Structure des acides aminés Flashcards

1
Q

Quelles sont les unités de base formant les protéines?

A

Les acides aminés

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Structure des acides aminés

A

Les acides aminés comportent une fonction acide (COOH) et une fonction amine (NH2). Ils répondent tous à la formule chimique générale :

H2N—CH—COOH
|
R
Les acides aminés sont des molécules amphotériques (base + acide)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Est-ce que les acides aminés possèdent une chiralité? Comment?

A

Oui. L’asymétrie (4 groupements différents) du carbone alpha en fait un centre chiral.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Dans les protéines, on retrouve seulement les acides aminés de la forme ____. Expliquer différence entre L et D.

A

L
*L vs D : CORN (COoh - R (chaîne latérale) - Nh3). On se place dans l’axe du lien H-C alpha, puis on forme un trajet du COOH vers la chaîne R, puis vers NH3. Si sens des aiguilles d’une montre = L. Contraire = D.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Combien existent-ils d’acides aminés? Comment sont-ils distincts?

A

Il existe 20 différents acides aminés et leurs propriétés sont déterminées par la chaîne latérale R.
Ils varient en taille, forme, charge, hydrophibicité (polarité) et réactivité.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Quels sont les types d’acides aminés (4)? Quelles sont leurs particularités à chacun?

A

-Chaîne latérale hydrophobe (non polaire) : Les chaînes latérales des acides aminés sont composées de CH ou de cycles

-Chaîne latérale polaire non-chargée : Les chaînes latérales des acides aminés possèdent des groupements polaires (NH2, OH, SH), mais ceux-ci adoptent leur forme non chargée (non ionique)

-Chaîne latérale polaire basique (chargée +) : Les chaînes latérales des acides aminés possèdent des groupements polaires chargés + (NH3+, NH2+, NH)

-Chaîne latérale polaire acide (chargée -) : Les chaînes latérales des acides aminés possèdent des groupements polaires chargés - (O-)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Caractéristiques des acides aminés hydrophobes (4)

A

1-Non-polaire
2-Interaction faible ou nulle avec l’eau
3-Dans les protéines, les acides aminés hydrophobes sont fréquemment retrouvés à l’intérieur de la molécule (minimiser le contact avec le solvant)
4-Ne participent pas directement aux réactions chimiques (souvent pas ionisable)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Caractéristiques des acides aminés non-chargés (4)

A

1-Polaires
2-Interaction des groupements fonctionnels avec l’eau
3-Dans les protéines, les acides aminés polaires forment des contacts avec le solvant
4-Peuvent également se retrouver à l’intérieur, si pont H possible

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Dans quel groupe fait partie l’histidine? Quelles sont les particularités de cet acide aminé?

A

C’est un acide aminé polaire chargé +. Le groupement imidazole de l’histidine peut gagner ou perdre un proton en fonction du pH. Dans une protéine, permet de moduler l’activité en fonction du pH.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Quel est le plus petit et le seul acide aminé non-chiral?

A

La glycine
*Puisque non-hydrophobe et non-chargé, on le classe parfois parmi les aa poaires.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Caractéristiques des acides aminés chargés (4)

A

1-Chaîne latérale chargée à pH physiologique
2-Polaire
3-Dans les protéines, les acides aminés polaires forment des contacts avec le solvant
4-Peuvent également se retrouver à l’intérieur, si pont H possible

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Qu’est-ce que le pKa?

A

C’est le point d’inflexion de la courbe de titrage du groupe ionisable. Lorsque [acide]=[base conjuguée]

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Le pH de la solution est fonction de la _________ de la forme ________ et de la forme ________.

A

-proportion
-acide
-basique

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Quelle est l’équation de Henderson-Hasselbalch? À quoi sert-elle?

A

pH = pKa + log [base]/[acide]
Cette équation sert à déterminer le pH d’une solution.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Qu’est-ce que le point isoélectrique (zwitterion)? Comment le trouver?

A

C’est le pH où l’acide aminé est électriquement neutre (autant de charges positives que négatives).

-Si 2 fonctions ionisables : pI = (pKa1 + pKa2)/2

-Si diacide (NH3+/COO- et fonction acide sur chaîne latérale) : pI = (pKa1+pKa2)/2

-Si dibasique (NH3+/COO- et fonction basique sur chaîne latérale) : pI = (pKa2+pKa3)/2

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Comment créer une courbe de titrage?

A

Commencer avec le groupement qui a le moins d’affinité avec son H (pKa - élevé), le relâche plus facilement.
Placer les différentes formes du composés en ordre croissant de pKa. Les plateaux correspondent aux différents pKa et la verticale est le pI selon les règles pour le trouver.

17
Q

Quels sont les pKa du groupe carboxyle (COO-)?

Quels sont les pKa du groupe aminé (NH3+)?

Quels sont les pKa des chaînes latérale (7)?

A

+ ou - 2 pour tous les acides aminés

+ ou - 9,5/10 pour tous les acides aminés

-Cystéine = 8,4
-Tyrosine = 10,5
-Acide aspartique = 3,9
-Acide glutamique = 4,1
-Lysine = 10,5
-Argine = 12
- Histidine = 6,0

18
Q

Que sont les protéines?

A

Polymères d’acides aminés

19
Q

Comment s’appelle la liaison chimique entre deux aides aminés? Où est-elle située?

A

Lien peptidique : entre le C=O et le N—H

20
Q

Les peptides possèdent deux extrémités. Comment les nomme-t-on?

A

N-terminale (NH3+) et C-terminale (COO-)

21
Q

Différence entre polypeptides et protéines

A

Polypeptides : courte chaîne d’acides aminés (<50)
Protéines : polypeptides longs ayant une structure tridimensionnelle définie

22
Q

Comment fonctionne la nomenclature d’un polypeptide?

A

Le nom va du N-terminal vers le C-terminal

23
Q

Pour chaque position dans une chaîne d’acides aminés constituant une protéine, il y a _____ possibilités.

A

20
(Ex : tripeptide = peptide de 3 aa = 20^3 = 8000 possibilités)

24
Q

Quelles sont les différentes structures des protéines (4)?

A

1-Structure primaire : arrangement linéaire des aa

2-Structure secondaire : formations locales de structures tridimensionnelles à plusieurs aa

3-Structure tertiaire : assemblage de structures secondaires en motifs protéiques formant la configuration native de la protéine

4-Structure quaternaire : assemblage de plusieurs polypeptides entre eux pour former une protéine fonctionnelle (sous-unités)