HC07 - Analyse van DNA Flashcards
Wat zijn de mogelijkheden van/wat kun je met DNA technologie?
- DNA analyse in de diagnostiek
- Opsporen erfelijke ziektes
- Bepalen identiteit en/of afkomst
- Detectie pathogenen (bacteriën/virussen) - Kloneren en genetisch manipuleren
- Produceren van recombinante eiwitten (bijv. voor geneesmiddelen)
- Transgene gewassen en dieren
Welke technieken kunnen worden gebruikt bij een DNA analyse?
- Restrictie enzymen
- Hybridisatie (DNA-DNA of DNA-RNA binding)
- Polymerase ketting reactie (PCR)
- DNA sequencen (bepalen base volgorde)
Wat doen restrictie enzymen?
Restrictie enzymen herkennen bepaalde DNA sequenties en knippen DNA alleen bij die bepaalde base volgorde.
Waarvoor worden restrictie enzymen gebruikt?
Om lange stukken DNA in specifieke fragmenten te knippen. Het fragmentatie patroon is karakteristiek voor een stuk DNA en dus kun je mutaties herkennen in een stuk DNA als het enzym niet knipt op een plek waar het normaal wel knipt. Je krijgt dan een ander patroon op de gel.
Wat houdt hybridisatie in?
Dat wanneer je DNA loshaalt van elkaar d.m.v. bijv.
een hoge temperatuur, de complementaire strengen weer met elkaar zullen binden als de temperatuur weer daalt.
Waarvoor wordt hybridisatie gebruikt?
Voor het detecteren van een specifiek DNA of RNA fragment. M.b.v. een probe (stukje enkelstrengs DNA dat omgekeerd complementair is aan het te onderzoeken stuk DNA of RNA, en die makkelijk gedetecteerd kan worden (bijv. door fluorescentie label) die je kunt binden aan het complementaire stuk DNA
Hier zijn twee verschillende probes (1 voor het gezonde gen, en 1 voor het gemuteerde gen) teogevoegd aan twee buisjes met enkelstrengs DNA. Wat kun je zeggen over de drie individuen m.b.t. sickle cel anemie?
Persoon 1 heeft alleen het gezonde gen, dus die heeft geen sickle cel anemie.
Persoon 2 heeft alleen het gemuteerde gen en heeft dus sickle cel anemie.
Persoon 3 heeft beide genen en is dus drager
Hoe werkt een microarray test op mutaties bij honden?
- Vele DNA probes met verschillende mutaties/SNPs die bij honden voorkomen op micro-chip
- Toevoegen gelabelde stukjes DNA van 1 hond
Wat is het verschil tussen hybridisatie versus PCR?
- Hybridisatie is een speld in een hooiberg zoeken, maar dan plak je een lampje aan de speld
- PCR is een speld in een hooiberg zoeken, door de speld te vermenigvuldigen.
Wat gebeurt er bij een polymerase kettingreactie (PCR)?
Een specifiek DNA fragment wordt dan vermenigvuldigd, waardoor het makkelijker/mogelijk wordt gemaakt om het te detecteren/analyseren
Hoe werkt PCR?
- Dubbelstrengs DNA wordt verhit waardoor het uit elkaar gaat.
- Aan dit enkelstrengs DNA bindt een gemaakte primer op de specifieke complementaire sequentie.
- Vervolgens bindt DNA polymerase die de streng afloopt en hem complementeert.
Waarom wordt een polymerase ketting reactie (PCR) zo vaak herhaald?
Zo krijg je precies het stukje DNA tussen 2 primers dat je wilde hebben.
Welke twee primers zijn er?
- Forward/sense primer; deze bepaalt het begin van een DNA fragment, is identiek aan het 5’ begin van een streng en bindt aan de 3’ naar 5’ streng.
- Reverse/anti-sense primer; deze bepaalt het einde van het DNA fragment, is omgekeerd complementair aan het 3’ einde van dezelfde streng en bindt aan de 5’ naar 3’ streng.
Hoe kun je testen of je een bepaald virus hebt (RNA virus)?
Waarvoor worden micro satelliet DNA, de variable number tandem repeats (VNTR) gebruikt?
Voor DNA identificatie
Wat wordt er gebruikt bij DNA sequencing?
De laatste base is een fluorescente dideoxy base. Deze heeft geen 3’ OH groep dus kan er geen volgende nucleotide aan binden.
Elke dideoxy A, T, C, en G hebben een verschillende kleur.
Hoe werkt DNA sequencing?
DNA wordt heel erg vaak gerepliceerd, waar er op elke verschillende lengte wel een keer een fluoriserende dideoxy nucleotide wordt ingebouwd. Als deze is ingebouwd stopt de keten. Je krijgt dus een hele hoop fragmenten waaruit je de volgorde van de base kan halen d.m.v. grootte scheiding (met een gel). Je kunt dan de fragmenten op lengte verdelen, zoals bijv. 10 basen, en als hij dan groen is, is de laatste base een A.
PCR kan worden gebruikt om welke twee dingen te verkrijgen?
Genomische klonen of cDNA klonen
Leg uit hoe je met behulp van de PCR-techniek er achter kunt komen of een kat besmet is met FIV (Feline Immunodeficiency Virus).
FIV is ook een enkelstrengs RNA virus en lijkt sterk op HIV. De primers moet je zo kiezen dat alleen FIV vermenigvuldigd wordt
