HC14 - Comparative genetics Flashcards
Wat is een genenkaart?
Welke soorten genenkaarten heb je?
- Koppelings-/genetische kaart (recombinatie)
- Cytogenetische/fysische kaart (FISH)
- Radiation-hybrid kaart (X-straling)
- Sequentie-kaart (nucleotide-volgorde)
Hoe genereer je radiation hybrids?
Je bestraat diploïde cellen, waardoor het DNA in stukjes uit elkaar valt. Als je deze cel combineert met een andere cel met heel DNA, dan gaan de kleine stukjes combineren met het nieuwe DNA.
Voorbeeld genetische kaart
Voorbeeld cytogenetische kaart
Waar is cR een maat voor?
cR staat voor centiRay en is een maat voor afstand tussen 2 loci.
Voorbeeld radiation hybrid kaart
Voorbeeld sequentie kaart
Als je genenkaarten gaat vergelijken, is het vaak zo dat als genen gekoppeld zijn in een diersoort, dat…
Ze vaak ook nauw gekoppeld zijn in een andere diersoort
Wat geeft dit plaatje weer?
Een vergelijking van de genen van een kat t.o.v. de genen van een koe en muis
Welke verklaringen zijn er voor zoogdiergenoomconservatie?
- Herrangschikking van chromosoomsegmenten tijdens de evolutie (het breken van chromosomen en verkeerd gaan vastzitten van de chromosoomsegmenten)
- Een aantal koppelingen kan hierdoor worden vernietigd (maar niet alles)
- Verwante soorten (minder herrangschikkingen, lange geconserveerde stukken)
Welke genen zijn heel goed geconserveerd gebleven in zoogdieren?
De X en Y chromosomen
Hoe kun je homologie vaststellen?
- Met type I markers
- Met chromosome painting
Type I markers: loci die coderen voor genen en geconserveerd zijn over de zoogdiersoorten heen; >90% sequence homologie van de exonen.
Chromosome painting: FISH met een DNA probe afkomstig van een geheel of een gedeelte (arm of specifieke banden) van een chromosoom.
Hoe werken chromosome paints?
Hoe ziet een flow karyotype er uit?
Wat is Zoo-FISH?
Cross species chromosome painting
Welke twee soorten comparative chromosome painting zijn er?
- Unidirectional (chromosoom paints van diersoort A op metafase chromosomen van diersoort B)
- Bi-directional = reciproke chromosome painting (chromosoom paints van diersoort A op metafase chromosomen van diersoort B en vice versa)
Wat kun je zeggen over deze humane chromosomen waar een konijnchromosoom op losgelaten is?
Je ziet dat er stukjes aangekleurd zijn, wat betekent dat die overeen komen tussen mens en konijn
Je ziet dat chromosoom 12 van de mens volledig overeen komt met chromosoom 6 van het konijn
Wat zijn toepassingen van comparative genomics?
- Geeft inzicht in genoom organisatie en de evolutie van verwante diersoorten
- Voorspellen van genen betrokken bij de gezondheid van dier en mens
- Voorspellen van genen betrokken bij economisch relevante kenmerken
- Levert een belangrijke grondslag voor de validiteit van het dier als model voor de mens
- Homologie is een grondslag voor het extrapoleren van resultaten van dierproeven naar de mens
Wat is het waardenburg syndroom?
Een stukje huid op het voorhoofd waar pigment mist
Hoe werkt de kracht van vergelijkende genetica voor het vinden van genen met medische of veterinaire relevantie?
Waar zijn deze voorbeelden een voorbeeld van?
Een obsessieve-compulsieve stoornis
Er is hier dus sprake van een genetische achtergrond voor deze stoornis, en die is vergelijkbaar in verschillende diersoorten
