מולקולרית - פרק 5 Flashcards
מה התפקיד של החלבון
Spo11
מבצע שבר דו גדילי בתהליך הרקומבינציה המיוטי.
חלבון שמרי
כמו טופואיזומראז, הוא נשאר קשור לדנא קוולנטית אחרי הריאקציה.
עד שנוקלאז שמפרק את הגדיל משחרר אותו.
מהי צומת הולידיי?
תוצר ביניים חשוב ברקומבינציה במיוזה.
מה, בין השאר, מגביל את כמות החלבונים שאורגניזם יכול להיות תלוי בהם?
קצב המוטציות מגביל את כמות החלבונים בבני אדם למשל לכ-30,000.
מעבר לזה הסיכוי למוטציה בחלבון חיוני כבר גדול מדי.
קצב מוטציות איטי ______________
חיוני כדי לאפשר חיים.
מהם שני סוגי התאים הקיימים באורגניזם בעל רבייה מינית?
תאים סומטיים ותאי נבט (גמטות)
מהו קצב המוטציות הממוצע?
אחת ל-9^10 נוקלאוטידים.
ריאקציית הוספת נוקלאוטיד לשרשרת דנא מתארכת מתאפשרת באמצעות?
פירוק פירופוסט לשני פוספטים.
למי מקטעי אוקזקי ארוכים יותר? חיידקים או בני אדם? ומה אורכם.
חיידקים! בערך 1000-2000
בני אדם 100-200
מהם המאפיינים של מנגנוני הגהה של דנא פולימראז?
- לנוקלאוטיד הנכון יש אפיניות טובה יותר
- הנוקלאוטיד הנכון מאפשר שינוי קונפורמציה שמהדק עליו את האתר הפעיל ומייצר העדפה אנרגטית אליו.
- פעילות דומיין אקסונולקאז בכיוון, זה נקרא:
exonucleolytic proofreading
*נציין שנוקלאוטיד לא נכון הרבה פעמים מציב את ההידרוקסיל במיקום לא מתאים שלא מאפשר את הארכת השרשרת.
כיצד פועל ה
exonucleolytic proofreading
פי כמה הוא מגדיל את הדיוק?
במקרה של טעות בנוקלאוטיד, הוא חותך את כל מה שהוסף עד לטעות.
הוא מגדיל את הדיוק פי 2^10.
כלומר, ללא פעילות אקסונוקלאז 5^10
עם פעילות 7^10
סהכ, מהי שכיחות הטעויות בנוקלאוטיד?
אחד ל-10^10
נוקלאוטידים שמוספים.
מיהו דנא פרימאז?
מדוע רנא משמש בפריימר ולא דנא?
האנזים שמניח פריימרים של רנא על הדנא.
אורכם כ-10 נוקלאוטידים.
השימוש ברנא מספק רמת ביטחון נוספת. באופן הזה הפריימר מסומן מראש כעותק זמני.
מיהו הפרימאז היוקריוטי?
Alpha-DNA-polymerase
קומפלקס אנזימטי.
תת היחידה Pri
מניחה אחראית להנחת הפריימר.
מהי הריאקציה של ליגאז?
מה משתחרר בריאקציה שלו?
אטימה של קשר פוספודיאסטרי תוך כדי ניצול מולקולת ATP בשלב הראשון משתחרר פירופוסט שמפורק מיד. נשאר קשור AMP, ואז משתחרר גם הוא.
PP, AMP.
מה התפקיד של הליקאז?
מה המאפיינים שלו ומי מסייע לו?
הליקאז מסייע להפריד את שני הגדילים. מאפייניו: - קצב של כ-1000 נוקל' בשנייה - יוקיריוטי נע על הגדיל המוביל 3 ל-5 - פרוקריוט נע על הגדיל המתעכב 5 ל-3 - מורכב מכמה תת יחידות - משתמש ב-ATP
מסייעים לו חלבוני SSB
מיהם חלבוני SSB?
Single Strand DNA-binding protein
מה הם עושים בתמונה?
אלו חלבונים הנקשרים לדנא במצב חד גדילי מבלי לכסות את הבסיסים ומייצבים אותו. הם:
• לא מפריעים לפלמור - לא מכסים את הבסיסים
• נקשרים באופן קואופרטיבי.
• חיוניים להליקאז משום שמייצבים עבורו את החד הגדיל.
בתמונה הם פותחים מבנה של
hairpin
שנוצר בדנא.
מי מהחלבונים הבאים מונומרי בפרוקריוטים ולא ביוקריוטים?
- SSB
- הליקאז
- רנא פולימראז
- דנא פרימאז
SSB.
ביוקריוטים מכיל 3 תתי יחידות ובחיידקים אחת.
כל השאר הם מולטימרים גם בפרוקריוטים וגם ביוקריוטים.
העשרה:
רנא פולימראז בפרוקריוטים מכיל 4 תתי יחידות. לא כולל פקטור סיגמה, שיחד איתו הוא יכונה הולואנזים.
איזה חלבון אחראי על הגברת הפרוסיסיביות של דנא פולימראז?
הטבעת המחליקה
Sliding clamp - PCNA
איפה חלבוני
SSB
משמעותיים במיוחד?
בגדיל המתעכב, שם הדנא נותר חשוף יותר זמן.
מה מכיל הרפליזום?
הליקאזות 2
מצמד לכל פולימראז
הליקז
פרימאז
ביוקיורטים, איזה פולימראז מסנתז את הגדיל המוביל ואיזה את המתעכב?
את המוביל פולימראז אפסילון.
את המתעכב פולימראז דלתא.
מהם גנים מוטטורים?
אלו גנים שמוטציה בהם מגבירה את קצב המוטציות הספונטניות - מעודדת יצירה של מוטציות נוספות.
למשל, מוטציה בגן המקודד לחלבון במע’ תיקון דנא, יחשב גן מוטטורי.
מהי מערכת ה
strand direct mismatch repair ?
מערכת המאתרת הפרעות בהליקס שנובעות מאי התאמה של בסיסים לא משלימים.
ידועה כ-MMR
כיצד מבחינה מע’ ה
MMR
בחיידקים בין הגדיל החדש לישן?
באמצעות מתילציה על שייר A של הרצף GATC שמניח האנזים Dam-Methylase - אנזים איטי, מאפשר חלון זמן לתיקון
פי כמה מפחיתה מע’ ה
MMR
טעויות?
פי
10^2-10^3
כיצד מבחינה מע’ ה
MMR
בבני אדם בין הגדיל החדש לישן?
באמצעות
NICKS
אילו מחלות נובעות מפגם במע’
MMR?
hereditary non-polyposis colorectal cancer (HNPCC)
במע’ ה-MMR
הפרוקריוטית, מי חותך את הגדיל?
החלבון MutH
דנא פולימראז סינתז 40 נוקלאוטידים, כמה פיתולים נוצרו?
כמה פיתולים צריך להתיר אחרי מזלג שכפול פרוקריוטי שנע בקצב של 500 נוקלאוטידים בשנייה?
4
על כל 10 נוקלאוטידים נוצר פיתול
לכן, תא פרוקריוטי כזה יצטרך להתחיר 50 פיתולים בשנייה.
1 כיצד פועל טופואיזומראז
עי יצירת קשר קוולנטי זמני.
• מכיל טירוזין באתר הפעיל שלו המשמשת כנוקלאופיל ותוקפת את הפוספאט בקשר הפוספודיאסטרי.
• מייצר שבר חד גדילי זמני. .
• לאחר היווצרות השבר טופואיזומראז 1 מסובב את את הדנ”א סיבוב אחד וומסיר את הפיתול
כיצד פועל טופואיזומראז 2?
• מייצר שבר דו גדילי ע”י יצירת קשר קוולנטי זמני עם שני הגדילים.
• משתמש בשני
ATP
שיוצרים קישור זמני עם פוספטים על הדו גדיל שחתך, אחד על כל גדיל. הדנא השני שמסובך בתוך הראשון לא נחתך אלא מועבר דרך החתך שנוצר.
יוצר מעין שער דרכו עובר ההליקס הכפול השני.
מוצאי שכפול בחיידקים:
יש רק אחד,
מכילים רצפי AT
מכילים רצפי קישור לחלבוני איניציאציה
כיצד פועלת בקרה על שכפול דנא בחיידקים?
נק’ הבקרה היחידה היא איניציאציית השכפול.
ברגע שהתחיל, הוא ימשיך בקצב קבוע.
חלבוני האיניציאציה נכנסים לתקופה רפרקטורית, ושכפול של דנא חדש לא יכול להתחיל עד שהאדנוזין על הגדיל שזה עתה נוצר יעבור מתילציה וחלבוני האיניציאציה יקשרו
ATP חדש
שלבי אינציאציית שכפול חיידקים הם:
חלבוני איניציאציה נקשרים למוצא השכפול ופותחים אותו
מטען טוען את ההליקאז ומשתחרר
דנא פרימאז נטען על ההליקאז
סינתזת הפריימרים מאפשר לפולימראז להתחיל לעבוד על הגדיל המוביל
מגיעים עוד שני פולימראזות ומתחיל הגדיל המתעכב