HC04 - Transcriptie van DNA in RNA Flashcards
Wat is het verschil tussen DNA en RNA?
- Waar DNA een deoxyribose heeft als suiker, heeft RNA een ribose.
- I.p.v. thymine in DNA heeft RNA uracil
- DNA is dubbelstrengs waar RNA enkelstrengs is
- DNA is stabiel en RNA is labiel
- DNA heeft een halveringstijd van eeuwen en RNA heeft een halveringstijd van uren
Wat doet RNA, doordat het een enkele streng is?
Het gaat met zichzelf binden. Hierdoor kan het zichzelf vouwen en kan het dus ook bepaalde functies gaan verrichten.
Wat zie je hier?
Transfer RNA , dat en rol speelt bij de transcriptie en translatie, omdat het aminozuren aan een eiwit koppelt.
Wat zijn de voordelen van het RNA als intermediair tussen DNA en eiwit?
- Betere regulatie
- Veel makkelijker veel meer eiwitten maken (meerdere kopieën worden tegelijk afgelezen)
- Meer plaats; eiwit synthese kan op een andere plaats gebeuren waar meer ruimte is
Welke soorten RNA zijn er?
Welke stappen vinden plaats voor het begin van het proces van transcriptie
RNA polymerase gaat door de cel heen tot hij DNA vindt, en bindt daar vervolgens op. Als hij een startregio (promoter) van een gen vindt dan bindt hij vaster en begint het proces van transcriptie. Hij maakt dan de dubbele streng los zodat er RNA op gemaakt kan worden.
In welke richting wordt RNA gemaakt?
Van 5’ naar 3’
Waardoor wordt RNA na transcriptie weer losgebroken van het DNA?
Ook door RNA polymerase
Wat is het verschil tussen RNA polymerase en DNA polymerase?
Wat is het verschil tussen de coding streng en de template streng?
De coding streng is de streng die wordt nagemaakt; de RNA streng lijkt dus heel erg op de coding streng.
De template streng is de streng die wordt gebruikt om RNA op te maken; Deze DNA streng wordt dus gecomplementeerd door het gemaakte RNA.
Hoe weet een RNA polymerase dat hij op de juiste streng zit?
In een DNA streng zit in de buurt van een gen een vaste volgorde van basenparen, die door een promoter herkend kan worden. RNA polymerase kan er alleen aan binden als het de juiste kant op georiënteerd is, anders past het niet.
Wat doet een promoter?
Een promoter bepaalt het begin en de richting van de transcriptie.
Het zit aan de 5’ kant van de coderende streng, dus aan de 3’ kant van de template streng.
Het reguleert (mede) de transcriptie.
Wat geven de groene pijltjes aan?
De promoters
Wat is het verschil tussen bacteriën en mensen m.b.t. het starten van de transcriptie?
Bacteriën hebben 1 sigma factor nodig om te laten weten dat er bepaalde eiwitten gemaakt moeten worden, waar mensen veel meer verschillende factoren nodig heeft. Deze transcriptiefactoren zorgen er voor dat er bij mensen veel meer regulatie plaats kan vinden.
Hoe zorgt een sigma factor er voor dat RNA polymerase begint met transcriptie?
Hoe wordt DNA in mRNA omgezet in prokaryoten?
Hoe wordt DNA in mRNA omgezet in eukaryoten?
Wat zijn introns en exons?
Exons zijn delen van het DNA die uiteindelijk het mRNA gaan vormen, en introns zijn de delen die geen eiwit worden.
Wat is het verschil tussen mRNA van prokaryoten en eukaryoten?
Een mRNA van een prokaryoot kan worden afgelezen tot meerdere eiwitten, bij een eukaryoot kan dat niet.
Wat is het nut van untranslated regions?
In die regions zullen de herkenningssequenties liggen die er voor zorgden dat het mRNA gemaakt werd.
Wat wordt er toegevoegd aan het mRNA van eukaryoten om er voor te zorgen dat het uit de nucleus kan komen?
Een poly adenine staart aan het eind en een guanine cap aan het begin
Wat is een g-cap?
Een guanine met een extra methyl groep
Wat bevat chromosomaal DNA van bacteriën niet wat eukaryoot DNA wel heeft?
Intronen
Wat voor nut hebben intronen?
Intronen maken dat 1 gen voor meerdere varianten van een eiwit kan coderen door combinaties van verschillende exonen te maken = alternatieve splicing. In verschillende cellen kan je zo van een gen verschillende eiwitten vormen.
Ook: op evolutionair niveau versnelt het het ontstaan van nieuwe eiwitten die bestaan uit
fragmenten van bestaande eiwitten, die op een nieuwe manier met elkaar verbonden zijn (exon shuffling)
Hoe weten de splicing eiwitten wat coderend RNA is en wat niet-coderend RNA is?
De intronen hebben aan het begin en het eind de intron een sequentie zitten die verteld dat het een intron is. De splicing eiwitten herkennen dan exon-intron overgangen.
Hoe werkt splicing en het aan elkaar plakken van exonen?
De exon junction complexen geven aan of het splicen goed is gelukt. Als ze allemaal aanwezig zijn is het goed gegaan.
Wat is er gebeurt bij een herder met dwerggroei die een afwijking had op een intron?
Hierdoor krijg je een ander mRNA en een ander eiwit.
Hoe ziet de fosfodiesterbinding bij RNA er uit?
Wat is de functie van mRNA, rRNA, miRNA, tRNA, en ander niet coderende RNA?
Hoe werkt transcriptie in een bacterie?
Hoe zien de promoter en de terminator van transcriptie er uit?
In welke richting worden genen getranscribeerd?
Kan het RNA-polymerase dat voor de transcriptie wordt gebruikt ook worden gebruikt om de RNA-primers te maken die nodig zijn voor de DNA-replicatie?
Wat doen de verschillende typen polymerasen in eukaryoten?
Wat is er nodig om transcriptie te starten in eukaryoten?
Eukaryotisch RNA polymerase II vereist een reeks algemene transcriptiefactoren.
(A) De meeste eukaryote promotors bevatten een DNA-sequentie die de TATA-box wordt genoemd.
(B) De TATA-box wordt herkend door een subeenheid van de algemene transcriptiefactor TFIID, TATA-bindingseiwit (TBP) genaamd.
(C) De binding van TFIID vergemakkelijkt de aangrenzende binding van TFIIB.
(D) De rest van de algemene transcriptiefactoren en het RNA-polymerase zelf verzamelen zich vervolgens bij de promotor.
(E) TFIIH trekt de dubbele helix bij het transcriptiestartpunt uit elkaar, gebruikmakend van de energie van ATP-hydrolyse, waardoor de template-streng van het gen vrijkomt. TFIIH fosforyleert ook RNA polymerase II, waardoor het polymerase vrijkomt van de meeste algemene transcriptiefactoren, zodat het met de transcriptie kan beginnen.
Wat gebeurt er als het TATA-binding protein bindt aan de TATA box?
Waar bevinden zich de enzymen die verantwoordelijk zijn voor de RNA processing?
Door fosforylering van de staart van RNA polymerase II kunnen RNA-processing eiwitten zich daar verzamelen. Capping, polyadenylation en splicing zijn allemaal modificaties die plaatsvinden tijdens de synthese van het RNA.
Wat is RNA capping?
RNA capping wijzigt het 5ʹ einde van het RNA transcript, het deel van het RNA dat als eerste wordt gesynthetiseerd. De RNA-capping bevat een atypische nucleotide: een guanine (G) nucleotide met een methylgroep is op een ongebruikelijke manier aan het 5ʹ einde van het RNA gehecht.
Wat is polyadenation?
Polyadenylatie geeft een nieuw getranscribeerd mRNA een speciale structuur aan het 3ʹ uiteinde.
Het 3′ einde van een eukaryotisch mRNA wordt eerst getrimd door een enzym dat de RNA-keten op een bepaalde reeks nucleotiden afknipt.
Het transcript wordt vervolgens afgewerkt door een tweede enzym dat een reeks herhaalde adenine (A) nucleotiden toevoegt aan het getrimde uiteinde.
Deze poly-A-staart is over het algemeen een paar honderd nucleotiden lang
Hoe bepaalt de cel welke delen van het RNA-transcript tijdens het splitsen worden verwijderd?
Hoe zorgen snRNP’s voor splicing?
Alleen mature mRNA dat compleet is mag de nucleus verlaten, en niet al het ‘afval’ zoals intronen. Hoe zorgt de cel ervoor dat dit gebeurt?
Om “exportklaar” te zijn, moet een mRNA-molecuul gebonden zijn aan een passende reeks eiwitten, die elk verschillende delen van een rijp mRNA-molecuul herkennen. Deze eiwitten omvatten poly-A-bindende eiwitten, een cap-bindend complex en eiwitten die zich binden aan mRNA’s die op de juiste wijze zijn gesplitst. Het geheel van gebonden eiwitten, en niet één enkel eiwit, bepaalt uiteindelijk of een mRNA-molecuul de kern zal verlaten.
Beschrijf de essentiële stappen van splicing
Overzicht synthese, processing en degradatie van RNA in eukaryoten en prokaryoten
