HC02 - Problems + Homework Flashcards
Welke van de twee plaatjes is een Fischer weergave en welke is een stereochemische weergave?
A = stereochemische weergave
B = Fischer weergave
De asymmetrie van een aminozuur is het resultaat van…?
Dat het α-koolstofatoom 4 verschillende groepen gebonden heeft.
Is glycine asymmetrisch?
Nee, het heeft geen 4 verschillende zijgroepen
Zet bij A t/m E of het geldt voor proline, tyrosine, leucine en lysine
A = leucine, proline
B = lysine
C = tyrosine, lysine
D = tyrosine, lysine
E = tyrosine
A = 6
B = 2
C = 3
D = 1
E = 4
F = 5
Bepaal voor elk van de volgende aminozuurparen welk aminozuur het best oplosbaar is in water:
a) Ala, Leu
b) Tyr, Phe
c) Ser, Ala
d) Trp, His
a) Ala
b) Tyr
c) Ser
d) His
Wat is de netto lading van het aminozuur glycine bij pH 7? En bij pH 12?
Bij pH 7 is er geen netto lading, bij pH 12 is de netto lading -1
Het iso-elektrisch punt (pI) is de pH waarbij een molecuul geen nettolading heeft. Het aminozuur glycine heeft twee ioniseerbare groepen: a) een carboxylzuurgroep met een pKa van 2,72 en b) een aminogroep met een pKa van 9,60. Bereken de pI van glycine.
Wat is het verschil tussen een niet-essentieel en een essentieel aminozuur?
Niet-essentiële aminozuren kunnen worden gesynthetiseerd uit andere moleculen in het lichaam. Essentiële aminozuren kunnen dat niet en moeten dus via de voeding worden opgenomen.
Welke 3 aminozuren hebben een aromatisch component in hun zijketen?
Welke aminozuren hebben een zijketen die kan ioniseren?
Aspartaat, glutamaat, histidine, cysteïne, tyrosine, lysine en arginine
Een aminozuur met twee ioniseerbare groepen kan in vier mogelijke ionisatietoestanden voorkomen. Teken de vier mogelijke ionisatietoestanden voor alanine en geef aan welke toestand overheerst bij pH 1, pH 7 en pH 11.
Voor een aminozuur als alanine is de belangrijkste soort in oplossing bij pH 7 de zwitterionische vorm. Ga uit van een pKa waarde van 8 voor de aminogroep en een pKa waarde van 3 voor het carboxylzuur. Schat de verhouding tussen de concentratie van het neutrale aminozuur (met het carboxylzuur geprotoneerd en de aminogroep neutraal) en die van het zwitterionzuur bij pH 7.
Als je de Henderson-Hasselbalch vergelijking gebruikt, vind je dat de ratio van alaline-COOH tot alanine-COO- bij pH 7, 10-4 is. De ratio van alanine-NH2 tot alanine-NH3+ is 10-1. De ratio van het neutrale aminozuur tot het zwitterion is dus 10-5 (10-4 * 10-1).
Bepaal de pKa voor de carboxyl-groep en de amino-groep van dit aminozuur
Bedenk dat de pKa de pH is waarbij de concentratie van de niet geïoniseerde vorm van een molecuul gelijk is aan de geïoniseerde vorm. De carboxylgroep in figuur 3.2 heeft een pKa
van iets meer dan 2, terwijl de aminogroepen een pKa van 9 hebben.
De R-groep van lysine heeft een aminogroep die positief geladen kan zijn of een proton kan verliezen om neutraal te worden. De pKa waarde van de aminogroep is 10,8. Bepaal de fractie van de aminogroep die geprotoneerd is bij pH=9,8 en pH=11,8
Glutaminezuur heeft een R-groep dat een carboxyl-groep bevat waarvan de pKa 4,1 is. Welk gedeelte van de R-groep carbonzuur is geprotoneerd bij pH=2,1 en pH=7,1?
Wat is de amino terminus van de tripeptide Gly-Ala-Asp?
Glycine
Wat is ongeveer het moleculaire gewicht van een proteïne die bestaat uit 300 aminozuren?
Het gemiddelde moleculaire gewicht van aminozuren is 110. Een proteïne met 300 aminozuren heeft dan een gewicht van gemiddeld 33.000
Hoeveel aminozuren heb je gemiddeld nodig om een proteïne te vormen met een moleculair gewicht van 110.000?
Ongeveer 1000 aminozuren
Eiwitten zijn vrij stabiel. De levensduur van een peptidebinding in waterige oplossing is bijna 1000 jaar. De vrije energie van hydrolyse van eiwitten is echter negatief en vrij groot. Hoe kun je de stabiliteit van de peptidebinding verklaren in het licht van het feit dat bij hydrolyse veel energie vrijkomt?
De energiebarrière die moet worden overschreden om van de gepolymeriseerde toestand over te gaan naar de gehydrolyseerde toestand is groot, ook al is de reactie thermodynamisch gunstig.
Welke 3 aminozuren zijn aanwezig? Welke is de dichtsbijzijnde N-terminal aminozuur? Identificeer de peptide bindingen en de α-koolstof atomen.
Alaline-glycine-serine. Het N-terminal aminozuur is alanine. De peptide bindingen zitten tussen de tweede C en N, en de 4de C en N. De α-koolstofatomen zijn de 1ste 3de en 5de koolstofatoom.
Teken de structuur van de dipeptide Gly-His. Wat is de lading van het peptide bij pH 4.0? Bij pH 7,5?
Waarom kan de pKa van een individuele groep in proteïnen verschillen?
Dit geeft aan dat de pKa waarde anders kan zijn dankzij de chemische omgeving
Waarom is rotatie om de peptidebinding verboden, en wat zijn de gevolgen van het ontbreken van rotatie?
De peptide binding heeft een dubbele binding karakter, die rotatie tegengaat. Dit behoudt de conformatie van de peptide ruggengraat en limiteert mogelijke structuren.