F14 - Translation - Mekanismerne i prokaryoter Flashcards
30S subunit
Subunitten der rummer bindingssites A (acceptor) og P (peptidyl transferase), hvor mRNA afkodes og tRNA binder sig og afleverer aminosyrer ved ribosomets A-, P- og E(exit)-steder.
50S subunit
Subunitten der hjælper med at flytte tRNA fra A- til P-stedet og har en tunnel, hvorigennem den voksende polypeptidkæde passerer under proteinsyntesen.
Shine-Dalgarno sekvenser
Er purin rige nukleotidsekvenser på mRNA, der findes upstream fra start codon (AUG) i prokaryoter, som fungerer som bindings- og positionsguide for ribosomet ved initieringen af proteinsyntesen.
Initiation faktor
Proteiner der binder sig til Shine-Dalgarno-sekvenser og hjælper 30S subunit til at binde sig på mRNA. Når subunit 30S møder AUG dannes ribosomets funktionelle 70S-initieringskompleks (IC) som er drevet af GTPase, hvor de frigøres og ribosomet m. fMet-tRNA og mRNA er klar til elongering.
Elongation faktor Tu (EF-Tu)
Et protein, der binder til aminoacyl-tRNA i sin GTP-form og leverer det til ribosomets A-site. Først når tRNA genkender det korrekte codon, frigives proteinet via hydrolyse af GTP til GDP.
Accommodation
En proces, hvor aminoacyl-tRNA i A-site roteres og tilpasses, så aminosyren placeres tæt på aminoacyl-tRNA i P-sitet, hvilket muliggør peptidbindingen mellem aminosyrerne.
Elongation faktor Ts (EF-Ts)
Et protein, der genopretter GTP-formen af EF-Tu ved at fjerne GDP fra EF-Tu, hvilket tillader GTP at binde sig og EF-Tu kan genbruges til næste aminoacyl-tRNA-levering. Disse proteiner sikrer præcision og kontinuitet i elongering og cirklen fortsætter indtil et stop codon bliver mødt.
Peptidyl transferase center
Et område i 50S subunit der katalyserer dannelsen af peptidbindinger mellem peptidyl-tRNA i P-sitet og aminoacyl-tRNA i A-sitet.
Elongation faktor G (EF-G)
Et protein også kendt for translocase, hvor hydrolyse af GTP til GDP tillader tRNA’er og mRNA at bevæge sig gennem ribosomet i en længde svarende til et codon. Hydrolysen medfører en konformationsændring i proteinet, hvilket forskyder aminoacyl-tRNA fra A-site til P-site og det deacetylerede tRNA fra P-site til E-site, hvor det dissocierer og kan genanvendes.
Release faktor
Proteiner der binder til stop codons på mRNA på A-sitet af ribosomet, det leder til frigivelsen af det modne protein fra tRNA på P-sitet i ribosomet via et vandmolekyle de medbringer til peptidyltransferase-centeret der bryder esterbindingen mellem tRNA og polypeptidet. Deres frigivelse er drevet af GTPase, hvor tRNA, mRNA og ribosomale subunits frigøres via GTP hydrolyse og de genbruges til en ny runde translation.
