3.3: Cytogenetische afwijkingen

Question 1

Waarom kijken naar chromosomale afwijkingen bij een leukemie belangrijk is:

Answer 1

• Relevant voor diagnose
• Bepalend voor prognose
• Gerelateerd aan respons op chemotherapie
• Identificeren van betrokken genen: hierdoor mogelijkheden voor therapie ontwikkeling

Question 2

Detecteren van genetische afwijkingen

Answer 2

• Klassieke cytogenetica
• Moleculaire cytogenetica
• Moleculaire diagnostiek

Question 3

Klassieke cytogenetica

Answer 3

• Gebandeerde metafasen (cellen lopen vast in metafase door mitose blokker)
• Gebalanceerd = geen verlies van materiaal en niet-gebalanceerd = chromosomaal materiaal is verloren gegaan of erbij gekomen

Question 4

Moleculaire cytogenetica

Answer 4

• Fluorescente in situ hybridisatie (FISH)
• Array (SNP array)

Question 5

Moleculaire diagnostiek

Answer 5

• RQ-PCR (fusie genen)
• Q-PCR
• Sequencing (Sanger -> NGS)

Question 6

FISH

Answer 6

• Je moet van tevoren weten welk deel er getarget moet worden (probe selectie) -> probe kan aan complementaire streng in DNA binden
• Metafase FISH: FISH op gekweekte (delende) cellen (lymfocyten, leukocyten, solide tumoren)
• Interfase FISH: FISH op kernen van niet/slecht delende cellen (snelle analyse, beoordeling obv aantal signalen) (evt fusie-signaal of break-apart probes)
• Als ze dichter dan 3 korrels uit elkaar liggen dan tellen we het als een fusiesignaal

Question 7

Array (SNP array)

Answer 7

• Resolutie voor detectie van ongebalanceerde chromosoomafwijkingen nog hoger dan in FISH
• SNP markers

Question 8

SNP’s

Answer 8

Single Nucleotide Polymorphism: op 1 basepositie zowel de ene base als de andere base kan hebben zonder dat dat tot klinische consequenties leidt

Question 9

Soorten deleties:

Answer 9

• Terminaal: aan het eind
• Interstitial: in een arm

Question 10

Soorten Inversie:

Answer 10

• Paracentric: binnen een chromosoom arm
• Pericentric: rond een centromeer

Question 11

Complex karyotype

Answer 11

Meer dan 3 chromosomale afwijkingen in het karyotype van een patiënt gezien: dit bij AML heeft een slecht prognose

Question 12

Monosomaal karyotype

Answer 12

Patiënt heeft een complex karyotype waarbij:

• 2 Monosomieën (geen X of Y)
• 1 monosomie en een structurele afwijking

Question 13

Problemen bij multiple myeloom

Answer 13

• Moeizaam bij chromosomen onderzoek
• Laag % afwijkende cellen in beenmergaspiraat
• Afwijkende cellen delen niet of nauwelijks onder lab condities
• Resultaat vaak normaal karyotype, met afwijkende FISH op interfase kernen
• Oplossing: hoger % plasmacellen nodig -> zuivering van de plasmacellen -> Zuivering met anti-CD138 kit (marker dat op membraan van plasmacellen tot expressie komt)