HC05 - Problems + Homework Flashcards
Wat kan het resultaat zijn van een mutatie in een allosteer enzym dat resulteert in een T/R ratio van 0?
Alle enzymen zouden de hele tijd in de R vorm zitten en er zou geen samenwerking zijn. De kinetiek zou er uit zien als dat van een Michaelis-Menten enzym.
Wat is feedback remming en waarom is het nuttig?
Het is de remming van een allosteer enzym door het eindproduct van het pad dat gereguleert wordt door dat allostere enzym. Deze feedback remming voorkomt de productie van te veel eindproduct en de consumptie van substraten als het eindproduct niet nodig is.
Een allosterisch enzym dat het gecoördineerde mechanisme volgt, heeft een T/R-verhouding van 300 in afwezigheid van substraat. Stel dat een mutatie de verhouding omkeert. Hoe zou deze mutatie de relatie tussen de snelheid van de reactie en de substraatconcentratie beïnvloeden?
Het enzym zou simpele Michaelis-Menten kinetiek volgen omdat het vrijwel altijd in de R vorm aanwezig is.
Aspartaattranscarbamoylase (ATCase) is een allosterisch enzym dat de synthese van uridinetrifosfaat (UTP) en cytidinetrifosfaat (CTP) regelt. Het kan worden onderverdeeld in regulerende subeenheden en katalytische subeenheden. Als geïsoleerde regulerende subeenheden en katalytische subeenheden van ATCase worden gemengd, wordt het natieve enzym gereconstrueerd. Wat is de biologische betekenis van deze waarneming?
De reconstructie laat zien dat de complexe quaternaire structuur en de daaruit voortvloeiende katalytische en regulerende eigenschappen uiteindelijk zijn gecodeerd in de primaire structuur van de afzonderlijke componenten.
Je hebt een dimeer enzym geïsoleerd dat twee identieke actieve sites bevat. De binding van substraat aan één actieve plaats vermindert de substraataffiniteit van de andere actieve plaats. Kan het gecoördineerde model deze negatieve coöperativiteit verklaren?
Het sequentiële model houdt gemakkelijker rekening met negatieve coöperativiteit dan het gecoördineerde model.
Wat is het verschil tussen het sequentieel model en het gecoördineerd model van allostere enzymen?
Het belangrijkste verschil tussen het gecoördineerde en het sequentiële model van allosterisme is dat in het gecoördineerde model een conformatieverandering in één subeenheid noodzakelijkerwijs wordt doorgegeven aan alle andere subeenheden, terwijl in het sequentiële model een conformatieverandering in één subeenheid geen soortgelijke verandering in de andere subeenheden teweegbrengt.
De magenta lijn stelt een allosterisch enzym voor, terwijl de zwarte lijn een allosterisch enzym voorstelt. Het allosterische enzym vertoont het drempeleffect - een snelle stijging van de activiteit over een smal bereik van de substraatconcentratie. Met andere woorden, het is gevoeliger voor veranderingen in de substraatconcentratie, een eigenschap die zeer wenselijk is voor een enzym dat een metabolische route controleert.
Voor een één-substraat, enzym-gekatalyseerde reactie werden dubbel-reciproque plots bepaald voor drie verschillende enzymconcentraties. Welke van de volgende drie krommingen zou je verwachten? Leg uit.
De fluorescente spectroscopie toont het bestaat van een enzym-serine complex en een enzym-serine-indole complex
De binding van PALA schakelt ATCase van de T- naar de R-toestand omdat PALA werkt als een substraatanaloog. Een enzymmolecuul met gebonden PALA heeft minder vrije katalytische plaatsen dan een onbezet enzymmolecuul. Het PALA-bevattende enzym zal echter in de R-toestand verkeren en dus een hogere affiniteit voor de substraten hebben. De afhankelijkheid van de activeringsgraad van de PALA-concentratie is een complexe functie van de allosterconstante L0 en van de bindingsaffiniteit van de R- en T-toestand voor het analoog en de substraten.
De binding van succinaat aan de functionele katalytische sites van het natieve katalytische trimeer veranderde het zichtbare absorptiespectrum van nitrotyrosineresten in het andere gemodificeerde trimeer van het hybride enzym. De binding van substraatanaloog aan de actieve sites van één trimer veranderde dus de structuur van de andere trimeer.
Welke van de blauwe en groene grafiek is de competitieve remmer? En welke de niet-competitieve remmer?
Groen is de competitieve remmer en blauw de niet-competitieve remmer
Het toenemen van de substraatconcentratie herstelt de enzymactiviteit die geblokkeerd was door wat voor remmer?
Een competitieve remmer
