3.6: Humae genoom - analyse van genexpressie met microarrays en NGS

Question 1

Proteoom

Answer 1

De volledig set eiwitten gecodeerd door het humane genoom

Question 2

Toepassingen van de humane genoomsequentie:

Answer 2

1. Identificeren en kloneren van ziektegenen, inclusief genen die betrokken zijn bij het ontstaan van kanker
2. Identificeren van nieuwe genen die nauw verwant zijn aan bekende drug targets. Dit biedt de mogelijkheid nieuwe farmacologische stoffen te ontwikkelen en oude te verbeteren
3. Het vinden van mutaties die overgevoeligheid voor medicijnen veroorzaken -> hierdoor kan de dosis worden aangepast en het risico van bijwerkingen worden teruggebracht

Question 3

Microarray analyse:

Answer 3

Zowel RNA uit tumorweefsel als uit gezond weefsel worden geïsoleerd om deze te vergelijken

3 opties:
- Geen oplichting: de genen komen niet tot expressie
- Gele uitslag: genen komen even hard tot expressie in beide weefsels
- Rode of groen uitslag: genen komen in het ene weefsel meer tot expressie dan in het andere weefsel

Question 4

Toepassing microarray analyse: diffuse large B cell Lymphoma (DLBCL)

Answer 4

Analyse van micro-array gegevens -> blijkbaar 2 typen DLBCL -> patiënten in 2 groepen indelen -> zegt iets over prognose en dus over mate agressie van therapie

Question 5

Toepassing van NGS

Answer 5

• Voorspellen van eigenschappen: oogkleur, intelligentie, ziekterisico, etc.
• NGS van RNA: een veelzijdige benadering om genexpressie te begrijpen: Enorm dynamisch bereik; gebruik van alternatieve promotoren; alternatieve splicing; allel-specifieke gen expressie; mutatie detectie; Ontdekking van nieuwe exons, niet coderende RNs, micro-RNA