מולקולרית - פרק 4 Flashcards
איפה נמצאת הלמינה הגרעינית?
ממש מתחת לממברנה.
כמה אחוז מנפח התא תופס הגרעין?
כ-10%
חלבון ב’ גדול מחלבון א’. מי סביר שהוא הגן הארוך יותר?
ב’
ישנה לרוב קורלציה בין אורך הגן לאורך החלבון.
אילו תאים יוצאי דופן ולא מכילים עותק מלא (שני כרומוזומים הומולוגים) של דנא?
כדוריות דם אדומות - ללא
ביציות ותאי זרע - מכילים רק מחצית
מגה-קריוציטים -
מהם כרומוזומים הומולוגיים?
זוג כרומוזומים באורגניזם כאשר העתק אחד הגיע מהאם ואחז מהאב.
הכרומוזומים הלא הומולגוים היחידים באדם הם
X Y
כל הגנים מקודדים לחלבונים.
נכון/לא נכון
לא נכון, יש גנים שמקודדים למולקולות
RNA
מה מכיל בסיס דנא?
טבעת סוכרית של חמשה פחמנים מסוג ריבוז הנסגר לטבעת פורנוז
בסיס חנקתי – מבנה טבעתי-ארומטי המכיל 6 או 9 מרכיבי טבעת כאשר חלק ממרכיבי הטבעת הם חנקנים.
פוספט אחד לפחות.
מיהם הפורינים ומיהם הפיקטינים?
AIG פורין
CTU פיקטין
כיצד נוצר הקשר הפוספודיאסטרי בין שני נוקלאוטידים?
ההידרוקסיל של הסוכר של השרשרת הצומחת, עושה התקפה נוקלאופילית על פוספט אלפא של הנוקלאוטיד המצטרף.
משתחרר פירופוספט.
מהו המרחק בין שתי שדרות הסוכר פוספט?
ומדוע הוא כך?
מה המרחק בין שני פוספטים סמוכים?
2 nm
זה קוטרו של ההליקס.
המרחק קבוע משום שפורין תמיד יוצר קשר עם פיקטין והפוך.
0.34 ננומטר
כל סיבוב דנא כולל _______
והמרחק בין שני מרכזים סמוכים הוא ______
- 4 bp
0. 34 nm
מהו גנום?
כל המידע הקיים בדנ”א של אורגניזם.
מה נכלל תחת השם כרומטין?
דנא ושני סוגי החלבונים המרכיבים את הכרומוזום: היסטונים והחלבונים הלא-היסטונים.
מהי שיטת דנא היברידיזציה ל
spectral karyotyping?
מתי כדי לבתע אותה
בשיטה זו מייצרים מולקולה קומפלמנטרית לדנא שכוללת צבע פלוריסנטי.
בשלב הבא מפרידים בין הכרומוזומים לקבלת דנא חד גדילי.
המולקולה תקשר אל הדנא ונקבל היבריד; חצי דנא וחצי מולקולה פלוריסנטית.
באמצעות הצבע אפשר לקבל תמונה של הקריוטיפ ולאבחן אברציות כרומוזומליות.
הכי כדאי בשלב המיטוזה, בו הכרומוזמים דחוסים.
מהו קריוטיפ?
ההצגה של 46 הכרומוזומים האנושיים בזמן מיטוזה מכונה קריוטיפ.
במה משתמשים כדי להשיג תבנית בנדים של הכרומוזומים?
Traditional karyotype:
צביעת גימזה, למשל בשלב מוקדם של המיטוזה בו הכרומוזומים
לא דחוסים לגמרי.
ניתן לצפות בהם תחת מיקרוסקופ אור.
מה הסיבה למגוון הגדול בין גדלי הגנומים בין אורגניזמים?
המרווחים בין הגנים אחראים למגוון גדלי הגנום, ולאו דווקא כמות הגנים כפי שמצופה לחשוב.
הגנום האנושי קטן פי 200 מזה של אמבה, כיצד מסבירים הבדל זה?
להבדל אחראים המרווחים בין הגנים ולא כמות הגנים. שכן, ברור שהדנא האנושי מכיל יותר גנים. כ-30,000 מתוכם 21,000 מקודדים לחלבון 9000 לרנא
כמה אחוז מהגנום מקודד לחלבונים?
כ-2% בלבד.
מהו אורך הגנום האנושי?
3.2*10^9 bp.
כמה אחוז מהגנום הוא רצפים חוזרניים?
כ-50%.
כמה פסאודוגנים יש בגנום?
יותר מ-20,000
מה חייבת להכיל מולקולת דנא שמייצרת כרומוזום?
טלומרים
צנטרומרים
מוצא שכפול
מהו מוצא השכפול?
המיקום ממנו מתחיל שכפול DNA.
כרומוזומים יוקריוטים יכולים להכיל מוצאי שכפול רבים, כדי להבטיח שכפול מהיר.
אתר/רצף שממנו מתחילים את מלאכת השכפול. יכול להיות אתר יחיד (למשל בחיידקים) או אתרים רבים (כמו בתאים יוקריוטים).
מהם פסאודוגנים?
דופליקציות של גנים פונקציונאליים אשר הכפילו את עצמם ללא רצפי בקרה ועל כן אינם יכולים להתבטא.
למה מתייחס המושג
human genome sequence?
מתייחס לרצף של כל 23 זוגות הכרומוזומים וגם לרצף של הגנום המיטוכונדריאלי שאורכו כמעט 17,000 בסיסים.
מהו צנטרומר?
רצף דנ”א אליו יתחבר במיטוזה הקינטוכור. תפקידו לדאוג שרק כרומטידות אחות אחת תגיע לכל תא בת. כך למעשה הצנטרומר אחראי לביצוע הסגרגציה המדוייקת.
בבני אדם הרצף הזה יכול להכיל עד למיליון נוקלאוטידים ולרוב חסר משמעות מבחינת הרצף, אלא בעיקר מכיל קומפלקסים של חומצות גרעין וחלבונים המורשים בעת הפרדת הכרומטידות.
כמה זוגות בסיסים מכיל נוקלאוזום+לינקר?
כ-200 ז”ב
מהו הנוקלאוזום?
היחידה הקטנה ביותר המרכיבה את הכרומטין, ומכיל בתוכו דנ”א וחלבונים.
מיהם ארבעת היסטוני הליבה?
H2a
H2b
H3
H4
למה משמשת ההתארגנות בנוקלאוזומים?
דחיסת הדנא לשליש מאורכו המקורי.
כיצב מתחלקת מסת הכרומוזום?
שליש דנא
שליש היסטונים
שליש חלבונים לא-היסטונים
מה גודלם של היסטונים?
מהו מוטיב ההיסטון?
חלבונים קטנים, 110-137 ח.א
מוטיב ההיסטון הוא מבנה משותף להיסטונים שמורכב משלושה אלפא הליקסים המחוברים ע”י שתי לולאות.
כיצד נקשר הדנא לליבת ההיסטון?
הקשר הדוק ביותר,
מכיל כ-142 קשרי מימן
כמחצית מהם בין שלד ח.א של הליבה ההיסטונית
לבין שלד הסוכר פוספט של הדנא.
בנוסף, אינטראקציות הידרופוביות
וגשרי מלח (קשרים אלקטרוסטטים)
• יותר מחמישית מהחומצות האמיניות בהיסטונים הן…
ליזין וארגינין.
מעניקרות להיסטונים מטען חיובי.
כמה סיבובים עושה הדנא סביב אוקטמר ההיסטון?
1.7, כמעט שני סיבובים
אילו דינוקלאוטידים עדיפים בנקודת המגע בין ליבת ההיסטון לדנא?
AA, TT, TA
מהו קומפלקס CRC?
Chromatin Remodeling Complex. מסייע לדינאמיות של מבנה הנוקלאוזומים, משתמש ב-ATP כולל תת יחידה שעושה הידרוליזת ATP וקשורה אבולוציונית להליקאזות. תאים מכילים המון סוגים של CRC, בעלי תפקידים שונים.
בגדול, מזיז את הנוקלאוזומים, מחליף אותם, עוזר בשכפול דנא.
עושה: Nucleosome sliding.
הרחבה:
Nucleosome sliding.
During nucleosome sliding, the histone octamer moves along DNA without dissociating from it. To achieve this, numerous contacts between DNA and histones must be broken and reformed in a highly coordinated manner
זה מתאפשר באמצעות CRC
חושף את הדנא והופך אותו זמין לחלבונים.
מה קושר ה-CRC?
מה הסובסטרט שלו?
מנין מגיעה האנרגיה לניתוק הדנא מהליבה?
הוא קושר גם את הליבה החלבונית וגם את הדנא של הנוקלאוזום.
האנגיה מקורה בהידרוליזה של
ATP.
מי מסייע ל
CRC
בהחלפה של היסטונים?
Histone Chaperones
מה קובע באילו חלקים של הדנא יהיו נוקלאוזומים?
קצת הרצף של הדנא, אבל בעיקר נוכחות של חלבונים אחרים.
יש כאלו ש”מעדיפים” שלא יהיו לידם נוקלאוזומים..
חלבונים אחרים יכולים ליצור מחסום לנוקלאוזומים.