1.7 van DNA via RNA naar eiwit

Question 1

Wat is DNA?

Answer 1

Desoxyribose met fosfaat groep. Het heeft 2 antiparallel strengen die complementair zijn aan elkaar. De strengen draaien om elkaar hen als een dubbele helix.

Ze hebben een 5’ (N) en 3’ (C) kant

Question 2

Wat is transcriptie en wat is translatie?

Answer 2

Transcriptie: Overschrijven van DNA naar RNA (Kern)
Translatie: Omzetten van RNA naar een eiwit (vertalen) (Cytoplasma)

Question 3

Wat is genoom en wat is een transcriptoom?

Answer 3

• Genoom is het totaal aan genetische informatie en is voor elke cel hetzelfde (3,3 Gbp: 23 chromosomen, 21.370 protein-encoding genes, 5.732 RNA-only genes)
• Het transcripten zijn de mRNA’s in een cel en dit is steeds verschillend
• Samen bepaalt dit het proteoom (hoeveelheid eiwitten die zorgen voor structuur en functie)

Question 4

Hoe wordt een triplet afgelezen en wat is het?

Answer 4

5’-3’ (N-C). Een triplet zijn 3 basen die samen coderen voor 1 aminozuur

Question 5

Hoe wordt het juist leesraam van zo een triplet bepaald?

Answer 5

Door het startcodon AUG. Welke AUG dit is wordt bepaald door de TATAA box (markering voor waar RNA polymerase moet beginnen met het aflezen)

Question 6

Wat doet tRNA in de translatie?

Answer 6

tRNA bevat een anticodon en een aminozuur. Met behulp van een complementaire anticodon (3’ naar 5’) herkent tRNA een tripletcode in het mRNA.

mRNA wordt nu gesynthetiseerd van 5’ naar 3’ (N-C)

Question 7

Wat doen ribosomen?

Answer 7

Hier vindt de eiwitsynthese plaats (in de cytosol)

Question 8

Wat doen de kleine (40s) en grote sub unit (60s) van een ribosoom en waarvoor hebben ze elkaar nodig?

Answer 8

Alleen als 40s en 60s samen zijn gevormd tot 1 complex werkt de ribosoom.

40s: herkent 5’ uiteinde RNA. Hier bindt het mRNA (en gaat er langs lopen totdat het een AUG heeft gevonden)
60s: Aan het tRNA worden de aminozuren aan elkaar gezet. Hier vindt de eiwitsynthese plaats (tot aan de stopcodon)

Question 9

Wat doen de A, P en E site van de ribosoom (40s)?

Answer 9

A site: Nieuwe tRNA
P site: Polymerisatie dmv peptidyltranserase (aminozuur wordt in de peptideketen ingebouwd
E site: tRNA verlaat het ribosoom (zonder haar aminozuur)

Question 10

Wat vormen de kleine en grote ribosoom samen? Waaruit zijn de subunits opgebouwd?

Answer 10

Het vormt samen de 80s eenheid
Ze bestaan uit eiwitten waar rRNA omheen is gedraaid

Question 11

Waarvoor dient een rRNA?

Answer 11

Als een katalysator en structuur element

Question 12

Kunnen op een mRNA meerdere ribosomen werken?

Answer 12

Ja, per mRNA molecuul worden meerdere eiwitten gemaakt

Question 13

Welke 3 stappen vinden er plaats voordat een peptideketen een functioneel eiwit wordt?

Answer 13

• Vouwing van het eiwit: Vorming van 3D structuur (Tijdens/na synthese)
• Post-translationere modificaties: Verwijdering aminozuren, verandering van ingebouwde aminozuren (Na synthese)
• Eiwitsortering: Transport van eiwit naar juiste celcompartimenten (Tijdens/na synthese)

Question 14

Hoe gaat de transcriptie?

Answer 14

RNA helices trekt de twee DNA strengen uit elkaar
RNA polymerase leest de matrijsstreng/template streng af van 3’-5’
Na de initiatie fase (RNA polymerase bindt aan de promotor) en RNA wordt gevormd (5’-3’)

Question 15

mRNA bevat dezelfde code als?

Answer 15

De coderende streng

Question 16

Waarvoor dient RNA processing?

Answer 16

mRNA moet van de kern naar het cytosol. In de cytosol zitten veel RNAses die het RNA afbreken. RNA processing voorkomt dit

Question 17

Uit welke 3 dingen bestaat de RNA processing?

Answer 17

1) Capping: 5’ (begin mRNA) krijgt een afsluitend kapje, een omgekeerde base via trifosfaatbinding (wordt later aan het mRNA toegevoegd)
2) Theling: 3’ uiteinde krijgt een poly-A staart. RNAase kan mRNA afbreken zonder dat coderende mRNA wordt beschadigd
3) RNA Splicing: Intronen worden verwijderd

Question 18

Wat is de verhouding tussen intronen en exonen in de (pre)mRNA?

Answer 18

Intronen zijn langer dan exonen. Er is altijd 1 exon meer dan het aantal intronen

Question 19

Hoe weet de ribosoom dat het mRNA, na RNA processing gereed is voor de translatie?

Answer 19

Doordat de cap en poly-A-staart naar elkaar toekomen in de kern. Ze worden dan herkend door eiwitten die ervoor zorgen dat het ribosoom de cap ook herkent

Question 20

Wanneer en door wat worden de exon-junction complexen verwijderd?

Answer 20

Door de ribosomen tijdens de eerste ronde van de translatie -> de pionier ronde (checkt of mRNA-compleet is)

Question 21

Wat bepaalt wanneer de transcriptie begint?

Answer 21

De enhancers. Ze kunnen overal op het DNA zitten, behalve op de promotor
Ze worden herkend door genregulatoreiwitten die de transcriptie reguleren

Question 22

Wat is een open leesraam (OPF) en gesloten leesraam?

Answer 22

Open leesraam: Nucleotidesequentie waarbij geen voortijding stopcodon optreedt
Gesloten leesraam: Er ontstaat nu een te korte peptideketen

Question 23

Hoe wordt de efficiëntie van translatie bepaald?

Answer 23

Door RNA modificatie

Question 24

Welke 2 groeves bevat het DNA en wat doen ze?

Answer 24

Major groeve: Aflezen gebeurd vooral hier vanaf de buitenkant
Minor groeve