mol 2 Flashcards
De quel sens le nouveau brin est-il synthétisé? La lecture du vieux brin?
Le nouveau brin est synthétisé 5’ vers 3’,
la lecture du vieux brin se fait 3’ vers 5’.
Qu’est-ce qu’une origine de réplication?
Le site spécifique ou commence la séparation des deux brins et la réplication (séquence riche en A:T).
Combien y a-t-il d’ori pour les procaryotes? Pour les eucaryotes?
Une seule pour les procaryotes
Plusieurs centaines pour les eucaryotes
Qu’est-ce qu’un réplicateur?
Ensemble complet des séquences suffisantes pour permettre
l’initiation de la réplication.(Eucaryotes)
ORI fait parti du réplicateur
Qu’est-ce que le site 9-mère?
liaison de la protéine initiatrice (nommée DnaA chez e.coli).
o Seule protéine spécifique de séquence dans l’initiation de la réplication.
o Socle pour l’assemblage du complexe d’initiation.
Qu’est-ce que le site 13-mère?
Sites « 13-mère » : lieu de la séparation initiale des brins. Séquences riches en paires
de nucléotides A:T.
Quelles sont les 3 fonctions des protéines initiatrices?
Trouver et lier l’ORI
Recrutement des autres protéines
nécessaires à la réplication
(formation d’un complexe d’initiation
avec les hélicases)
Chez certains organismes
(procaryotes) ouvrir
la double hélice à l’ORI
*Chez les procaryotes, DnaA lie
spécifiquement les sites 9-mère.
Lorsque DnaA est liée à l’ATP, la
protéine interagit aussi avec un site
13-mère, ce qui permet de séparer
les brins d’ADN et d’exposer une
région monocaténaire.
Qu’est-ce que l’initiateur chez les eucaryotes?
L’initiateur est un complexe de six protéines, appelé le complexe de reconnaissance de l’origine de réplication (ORC)
Quels sont les motifs structurels pour la reconnaissance de l’origine de réplication chez les eucaryotes?
Des séquences riches en AT ou en
ilots CpG,
Une structure d’ADN particulière,
Des régions libres de nucléosomes,
Des régions impliquées dans
l’initiation de la transcription.
Qu’est-ce que la topoisomérase?
enzyme
qui lie l’ADNds devant la
fourche de réplication et
réduit la tension
Qu’est-ce que l’hélicase?
enzyme en forme
d’anneau qui entraîne la
séparation des brins en brisant
les liaisons H. Utilise l’ATP.
Que font les protéines fixatrices d’ADN
monocaténaire (protéines SSB)?
Stabilisent les 2 brins séparés de l’ADN
matrice jusqu’à la synthèse des
nouveaux brins complémentaires. Empêche formation liens H
Que se passerait-il sans les protéines fixatrices d’ADN?
la formation d’épingles
par appariement de nucléotides
complémentaires dans le même
brin d’ADN. La formation d’épingles
bloquerait la réplication.
Comment fonctionne hélicase?
Hydrolyse ATP pour son déplacement.
Entraîne la séparation des brins
Haute processivité (longueur d’ADN dénaturé
avant de se détacher)
Qu’est-ce qui force la séparation des brins d’ADN lors de la réplication?
Chaque sous-unité possède une boucle agrippant la
charpente d’un nucléotide (sucre-P). Oblige l’ADN à
passer dans le pore central de l’enzyme
Quels sont les 2 classes de topoisomérase?
Topoisomérase I et topoisomérase II
Que fait la topoisomérase I
coupe et ressoude un
des brins d’ADN
Que fait la topoisomérase II?
coupe et ressoude
les deux brins d’ADN
Qu’est-ce qu’un oeil de réplication et que possède-t-elle à chaque extrémités?
À chaque origine de réplication, il y a formation d’un œil de réplication par les
hélicases qui ouvrent la double hélice d’ADN. Une fourche de réplication à chaque
extrémité d’un œil de réplication est le siège de l’élongation des nouveaux brins d’ADN.
Que fait la primase?
ARN polymérase consacrée à la
fabrication de courtes amorces ARN (5 à 10
nucléotides) en face d’une matrice d’ADN
monocaténaire.
Pourquoi faut-il une primase pour faire la synthèse de l’ADN?
Toutefois, toutes les ADN polymérases ont
besoin d’une amorce présentant un 3’-OH libre.
Elles ne peuvent pas commencer la synthèse
d’un brin de novo.
Que font les poseurs d’anneaux coulissants?
Il reconnaissent l’amorce ARN et installe un anneau coulissant et une ADN polymérase
Comment fonctionne le poseur d’anneaux coulissant
Se lie à l’ATP et peut ouvrir l’anneau coulissant en le liant. Le poseur d’anneau et
l’ADN polymérase
compétitionnent pour
le site de liaison.
Une fois lié à la
polymérase, l’anneau
ne peut pas être lié de
nouveau par le poseur
d’anneau.
Que fait l’anneau coulissant?
Lie à l’ADN au niveau de l’amorce, s’associe
ensuite avec la polymérase et glisse avec elle.
Permet de maintenir l’ADN polymérase sur le
brin matrice
Quel est l’avantage de l’anneau coulissant?
’empêche de s’éloigner.
Augmente la processivité
de la polymérase !
Que fait l’adn polymérase?
Ajoute des
dNTP à l’extrémité 3’-OH d’un brin
déjà formé selon la
complémentarité des bases azotées.
Quelles sont les ADN polymérase des procaryotes?
ADN polymérase I
(ADN Pol I)–>
Substitution des
amorces ARN,
réparation de
l’ADN. Fonction
exonucléase 5’
L’ADN polymérase III
(ADN Pol III)
Réplication du
chromosome
Quelles sont les ADN polymérases des eucaryotes?
- ADN Pol δ –>Synthèse du brin discontinu de
l’ADN ; réparation par excision
de nucléotides (NER) et réparation
par excision de base (BER) (Chap.4) - l’ADN Pol ε –>Synthèse du brin continu de l’ADN,
NER et BER (Chap.4) - l’ADN Pol α –>Synthèse des amorces pendant la
réplication de l’ADN
Le site actif de l’ADN polymérase enregistre quoi?
Il enregistre l’aptitude du nucléotide entrant à former une paire A:T ou G:C
Si pas les bonnes base, nucléotide s’en va et pas de polymérisation
À quoi est dû la distinction des rNTP et des dNTP de l’ADN polymérase?
Cette discrimination est due à
l’exclusion stérique des rNTPs du
site actif de l’ADN polymérase
Que fournit l’énergie nécessaire à l’ajout des nucléotides?
1)la rupture du lien avec le premier P pour
former le lien phosphodiester avec la chaîne naissante
2) la rupture du lien du pyrophosphate libéré
par la pyrophosphatase (Pi + Pi)
Quels sont les 3 domaines de l’ADN polymérase?
- la paume: site catalytique et vérification de
l’appariement via le sillon mineur - les doigts: plient l’ADN matrice pour exposer un
nucléotide à la fois et referment la main en cas
du bon appariement dans le site catalytique - le pouce: aide à maintenir le tout ensemble en
s’attachant à la charpente sucre-phosphate.
Joue un rôle dans la processivité de l’enzyme.
Le site catalytique de la paume est formé de quoi?
SITE CATALYTIQUE formé d’ions métalliques qui permettent
de favoriser l’interaction entre l’amorce et le nouveau nt
(A) et stabiliser le pyrophosphate produit (B)
Qu’est-ce que le réplisome?
Les ADN polymérases travaillant sur chacun des brins à polymériser sont
maintenues ensemble via le complexe de réplicatio
Dans quel sens avance le réplisome?
Dans le sens de la fourche de réplication
Quelles sont les caractéristiques du brin continu?
Brin qui peut être synthétisé en continu par l’ADN polymérase qui avance en même
temps et dans la même direction que la fourche de réplication. Nécessite une amorce.
Quelles sont les caractéristiques du brin discontinu?
La synthèse du nouveau brin antiparallèle est plus complexe. La polymérase se
déplace sur le brin matrice 3’ → 5‘, s’éloigne de la fourche de réplication en
synthétisant un court fragment d’ADN (fragments d’Okazaki). Au fur et à mesure
que l’œil de réplication s’agrandit, la synthèse d’un nouveau fragment démarre.
Plusieurs amorces
Les fragments d’Okazaki sont-ils plus courts ou plus longs chez les eucaryotes ou les procaryotes?
Procaryotes.
L’ADN Polymérase holoenzyme (fait parti du réplisome)
Liaison de 2-3 ADN polymérases + leur anneau coulissant via le complexe de protéines y
Que forme le brin discontinu?
Une boucle d’ADNsb (recouverte par les SSB)
Autres constituants (protéines) du réplisome?
-Liaison de l’hélicase à ADN Pol II holoenzyme: augmente la vitesse de séparation des 2 brins (10X) -Interaction faible entre l’hélicase et la primase
Qu’est-ce qui détermine la longueur des fragments d’Okazaki?
Interaction faible entre l’hélicase et la
primase; la force de ces interactions
détermine la longueur des fragments
d’Okazaki (plus interaction est forte,
plus les fragments seront petits).
Comment remplace-t-on l’amorce ARN par des désoxyriobonucléotide?
1)RNase H dégrade les hybrides ARN-ADN
et retire tous les nucléotides de l’amorce, sauf le dernier
2)Exonucléase 5’: retire le dernier nt
3) ADN polymérase: comble la brèche
4)ADN ligase: attache ensemble 2 fragments d’ADN en formant une liaison phosphodiester entre 2 nucléotides
**Chez les procaryotes, l’ADN POL I possède une
fonction exonucléase 5’ (permet d’enlever rNt ou dNt
situé immédiatement en amont du site de synthèse).
Que fait RNase H
La RNASE H dégrade les hybrides ARN/ADN.
Retire tous les nucléotides de l’amorce, excepté le
dernier (ne peut couper que le lien entre 2 rNt).
Que fait exonucléase 5’
Une EXONUCLÉASE 5’ retire ce dernier nucléotide.
Que fait ADN polymérase?
L’ADN polymérase comble la brèche
Que fait l’ADN ligase?
L’ADN LIGASE attache ensemble deux fragments
d’ADN en reformant une liaison phosphodiester
entre deux nucléotides adjacents
Comment les polymérase on un taux bas d’erreur?
L’ajout d’un nt incorrect induit un ralentissement de la catalyse donc la polymérase clive le lien retire le nt
Donc, la réplication de l’ADN postréplicative qui permet de taux d’erreurs
Que se passe-t-il avec nucléosome?
Tasser et déplacer
Ensuite réassembler
- On maintient les H3 et H4 au réplisome
- recrutement pas anneaux coulissant
- assemblage complet avec de nouveaux H2A- H2B
- Transfert des marquers post-traductionnel sur histones
Que se passe-t-il si on laisse une brèche dû au retrait de la dernière amorce du brin discontinu?
Solution:
ceci résulte un raccourcissement progressif du chromosome à
chaque génération cellulaire.
Enzyme télomérase qui s’occupe de répliquer les bouts
Est-ce que l’extrémité 3’ d’un chromosome linéaire peut être répliqué?
non
Qu’est-ce que la télomérase?
La télomérase est une ribonucléoprotéine
(RNP), ayant une activité polymérase.
Que fait la télomérase?
Permet d’allonger l’extrémité 3’OH du brin qui servait de matrice lors de la réplication
Cette élongation pourrait servir de brin matrice pour la formation du brin complémentaire
crée séquences répétitives complémentaires à sa propre matrice à 3’ : télomères
de quoi sont composés les télomères humains?
Les télomères humains sont composés
d’environ 10-15kb de la répétition
5’GGTTAG’3
Que permettent les séquences laissées simple brin par la télomérase?
Ces séquences sont reconnues par des protéines protectrices et permettent la formation d’une boucle
Comment se sépare les chromosomes circulaire après la réplication?
Cette séparation est assurée par une ADN
topoisomérase de type II
–> Coupe et passe les molécules au travers de la coupure
Quelles sont les fonctions des topoisomérases chez les eucaryotes?
- Les topoisomérases I et II sont
utilisées pour réduire la tension
formée par l’avancée des fourches
de réplication. - La convergence des fourches de
réplication forme des caténanes (twist dans adn) qui
doivent être résolues.
