F14 - Translation - Mekanismerne i eukaryoter Flashcards
40S
Subunitten der rummer bindingssites A (acceptor) og P (peptidyl transfer), hvor mRNA afkodes og tRNA binder sig og afleverer aminosyrer ved ribosomets A-, P- og E(exit)-steder.
60S
Subunitten der hjælper med at flytte tRNA fra A- til P-stedet og har en tunnel, hvorigennem den voksende polypeptidkæde passerer under proteinsyntesen.
Initiator faktor
Proteiner der hjælper med at binde 40S subunit (PIC) til mRNA og dannelsen af ribosomets funktionelle 80S-initieringskompleks som er drevet af GTPase, hvor de frigøres og ribosomet m. initiatoren Met-tRNA og mRNA er klar til elongering.
Initiering
I eukaryote celler er AUG altid et startcodon. Præ-initierings-komplekset (PIC) binder til mRNA ved 5’ cap og søger efter AUG trin for trin i 3’ retningen, som katalyseres af ATP-drevet helicaser. Når anti-codon fra tRNA matcher AUG initieres translationen og 80S komplekset samles drevet af GTPase og proteinerne frigøres.
mRNA i eukaryoter har normalt kun ét startsted og fungerer som template for syntesen af et enkelt protein, mens mRNA i prokaryoter kan have flere Shine-Dalgarno sekvenser og dermed flere startsteder og syntetisere flere proteiner.
poly(A)-bindingsprotein I (PABPI)
Efter PIC har bundet sig til mRNA danner det en cirkulær struktur der forbindes af elongerings faktorer på 5’cap til poly(A)-halen vha. PABPI. En forudsat fordel kunne være at det cirkulære mRNA forhindrer translation af mRNA, som har mistet sin poly(A)-hale.
Elongerings faktor (EF1α)
Et protein der binder til aminoacyl-tRNA i sin GTP-form og leverer det til ribosomets A-site. Først når tRNA genkender det korrekte codon, frigives proteinet via hydrolyse af GTP til GDP.
Elongerings faktor (EF1 βγ)
Et protein, der genopretter GTP-formen af EF1α ved at fjerne GDP fra EF1α, hvilket tillader GTP at binde sig og EF1α kan genbruges til næste aminoacetyl-tRNA-levering. Disse proteiner sikrer præcision og kontinuitet i elongering og cirklen fortsætter indtil et stop codon bliver mødt.
Accommodation
En proces, hvor aminoacyl-tRNA i A-site roteres og tilpasses, så aminosyren placeres tæt på Met-tRNA, hvilket muliggør peptidbindingen mellem aminosyrerne.
Peptidyl transferase center
Et område i 60S subunit der katalyserer dannelsen af peptidbindinger mellem peptidyl-tRNA i P-sitet og aminoacyl-tRNA i A-sitet.
Elongerings faktor (EF2)
Et protein også kendt for translocase, hvor hydrolyse af GTP til GDP tillader tRNA’er og mRNA at bevæge sig gennem ribosomet i en længde der svarer til et codon.
Hydrolysen medfører en konformationsændring i proteinet, hvilket forskyder aminoacyl-tRNA fra A-site til P-site og det deacetylerede tRNA fra P-site til E-site, hvor det dissocierer og kan genanvendes.
Release faktor
Et protein der binder til stop codons på mRNA på A-sitet af ribosomet, det leder til frigivelsen af det modne protein fra tRNA på P-sitet i ribosomet via et vandmolekyle de medbringer til peptidyltransferase-centeret der bryder esterbindingen mellem tRNA og polypeptidet. Deres frigivelse er drevet af GTPase, hvor tRNA, mRNA og ribosomale subunits frigøres via GTP hydrolyse og de genbruges til en ny runde translation.
Protein targeting
I eukaryoter ledes ny-syntetiserede proteiner til deres endelige destinationer via to mekanismer: Post-translationel targetin, hvor fuldt syntetiserede proteiner fra cytoplasma sendes til fx nukleolus, mitokondrier eller peroxisomer, og sekretorisk pathway, hvor proteiner transporteres til ER under syntesen og derefter videre gennem Golgi til organeller eller udskilles via cellemembranen.
Signal sekvens
En kort sekvens af 9-12 upolære aminosyrer, som nogle gange er basiske aminosyrer, placeret nær den amino-terminale ende af et ny-syntetiseret protein. Sekvensen signalerer, at proteinet skal transporteres over ER-membranen.
Signal peptidase
Et enzym lokaliseret i ER’s lumen, som kløver signal-sekvensen fra nogle proteiner, når de er trådt ind i ER, og dermed hjælper i modningen af proteinet til videre transport.
Signal-recognition particles (SRP)
Et ribonukleoprotein, som binder til signal-sekvensen og ribosomet, så snart signal-sekvensen træder ud af ribosomet. SRP stopper midlertidigt proteinsyntesen og fører komplekset til ER-membranen. SRP er et GTP-bindende protein og regulerer sin funktion via GTP-hydrolyse.
