mol 6 partie 1 Flashcards
VRAI OU FAUX: Chez les eucaryotes, il a peu d’espaces entre les gènes
FAUX, il y a bcp d’espace entre les gènes (sont très dispersés)
VRAI OU FAUX: Chez les eucaryotes, les gènes sont monocistroniques
VRAI (ne code qu’une seule chaine polypeptidique, donc transcription se fait gène par gène)
Qu’est-ce que la régulation fine de la transcription?
L’expression des gènes doit répondre au programme fixe du développement: “Un tel gène, dans une telle cellule et à un tel moment”
Chez quel règne la transcription est plus régulée
a) euk
b ) prok
a
Par combien d’ARN pol se fait la transcription chez les eucaryotes
3:
Pol 1 et III: peu de variétés dans les ARN, mais nombre de transcrit très abondants
Pol I=ARNr 28S, 18S ET 5,8S
Pol III= ARNt, ARNr 5S et ARN 7S
Pol II= + de 20000 transcrit ARNm par cellule
Quelle est la forme de l’ARN pol II?
-différence avec celle des procaryotes?
Forme générale en pince de crabe avec le site catalytique vers le centre (similaire à celle des procaryotes)
Possède + de sous-unités en périphérie, ce qui lui permet d’interagir avec différents facteurs de transcription
L’ARN polymérase II des eucaryotes possède combien de sous-unités?
Qu’a de spécial la sous-unité 1?
12:
RPB1-2-3-4…12
*RPB1 a une extension C-terminale (CTD) qui accomplit plusieurs fonctions nouvelles comparativement à l’ARN pol II des procaryotes
Sur quelle sous unité se situe la queue CTD de l’ARN polymérase II des eucaryotes?
RPB1
Que veut dire CTD
Qu’est-ce que c’est?
carboxy terminal domain
C’est une répétition de tandem de l’heptapeptide
La queue CTD est une répétition de combien d’acides aminés?
Lesquels en ordre
7
Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser
La queue CTD est contrôlée par _________ sur ses a.a.
phosphorylation
Phosphorylée = active
Non phosphorylée= inactive
Quels sont les 2 fonctions de la CTD?
1) Responsable du passage de l’étape d’initiation à celle d’élongation en recrutant les facteurs d’élongation (quand elle est phosphorylée)
2) Impliqué dans le recrutement des facteurs de maturation des pré-ARN (rejoignent la queue à un état de phosphorylation spécifique) . Il pourrait donc être impliqué dans le couplage de la transcription à la maturation
Plus la polymérase avance dans la transcription, plus les états de phosphorylation _________
varient bcp (permet de changer d’étapes)
Quels a.a. de la CTD sont phosphorylés lorsque l’ARN pol II s’attache au promoteur
aucun
Combien de séquences conservées dans les promoteurs sont utilisés par l’ARN pol II
1)Typiquement, un promoteur est constitué de combien de ces séquences?
2) Lequel est le plus fréquent
3) Dans lequel survient la formation du complexe de pré-initiation?
4) Lequel est le plus conservé et étudié?
4:
-BRE
-TATA
-Inr
-DPE
1)Constitué de 2 ou 3 de ces séquences
2) L’élément Inr
3) Dans la boite TATA
4) TATA
Quels sont les facteurs de transcription?
TFIIB, TBP/TFIID
Ils reconnaissent les séquences conservées et jouent collectivement le même rôle que la sous-unité σ de E. coli
Quel facteur de transcription général lie la séquence BRE
TFIIB
Quel facteur de transcription général lie TATA
TBP
Quel facteur de transcription général lie DPE
TFIID
Quel facteur de transcription général lie Inr
TFIID
Qu’est-ce qui joue le même rôle que la sous unité sigma chez les eucaryotes
facteurs de transcription généraux
Quel promoteur, chez les eucaryotes, est le plus fréquent
Inr
Sur quel facteur de transcription général survient la formation du complexe de pré-initiation
TATA
Vrai ou faux. Chez les eucaryotes, le promoteur est toujours devant le gène
faux
La boîte TATA est un promoteur fort ou faible
fort
Qu’est-ce qui diminue drastiquement la transcription dans la boite TATA?
Qu’est-ce qui peut varier sans conséquences?
Une seule mutation à l’intérieur de la boite TATA
La séquence entre la boite TATA et le site d’initiation peut varier sans conséquences
La boîte TATA se situe a combien de nt devant le gène (entre # et #, écrire la réponse #-#)
25-35
Les gènes __________ contiennent généralement un _________
Activement transcrit
Motif conservé
Que permettent les GTF (facteurs de transcription généraux) ?
Ils sont essentiel pour lier l’ARN pol II au promoteur et pour l’initiation de la transcription: l’ouverture de l’ADN et libération du promoteur
VRAI OU FAUX: les GTF sont des complexes protéiques multimériques
VRAI: ils sont composés de plusieurs sous-unités
Comment sont désigné les GTF?
TFIIA, TFIIB, TFIIC…
Transcription factor + numéro de la polymérase + une lettre spécifique à chaque facteur
Quel facteur de transcription général est le plus grand et le premier à agir
TFIID (interagit avec TATA avec sa sous-unités TBP)
Lequels entre les TAF et TBP-TATA sont plus fort?
Que font les TAF?
Que font TBP-TATA?
TBP-TATA
-reconnaissent d’autres éléments du promoteur basal (mais moins importants)
-régulent l’asociation TBP-TATA en cachant le site sur le TBP
TBP-TATA est une plateforme d’échafaudage nécessaire pour recruter les autres GTF
VRAI OU FAUX: in vitro, TBP (sous-unité de TFIID) suffit pour initier la transcription
VRAI
Sur quel sillon le domaine C-terminal de TBP se replie autour de l’ADN dans la région de la boite TATA?
Qu’est-ce que cela engendre?
mineur
-Un repliement local de l’ADN= permet de recruter d’autres facteurs
Quelle est la seule séquence ADN que TBP peut plier
TATA
Que lie TFIIB?
1)Que fait son domaine C-terminal?
2) Que fait son domaine N-terminal?
lie l’ADN et la TBP
1) Établit un contact à la fois avec TBP, l’élément BRE et l’ADN situé après TATA
2) s’étend vers le site d’initiation et fait contact avec pol II lorsqu’elle arrive
Quel domaine de TFIIB entre en contact avec la pol II en premier
N-terminal
Que permet le complexe formé de TFIIF et de la pol II
-positionne la polymérase au site d’initiation
-Cette liaison stabilise l’agrégat ADN-TBP-TFIIB
Que font les facteurs TFIIE et TFIIH?
TFIIE: permet de recruter TFIIH
TFIIH: très gros facteur avec 3 activités enzymatiques importantes
1) Hydrolyse de l’ATP (ATPase)
2) Hélicase
3) Phosphorylation de CTD (kinase)
Quels sont en ordre les facteurs impliqué dans l’assemblage du complexe d’initiation de la transcription?
1) TFIID
2) TFIIB
3) Complexe formé de TFIIF et de la pol II
4) TFIIE et TFIIH
Quel facteur permet le passage du complexe fermé au complexe ouvert?
Comment?
TFIIH: une de ses sous-unités possède une activité hélicase qui lui permet de dérouler l’ADN en utilisant l’énergie obtenue par hydrolyse de l’ATP
Que se passe-t-il lorsque la polymérase s’éloigne du site d’initiation?
1) Une autre sous-unité de TFIIH phosphoryle le CTD de la polymérase
2) TBP demeure liée à la boîte TATA, mais les autres facteurs
se dissocient
3) L’ARN polymérase échappe au promoteur.
La transcription commence
Quelle est l’étape limitante de l’initiation de la transcription chez les eucaryotes
Scan de l’ADN par TBP
Vrai ou faux. Le complexe initiateur, chez les eucaryotes, continue la transcription avec pol II
faux
Vrai ou faux. Tous les facteurs généraux se détachent du promoteur lorsque la pol II s’éloigne du site d’initiation
faux,
tous sauf TBP qui reste lié à TATA
Qu’est-ce que le complexe médiateur?
Comment agit-il?
C’est un énorme complexe protéique qui contient des
modificateurs de nucléosomes et des remodeleurs de la chromatine
Il s’associe avec l’ARN polymérase II et différents facteurs de transcription spécifiques (activateurs et inhibiteurs) et généraux
Chaque ______ du complexe médiateur assure l’interaction avec un sous-groupe de ____________
sous-unités
facteurs de transcription
Quel groupement est ajouté aux queues N des histones pour faciliter leur expulsion lors du passage de la machinerie de transcription
acétyl
La synthèse de l’ARNm est plus _____ lors du recrutement des facteurs d’élongation par la phosphorylation de la queue CTD
D’autres facteurs aident à la _______ et d’autres recrutés par CTD-P agiront _______
rapide
Correction
pendant la maturation de l’ARN
Que permet le complexe FACT?
Il modifie les nucléosomes pendant l’élongation pour permettre le passage de l’ARN polymérase à travers l’ADN condensé
-Il retire un dimère H2A-H2B du cœur du nucléosome qui se trouve devant l’ARN polymérase. Ceci donne suffisamment d’espace à l’enzyme pour transcrire l’ADN enroulé
Vrai ou faux: le complexe FACT remet le dimère à la toute fin de la transcription
FAUX, il le remet à chaque fois que la polymérase soit passé (juste après son passage, dans les nucléosomes ayant déjà été transcrit par la polymérase
Jusqu’à quand se poursuit la polymérisation de l’ARN par l’ARN pol II?
Jusqu’à ce que la séquence dictant le clivage et la polyadénylation (poly-A signal) du pré-ARNm soit dépassée
Comment se passe le processus de signal de polyadénylation?
1) Le complexe protéique responsable du clivage et de la polyadénylation s’attache en avance au CTD phosphorylé
2) Lorsque le signal poly-A est transcrit, le complexe se déplace sur le signal
3) Il coupe l’ARNm et ajoute 200 adénines sur son bout 3’ (poly-A polymérase)
4) La polymérase continue de transcrire, même si son ARN a été coupé.
L’arrêt de la transcription survient n’importe où sur une région de 0,5 à 2 kb EN AVAL (derrière) du site de poly-A
Pourquoi le 2e ARN produit est rapidement dégradé par les exonucléases?
Parce qu’il n’a pas de coiffe, ni de queue poly-A
La protéine Rtt103 qui lie le CTD recrute quelle exonucléase
Rat1
Qu’est-ce que le “modèle torpille” de la terminaison?
-RAT1 se lie au bout restant du transcrit toujours attaché à la polymérase
-RAT1 dégrade l’ARN très rapidement
-RAT1 dégrade + rapidement que la polymérase synthétise, donc la rattrape
-RAT1 frappe la polymérase = arrête la transcription
Vrai ou faux. La maturation des ARNm commence dès l’élongation de la transcription
vrai
