HC14 - Comparative genetics

Question 1

Wat is een genenkaart?

Answer 1

Question 2

Welke soorten genenkaarten heb je?

Answer 2

• Koppelings-/genetische kaart (recombinatie)
• Cytogenetische/fysische kaart (FISH)
• Radiation-hybrid kaart (X-straling)
• Sequentie-kaart (nucleotide-volgorde)

Question 3

Hoe genereer je radiation hybrids?

Answer 3

Je bestraat diploïde cellen, waardoor het DNA in stukjes uit elkaar valt. Als je deze cel combineert met een andere cel met heel DNA, dan gaan de kleine stukjes combineren met het nieuwe DNA.

Question 4

Voorbeeld genetische kaart

Answer 4

Question 5

Voorbeeld cytogenetische kaart

Answer 5

Question 6

Waar is cR een maat voor?

Answer 6

cR staat voor centiRay en is een maat voor afstand tussen 2 loci.

Question 7

Voorbeeld radiation hybrid kaart

Answer 7

Question 8

Voorbeeld sequentie kaart

Answer 8

Question 9

Als je genenkaarten gaat vergelijken, is het vaak zo dat als genen gekoppeld zijn in een diersoort, dat…

Answer 9

Ze vaak ook nauw gekoppeld zijn in een andere diersoort

Question 10

Wat geeft dit plaatje weer?

Answer 10

Een vergelijking van de genen van een kat t.o.v. de genen van een koe en muis

Question 11

Welke verklaringen zijn er voor zoogdiergenoomconservatie?

Answer 11

• Herrangschikking van chromosoomsegmenten tijdens de evolutie (het breken van chromosomen en verkeerd gaan vastzitten van de chromosoomsegmenten)
• Een aantal koppelingen kan hierdoor worden vernietigd (maar niet alles)
• Verwante soorten (minder herrangschikkingen, lange geconserveerde stukken)

Question 12

Welke genen zijn heel goed geconserveerd gebleven in zoogdieren?

Answer 12

De X en Y chromosomen

Question 13

Hoe kun je homologie vaststellen?

Answer 13

• Met type I markers
• Met chromosome painting

Type I markers: loci die coderen voor genen en geconserveerd zijn over de zoogdiersoorten heen; >90% sequence homologie van de exonen.
Chromosome painting: FISH met een DNA probe afkomstig van een geheel of een gedeelte (arm of specifieke banden) van een chromosoom.

Question 14

Hoe werken chromosome paints?

Answer 14

Question 15

Hoe ziet een flow karyotype er uit?

Answer 15

Question 16

Wat is Zoo-FISH?

Answer 16

Cross species chromosome painting

Question 17

Welke twee soorten comparative chromosome painting zijn er?

Answer 17

• Unidirectional (chromosoom paints van diersoort A op metafase chromosomen van diersoort B)
• Bi-directional = reciproke chromosome painting (chromosoom paints van diersoort A op metafase chromosomen van diersoort B en vice versa)

Question 18

Wat kun je zeggen over deze humane chromosomen waar een konijnchromosoom op losgelaten is?

Answer 18

Je ziet dat er stukjes aangekleurd zijn, wat betekent dat die overeen komen tussen mens en konijn

Question 19

Answer 19

Je ziet dat chromosoom 12 van de mens volledig overeen komt met chromosoom 6 van het konijn

Question 20

Wat zijn toepassingen van comparative genomics?

Answer 20

• Geeft inzicht in genoom organisatie en de evolutie van verwante diersoorten
• Voorspellen van genen betrokken bij de gezondheid van dier en mens
• Voorspellen van genen betrokken bij economisch relevante kenmerken
• Levert een belangrijke grondslag voor de validiteit van het dier als model voor de mens
• Homologie is een grondslag voor het extrapoleren van resultaten van dierproeven naar de mens

Question 21

Wat is het waardenburg syndroom?

Answer 21

Een stukje huid op het voorhoofd waar pigment mist

Question 22

Hoe werkt de kracht van vergelijkende genetica voor het vinden van genen met medische of veterinaire relevantie?

Answer 22

Question 23

Waar zijn deze voorbeelden een voorbeeld van?

Answer 23

Een obsessieve-compulsieve stoornis
Er is hier dus sprake van een genetische achtergrond voor deze stoornis, en die is vergelijkbaar in verschillende diersoorten