F9 - DNA-replikation Flashcards
Replikation
En proces hvor DNA kopieres semikonservativt ved at bruge hver streng som template til at danne en ny komplementær streng, det resulterer i to identiske DNA-molekyler. DNA-sekvenserne aflæses i 3’ til 5’ retningen og DNA-polymerase III syntetisere i 5’ til 3’ retningen.
Template (skabelon)
Forældre-strengen, der fungerer som skabelon for dannelsen af den komplementære datter-streng.
Origin of replication
Er en specifik sekvens i DNA med en høj koncentration af adenin og thymin, hvor DNA-strenge adskilles og danner en replikations boble, det kræver mindre energi at bryde hydrogenbindingerne, da adenin og thymin kun danner to hydrogenbindinger fremfor guanin og cytosin som danner tre hydrogenbindinger.
Single-stranded-binding-protein (SSBP)
Er et protein der binder til de adskilte DNA-strenge for at undgå, at de igen former en double helix og beskytter dem imod enzymet nuklease. Det sikrer at de enkeltstrengede DNA-sekvenser er tilgængelige som templates.
Replikations fork
Et Y-formet område i replikationsboblen, hvor de to DNA-strenge adskilles og replikeres.
Helicase
Et enzym der anvender ATP under adskillelse af DNA-helix ved at bryde hydrogenbindingerne mellem de komplementære basepar på strengene.
Topoisomerase
Et enzym som løsner DNA’s negative supercoiling struktur for at helicase kan fortsætte sit arbejde. Type I (kræver ikke ATP) og type II (ATP) findes i eukaryote celler, hvor type II og type III (ATP) findes i prokaryote celler.
Primase
Et enzym, som syntetiserer en RNA-primer.
Primer
En kort RNA-sekvens, som DNA-polymerasen III kan hæfte sig til og påbegynde syntesen af en ny komplementær DNA-streng. Er nødvendig, for DNA polymerase III kan kun tilføje nukleotider til en eksisterende streng.
DNA-polymerase III
Et enzym, som katalyserer opbyggelsen af nye DNA-strenge ved at tilføje nukleotider til den ny syntetiseret streng og danner phosphodiester bindinger.
Katalysator
Et enzym, som øger hastigheden på en kemisk reaktion uden selv at forbruges.
Processivity
Enzymers evne til at katalysere mange sammenhængende reaktioner uden at frigive sit substrat. Den er høj for DNA polymerase III, hvilket tillader enzymet at tilføje tusindvis af nukleotider i træk, hvilket gør det mere effektivt end andre polymeraser, som kun kan tilføje et begrænset antal før de frigives fra DNA’et.
Sliding clamp
En ringformet struktur, som tillader DNA polymerase III at glide langs DNA’et uden at slippe det, hvilket øger dens processivitet og effektivitet.
Leading strand
Den DNA-streng, der replikeres kontinuerligt i retning af replikationsgaffelen.
Lagging strand
Den DNA-streng, der replikeres i okazaki-fragmenter væk fra replikationsgaffelen. For at syntesen foregår i 5’-3’ retningen.
Okazaki fragmentet
Korte DNA-sekvenser mellem primerer, der dannes på lagging strand pga. den diskontinuerlige syntese.
DNA-polymerase I
Et enzym, der fjerner RNA-primer på lagging strand og erstatter RNA med DNA.
Exonuclease
En enzymaktivitet i DNA-polymeraserne, som fjerner forkerte placeret baser, det fungerer som korrekturlæsning og sikrer høj nøjagtighed.
DNA ligase
Et enzym, der kobler okazaki-fragmenterne på lagging strand, og skaber dermed en ny kontinuerlig komplementær DNA-streng.
Telomere
Forhindre tab af gener og udgør ende stykkerne af cellers kromosomer, som bliver kortere, for hver replikationscyklus.
Telomerase
Et enzym, som danner DNA, som ikke koder for et gen ud af RNA kaldet reverse transkription, hvilket forlænger telomerene på kromosomernes ender og dermed beskytter dem mod tab af vigtige gener i forbindelse med replikation og celledeling.
- Gentagende RNA-sekvens: AAUCCC
- Gentagende sekvens: tell them all genes gotta go (TTAGGG)
Trombone model
Beskriver, hvordan syntesen af lagging-strand i okazaki-fragmenter foregår. DNA polymerase III danner løkker i lagging-strand-templaten, så den kan fortsætte med at syntetisere fragmenter. Længden af løkken ændres i takt med at nye fragmenter syntetiseres.
