F8 - proteiner Flashcards
Proteiner
Består af aminosyrer, hvis struktur stabiliseres af stærke og svage interaktioner. Når det denaturerer mister det sin funktion.
L-aminosyrer
Er den stereoisomeriske form af aminosyrer, man finder i proteiner i biologiske organismer.
Primær struktur
Refererer til proteiners lineære aminosyresekvens, som bestemmer proteinets endelige 3D-struktur og funktion.
Peptid(amid) binding
Den kemiske binding der binder carboxylsyregruppen og aminogruppen i et proteins backbone. Bindingen opstår ved en kondensationsreaktion, hvor der fraspaltes vand.
Disulfid binding
Er en kovalent binding mellem to cystein som dannes ved oxidation, den stabiliserer proteinets tertiære struktur.
Torsionsvinkler
Beskriver rotationen om de enkeltbindinger der er i en peptidkæde og har fri drejelighed, det tillader proteiner at folde sig i forskellige former.
Phi er vinklen for rotationen mellem α-carbonatomet og N-atomet
Psi er vinklen for rotationen mellem α-carbonatomet og carbonylgruppen.
Ramachandran plot
En model der visualiserer, hvilke kombinationer af psi og phi, der er tilladt i naturlige proteiner. Mange kombinationer er ikke til stede i naturen, hvilket illustrerer den strukturelle begrænsning af peptidbindinger og peptidkæder.
Sekundærstruktur
Referer til foldede segmenter af et protein, hvor alfa-helix og beta-sheets dannes af hydrogenbindinger mellem NH- og CO-grupperne i aminosyrerne. Strukturen er essentiel for at proteiner opnår deres tredimensionelle form og funktion.
α helix
Er en struktur som har en tæt snoet rygsøjle, stabiliseret af hydrogenbindinger mellem NH- og CO-grupperne i proteinets backbone, hvor aminosyre sidekæderne peger ud af strukturen. De er alle højrehåndede, hvilket sikrer færre sammenstød mellem sidekæder og backbone.
β sheet
En struktur, der består af to eller flere polypeptidkæder, kaldet β-strands som er forbundet via hydrogenbindinger. De tilstødende kæder kan løbe i parallel eller antiparallel retning af hinanden.
β strand
En struktur der er en del af β-sheets og er næsten helt udstrakte. Sidekæderne af tilstødende aminosyrer peger i modsatte retninger.
Tertiær struktur
Den overordnede 3D-struktur af et protein. Strukturen opnås gennem foldning af polypeptidkæden, hvor hydrofobe aminosyrer begraves i en hydrofobkerne, mens polære og ladede aminosyrer interagerer med cytosolen (hydrofobe effekter).
Motif (supersekundær struktur)
Specifikke kombinationer af sekundær struktur, der ofte ses i mange proteiner og kan udføre lignende funktioner.
Domæne
Er kompakte, globulære enheder af polypeptidkæder, der typisk spænder over to eller flere områder, ofte forbundet af fleksible segmenter af polypeptidkæden.
Subunit .
Defineres som de individuelle polypeptidkæder, der udgør en proteinstruktur i en kvarternær struktur. De samles fra separate enheder til at interagerer med andre for at danne et funktionelt protein
