הגדולה כפי שעושים חלבונים מזהי רצף בדרך כלל

38
Q

פקטור השעתוק הכללי

TFIIB:

A

מזהה רצף

BRE

39
Q

הגדרה של אקסונים

A

רצפים המקודדים בדנא, עוברים שעתוק ומופיעים במולקולת המרנא הבוגרת.

40
Q

הגדרה של אינטרונים

A

רצפים המקודדים בדנא, עוברים שעתוק ואינם מופיעים במולקולת המרנא הבוגרת.

41
Q

שחבור

A

תהליך הרחקת אינטרונים ממולקות ה

pre-mRNA

42
Q

שחבור חליפי

A

שימוש באקסונים אלטרנטיביים או בשיטות שונות ליצירת מגוון מולקולות מרנא מאותו
pre-mRNA

43
Q

מה מסמן pre-mRNA

A

את מולקולת המרנא הלא סופית.

מולקולה תקרא מרנא רק אחרי עיבוד קצה 5, קצה 3 ושחבור.

44
Q

שחבור

A

כל אירוע שחבור מסיר אינטרון אחד
באמצעות שתי ריאקציות העברות פוספוריל עוקבות של טרנסאסטריפיקציה,
הסרה של האינטרון כטבעת לריאט

45
Q

מה בכל זאת תורמים האינטרונים, למה האבולוציה לא נפטרה מהם?

A

ככל הנראה יש להם תפקיד ביצירת מגוון של חלבונים.

מאפשרים קומבינציות חדשות.

46
Q

שחבור אלטרנטיבי,

מה הדוגמה?

A

הדוגמה היא אלפא-טרופומיוזין ששחבורו מייצר גם חלבונים אחרים

למשל גרסאות שונות בשריר חלק ובשריר שלד.

47
Q

רצף הנוקלאוטידים מסמן איפה צריך להתרחש שחבור

A 
צריך לזהות שלושה חלקים ממולקולת הפרה-מרנא:
אתר שחבור 5 - מכיל GU
אתר שחבור 3 - מכיל AG
branch point - מכיל אדנוזין חשוב!
לכל אחד מהאתרים האלו יש רצף קונצנזוס
פרט למצוינים לעיל שהם אינווריאנטיים
48
Q

שחבור - הספלייסוזום

A 
5 מולקולות של snRNA: U1, U2, U4, U5, U6
snRNP מתרכבים יחד ליצירת חלקיק, 
שמכיל גם חלבונים
מייצרות את ליבת הספלייסוזום
זיהוי שלושת הרצפים הדרושים לשחבור נעשה דרך התאמה קומפלמנטרית בין 
snRNA
לבין רצף הקונצנזוס

ATP מנצל אנרגיית
עמ להגביר את הדיוק

במבחנה הם מתקיימים בנפרד ונאספים כשיש צורך
בגוף ככל הנראה מתקיימים כ-preexisting

49
Q

מנגנון השחבור

A

האדנוזין בנק’ ההסתעפות עושה התקפה נוקלאופילית על שחבור 5 - טרנסאסטריפיקציה ראשונה
לאחר שנוצרה לולאה, האקסון במעלה הזרם תוקף את שחבור 3

50
Q

מנגנון הפעולה של הספלייסוזופ

A

U1 תחילה
מתחבר לאתר 5

מתיישבים על האדנוזיןBBP, U2AF
U2 מחליף אותם
אליו מצטרפים חלבונים
אז מצטרפת השלישייה של 4,5,6
כולם נפגשים יחדיו ונוצרת לולאה

מולקולות הרנא הן הקטליטיות ולא החלבונים.
הקומפלקס נשאר דבוק ללואה ועמ לשחררו דרושת הידרוליזת
ATP

51
Q

על מה מסתמכת ריאקציית הספלייסוזום?

A

אינטראקציות קומפלמנטריות בין רכיבי הרנא של ה
snRNA
ובין המרנא, וגם
ATP
שמשמש לשבירת אינטרקציות רנא-רנא
ויצירת חדשות במקומן.
כל הניתוק וחיבור מחדש של הפקטורים מאפשר לבדוק שוב ושוב בטרם יתבצע חיתוך
For example U1 is replaced by U6 allows to check and recheck the spilicing signals
לכן נאמר שבגדול זה משמש להגברת הדיוק.

52
Q

EJC מהו?

A

מתיישב על צומת בין שני האקסונים, איפה שבוצע שחבור, ומסמן אותה.

53
Q

טעויות שחבור נמנעות כבר בשעתוק

A

עי צימוד בין שחבור לבין שעתוק - רכיבי שחבור רוכבים על זנב המרנא, מונע דילוג על אקסון
שיטת הגדרת האקסון - מסתמכת על העובדה שאקסונים הם בני בערך 150 בסיסים ואז חלבוני
SR - עשירים בסרין וארגינין
מתיישבים על רצפים שמורים באקסונים ומסמנים אותם

54
Q

SR חלבוני

A 
עשירים בסרין וארגינין
pre-mRNA נקשרים ל
מתיישבים על רצפים שמורים באקסונים ומסמנים אותם
מגייסים את U1, U6
מזהים את האתרים ונקשרים באמצעות
ESE - exon splicing enhancers
55
Q

ישנה וריאביליות באורכי האקסונים והאינטרונים בין אורגניזמים שונים

A

אבל, יש יותר וריאביליות באינטרונים מאשר באקסונים.

דהה…

56
Q

The exon definition

hypothesis

A 
According to this idea,
SR proteins bind to each exon sequence
in the pre-mRNA and thereby help to
guide the snRNPs to the proper intron/
exon boundaries. This demarcation of
exons by the SR proteins occurs co-transcriptionally,
beginning at the CBC
(cap-binding complex) at the 5ʹ end.
It has been proposed that a group of
proteins known as the heterogeneous
nuclear ribonucleoproteins (hnRNPs)
may preferentially associate with intron
sequences, further helping the spliceosome
distinguish introns from exons.
57
Q

The exon definition

hypothesis

A 
According to this idea,
SR proteins bind to each exon sequence
in the pre-mRNA and thereby help to
guide the snRNPs to the proper intron/
exon boundaries. This demarcation of
exons by the SR proteins occurs co-transcriptionally,
beginning at the CBC
(cap-binding complex) at the 5ʹ end.
It has been proposed that a group of
proteins known as the heterogeneous
nuclear ribonucleoproteins (hnRNPs)
may preferentially associate with intron
sequences, further helping the spliceosome
distinguish introns from exons.
58
Q

hnRNPs

A

מסייעים להבחין בין אינטרונים לאקסונים

59
Q

השפעת מבנה הכרומטין על השחבור

A

משמשים כמעין באמפרים בכביש,
מכריחים את הפולימראז להוריד את מהירות השעתוק ומאפשרים יתרת זהירות.

וגם, מודיפיקציות היסטונים מסויימות מגייסות את מרכיבי הספלייסוזום

60
Q

RNA Splicing Shows Remarkable Plasticity

A

בהשוואה לתהליכים אחרים בשכפול ושעתוק, השחבור מראה גמישות.
למשל, מוטציה באתר שחבור לא תמנע לחלוטין שחבור. אלא, בהרבה מקרים יתרחש שחבור חליפי שייתן חלבון אחר
מנגנון השחבור התפתח כך שתבחר אופציית השחבור הזמינה הטובה ביותר.

מחלות שקשורות לשחבור לא תקין:
תלסמיה, ציסטיק פיבורזיס, דמנציה, פרקינסון, רטיניטיס פיגמנטוזה, אטרופיה ספינלית, מיוטוניק דיסטרופיה, היזדקנות מוקדמת וסרטן.
משוער שכ-10% מהתסמונות הגנטיות קשורות לשחבור “עקר” של הגן המוטנטי.

61
Q

ביתא תלסמיה

A

נגרמת עי מוטציה באתר שחבור בגן ביתא גלובין

תמונה בעמ’ 324

62
Q

Spliceosome-Catalyzed RNA Splicing Probably Evolved from
Self-splicing Mechanisms
הספלייסוזום מזורז רנא ככל הנראה התפתח ממנגנון
Self-splicing

A

ישנם אורגנימזים בהם יכול להתרחש שחבור ללא חלבונים כלל, רק עם רנא.
ככל הנראה מדובר בשארית של עולם קדום של קטליזת רנא
ככל הנראה זה התפתח מהיכול הקדומה של רנא
to self-splice!!
הרנא מתקפל למבנה תלת ממדי שמביא את שני הקצוות קרוב ומזרז ריאקציה של טרנסאסטריפיקציה

63
Q

עיבוד קצה 3 של מולקולת מרנא

A 
מיקום קצה 3 נקבע לפי הרצף שמהווה רצף קישור לחלבוני עיבוד.
נקשרים שני חלבונים:
CstF - cleavage stimulating factor
CPSF - cleavage and polyadenliation specifity
אז הרנא נחתך מהפולימראז וחלבון
PAP
מוסיף כ-200 אדנוזיניםת ללא תבנית - 
לפיכך זנב הפולי לא מקודד בגנום!!
PAB אז נקשרים

הפולימראז ממשיך לשעתק אחרי שהמרנא נחתך, אבל בגלל שזה לא מכיל כובע 5 זה נאכל ישר עי נוקלאזות.

64
Q

ייצוא סלקטיבי של מרנא מהגרעין
התא מבחין בין פסולת מרנא לבין לא באמצעות:
5 אמצעים

A 
התא מבחין בין פסולת מרנא לבין לא באמצעות:
CBC - cup binding protein
PAB
EJC
העדר חלבונים הקשורים לעיבוד
hnRNPs
65
Q

ייצוא סלקטיבי של מרנא מהגרעין

התא מבחין בין פסולת מרנא לבין לא באמצעות: 5 דרכים

A 
התא מבחין בין פסולת מרנא לבין לא באמצעות:
CBC - cup binding protein
PAB
EJC
העדר חלבונים הקשורים לעיבוד
hnRNPs
66
Q

Exosome מהו

A

קומפלקס חלבוני גדול בגרעין,
עשיר בנוקלאזות המפרקות את פסולת הרנא
בגרעין משתתף בעיבור רנא
בציטוזול מבקר זמן חיים של מרנא

67
Q

יציאה של מולקולת מרנא מהגרעין

A

דרך ה NPC
באמצעות אקספורטין מיוחד המוסף על אתר הביקוע של קצה 3, לפני הפוליאדנילציה
המרנא מקופל ודחוס לפני שהוא יוצא, הקיפול קצת נפתח במעבר דרך NPC

68
Q

יציאה של מולקולת מרנא מהגרעין

A

דרך ה NPC
באמצעות אקספורטין מיוחד המוסף על אתר הביקוע של קצה 3, לפני הפוליאדנילציה
המרנא מקופל ודחוס לפני שהוא יוצא, הקיפול קצת נפתח במעבר דרך NPC

מתרחשת תוך עשרות מילישניות בודדות מהרגע שהתחילה האינטראקציה עם NPC
5CAP ראשון עובר ה

69
Q

שלושה רצפים מסמנים את סוף התרגום, מהם?

A

AAUAAA
CA
G and U rich sequence

70
Q

CstF

A

קומפלקס רב יחידות הרוכב על זנב ה
CTD
ומזהה רצף עשיר ב
GU

71
Q

CPSF

A

קומפלקס רב יחידות הרוכב על זנב ה
CTD
ומזהה רצף
AAUAAA

72
Q

נקודות לתשומת לב אודות סיום שעתוק

A

רוכבים על זנב הפולימראז CstF, CPSF
PAP ואילו הוא לא
CSTF משתחרר אחרי שהמרנא נחתך
PAPת CPSF נשארים עד שזנב הפולי הושלם

היסוטונים לא עוברים פוליאדנליציה!!

73
Q

רנא פולימראז 1

A

מוקדש לייצור רנא ריבוזומלי.
אין לו זנב
טרמינלי-C
כך שהתוצרים שלו לא מקבלים פולי איי וכובע

74
Q

rRNA

A

כ-80% מהרנא בתאים מתחלקים
מסונתז עי פולימראז 1
כדי לייצר הרבה ררנא התא מכיל עותקים רבים של הגנים, בערך 200 רק בגנום ההפלואידי

75
Q

כל ריבוזום יוקריוטי מכיל 4 סוגי של ררנא

A

היחידות 28,5.8, 18 מיוצרות מפרוקורסר אחד ארוך בן 13,00 בסיסים שעובר חיתוך ועיבוד
שלושתן מיוצרות עי פולימראז 1 בגרעינון.
יחידה 5 משעותקת עי פולימראז 3 במיקום אחר בגרעין, ולא מצריכה עיבוד או חיתוך

76
Q

כל ריבוזום יוקריוטי מכיל 4 סוגי של ררנא

A

היחידות 28,5.8, 18 מיוצרות מפרוקורסר אחד ארוך בן 13,00 בסיסים שעובר חיתוך ועיבוד:
100 מתילציות על פחמן שתיים
100 איזומרציות של יורידין לפסאודו-יורידין

שלושתן מיוצרות עי פולימראז 1 בגרעינון.

יחידה 5 משעותקת עי פולימראז 3 במיקום אחר בגרעין, ולא מצריכה עיבוד או חיתוך

77
Q

עיבוד של rRNA

A

snoRNP המודיפיקציות מבוצעות עי חלקיקי
המכילים רנא מכווין אליו מחוברים האנזימים החלבוניים.

חלק מחלקיקי ….
מקודדים על גבי אינטרונים

Biochemistry (41 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions