VL 6: Transkription Flashcards
1
Q
Das Molekularbiologische Dogma
A
Informations-Richtungsfluss

2
Q
Schritte der Genexpression
A
- DNA im Zellkern wird transkribiert
- Vom Template DNA wird RNA realisiert, überführt, produziert
- Prozessierung (Intron splicing)
- Reife RNA wird translatiert
- Protein-prozessierung, Modifikaitonen
- Transport

3
Q
Omics Begriffe
A
beschreibt Gesamtgehalte von ….. in einer Zelle/Gewebe

4
Q
Transkription
A
- Das Kopieren von DNA in RNA
- wird durch das Enzym RNA-Polymerase katalysiert
- Erfolgt ausgehend von spezifischen Bindungsstellen der RNA-Polymerase, sogenannte Promotoren
5
Q
Biochemie der RNA-Polymerisation
A
- 5‘-3‘-Syntheserichtung
- 3‘-5‘-Leserichtung
- 3’OH attackiert alpha-Phosphat
- Besonderheit der RNA
- Enzymatische Funktion
- Pyrophosphat wird freigesetzt
- Keine Korrekturlesefunktion (pourquoi?)
- Redundantes Produkt
6
Q
Warum hat die RNA-Polymerisation keine Korrekturlesefunktion?
A
- Redundantes Produkt
- es werden 1000 RNAs in der Zelle produziert
- bei Fehllesungen sind meisten RNAs trotzdem korrekt
- Geschwindigkeit ist wichtiger
7
Q
RNA
A
- Ribosenukleinsäure
- Thymin durch Uracil ersetzt
- Einfacher zu synthetisieren
- U nicht geeignet für DNA, da sie mit A, G und C paaren kann
- T hydrophobe Gruppe (methyl) passt sich stringenter in die Helix ein
- OH Gruppe statt H Gruppe
- Ribose (nicht Desoxyribose)
- Verleiht enzymatische Funktion
8
Q
Promotoren
A
- Sequenzelemente die von Polymerasen erkannt werden
- Ab dann stromabwärtige Übersetzung
- Standard-Promotor bei Bakterien
- Gelbe Sequenzen stark konserviert
- -35 und -10 (nach Position vor Coding Sequence)
- Promotoren haben ‘Lieblingssequenz’
- 10 : TATA-Box
- Bei Prokaryoten nicht so genau definiert
- CAAT-Box
- Bei Prokaryoten nicht so genau definiert
- 10 : TATA-Box
- Gelbe Sequenzen stark konserviert

9
Q
Bakterielle RNA-Polymerasen
A
- Kernenzym
- Beta und beta‘
- Katalytische Aktivität
- Alpha
- Grundaffinität
- Beta und beta‘
- Sigma UE
- Promotorerkenner
- Nimmt an -10 und -35 Box Kontakt auf
- Verschiedene Sequenz-Preferenzen
- Bsp Sigma-32 bei Hitzeschock
- Genexpressionsregulation über Exprimierung der Sigma-Faktoren
- Holoenzym
- Kernenzym + Sigmafaktor

10
Q
eukaryotische RNA-Polymerase
A
- signifikant mehr UE
- 3 RNA-Polymerasen (-I, -II, -III)
- verwandt Archeaen.
- unterschiedliche Promotortypen
11
Q
Warum hat eukaryotische RNA-Polymerase so viel mehr Untereinheiten?
A
- unterschiedliche Promotortypen, Erkennungssequenzen, TATA, alles will erkannt werden, dh. braucht unterschiedliche Faehigkeiten
*
12
Q
RNA Pol II
A

13
Q
Promotoren RNA Pol II
A
- Elemente der Promotoren
- TATA-Box: Positionierung der RNA-Polymerase, bestimmen Startpunkt
- Upstream Elements (Promotor-proximale Elemente): Regulation der Genaktivität, Gewebespezifität
- : Erhöhen die Transkriptionsaktivität, können weit entfernt vom Gen liegen
- Warum diese Komplexität im Gegensatz zu prokaryotische Promotoren?
- Ergibt sich aus Größe des Genoms
- Zusammen ergeben sie entscheidung
- Wahrscheinlichkeit, dass kleine Sequenz Sigmafaktor aktivierend im Genom auftaucht ist hoch à deswegen Komplexität bei eukaryotischen Promotoren unbedingt notwendig
14
Q
RNA Pol I
A
- Promotoren für rRNA-Gene
- ribosomale RNA ist Produkt
15
Q
RNA-Pol III
A
- Promotoren für tRNA-Gene
- Komische Promotorsequenzen
- boxA und boxB
- befinden sich in tRNA
- Struktur tRNA: Kleeblatt-Struktur, interne Helices
- Stark konserviert
- D-Loop
- Pseudo U-Loop
- Können als Promotoren wirken
- Stark konserviert

16
Q
Stadien der Transkription
A
- Initiation
- Elongation
- Termination

17
Q
Transkriptionsinitiation in Prokaryoten
A
- Bindung der RNA-Polymerase
- Aufschmelzen der DNA (an +1, Transkriptonsstartpunkt)
- Helicaseleistung
- Veränderte Interaktion mit der DNA
- Abortive Initiation
- Kurze RNA-Stücke
- Entlassen der Sigma UE
- Großes biochem. Problem
- Muss super spezifisch und hochaffin sein, muss aber auch wieder weg
- Elongation

18
Q
Transkriptionsinitiation in Eukaryoten
A
- TF = transcription factor
- TBP = TATA binding protein
- CTD = C-terminal domain
- PIC = Präinitiationskomplex
- Schlüsselfaktor TFIID (Proteinkomplex aus 13 UE, 1 davon TBP) bindet an Promotor
- Mehr Proteine zusammenbau Untereinheiten, Zusammenkommen des ganzen Komplexes, Einzelfunktioenn
- RNA-Pol-II und TFIIH (wichtig) bindet an Komplex Multiproteinkomplex, C-terminalle Domäne
- Präinitiationskomplex wurde produziert
- Wie schafft TF
- Schlüsselprotein
- TFIIH
- Öffnet unter ATP-Verbrauch die dsDNA, Helicase Aktivität
- Phophoryliert CTD (C-terminal domain) von Pol II (E) à Polymerase verliert Affinität für Promotor
- TFIIH

19
Q
Enhancer
A
- Aktivierung der Initiation aus der Ferne
- DNA fleixibel
- Ausbildung Loop
- Brücken
- Enhancer funktionieren meist über Koregulatoren
- Interagieren mit
- Proximalen Aktivatoren
- Generellen TFs
- Der Polymerase
- Nukleosomen
- Interagieren mit
