מולקולרית - פרק 5 Flashcards

1
Q

מה התפקיד של החלבון

Spo11

A

מבצע שבר דו גדילי בתהליך הרקומבינציה המיוטי.
חלבון שמרי
כמו טופואיזומראז, הוא נשאר קשור לדנא קוולנטית אחרי הריאקציה.
עד שנוקלאז שמפרק את הגדיל משחרר אותו.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

מהי צומת הולידיי?

A

תוצר ביניים חשוב ברקומבינציה במיוזה.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

מה, בין השאר, מגביל את כמות החלבונים שאורגניזם יכול להיות תלוי בהם?

A

קצב המוטציות מגביל את כמות החלבונים בבני אדם למשל לכ-30,000.

מעבר לזה הסיכוי למוטציה בחלבון חיוני כבר גדול מדי.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

קצב מוטציות איטי ______________

A

חיוני כדי לאפשר חיים.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

מהם שני סוגי התאים הקיימים באורגניזם בעל רבייה מינית?

A

תאים סומטיים ותאי נבט (גמטות)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

מהו קצב המוטציות הממוצע?

A

אחת ל-9^10 נוקלאוטידים.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

ריאקציית הוספת נוקלאוטיד לשרשרת דנא מתארכת מתאפשרת באמצעות?

A

פירוק פירופוסט לשני פוספטים.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

למי מקטעי אוקזקי ארוכים יותר? חיידקים או בני אדם? ומה אורכם.

A

חיידקים! בערך 1000-2000

בני אדם 100-200

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

מהם המאפיינים של מנגנוני הגהה של דנא פולימראז?

A
  • לנוקלאוטיד הנכון יש אפיניות טובה יותר
  • הנוקלאוטיד הנכון מאפשר שינוי קונפורמציה שמהדק עליו את האתר הפעיל ומייצר העדפה אנרגטית אליו.
  • פעילות דומיין אקסונולקאז בכיוון, זה נקרא:
    exonucleolytic proofreading

*נציין שנוקלאוטיד לא נכון הרבה פעמים מציב את ההידרוקסיל במיקום לא מתאים שלא מאפשר את הארכת השרשרת.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

כיצד פועל ה
exonucleolytic proofreading
פי כמה הוא מגדיל את הדיוק?

A

במקרה של טעות בנוקלאוטיד, הוא חותך את כל מה שהוסף עד לטעות.

הוא מגדיל את הדיוק פי 2^10.
כלומר, ללא פעילות אקסונוקלאז 5^10
עם פעילות 7^10

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

סהכ, מהי שכיחות הטעויות בנוקלאוטיד?

A

אחד ל-10^10

נוקלאוטידים שמוספים.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

מיהו דנא פרימאז?

מדוע רנא משמש בפריימר ולא דנא?

A

האנזים שמניח פריימרים של רנא על הדנא.
אורכם כ-10 נוקלאוטידים.

השימוש ברנא מספק רמת ביטחון נוספת. באופן הזה הפריימר מסומן מראש כעותק זמני.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

מיהו הפרימאז היוקריוטי?

A

Alpha-DNA-polymerase

קומפלקס אנזימטי.
תת היחידה Pri
מניחה אחראית להנחת הפריימר.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

מהי הריאקציה של ליגאז?

מה משתחרר בריאקציה שלו?

A
אטימה של קשר פוספודיאסטרי תוך כדי ניצול מולקולת 
ATP
בשלב הראשון משתחרר פירופוסט שמפורק מיד.
נשאר קשור AMP,
ואז משתחרר גם הוא.

PP, AMP.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

מה התפקיד של הליקאז?

מה המאפיינים שלו ומי מסייע לו?

A
הליקאז מסייע להפריד את שני הגדילים.
מאפייניו:
- קצב של כ-1000 נוקל' בשנייה
- יוקיריוטי נע על הגדיל המוביל 3 ל-5
- פרוקריוט נע על הגדיל המתעכב 5 ל-3
- מורכב מכמה תת יחידות
- משתמש ב-ATP

מסייעים לו חלבוני SSB

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

מיהם חלבוני SSB?
Single Strand DNA-binding protein

מה הם עושים בתמונה?

A

אלו חלבונים הנקשרים לדנא במצב חד גדילי מבלי לכסות את הבסיסים ומייצבים אותו. הם:
• לא מפריעים לפלמור - לא מכסים את הבסיסים
• נקשרים באופן קואופרטיבי.
• חיוניים להליקאז משום שמייצבים עבורו את החד הגדיל.

בתמונה הם פותחים מבנה של
hairpin
שנוצר בדנא.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

מי מהחלבונים הבאים מונומרי בפרוקריוטים ולא ביוקריוטים?

  • SSB
  • הליקאז
  • רנא פולימראז
  • דנא פרימאז
A

SSB.
ביוקריוטים מכיל 3 תתי יחידות ובחיידקים אחת.
כל השאר הם מולטימרים גם בפרוקריוטים וגם ביוקריוטים.

העשרה:
רנא פולימראז בפרוקריוטים מכיל 4 תתי יחידות. לא כולל פקטור סיגמה, שיחד איתו הוא יכונה הולואנזים.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

איזה חלבון אחראי על הגברת הפרוסיסיביות של דנא פולימראז?

A

הטבעת המחליקה

Sliding clamp - PCNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

איפה חלבוני
SSB
משמעותיים במיוחד?

A

בגדיל המתעכב, שם הדנא נותר חשוף יותר זמן.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

מה מכיל הרפליזום?

A

הליקאזות 2
מצמד לכל פולימראז
הליקז
פרימאז

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

ביוקיורטים, איזה פולימראז מסנתז את הגדיל המוביל ואיזה את המתעכב?

A

את המוביל פולימראז אפסילון.

את המתעכב פולימראז דלתא.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

מהם גנים מוטטורים?

A

אלו גנים שמוטציה בהם מגבירה את קצב המוטציות הספונטניות - מעודדת יצירה של מוטציות נוספות.
למשל, מוטציה בגן המקודד לחלבון במע’ תיקון דנא, יחשב גן מוטטורי.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

מהי מערכת ה

strand direct mismatch repair ?

A

מערכת המאתרת הפרעות בהליקס שנובעות מאי התאמה של בסיסים לא משלימים.
ידועה כ-MMR

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

כיצד מבחינה מע’ ה
MMR
בחיידקים בין הגדיל החדש לישן?

A
באמצעות מתילציה על שייר 
A
של הרצף
GATC
שמניח האנזים
Dam-Methylase - אנזים איטי, מאפשר חלון זמן לתיקון
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

פי כמה מפחיתה מע’ ה
MMR
טעויות?

A

פי

10^2-10^3

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

כיצד מבחינה מע’ ה
MMR
בבני אדם בין הגדיל החדש לישן?

A

באמצעות

NICKS

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

אילו מחלות נובעות מפגם במע’

MMR?

A

hereditary non-polyposis colorectal cancer (HNPCC)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

במע’ ה-MMR

הפרוקריוטית, מי חותך את הגדיל?

A

החלבון MutH

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

דנא פולימראז סינתז 40 נוקלאוטידים, כמה פיתולים נוצרו?

כמה פיתולים צריך להתיר אחרי מזלג שכפול פרוקריוטי שנע בקצב של 500 נוקלאוטידים בשנייה?

A

4
על כל 10 נוקלאוטידים נוצר פיתול
לכן, תא פרוקריוטי כזה יצטרך להתחיר 50 פיתולים בשנייה.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

1 כיצד פועל טופואיזומראז

A

עי יצירת קשר קוולנטי זמני.
• מכיל טירוזין באתר הפעיל שלו המשמשת כנוקלאופיל ותוקפת את הפוספאט בקשר הפוספודיאסטרי.
• מייצר שבר חד גדילי זמני. .
• לאחר היווצרות השבר טופואיזומראז 1 מסובב את את הדנ”א סיבוב אחד וומסיר את הפיתול

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

כיצד פועל טופואיזומראז 2?

A

• מייצר שבר דו גדילי ע”י יצירת קשר קוולנטי זמני עם שני הגדילים.
• משתמש בשני
ATP
שיוצרים קישור זמני עם פוספטים על הדו גדיל שחתך, אחד על כל גדיל. הדנא השני שמסובך בתוך הראשון לא נחתך אלא מועבר דרך החתך שנוצר.

יוצר מעין שער דרכו עובר ההליקס הכפול השני.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

מוצאי שכפול בחיידקים:

A

יש רק אחד,
מכילים רצפי AT
מכילים רצפי קישור לחלבוני איניציאציה

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
33
Q

כיצד פועלת בקרה על שכפול דנא בחיידקים?

A

נק’ הבקרה היחידה היא איניציאציית השכפול.
ברגע שהתחיל, הוא ימשיך בקצב קבוע.

חלבוני האיניציאציה נכנסים לתקופה רפרקטורית, ושכפול של דנא חדש לא יכול להתחיל עד שהאדנוזין על הגדיל שזה עתה נוצר יעבור מתילציה וחלבוני האיניציאציה יקשרו
ATP חדש

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
34
Q

שלבי אינציאציית שכפול חיידקים הם:

A

חלבוני איניציאציה נקשרים למוצא השכפול ופותחים אותו
מטען טוען את ההליקאז ומשתחרר
דנא פרימאז נטען על ההליקאז
סינתזת הפריימרים מאפשר לפולימראז להתחיל לעבוד על הגדיל המוביל
מגיעים עוד שני פולימראזות ומתחיל הגדיל המתעכב

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
35
Q

איזה גדיל מסונתז קודם בחיידקים?

A

הגדיל המוביל מתחיל, וממש אחרי מתחיל הגדיל המתעכב.

36
Q

חלבוני האיניציאציה בחיידקים

A
קושרי ATP
עושים הידרוליזה של
ATP
וכך מנועים מלהתחיל מחזור שכפול נוסף.
כלומר, יש להם תקופה רפרקטורית.
37
Q
בחיידקים
DNA-A
DNA-B
DNA-C
DNA-G
A

חלבון האיניציאציה DNA-A
ההליקאז DNA-B
מטען ההליקאז DNA-C
הפרימאז DNA-G

38
Q

שיטת Microarray:
מהי?
למה היא משמשת?
מהם רכיבי ושלבי המפתח?

A

זוהי שיטה המאפשרת הצגה של גנום במקטעים (ידועים).
אפשר באמצעות שיטה זו לחקור כמה דנא מרצף מסוים יש, כך הצליחו להראות שהגנום היוקריוטי משתכפל עם כמה מוצאי שכפול, ואת כיוון התנועה של המזלג.

תרבית תאים סינכרונית, דנא היברידי,
שורה תחתונה: מאפשר לצפות בהיווצרות המזלג ולעקוב אחר התקדמותו

39
Q

תא יוקיורטי משתמש בכל מוצאי השכפול שלו במחזור חלוקה, והם כולם נפתחים בו זמנית. נכון?

A

לא נכון, כל תא משתמש בסט מסוים של מוצאי שכפול.
עדיין לא כולם נפתחים בו זמנית, אלא בקצב של כ-50 בשנייה.

שימוש בחלק ממוצאי השכפול נדיר, ויתכן שחלקם משמשים כגיבוי.

40
Q

מוצאי שכפול ביוקריוטים מכילים?

A

אתר קישור לקומפלקס ORC
רצף עשיר ב-AT
אתר קישור לחלבון שמסייע לORC

41
Q

איזה מנגנון מבטיח שכל מוצא שכפול יופעל רק פעם אחת במחזור?

A
בשלב 
G1
החלבון Cdc6
נקשר ביחד עם ORC.
בתחילת שלב S,
קינאז מזרחן את ORC ו-MCM
מפעיל את ההליקאז ומשתק את השני.
42
Q

מיהו חלבון Cdt1?

A

החלבון המטעין את ההליקאזה,
MCM,
על הדנא ביוקריוטים

43
Q

על איזה גדיל נעה ההליקאזה החיידקית ואיזה היוקריוטית?

A

החיידקית - גדיל מתעכב

יוקריוטית - גדיל מוביל

44
Q

סינתטזת היסטונים

A

מתרחשת בשלב S
יש הרבה עותקים לגנים של היסטונים בגנום
במהלך שלב הרנא שליח של ההיסטונים מוגבר עי יציבות ושעתוק
כמות ההיסטונים המסונתזת בקורלציה לכמות הדנא המשוכפל

45
Q

מיהם שני הצ’פרונים ההיסטוניים שמסייעים בפירוק ויצירה מחדש של נוקלאוזום?

A

NAP1 טוען את הדימר H2A-H2B

CAF1 טוען את ה הטטרמר H3-H4

46
Q

איזה מבין הגדילים מאריך הטלומראז?

ההורי או החדש?

A

את הגדיל ההורי, לאחר מכן פרימאז יניח עליו פריימר ופולימראז ישכפל עליו מקטעי אוקזקי.

47
Q

כיצד נעשה הקישור של טלומראז לדנא?

A

הדנא מכיל רצף שקושר את טלומראז.

טלומראז מכיל רנא פנימי שמשמש תבנית וגם יחידה פונקציונלית.

48
Q

כיצד מוגנים קצוות הטלומרים ומפני מה?

A

התא עלול לזהות את קצוות הטלומרים כשבר דו גדילי.
לכן הם ממוגנים עי חלבון בשם שלטרין שמייצר לולאה
t-loop
שמחביאה את הקצה ‘3 שתלוי ב
overhang
באמצעות
strand exchange.

49
Q

Dyskeratosis congenita

ממה נגרמת?

A

מוטציה באנזים טלומראז שגורמת להתקצרות של הטלומרים.

50
Q

ממה נגרמת קסרודרמה פיגמנטוזה?

A

מוטציה במנגנון NER

51
Q

ממה נגרם סינדרום קוקיין?

A

פגם בצימוד בין שעתוק ותיקון דנא

מרבית הפגמים במחלה נגרמים מאחר ורנ”א פולימראז נשאר תקוע באתר הנזק ולא ממשיך בשעתוק.

52
Q

ממה נגרמת אטקסיה טלאנגיאקסטזיה?

A

מוטציה בחלבון
ATM
שמופעל עי שברים דו גדיליים ואמור לעצור את חלוקת התא במצב בו נגרם נזק לדנא.

53
Q

תסמונת ורנר

A

פגם במנגנון תיקון דנא

54
Q

תסמונת בלום

A

פגם בהליקאז הנחוץ למנגנון רקומבינציה.

55
Q

פנקוני אנמיה

A

DNA interstrand cross-link repair

56
Q

46 BR patient

A

DNA ligase I

57
Q

אילו סוגי נזק ספונטני פוגעים בדנא?

ומהו הנזק הנפוץ ביותר?

A

נזקי חמצון
מתקפות הידרוליטיות
מתילציות

הנפוץ ביותר - דפורינציה עי הידרוליזה של הקשר הגליקוזידי.

58
Q

מה מתקבל מדאמינציה של ציטוזין?

A

הידרוליזה של האמין של ציטוזין

מקבלים את הבסיס אורציל

59
Q

מה הנזק הנפוץ ביותר של קרינת UV?

A

דימריזציה של פירימידינים.

הכי נפוצה דימריזציה של שני טימידינים.

60
Q

מנגנון תיקון BER:

A
תיקון נזק בבסיס בודד
משתמש באנזימים ממשפחת הגליקוזילאזות
גורם המפתח הוא ה
flipping out
של הדנא, שמאפשר לאנזים לחקור ולאתר נזק
61
Q
מיהו 
AP endonuclease (apurinic or apyrimidinic)
A
חלק ממנגנון BER
תפקידו העיקרי הוא ליצור  חתך
NICK
בשלד הפוספו-דיאסטר מסביב לאתר ה
AP
(הבסיס החסר)
 שיצר הגליקוזילאז
מתקן בצורה ישירה את הנזק השכיח של דפורינציה!!!
62
Q

אילו אנזימים מעורבים בתיקון נזק דנא באמצעות מערכת

BER?

A
גליקוזילאז
אנדונוקלאז
פולימראז
פוספודיאסטראז
ליגאז
63
Q

איזה מנגנון יתקן נזק שלי דימריזציה?

A

מנגנון NER.

64
Q

מנגנון NER

A

מתקן נזק נרחב בדנא
קומפלקס אנזימטי ענק שסורק את הדנא לאיתור עיוותים במבנה
מסיר אוליגו-נוקלאוטיד
צימוד לתהליך השעתוק, מבטיח תיקון יעיל

65
Q

האם רנא פולימראז יכול לעצור ואז להמשיך לסתנתז מאותה נקודה?

A

בחיידקים לא, הוא ינשור מהדנא והשעתוק יתחיל מחדש.

ביוקריוטים כן.

66
Q

מה יתקבל מדה אמינציה של כל אחד מהבסיסים?

A
A - היפוקסנתין
G - קסנתין
C - אורציל
T - אין לו אמין!
T אבל דה-אמניציה של 5-מתיל ציטוזין נותנת
67
Q

מדוע הבסיס U

נכחד מהדנא?

A

משום שדאמינציה של
C
נותנת U.
וזה היה מקשה מאד להבחין מתי מדובר בטעות ומתי במצב תקין.

68
Q

פולימראזות מעקף – Trans-lesion Polymerase

A
משמשת במצב חרום בו הפולימראז תקוע
יתבצע חילוף בין הפולימראזות
בבני אדם יש 7 סוגים
חסרת פעילות הגהה
מכניסה טעויות בסבירות גבוהה
מודיפיקציות קוולנטיות במצמד המחליק מגייס אותן
69
Q

• NHEJ-non homolog end joining

למה משמש?

A

תיקון שבר דו גדילי.
הגנום מכיל צלקות רבות שלו
יכול לגרום לטרנסלוקציות, אינברסיות, אובדן כרומוזומים.
חלבון Ku

70
Q

Ku protein

A

ב-NHEJ
חלבון הטרודימרי התופס את קצוות הכרומוזומים.
תפקיד חשוב בתהליך רקומבינציה של נוגדנים (רקומבינציה מסוג
V(D)J
ויצירת רצפטורים TCR

71
Q

רקומבינציה הומולוגית מתרחשת בין?

A

שתי כרומטידות אחיות.

מסיבה זו, רקומבינציה הומולוגית מתבצעת מיד לאחר שכפול הדנ”א, כאשר ישנן שתי כרומטידות אחיות, גם מאחר ותהליך השכפול של הדנ”א הוא הגורם המרכזי ליצירת שברים.

72
Q

איזה חלבון מעורב ברקומבינציה מיוטית?

ומה תפקידו?

A

Spo11

יצירת שבר דו גדילי יזום

73
Q

אילו חלבונים מבצעים את ה

strand exchange?

A

RecA - בפרוקריוטים
Rad51 - ביוקיריוטים

שניהם משתמשים ב
ATP

74
Q

החלבון Rad52?

A

קומפלקס טבעתי
מבנה של 11 תתי יחידות.
טוען את Rad51
מבטיח רקומבינציה הומולוגית מדויקת ואיכותית ביוקריוטים

75
Q

BRCA1

A

עיבוד של הקצוות השבורים ברקומבינציה הומולוגית.

76
Q

BRCA2

A

קושר את
Rad51
ושומר עליו במצב לא פעיל עד לצורך.X

77
Q

מיהו P element?

A

טרנספוזון בדרוזופילה

DNA only

78
Q

מהי טרנספוזיציה?

A

תנועה של אלמנט גנטי המזורזת עי אנזים

79
Q

אלו טרנספוזונים עדיין נעים בבני אדם?

A

נון רטרו וירוס, מעריכים שאלמנט
Alu (SINE)
מעריכים שאחת ל-100-200 לידות הן עוברים בהם היתה טרנספוזיציה שלו.

80
Q

DNA-only transposons

A
מבנה - רצפים חוזרניים הפוכים קצרים בכל צד
מכילים את האנזים טרנספוזאז
אופן תנועה - נעים כדנא, עי גזור הדב
משאירים צלקת באתר החדירה בצורת
Direct repeats
דוגמאות:
P element, Tn3, Tn10, AC-DS, Tam3
81
Q

רטרוטראנספוזונים דמויי רטרו-וירוסים

A

ישירים בכל צד LTRs
אנזימים - ריברס טרנסקריפטאז, אינטגראז
אופן תנועה - נע כתוצר ביניים של רנא שנוצר באמצעות פרומוטור בנמצא ברצף ה-LTR
דוגמאות:

82
Q

טראנספוזונים נון-רטרו-ויראליים.

A
מבנה - קצה 3 עם פולי A
קצה 5 חסר מבנה.
אנזימים - ריברס טרנסקריפטאז, אנדונוקלאז
אופן תנועה - נע כתוצר ביניים של רנא שלרוב מסונתז מפרומוטור שכן.
דוגמאות:
F element in drosophila
L1 (LINE) humans
Cin4 maze

*רובם לא מקודדים לאנזימים ולכן תלויים במישהו אחר שיסנתז להם

83
Q

אילו טרנספוזונים מכילים עמידות לאנטיביוטיקות?

A

בחיידקים, מסוג

DNA only

84
Q

מה עושה ריברס טרנסקריפטאז?

A

הוא מסוגל לסנתז דנא על תבנית רנא או דנא.

כל הכבוד לו!

85
Q

אילו טרנספוזונים נמצאים בכמות גדולה בגנום האנושי?

A

נון רטרו ויראליים, בעיקר כאלו שעברו מוטציות רבות או חתוכים

truncated

86
Q

איזו מחלה נגרמת נגרמת אולי מתנועה של טרנספוזון, ומאיזה סוג?

A

המופיליה, יש סברה שתנועה של נון רטרו טרנספוזון אחראית לה.

87
Q

נקודות לגבי טלומראז

A
  • מאריך את הגדיל ההורי
    ,- מורכב בגרעינון
  • משתמש בתבנית רנא כדי להאריך את הגדיל ההורי
  • כיוון 5 ל-3, פעילות ריברס טרנסקריפטאז מרנא לדנא
  • הרנא תורם קבוצה פונקציונלית שמסייעת לקטליזה