Génétique 2 Flashcards
1
Q
Qu’est-ce que le cancer?
A
Accumulation d’altérations génétiques et épigénétiques de l’ADN qui confère un avantage de croissance
2
Q
Qu’est-ce qu’une mutation ponctuelle?
A
Substitution d’une seule base
3
Q
Que peuvent causer les mutations ponctuelles?
A
- Non-sens
- Faux-sens
- site d’épissage, région non-traduite en amont du codon d’initiation ou en aval du codon stop
4
Q
Qu’est-ce qu’une mutation indel?
A
Insertion ou délétion d’une ou quelques bases
5
Q
Quelles sont les deux sources possibles d’altérations génétiques?
A
- Innées : mutations dans les cellules germinales des parents et transmission à la descendance
- Acquises : prolifération cellulaire, environnement, stress endogène
6
Q
Quels sont les trois types d’hétérogénéité intra-patient?
A
- Intra-tumorale
- Intra-métastasique
- Inter-métastasique
7
Q
Qu’est-ce qu’une hétérogénéité intra-tumorale?
A
Les cellules d’une même tumeur ne représentent pas toutes un même profil génétique
8
Q
Qu’est-ce qu’une hétérogénéité intra-métastasique?
A
Les cellules d’une même tumeur à un site métastasique ne présentent pas tous le même profil génétique
9
Q
Qu’est-ce qu’une hétérogénéité inter-métastasique?
A
Deux tumeurs à des sites métastasiques ne présentent pas le même profil génétique
10
Q
Où sont retrouvées les mutations conductrices?
A
Au niveau des oncogènes et des suppresseurs de tumeurs
11
Q
Qu’est-ce qu’un oncogène?
A
Gène qui, lorsqu’activé suite à une mutation, confère un avantage de croissance à la cellule
12
Q
Qu’est-ce qu’un suppresseur de tumeur?
A
Gène qui, lorsqu’inactivé par une mutation, confère un avantage de croissance à la cellule
13
Q
Qu’est-ce que le concept d’addiction oncogénique?
A
La cellule est particulièrement dépendante aux signaux clés qui lui ont conféré un avantage de croissance
14
Q
Qu’est-ce que le concept de létalité synthétique?
A
Mort cellulaire induite suite à la déficience de deux gènes, alors que la déficience de l’un ou l’autre de ces gènes n’a pas d’impact sur la mort cellulaire
15
Q
Qu’est-ce qu’une tumeur bégnine?
A
Tumeur localisée, bien délimitée qui n’envahi pas le tissu voisin. Si issue de cellules épithéliales, c’est une adénome
16
Q
Qu’est-ce qu’une tumeur maligne?
A
Tumeur qui envahi le tissu voisin qui a la capacité de dissémination. Si issue de cellules épithéliales, c’est un carcinome
17
Q
Quelles sont les dix caractéristiques du cancer?
A
- Prolifération soutenue
- Insensible aux signaux d’arrêt de prolifération
- Résistance aux cellules immunes
- Immortelle
- Croissance favorisée par l’environnement inflammatoire
- Propriétés invasives et métastasiques
- Induction d’angiogenèse
- Instabilité génomique et mutations
- Résistance à la mort cellulaire
- Métabolisme énergétique altéré
18
Q
Quelles sont les dix voies de signalisation ayant des mutations conductrices?
A
- RTK-RAS
- Cycle cellulaire
- PI3K
- p53
- NOTCH
- WNT
- MYC
- HIPPO
- TGFb
- NRF2
19
Q
Quels complexes cycline sont impliqués dans la phase G1?
A
Le complexe cycline D-CDK4/6 et cycline E-CDK2
20
Q
Quels sont les rôles des complexes cycline D-CDK4/6 et E-CDK2?
A
Phosphoryler les protéines de la famille RB dont pRB
21
Q
Quels sont les inhibiteurs des complexes cycline/CDK?
A
Les CKI
22
Q
Quelles sont les deux familles de CKI?
A
INK4 et CIP/KIP
23
Q
Qu’est-ce que le CP du cycle cellulaire?
A
Point de restriction : hyperphosphorylation des protéines de la famille RB
24
Q
Quelle est la famille E2F?
A
Facteurs de transcription séquestrés par pRB mais libérés lorsque pRB est phosphorylé
25
Quel est le rôle de la famille E2F?
Transcription de gènes impliqués dans la réplication de l'ADN
26
Qu'est-ce que le gène RB1?
Gène suppresseur de tumeur
27
Qu'est-ce qu'un rétinoblastome non-héréditaire?
Mutation sporadique menant à l'inactivation des deux copies de RB1
28
Qu'est-ce qu'un rétinoblastome héréditaire?
Un allèle RB1 muté transmis par un des parents. L'inactivation du deuxième allèle est requise pour le développement du rétinoblastome
29
Pour quelle protéine encode le gène CDKN2A?
p16 INK4A
30
Quelle mutation est impliquée dans les mélanomes héréditaires?
Mutation germinale de CDKN2A
31
Quelle mutation est impliquée dans le syndrome de Li-Fraumeni?
Mutation germinale de TP53
32
Quelle mutation est impliquée dans le syndrome de polypose adénomateuse familiale (PAF)?
Mutation germinale de APC
33
Qu'est-ce que l'épigénétique?
Modification de l'ADN transmissible (et réversible) influençant l'expression des gènes sans en changer la séquence nucléotidique
34
Quels sont les trois mécanismes épigénétiques?
1. Code des histones
2. Méthylation des cytosines
3. ARN non codant
35
Où se situe la méthylation des cytosines?
Sur la cytosine en amont d'une guanine (CpG)
36
À quelle pourcentage peut être méthylée la cytosine à l'échelle cellulaire?
0%, 50% ou 100%
37
Quelles sont les caractéristiques des épivariations?
1. Héritable
2. Réversible/Métastable
3. Évolution
4. Trait continu (0%-100%)
5. Spécificité tissulaire
6. Sensible à l'environnement
7. Aléatoire
38
Dans quelles régions il n'y a pas de méthylation des cytosines?
Dans les régions régulatrices de la transcription
39
Quels sont les rôles des DNMT3a/3b/3L?
Méthylation d'un ADN non méthylé
40
Quel est le rôle du DNMT1?
Ajoute un groupement méthyl sur un ADN hemi-méthylé
41
Quels sont les deux mécanismes de déméthylation des cytosines?
1. Déméthylation passive
| 2. Déméthylation active
42
Qu'est-ce que la déméthylation passive?
Il y a une baisse de DNMT1 durant la réplication de l'ADN
43
Qu'est-ce que la déméthylation active?
Plusieurs enzymes dont la BER font la déméthylation indépendante de la réplication
44
Quels sont les impacts de la méthylation des cytosines?
1. Inhibition de la liaison d'un facteur activateur de la transcription
2. Inhibition de la liaison d'un facteur inhibiteur de la transcription
3. Inhibition de l'incorporation CTCF-dépendante d'un exon alternatif dans l'ARNm mature
45
Quel est le donneur universel de carbone?
La SAM
46
Quelles sont les trois étapes de l'origine de réplication de l'ADN?
1. La protéine DNAa s'attache proche du site d'initiation
2. L'ADN se courbe
3. Ouverture de la double hélice ADN
47
Quelle enzyme permet l'ouverture de la double hélice ADN?
Hélicase
48
Quelles sont les étapes de l'initiation de la réplication de l'ADN?
1. Amorce d'ARN par la primase
2. Synthèse de l'ADN à l'extrémité 3' de l'Amorce avec la pol III
3. Dégradation de l'amorce ARN par l'activité exonucléase de la pol I et synthèse par son activité endonucléase
4. Fermeture de bris d'ADN par la ligase
49
Quels sont les deux rôles de l'ADN polymérase?
1. Reconnaissance du bon nucléotide à ajouter (pont H)
| 2. Polymérisation en 3' du brin nouvellement synthétisé (lien covalent)
50
Comment peut-on augmenter la processivité de l'ADN polymérase?
Grâce à l'anneau des sous-unités B qui attachent l'enzyme à l'ADN
51
Comment la télomérase règle le problème de l'amorce terminale?
1. La télomérase se lie au brin discontinu
2. La télomérase allonge l'extrémité 3' (ARN)
3. Translocation de la télomérase
4. Répétition d'extension et de translocation avant que la télomérase se détache
5. Complétion du brin complémentaire par l'ADN polymérase
52
Quels sont les composants nécessaires pour un PCR?
1. ADN à amplifier
2. Amorces
3. 4 dNTP
4. ADN polymérase
53
De quoi est constituée la sonde Taqman?
D'un fluorophore et d'un quencher, qui lorsqu'ils sont à proximité n'émettent pas de fluorescence
54
Quel est le principe de la sonde Taqman?
Lorsque l'ADN polymérase qui fait l'extension du brin d'ADN arrive à la sonde, elle la dégrade ce qui émet une fluorescence
55
Qu'est-ce que le Ct (point seuil)?
Le seuil de fluorescence minimum ou le nombre de cycle qu'il faut pour atteindre ce seuil
56
Que se passe-t-il s'il y a une mutation dans l'amorce 5'?
L'ADN polymérase ne peut se lier sur l'amorce et il n'y a pas de PCR
57
Que se passe-t-il s'il y a une mutation dans la séquence de lecture de l'ADN?
La sonde ne peut pas bien se lier à sa séquence et lorsque la polymérase arrive à la sonde, elle se détache donc pas de PCR
58
Qu se passe-t-il s'il y a une mutation dans l'amorce 3'?
L'ADN polymérase ne peut se lier à l'amorce et terminer l'extension de l'ADN, il y a donc inhibition de la PCR
59
Quelle est la particularité du RT-qPCR?
Transcription inverse de l'ARNm en ADNc
60
Quelle est la particularité de la méthode Sanger?
On mélange des dNTPs avec une petite quantité de ddNTP couplés à un fluorophore
61
Pourquoi le séquençage NGS est-il révolutionnaire?
Parce qu'il introduit un support solide qui permet de séquencer des millions d'exons en parallèle
62
Quelles sont les limitations du NGS?
1. Exons riches en GC ont une faible couverture
2. Peu fiable pour détecter les répétitions
3. Régions avec très forte homologie
4. Délétion d'un ou quelques exons sur un des deux chromosomes
63
Que représentent les bifurcations sur un arbre évolutif?
Un ancêtre commun
64
Que sont les régions ITS?
Régions intergéniques qui permettent de différencier les espèces
65
Quelles régions sont moins conservées et quelles sont plus conservées?
Les régions non-codantes sont moins conservées et les codantes sont le plus conservées
66
Que sont des gènes orthologues?
Gènes qui dans deux espèces différentes dérivent d'un gène d'un ancêtre commun entre ces deux espèces. Ils codent pour deux protéines qui ont conservé la même fonction
67
Que sont des gènes paralogues?
Les gènes proches provenant d'une duplication dans un même génome et qui ont divergé dans leur fonction protéique
68
Que sont des gènes homologues?
Les gènes proches par descendance qui couvre les relation orthologues et paralogues
69
Que peut causer un glissement lors de la réplication?
Une extension ou un raccourcissement de l'ADN
70
Est-ce qu'une cellule différenciée contient toutes les informations pour diriger la formation d'un organisme complet?
Oui
71
Quelles sont les innovations génétiques ayant permis l'évolution?
1. Mutations ou changement de nucléotides
2. Duplication d'une séquence
3. Recombinaison entre deux gènes
4. Transfert de gène entre deux organismes
72
Quels sont les mécanismes potentiels résultant à la duplication des gènes?
1. Recombinaison ectopique
2. Glissement lors de la réplication
3. Rétrotransposition
4. Aneuploïdie
5. Duplication du génome entier
73
Quelles sont les caractéristiques phénotypiques de la spéciation?
Basées sur l'apparence des microorganismes ou organismes
74
Quelle est la spéciation basée sur la reproduction?
Les espèces apparaissent lorsqu'une population d'organismes se divisent en deux groupes génétiquement distincts qui ne peuvent se reproduire
75
Quels sont les types d'isolement pré-zygotique?
1. Physique
2. Temporel
3. Incompatibilités
76
Quels sont les types d'isolement post-zygotique?
1. Arrêt embryonnaire
2. Infertilité
3. Sélection naturelle
77
Qu'est-ce qu'un mécanisme de spéciation allopatrique?
En présence d'une barrière géographique, deux sous-populations sont séparées et reproductivement isolées
78
Qu'est-ce qu'un mécanisme de spéciation sympatrique?
Sans barrière géographique, deux sous-populations deviennent reproductivement isolées
79
Comment peut-on régénérer la SAM?
Avec un apport nutritionnel en B12 et en acide folique
80
Nommer 5 aspects qui différencient l'humain du singe
1. Absence de queue
2. Bipédie
3. Réduction de pilosité
4. Bassin étroit
4. Langage phonétique
81
Quelle est la différence des Homo habilis et Homo rudolfensis comparativement à Australophitecus afarensis?
La moelle épinière s'attache plus au centre et plus près de la boîte crânienne. Le crâne s'élargit et diminue en longueur
82
Quelle est la différence de Homo ergaster comparativement à ses prédécesseurs?
Ses bras et jambes sont plus proportionnés et ses dents et mâchoires deviennent plus petites. Diminution de la pilosité et le premier à utiliser le feu
83
Quel prédécesseur de l'homme contrôlait bien le feu?
Homo erectus
84
Qu'est-ce qui est à l'origine de la modification du visage d'Homo erectus?
L'utilisation d'outil et la consommation de viande crue
85
Quelles sont les méthodes de datation pour les objets pré-historiques?
1. Stratigraphie
2. Biochronologie
3. Typochronologie
4. Atomes cosmogéniques
5. Thermoluminescence
86
Qu'est-ce qu'un individu brachycéphale?
Individu qui a le crâne aussi développé dans le sens latéral que dans le sens longitudinal
87
Qu'est-ce qu'un individu dolicocéphale?
Crâne de forme allongée, plus dans le sens longitudinal que latéral
88
Quelles sont les deux hypothèses de l'évolution humaine?
1. L'Homme moderne est potentiellement issu de l'évolution simultanée des différentes populations d'ancêtres réparties en Europe, Asie et Afrique
2. L'Homme moderne serait issu d'une population ayant évoluée sur un seul continent, l'Afrique, et qui se serait réparti à travers les autres continents par migration
89
Quels sont les familles de gènes montrant une augmentation chez l'Homme comparativement au singe?
1. Métabolisme : diète
2. Développement : main et cerveau
3. Audition : perception du langage
90
Quels sont les familles de gènes montrant une diminution chez l'Homme comparativement au singe?
1. Olfaction : récepteurs olfactifs
2. Neurobiologie : synthèse des formes d'acide sialique
3. Développement : muscles
4. Pilosité : kératine
91
Quelle mutation entraîne une perte de pilosité chez l'Homme moderne?
Gène de la kératine 1 a muté en pseudogène (1 mutation défective)
92
Quelle mutation entraîne une diminution de taille des muscle de mastication?
Inactivation du gène de la myosine sarcomérique MYH16 (1 délétion défective)
93
Quelle mutation empêche l'Homme moderne de synthétiser l'acide sialique?
L'absence de l'enzyme de conversion CMAH (1 délétion défective)
94
Quelle mutation entraîne la perte de récepteurs olfactifs chez l'Homme moderne?
La hausse de la proportion de pseudogène qui codent pour des récepteurs non fonctionnels (mutations défectives)
95
Quel gène permet la résistance à la variole et au SIDA chez l'Homme moderne?
Le gène CCR5 (neutre)
96
Quel gène permet la résistance à la malaria chez l'Homme moderne?
Gène Duffy- (neutre)
97
Quelle mutation permet la digestion du lactose chez l'Homme moderne?
Mutation du gène LCT*P (1 mutation positive)
98
Quelle mutation permet l'expression de l'alpha-amylase salivaire chez l'Homme moderne?
Mutation du gène AMY1A (2 insertions et 2-15 duplications)
99
Quelle mutation permet le développement du langage et de la communication chez l'Homme moderne?
Mutation du gène FOXP2 (2 mutations positives)
100
Quelle mutation permet la croissance du cortex cérébral?
Mutation du gène ASPM (22 mutations positives)
101
Quelle mutation permet le développement des connexions inter-neurones chez l'Homme moderne?
Mutation du gène SRGAP2 (3 duplications)
102
Quelle mutation permet le développement du domaine protéique chez l'Homme moderne?
Mutation du gène DUF1220 (212-270 duplications)
103
Qu'est-ce qu'une mule (stérile)?
Âne + jument
104
Qu'est-ce qu'un blynx (fertile)?
Lynx du Canada + Bobcat
105
Qu'est-ce qu'une crocote (fertile)?
Chienne + loup
106
Qu'est-ce qu'un prizzli (stérile)?
Grizzli + ours polaire
107
Qu'est-ce qu'un tigron (stérile)?
Tigre + lionne
108
Qu'est-ce qu'un ligron (femme fertile)?
Tigresse + lion
109
Qu'est-ce qu'un pumapard (stérile)?
Puma mâle + léopard femelle
110
Qu'est-ce qu'un chat Savannah (peu fertile)?
Chat de bengal + serval
111
Qu'est-ce qu'un walphin (fertile)?
pseudorque + grand dauphin
112
Qu'est-ce qu'un zébrule (stérile)?
Zèbre + jument
113
Qu'est-ce qu'un zébrâne (stérile)?
Zèbre + âne
114
Qu'est-ce qu'un bardot (stérile)?
Cheval + ânesse
115
Qu'est-ce qu'un cama (stérile)?
Dromadaire mâle + lama femelle
116
Quest-ce qu'un turkoman (femelle fertile, mâle peu)?
Chameau + dromadaire femelle
117
Qu'est-ce qu'un zubron (femelle fertile)?
Bison européen + vache
118
Qu'est-ce qu'un beefalo (femelle fertile)?
Bison américain + vache
119
Qu'est-ce que l'abeille tueuse du Brésil (fertile)?
Abeille du Brésil + abeille de Tanzanie
