F9 - DNA-replikation

Question 1

Replikation

Answer 1

En proces hvor DNA kopieres semikonservativt ved at bruge hver streng som template til at danne en ny komplementær streng, det resulterer i to identiske DNA-molekyler. DNA-sekvenserne aflæses i 3’ til 5’ retningen og DNA-polymerase III syntetisere i 5’ til 3’ retningen.

Question 2

Template (skabelon)

Answer 2

Forældre-strengen, der fungerer som skabelon for dannelsen af den komplementære datter-streng.

Question 3

Origin of replication

Answer 3

Er en specifik sekvens i DNA med en høj koncentration af adenin og thymin, hvor DNA-strenge adskilles og danner en replikations boble, det kræver mindre energi at bryde hydrogenbindingerne, da adenin og thymin kun danner to hydrogenbindinger fremfor guanin og cytosin som danner tre hydrogenbindinger.

Question 4

Single-stranded-binding-protein (SSBP)

Answer 4

Er et protein der binder til de adskilte DNA-strenge for at undgå, at de igen former en double helix og beskytter dem imod enzymet nuklease. Det sikrer at de enkeltstrengede DNA-sekvenser er tilgængelige som templates.

Question 5

Replikations fork

Answer 5

Et Y-formet område i replikationsboblen, hvor de to DNA-strenge adskilles og replikeres.

Question 6

Helicase

Answer 6

Et enzym der anvender ATP under adskillelse af DNA-helix ved at bryde hydrogenbindingerne mellem de komplementære basepar på strengene.

Question 7

Topoisomerase

Answer 7

Et enzym som løsner DNA’s negative supercoiling struktur for at helicase kan fortsætte sit arbejde. Type I (kræver ikke ATP) og type II (ATP) findes i eukaryote celler, hvor type II og type III (ATP) findes i prokaryote celler.

Question 8

Primase

Answer 8

Et enzym, som syntetiserer en RNA-primer.

Question 9

Primer

Answer 9

En kort RNA-sekvens, som DNA-polymerasen III kan hæfte sig til og påbegynde syntesen af en ny komplementær DNA-streng. Er nødvendig, for DNA polymerase III kan kun tilføje nukleotider til en eksisterende streng.

Question 10

DNA-polymerase III

Answer 10

Et enzym, som katalyserer opbyggelsen af nye DNA-strenge ved at tilføje nukleotider til den ny syntetiseret streng og danner phosphodiester bindinger.

Question 11

Katalysator

Answer 11

Et enzym, som øger hastigheden på en kemisk reaktion uden selv at forbruges.

Question 12

Processivity

Answer 12

Enzymers evne til at katalysere mange sammenhængende reaktioner uden at frigive sit substrat. Den er høj for DNA polymerase III, hvilket tillader enzymet at tilføje tusindvis af nukleotider i træk, hvilket gør det mere effektivt end andre polymeraser, som kun kan tilføje et begrænset antal før de frigives fra DNA’et.

Question 13

Sliding clamp

Answer 13

En ringformet struktur, som tillader DNA polymerase III at glide langs DNA’et uden at slippe det, hvilket øger dens processivitet og effektivitet.

Question 14

Leading strand

Answer 14

Den DNA-streng, der replikeres kontinuerligt i retning af replikationsgaffelen.

Question 15

Lagging strand

Answer 15

Den DNA-streng, der replikeres i okazaki-fragmenter væk fra replikationsgaffelen. For at syntesen foregår i 5’-3’ retningen.

Question 16

Okazaki fragmentet

Answer 16

Korte DNA-sekvenser mellem primerer, der dannes på lagging strand pga. den diskontinuerlige syntese.

Question 17

DNA-polymerase I

Answer 17

Et enzym, der fjerner RNA-primer på lagging strand og erstatter RNA med DNA.

Question 18

Exonuclease

Answer 18

En enzymaktivitet i DNA-polymeraserne, som fjerner forkerte placeret baser, det fungerer som korrekturlæsning og sikrer høj nøjagtighed.

Question 19

DNA ligase

Answer 19

Et enzym, der kobler okazaki-fragmenterne på lagging strand, og skaber dermed en ny kontinuerlig komplementær DNA-streng.

Question 20

Telomere

Answer 20

Forhindre tab af gener og udgør ende stykkerne af cellers kromosomer, som bliver kortere, for hver replikationscyklus.

Question 21

Telomerase

Answer 21

Et enzym, som danner DNA, som ikke koder for et gen ud af RNA kaldet reverse transkription, hvilket forlænger telomerene på kromosomernes ender og dermed beskytter dem mod tab af vigtige gener i forbindelse med replikation og celledeling.
- Gentagende RNA-sekvens: AAUCCC
- Gentagende sekvens: tell them all genes gotta go (TTAGGG)

Question 22

Trombone model

Answer 22

Beskriver, hvordan syntesen af lagging-strand i okazaki-fragmenter foregår. DNA polymerase III danner løkker i lagging-strand-templaten, så den kan fortsætte med at syntetisere fragmenter. Længden af løkken ændres i takt med at nye fragmenter syntetiseres.